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社区首页 >问答首页 >为什么我导入numpy后,多处理只使用了一个内核?

为什么我导入numpy后,多处理只使用了一个内核?
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Stack Overflow用户
提问于 2013-03-26 22:37:34
回答 2查看 41.7K关注 0票数 133

我不确定这是否更多地算作是操作系统问题,但我想我应该在这里问一下,以防有人从Python end of things中获得一些见解。

我一直在尝试使用joblib并行化一个占用大量CPU的for循环,但我发现不是每个工作进程都被分配到不同的核心,而是所有的工作进程都被分配到相同的核心,并且没有任何性能提升。

这里有一个非常简单的例子。

代码语言:javascript
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from joblib import Parallel,delayed
import numpy as np

def testfunc(data):
    # some very boneheaded CPU work
    for nn in xrange(1000):
        for ii in data[0,:]:
            for jj in data[1,:]:
                ii*jj

def run(niter=10):
    data = (np.random.randn(2,100) for ii in xrange(niter))
    pool = Parallel(n_jobs=-1,verbose=1,pre_dispatch='all')
    results = pool(delayed(testfunc)(dd) for dd in data)

if __name__ == '__main__':
    run()

...and下面是我在运行此脚本时在htop中看到的内容:

我在一台4核笔记本电脑上运行Ubuntu 12.10 (3.5.0-26)。显然,joblib.Parallel正在为不同的工作进程产生单独的进程,但是有没有什么方法可以让这些进程在不同的内核上执行?

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回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2013-03-26 23:36:46

经过更多的谷歌搜索,我找到了答案here

事实证明,某些Python模块(numpyscipytablespandasskimage...)在导入时处理核心亲和性。据我所知,这个问题似乎是由于它们链接到多线程OpenBLAS库而导致的。

解决方法是使用以下命令重置任务关联

代码语言:javascript
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os.system("taskset -p 0xff %d" % os.getpid())

在模块导入后粘贴下面这一行,我的示例现在可以在所有内核上运行:

到目前为止,我的经验是,这似乎对numpy的性能没有任何负面影响,尽管这可能是特定于机器和任务的。

更新:

还有两种方法可以禁用OpenBLAS本身的CPU亲和性重置行为。在运行时,您可以使用环境变量OPENBLAS_MAIN_FREE (或GOTOBLAS_MAIN_FREE),例如

代码语言:javascript
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OPENBLAS_MAIN_FREE=1 python myscript.py

或者,如果您正在从源代码编译OpenBLAS,则可以在构建时通过编辑Makefile.rule以包含以下行来永久禁用它

代码语言:javascript
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NO_AFFINITY=1
票数 159
EN

Stack Overflow用户

发布于 2015-07-13 01:56:28

Python3现在公开methods以直接设置亲和性

代码语言:javascript
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>>> import os
>>> os.sched_getaffinity(0)
{0, 1, 2, 3}
>>> os.sched_setaffinity(0, {1, 3})
>>> os.sched_getaffinity(0)
{1, 3}
>>> x = {i for i in range(10)}
>>> x
{0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9}
>>> os.sched_setaffinity(0, x)
>>> os.sched_getaffinity(0)
{0, 1, 2, 3}
票数 30
EN
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/15639779

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