为特定的数据组织构建堆叠条形图
为特定的数据组织构建堆叠条形图
提问于 2019-05-20 19:03:12
我想构建一个堆叠的条形图，x轴代表基因组(或仅仅是有机体)的数量，y轴代表基因组的确切数量中出现的基因簇的数量。因为我知道这些基因来自哪些有机体，我希望每个条形图都能显示每个基因组在构建这个条形图中的影响。
我的数据示例：
df = data.frame (genomes_involed = c(1,2,2,3,3,1), number_of_genes = c(1,3,2,3,4,2), genome1_genes = c("A","B","*", "B", "A,M","*"), genome2_genes = c("*","C,B","E", "D", "N", "*"), genome3_genes = c("*","*", "L", "H", "O", "P,A"))其中：
行是基因簇；
1)第一列显示了每个基因簇所涉及的基因组数量；
2)第二列表示聚类中的基因数量；
3)列3-5代表来自不同基因组的基因的具体名称；
"*“表示该基因组的簇中没有基因。
它或多或少有特定的组织，这就是为什么我不确定如何正确地表达它，例如在这个ggplot函数中：
ggplot(df, aes(x = factor(Time), y = Value, fill = factor(Type))) + geom_bar(stat="identity", position = "stack")因此，我希望在x轴上获得3个条形图，表示基因组1、2或全部3个的数量；y轴表示在1个、2个或所有3个基因组中发现的簇的数量；并显示每个基因组在构建每个具体条形图中的百分比影响。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-05-23 02:56:48
我有点困惑，但我认为您是在说有多个有机体，每个有机体都有基因组1、2或3。您希望在x轴上有三条线-一条用于基因组1，一条用于基因组2，一条用于基因组3-这些堆栈将显示具有基因组1的有机体中有多少具有1个基因簇，有多少具有2个基因簇，以及有多少具有3个基因簇(例如，对于其他每个基因组)？
df = data.frame (genomes_envolved = c(1,2,2,3,3,1), number_of_genes = c(1,3,2,3,3,2), genome1_genes = c("A","B","*", "B", "A,M","*"), genome2_genes = c("*","C,B","E", "D", "N", "*"), genome3_genes = c("*","*", "L", "H", "O", "P"))
df[df=="*"]<-NA #I changed asterisk to NA
df$genomes_envolved<-as.factor(df$genomes_envolved)
df$number_of_genes<-as.factor(df$number_of_genes)
ggplot(data = df, aes(x = genomes_envolved,fill=number_of_genes)) + geom_bar()
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/56219631
复制相关文章
相似问题