Biopython中是否存在将氨基酸序列反转为RNA不可能序列的功能
Biopython中是否存在将氨基酸序列反转为RNA不可能序列的功能
提问于 2018-12-17 06:11:22
我有一系列氨基酸，我必须将它翻译成RNA。我尝试使用字典但是我收到以下错误：TypeError: 'tuple' object is not callable。
有没有办法使用biopython函数解决这个问题，如果不是，将aa序列反转为RNA序列的最佳方法是什么。
e.g. protein = 'HHVLFFL'
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-12-17 15:47:42
不，back_translateBiopython中没有或类似的功能。这是因为相同的蛋白质序列可以从导出多个 RNA序列，以便不存在1：1的映射，例如ACU，ACC，ACA，和ACG的密码子都产生苏氨酸（T）的氨基酸。这意味着对于中等长度序列，存在大量不同的可能的DNA / RNA序列，其将编码相同的蛋白质序列，因此不能以精确的方式进行反向翻译。
有一种back_transcribe将RNA转换为DNA 的功能，但这里确实存在明确的1：1映射，例如
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> Seq('AUU').back_transcribe()
Seq('ATT', DNAAlphabet())
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/-100006308
复制相关文章
相似问题