BWA找不到本地索引文件
BWA找不到本地索引文件
提问于 2017-06-05 01:20:29
我目前正在尝试将.fasta文件导入到bwa中，以使用参考基因组来映射我的读数。然而，我现在得到了这个错误：
[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files有什么帮助吗？下面是我的代码：
#!/bin/bash
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load fastqc/0.10.1
module load fastx/0.0.13
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load pear/0.9.10
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load fastqc/0.10.1
module load fastx/0.0.13
module load bwa/0.7.12
module load samtools/1.2
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load trimmomatic/0.35
r=20
####mapping
#Indexing reference library for BWA mapping:
bwa index -a is ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa fungiref
bwa mem fungiref sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam
#sort and convert to bam
samtools view -bS sample${r}.sam | samtools sort - sample{r}_sorted
#counts and stats
samtools index sample${r}_sorted.bam
samtools idxstats sample${r}_sorted.bam > ${r}_counts.txt回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2017-06-06 18:21:32
bwa index的用法如下
bwa index [-p prefix] [-a algoType] <in.db.fasta>您的用法与此不匹配；遗憾的是，bwa默默地接受了这一点，而不是立即抛出错误。令人恼火的是，也没有办法为索引指定路径前缀。你被你的引用的位置所困。
无论如何，索引文件名都是从FASTA引用文件派生的。因此，您需要在后续命令中调整索引文件名：
bwa mem ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/44356819
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