如何从linux中的主数据填充子集数据字段
如何从linux中的主数据填充子集数据字段
提问于 2019-04-15 23:33:22
我有一个带有rs ids (和其他字段)的SNP数据子集，我想用它们各自的染色体编号和染色体位置创建两个新列。我有一个包含所有SNPs的主文件(rs I，染色体编号，位置...等)，我希望使用命令行从主文件填充我的文件(我的子集文件有大约300万行)。
我在想像join、if then语句、awk (或者它们的组合)之类的东西。
例如，我所拥有的：
file1
SNP A1 A2 Freq1.Hapmap b se p N
rs1000000 G A 0.6333 1e-04 0.0043 0.9814 233572
rs10000010 T C 0.575 -0.0022 0.0029 0.4384 339148file2
ID SNP Chromosome Position REF Allele ALT Allele Contig Contig Position Band dbSNP
chr10:1175426:C/G:1 rs1000000 chr10 1175426 C G GL000093.1 1115426 p15.3 rs184435191
chr10:31133635:T/C:1 rs143579887 chr10 31133635 T C GL000093.1 31073635 p11.23 rs143579887
chr10:33247334:G/T:1 chr10:33247334:G/T:1 chr10 33247334 G T GL000093.1 33187334 p11.22
chr11:118230335:A/G:1 rs10000010 chr11 118230335 A G GL000104.1 21792751 q23.3 rs147754044
chr11:132968833:A/C:1 chr11:132968833:A/C:1 chr11 132968833 A C GL000104.1 36531249 q25
chr11:57678793:C/G:-1 rs77482717 chr11 57678793 C G GL000103.1 2984588 q12.1 rs77482717
chr11:61722645:C/A:1 chr11:61722645:C/A:1 chr11 61722645 C A GL000103.1 7028440 q12.3 rs1109748我想要的：
SNP Chromosome Position A1 A2 Freq1.Hapmap b se p N
rs1000000 chr10 1175426 G A 0.6333 1e-04 0.0043 0.9814 233572
rs10000010 chr11 118230335 T C 0.575 -0.0022 0.0029 0.4384 339148回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2019-04-15 23:46:42
假设您的文件是用制表符分隔的：
$ awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}NR==FNR{a[$2]=$3 OFS $4;next}{$2=a[$1] OFS $2}1' file2 file1
SNP Chromosome Position A1 A2 Freq1.Hapmap b se p N
rs1000000 chr10 1175426 G A 0.6333 1e-04 0.0043 0.9814 233572
rs10000010 chr11 118230335 T C 0.575 -0.0022 0.0029 0.4384 339148对于file2中的所有记录:将每个单核苷酸多态性与数组中相应的染色体和位置值相关联，file1：从数组中检索与每个单核苷酸多态性关联的染色体和位置值，并在第二列之前插入。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/55692636
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