腾讯云

开发者社区

文档建议反馈控制台

首页

文章/答案/技术大牛

发布

社区首页 >问答首页 >提取下载的一个seurat对象子集，报错？

问提取下载的一个seurat对象子集，报错？

提问于 2023-10-06 12:50:38

回答 1关注 0查看 152

代码如上：想提起Organ=‘Lung’的子集，但是报错。不知道怎么解决。求教大神。这怎么办？

r 语言

对象

游戏社交场景解决方案

整合腾讯在社交娱乐及游戏体验方面的技术能力，满足玩家对游戏内即时通信和语音互动的社交刚性需求，提升游戏黏性

回答 1

一凡sir

发布于 2023-10-07 01:11:02

无效字符索引,dn[[1]]有问题，因为 give.dn=FALSE

和开发者交流更多问题细节吧，去写回答

Seurat对象的构建和信息提取

https 网络安全

公司在完成表达定量后，通常会使用 CellRanger 对数据进行简单的分析，得到以下三个文件。

小汪Waud

2023/02/16

2.6K0

python 从字典中提取子集

python

prices = { 'ACME': 45.23, 'AAPL': 612.78, 'IBM': 205.55, 'HPQ': 37.20, 'FB': 10.75 } Make a dictionary of all prices over 200 p1 = {key: value for key, value in prices.items() if value > 200} Make a dictionary of tech stocks tech_names = {'AAPL', 'IB

用户5760343

2019/09/25

1.3K0

单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建

生物基因 r 语言

大家自行去GEO官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)搜索下载自己想要的单细胞测序数据。本文后面会提供数据用于示例代码测试。

单细胞指南

2023/08/02

4.4K0

利用Python快速提取字体子集

python 命令行工具数据可视化效率源码

❝本文完整示例代码及文件已上传至我的Github仓库https://github.com/CNFeffery/PythonPracticalSkills ❞

朱卫军 AI Python

2023/09/04

3460

Seurat对象内部结构

容器对象函数基础数据

上期推文我们根据单细胞初探（seurat基础流程）（2021公开课配套笔记）学习并搭建了基本的单细胞转录组下游分析流程，其中很重要的一个知识点就是Seurat对象，熟悉Seurat对象内部结构对我们掌握各个分析究竟是在进行什么样的处理很有帮助。

生信技能树jimmy

2023/08/31

1.9K0

scanpy结果转为seurat可处理对象

开源

网上Seurat转scanpy的教程一抓一大堆，然鹅找遍全网都没找到一个靠谱的反向操作方法。唯一找到一个ReadH5AD用起来是这样的：

生信技能树jimmy

2021/09/15

3.9K1

「Python实用秘技16」快速提取字体子集

python 命令行工具数据可视化效率源码

　　这是我的系列文章「Python实用秘技」的第16期，本系列立足于笔者日常工作中使用Python积累的心得体会，每一期为大家带来一个几分钟内就可学会的简单小技巧。

Feffery

2023/07/31

3940

ggplot重新画seurat对象的聚类图

参考：https://stackoverflow.com/questions/59101791/seurat-dimplot-highlight-specific-groups-of-cells-in-different-colours

生信编程日常

2021/03/03

1.1K0

导出Seurat对象中的单细胞表达矩阵

r 语言

做单细胞数据分析的时候，我们经常会从公共数据库，或者从别人那里得到一个seurat对象，有些人可能想从这个seurat对象中提取原始的表达矩阵，自己再从头分析一遍。那么今天小编就讲讲怎么实现，我们以SeuratData这个包里面自带的pbmc3k这套数据为例。

生信交流平台

2022/09/21

14.8K0

单细胞分析十八般武艺5：monocle3

geo map na rstudio

单细胞初级8讲和高级分析8讲单细胞分析十八般武艺1：harmony 单细胞分析十八般武艺2：LIGER 单细胞分析十八般武艺3：fastMNN 单细胞分析十八般武艺4：velocyto

