问只有一个字符的差异

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我是ubuntu和编程的新手。我遇到了一个问题，因为我有两个文件包含几乎相同的单词。它们只有一个字符不同(我希望如此)。我的输入是这样的文件

文件1：

AEEL00123-RA
AEEL00123-RB
AEEL00125-RA
(...)

文件2：

AEEL00123-PA
AEEL00123-PB
AEEL00125-PA
(...)

我需要只显示P或R的输出，因为稍后我将计算这些差异，而我的文件每个都有29000行。我需要确认有29000个差异，并且它们只是字母P或R

我希望输出是这样的：

P
P
P
P

因为然后我会用wc -l或类似的东西来计算它。