我有一系列氨基酸,我必须将它翻译成RNA。我尝试使用字典但是我收到以下错误:TypeError: 'tuple' object is not callable
。
有没有办法使用biopython函数解决这个问题,如果不是,将aa序列反转为RNA序列的最佳方法是什么。
e.g. protein = 'HHVLFFL'
发布于 2018-12-17 15:47:42
不,back_translate
Biopython中没有或类似的功能。这是因为相同的蛋白质序列可以从导出多个 RNA序列,以便不存在1:1的映射,例如ACU
,ACC
,ACA
,和ACG
的密码子都产生苏氨酸(T)的氨基酸。这意味着对于中等长度序列,存在大量不同的可能的DNA / RNA序列,其将编码相同的蛋白质序列,因此不能以精确的方式进行反向翻译。
有一种back_transcribe
将RNA转换为DNA 的功能,但这里确实存在明确的1:1映射,例如
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> Seq('AUU').back_transcribe()
Seq('ATT', DNAAlphabet())
https://stackoverflow.com/questions/-100006308
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