如何在Windows上从R运行.sh脚本？
如何在Windows上从R运行.sh脚本？
提问于 2019-06-08 11:53:50
我需要在Windows上从R运行.sh脚本。
为此，我尝试调用cygwin可执行文件。下面是我的代码：
## Define the path to the script .sh and parameters
scriptPath <- "D:/script.sh"
parameters <- c("D:/test/results_","D:/test_text/results_","1","2")
## Define arguments
all_arguments <- c(scriptPath, parameters)
## Run the .sh script
command <- "C:/cygwin64/bin/bash.exe"
output <- system2(command, args=all_arguments, stdout=TRUE)
output但是，我收到了这个错误消息："D:/script.sh: line 33: seq: command not found"。
下面是第33行：
for i in $(seq -f "%04g" $step $step $num_end);在Linux上，该脚本可以正常工作。任何帮助都将不胜感激。
回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2019-06-10 00:32:05
seq是coreutils的一部分，因此您首先应该检查您的Cygwin安装是否安装了coreutils。您可以了解如何在Cygwin here上安装新的软件包。
Cygwin下的bash将继承来自Windows的路径，这不包括/usr/bin。要解决此问题，请告知它的行为就像在登录时被调用一样
all_arguments <- c("-l", scriptPath, parameters)请注意，文件名需要是Cygwin可识别的。请参阅https://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#cygdrive
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/56503282
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