对大数据集自动执行Mann Whitney U测试
对大数据集自动执行Mann Whitney U测试
提问于 2019-05-17 02:03:05
我是R newby，如果这个问题对你们这些人来说太微不足道了，我提前道歉，但我完全糊涂了。
在尝试学习R时，我发现自己面临着创建重复循环来逐个执行Mann Whitney U测试组1与组2的多个变量的问题。下面是一个例子。(https://i.redd.it/2c0429k4y3y21.png)
尽管我可以一个接一个地执行测试，从A到Z，但在我测试的真实数据中，我有超过10000个变量，因此我必须找到一种方法来1)自动化测试；2)生成一个包含所有结果p值的文件。
有没有人能帮我完成这项任务？我非常愿意花更多的时间来学习如何用R编写代码，但我需要在这方面做一点小小的推动。
谢谢
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-05-17 03:17:15
因为您提供的数据只有一个因子级别，所以我添加了三个“Wildtype”来使代码工作。
gen <- structure(list(genotype=structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L),
.Label=c("Mutant", "Wildtype"), class="factor"), X312=c(0, 0, 9.927911044,
7.604660497, 0, 8.469434699), X1.Sep=c(9.296165425, 7.994991396, 10.3226941,
10.59396298, 10.2554214, 7.963356173), X2.Sep=c(12.0207487, 10.92364072,
11.22504751, 11.2077482, 11.91886469, 11.64801165), X1.Dec=c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), X128up=c(8.051389852, 8.437100325, 2.9382856, 9.05631996, 0, 8.993819702),
X140up=c(7.859521468, 7.638131579, 0, 8.567090791, 8.7672994, 10.219634)),
row.names=c(NA, 6L), class="data.frame")
gen[1:3, 1] <- factor(rep(2, 3), label="Wildtype")因为我们可以对一列执行Mann Whitney U测试，如下所示：
# for column 6
wilcox.test(gen[gen$genotype == "Mutant", 6],
gen[gen$genotype == "Wildtype", 6], exact=FALSE)$p.val我们可以通过简单地循环遍历列索引(不包括第一个)，使用sapply()对所有列执行它，如下所示：
sapply(2:ncol(gen),
function(x) {
wilcox.test(gen[gen$genotype == "Mutant", x],
gen[gen$genotype == "Wildtype", x], exact=FALSE)$p.val
}
)
# [1] 1.00000 1.00000 1.00000 NaN 0.66252 0.08085页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/56174245
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