我目前正在尝试将.fasta文件导入到bwa中,以使用参考基因组来映射我的读数。然而,我现在得到了这个错误:
[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files
有什么帮助吗?下面是我的代码:
#!/bin/bash
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load fastqc/0.10.1
module load fastx/0.0.13
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load pear/0.9.10
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load fastqc/0.10.1
module load fastx/0.0.13
module load bwa/0.7.12
module load samtools/1.2
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load trimmomatic/0.35
r=20
####mapping
#Indexing reference library for BWA mapping:
bwa index -a is ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa fungiref
bwa mem fungiref sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam
#sort and convert to bam
samtools view -bS sample${r}.sam | samtools sort - sample{r}_sorted
#counts and stats
samtools index sample${r}_sorted.bam
samtools idxstats sample${r}_sorted.bam > ${r}_counts.txt
发布于 2017-06-06 18:21:32
bwa index
的用法如下
bwa index [-p prefix] [-a algoType] <in.db.fasta>
您的用法与此不匹配;遗憾的是,bwa
默默地接受了这一点,而不是立即抛出错误。令人恼火的是,也没有办法为索引指定路径前缀。你被你的引用的位置所困。
无论如何,索引文件名都是从FASTA引用文件派生的。因此,您需要在后续命令中调整索引文件名:
bwa mem ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam
https://stackoverflow.com/questions/44356819
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