不间断睡眠是不是我的Python程序真的很慢的原因(如果是的话，我该如何解决这个问题？)
我有以下select语句(使用sqlite3和pysqlite模块)：
self.cursor.execute("SELECT precursor_id FROM MSMS_precursor "+
"JOIN spectrum ON spectrum_id = spectrum_spectrum_id "+
"WHERE spectrum_id = spectrum_spectrum_id "+
"AND ROUND(ion_mz,9) = ? AND ROUND(scan_start_time,4) = ? "+
"AND msrun_msrun_id = ?", select_inputValues)在Python中运行时需要55秒。当直接在SQLite命令行上运行它时，只需要15ms。现在，我注意到，当它在这一步中，Python程序进入不间断睡眠(31283 ndeklein 18 0 126m 24m 3192 D 1.0 0.0 2:02.50 python，顶部输出中的D)，它从100% CPU下降到大约1% CPU。现在，我在这个查询中注意到了这一点，在运行我询问的关于here的查询时，我还查看了顶部的输出。在这段时间里，top还显示它进入了不间断的睡眠状态，尽管它在R和D之间来回切换，并且仅减慢到50%左右(它的波动取决于它是处于D状态还是R状态)。
所以现在我认为这就是我的查询速度变慢的原因(如果不间断的睡眠与程序速度无关，请纠正我)。如果这是真的，我如何确保程序不会进入此状态？
更新1：
使用Python的解释查询计划返回：
(0, 0, 1, u'SCAN TABLE spectrum (~50000 rows)')使用sqlite命令行的解释查询计划返回：
0|0|1|SCAN TABLE spectrum (~50000 rows)
0|1|0|SEARCH TABLE MSMS_precursor USING INDEX fk_MSMS_precursor_spectrum_spectrum_id_1 (spectrum_spectrum_id=?) (~2 rows)使用Python的解释返回：
(0, u'Trace', 0, 0, 0, u'', u'00', None)EXPLAIN using sqlite返回：
0|Trace|0|0|0||00|
1|Real|0|1|0|438.718658447|00|
2|Real|0|2|0|692.6345000000001|00|
3|Integer|1|3|0||00|
4|Goto|0|39|0||00|
5|OpenRead|1|33|0|13|00|
6|OpenRead|0|39|0|5|00|
7|OpenRead|2|41|0|keyinfo(1,BINARY)|00|
8|Rewind|1|35|0||00|
9|Column|1|8|5||00|
10|RealAffinity|5|0|0||00|
11|Integer|4|6|0||00|
12|Function|2|5|4|round(2)|02|
13|Ne|2|34|4||6a|
14|Column|1|12|4||00|
15|Ne|3|34|4|collseq(BINARY)|6c|
16|Column|1|0|8||00|
17|IsNull|8|34|0||00|
18|Affinity|8|1|0|d|00|
19|SeekGe|2|34|8|1|00|
20|IdxGE|2|34|8|1|01|
21|IdxRowid|2|7|0||00|
22|Seek|0|7|0||00|
23|Column|1|0|9||00|
24|Column|2|0|10||00|
25|Ne|10|33|9|collseq(BINARY)|6b|
26|Column|0|1|5||00|
27|RealAffinity|5|0|0||00|
28|Integer|9|6|0||00|
29|Function|2|5|11|round(2)|02|
30|Ne|1|33|11||6a|
31|Column|0|0|13||00|
32|ResultRow|13|1|0||00|
33|Next|2|20|0||00|
34|Next|1|9|0||01|
35|Close|1|0|0||00|
36|Close|0|0|0||00|
37|Close|2|0|0||00|
38|Halt|0|0|0||00|
39|Transaction|0|0|0||00|
40|VerifyCookie|0|31|0||00|
41|TableLock|0|33|0|spectrum|00|
42|TableLock|0|39|0|MSMS_precursor|00|
43|Goto|0|5|0||00|返回iostat：
io-bash-3.2$ iostat
Linux 2.6.18-194.26.1.el5 (ningal.cluster.lifesci.ac.uk) 06/04/2012
avg-cpu: %user %nice %system %iowait %steal %idle
14.35 0.00 0.30 0.01 0.00 85.34
Device: tps Blk_read/s Blk_wrtn/s Blk_read Blk_wrtn
sda 1.16 4.55 17.22 1520566 5752802
sda1 0.00 0.02 0.00 5074 34
sda2 1.16 4.53 17.22 1515184 5752768
sdb 0.00 0.02 0.00 5108 0
dm-0 2.29 3.88 16.70 1297226 5579336
dm-1 0.00 0.00 0.00 928 0
dm-2 0.11 0.65 0.52 216106 173432更新2
我将数据库迁移到MySQL，这里的查询只用了大约0.001秒，尽管对于我正在做的所有其他查询，它实际上比sqlite慢(我针对sqlite进行了优化，所以这可能会令人惊讶，也可能不会令人惊讶)。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2012-06-10 01:15:45
正如我在an answer to a prior question you asked中提到的，您尝试过sqlite模块apsw吗？From the website
Python是用于SQLite嵌入式关系数据库引擎的
包装器。与其他包装器(如pysqlite )不同，它专注于成为SQLite上的最小层，仅尝试将完整的Python转换为SQLite。文档中有一节介绍了APSW和pysqlite之间的区别。
我自己尝试过，它似乎确实更好地反映了SQL语句是如何由“真正的”Sqlite (即客户端或C库)执行的。
Stack Overflow用户
发布于 2012-06-05 23:45:07
SQLite和Python存在性能问题。请阅读此帖子以了解更多信息。这里有一些建议-尝试一下，它可能会起作用-比如向连接字段添加索引或使用pysqlite。
http://www.mail-archive.com/python-list@python.org/msg253067.html
https://stackoverflow.com/questions/10854817
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