生信技能树jimmy

2021/04/29

22.4K0

超简单的视频对象提取程序

opencv 存储

视频对象提取与其说是视频对象提取，不如说是视频颜色提取，因为其本质还是使用了OpenCV的HSV颜色物体检测。 HSV介绍 HSV分别代表，色调（H：hue），饱和度（S：saturation），亮度（V：value），由A. R. Smith在1978年创建的一种颜色空间, 也称六角锥体模型(Hexcone Model)；色调（H：hue）：用角度度量，取值范围为0°～360°，从红色开始按逆时针方向计算，红色为0°，绿色为120°,蓝色为240°。它们的补色是：黄色为60°，青色为180°，品红为3

磊哥

2018/07/04

9140

C#报错——传递数组对象报错“未将对象引用设置到对象的实例”

编程算法

从字面上理解这句话为，传递的数组对象（指的是数组aaa），没有将对象引用（指定的bbb，实际也是aaa本身，因为他们是同一片地址）设置到对象的实例（指的是没有实例化数组）

vv彭

2021/03/07

2.2K0

植物的单细胞数据如何过滤线粒体基因

https 网络安全数据分析腾讯云开发者社区 github

曾老师有一篇文章《猪的单细胞分析如何过滤线粒体基因》[1]，其中介绍了猪的单细胞数据分析应该如何过滤线粒体基因，本期我们参考此文章来看看植物的单细胞数据分析如何过滤线粒体基因。

小汪Waud

2023/02/16

1.3K0

Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换

https http 网络安全 html python

在此教程中，我们演示了在 Seurat 对象、SingleCellExperiment对象和anndata对象之间转换的方法。

生信技能树jimmy

2022/01/10

3.9K0

npm下载报错情况的处理

npm

npm是一个非常强大的包管理器，基本上前端需要的插件和框架在这上面都有，所以本人一直只用这个，其他的一律先忽视。然而使用npm时有时候会出现error以及无法下载的情况，下面有一个解决方案，亲测能解决

NateHuang

2018/03/14

7810

子集

编程算法

给定一组不含重复元素的整数数组nums，返回该数组所有可能的子集（幂集）。说明：解集不能包含重复的子集。

WindRunnerMax

2020/09/22

5200

Seurat2和Seurat3共存的方法

github windows bug md5 tar

软件升级虽然是一件值得高兴的是，但是代码变化太大却不是一件好消息。比如说Seurat，这个单细胞分析最常用的R包，它的2.x版本和3.x版本的变化就是翻天覆地。

生信技能树jimmy

2020/03/30

9590

[Leetcode][python]Subsets/Subsets II/子集/子集 II

python html 编程算法

参考： https://shenjie1993.gitbooks.io/leetcode-python/078%20Subsets.html 举个例子，集合[1]有[[],[1]]两个子集，当向其中添加一个元素时，[1,2]有[[],[1],[2],[1,2]]四个子集，可以看出来，在新添加一个元素的时候，是在原来子集的基础上，添加原子集中所有元素加上新元素的总集合。为了每个子集中的元素都是不降序的，要先把所有元素都排序。

蛮三刀酱

2019/03/26

1.1K0

【python-leetcode90-子集】子集Ⅱ

编程算法

输入: [1,2,2] 输出: [ [2], [1], [1,2,2], [2,2], [1,2], [] ]

西西嘛呦

2020/08/26

7210

scRNA分析|使用CellChat完成细胞通讯分析-简单且可视化出众，代码自取

数据库对象可视化数据通信

之前介绍过使用cellphoneDB 进行细胞通讯分析scRNA分析 | 解决可能的报错，从0开始教你完成细胞通讯分析-cellphoneDB，可能会遇到一些报错。这次介绍另一款细胞通讯分析的常见方法CellChat 。CellChat是一款R包，使用更容易且可视化结果也非常不错。

生信补给站

2023/08/25

2.8K0

scRNA分析|使用CellChat完成细胞通讯分析-简单且可视化出众，代码自取

相似问题

下载文件报错？

21.4K

java 下载文件报错？

1731

docker下载镜像报错呢？

0211

对象存储cos报错？

12.8K

报错”图片下载错误“怎么处理？

1218

问提取下载的一个seurat对象子集，报错？

游戏社交场景解决方案

回答 1

一凡sir

下载文件报错？

java 下载文件报错？

docker下载镜像报错呢？

对象存储cos报错？

报错”图片下载错误“怎么处理？

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