问PyMOL中2个小分子的比对
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Stack Overflow用户

提问于 2013-05-14 22:56:39

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我想在PyMOL中对齐配体，就像对蛋白质结构进行对齐一样，但我得到了一个错误消息：

ExecutiveAlign: mobile selection must derive from one object only

我还将配体复制到单独的PDB文件中，将HETATM条目重命名为ATOM，但仍然收到此错误。我想知道为什么PyMOL在排列这些小分子时会有问题。

PS:这些配体具有相似的结构，只是配位不同。

发布于 2013-11-23 03:15:35

当您使用align函数进行比对时，pymol首先通过执行序列比对来进行结构比对。

您可以使用pair_fit函数，但必须指定原子之间的对应关系。此函数接受两个选择，每个元素一个，具有相同数量的原子。

如果配体具有完全相同的化学结构，则可以直接传递对象，否则必须进行适当的选择。

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/16546514

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