用ggplot绘制树形图
用ggplot绘制树形图
提问于 2018-06-09 04:30:36
我有这种形式的分层数据：
df <- data.frame(root=rep("unclustered",22),
itr1=paste0("1.",c(1,5,1,2,4,1,3,2,5,5,6,9,4,3,4,8,5,7,3,2,10,8)),
itr2=paste0("2.",c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,10,17,18,19,20,21)),
itr3=paste0("3.",c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22)),stringsAsFactors = F)它描述了数据点-行的迭代聚类分配。第一列root将所有点分配给根集群，然后每一列都是集群的迭代，该迭代获取前一次迭代的集群，并将它们分解为更多的子集群。
我正在尝试使用树网络来绘制这个过程。
我知道使用data.tree，我可以简单地执行以下操作：
df$pathString <- do.call(paste,c(df,sep="/"))
df.graph <- data.tree::as.Node(df)
plot(df.graph)
但我正在寻找更花哨一点的东西，最好是有ggplot外观的。
因此，我将df.graph转换为igraph对象：
df.igraph <- data.tree::as.igraph.Node(df.graph)并尝试使用ggraph
library(ggraph)
ggraph(df.igraph, 'igraph', algorithm = 'tree') +
geom_edge_link() +
ggforce::theme_no_axes()
你知道如何让ggraph选项包括节点及其标签，向边添加箭头，以及可能对每个级别进行不同的着色吗？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-06-09 09:12:54
这似乎让我更接近了：
V(df.igraph)$class <- names(V(df.igraph))
ggraph(df.igraph,layout='tree')+
geom_edge_link(arrow=arrow(length=unit(2,'mm')),end_cap=circle(3,'mm'))+
geom_node_label(aes(label=class))+
theme_void()
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/50768001
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