序列的反向补码
序列的反向补码
提问于 2019-04-07 16:46:59
问题如下：(需要用c#编写ReserveComplemenet方法)
序列的反向互补是通过将其所有的碱基与它们的碱基互补交换，然后颠倒得到的序列而形成的。DNA序列的反向互补是通过交换以下所有实例来形成的：
- A with T
- T with A
- G with C
- C with G
- 然后颠倒结果序列。
F211
例如：
根据DNA序列AAGCT，反向互补是AGCTT。
此方法ReverseComplement()必须接受以下参数：
- Reference to a DNA sequence
此方法应返回void，并将所引用的序列突变为其反向互补。
目前，这是我的代码，
string result = z.Replace('A', 'T').Replace('T', 'A').Replace('G', 'C').Replace('C', 'G');
string before = (result);
return before;我被卡住了，不知道我该怎么做？任何帮助都将不胜感激。当我运行这个命令时，我得到的是AAGGA而不是AGCTT
回答 5
Stack Overflow用户
发布于 2019-04-07 18:09:12
using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
namespace ConsoleApp8
{
class Program
{
static void Main(string[] args)
{
var dict = new Dictionary<char, char>()
{
['A'] = 'T',
['T'] = 'A',
['G'] = 'C',
['C'] = 'G',
};
var input = "AAGCT";
var output = string.Concat(input.Select(c => dict[c]).Reverse()); // AGCTT
Console.WriteLine(input);
Console.WriteLine(output);
}
}
}Stack Overflow用户
发布于 2019-04-07 17:34:24
与替换每个字符相比，使用linq更容易实现：
void Translate(ref string dna)
{
var map = new string[] {"AGTC", "TCAG"};
dna = string.Join("", dna.Select(c => map[1][map[0].IndexOf(c)]).Reverse());
}从表示映射的字符串数组开始，然后为字符串的每个字符选择映射的字符，反转从Select获得的IEnumerable<char>，然后使用string.Join将其转换回字符串。
问题中的代码首先将A转换为T，然后将T转换为A，因此A返回的所有内容都是A，而T返回的所有内容也是A ( G和< code >D13也是如此)。
还有一个基于for循环和字符串构建器的非linq解决方案(转换逻辑相同)：
void Translate(ref string dna)
{
var map = new string[] {"AGTC", "TCAG"};
var sb = new StringBuilder(dna.Length);
for(int i = dna.Length-1; i > -1; i--)
{
sb.Append(map[1][map[0].IndexOf(dna[i])]);
}
dna = sb.ToString();
}Stack Overflow用户
发布于 2019-04-07 18:07:23
当我运行这个命令时，我得到的是AAGGA而不是AGCTT
因为您将其视为单个替换，而不是多个替换：
z.Replace('A', 'T').Replace('T', 'A').Replace('G', 'C').Replace('C', 'G');
AAGCT
Replace('A', 'T')
TTGCT
Replace('T', 'A')
AAGCA
Replace('G', 'C')
AACCA
.Replace('C', 'G')
AAGGA相反，我建议的是中介替换：
var z = "AAGCT";
var chars = z.Replace('A', '1')
.Replace('T', 'A')
.Replace('1', 'T')
.Replace('G', '2')
.Replace('C', 'G')
.Replace('2', 'C')
.Reverse()
.ToArray();
var result = new string(chars);
Console.WriteLine(result);收益率：
AGCTT
现在，如果您要执行此操作数百万次，则可能需要考虑使用StringBuilder。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/55557177
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
