如何解决Matlab调用Anaconda env时numpy导入错误
如何解决Matlab调用Anaconda env时numpy导入错误
提问于 2018-06-20 22:56:04
我想从Matlab (在Windows7机器上)执行Python脚本。所需的库安装在Anaconda虚拟环境中。当从命令行运行脚本时，它可以完美地运行。
从Matlab中调用脚本时，如下所示：[status, commandOut] = system('C:/Users/user/AppData/Local/Continuum/anaconda3/envs/tf/python.exe test.py');
或者使用shell命令，我得到了一个导入错误：
commandOut =
'Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\core\__init__.py", line 16, in <module>
from . import multiarray
ImportError: DLL load failed: The specified path is invalid.
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "test.py", line 2, in <module>
import numpy as np
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\__init__.py", line 142, in <module>
from . import add_newdocs
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\add_newdocs.py", line 13, in <module>
from numpy.lib import add_newdoc
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\lib\__init__.py", line 8, in <module>
from .type_check import *
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\lib\type_check.py", line 11, in <module>
import numpy.core.numeric as _nx
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\core\__init__.py", line 26, in <module>
raise ImportError(msg)
ImportError:
Importing the multiarray numpy extension module failed. Most
likely you are trying to import a failed build of numpy.
If you're working with a numpy git repo, try `git clean -xdf` (removes all
files not under version control). Otherwise reinstall numpy.
Original error was: DLL load failed: The specified path is invalid.我已经将默认的Matlab Python版本更改为Anaconda env，但没有更改：
version: '3.5'
executable: 'C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\python.exe'
library: 'C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\python35.dll'
home: 'C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf'
isloaded: 1只运行我的测试脚本而不导入numpy works。重新加载numpy (py.importlib.import_module('numpy');)不起作用，但抛出了和以前一样的错误。
有谁知道怎么解决这个问题吗？
Stack Overflow用户
发布于 2020-04-13 05:45:01
首先，如果您像执行常规系统命令([status, commandOut] = system('...python.exe test.py'))一样执行Python脚本，那么pyversion (和pyenv，因为是R2019b)根本不起作用。只有在使用py.集成时才重要，如下面的代码所示(在大多数情况下，这是一种更好的方法)。
目前(我使用的是R2019b update 5)有许多陷阱，可能会导致类似您的问题。我建议从以下几点开始：
- 创建新的干净的conda环境：
conda create -n test_py36 python=3.6 numpy- 创建以下虚拟
demo1.py
def dummy_py_method(x):
return x+1- 创建以下
run_py_code.m
function run_py_code()
% explicit module import sometimes show more detailed error messages
py.importlib.import_module('numpy');
% to reloads if there would be any changes:
pymodule = py.importlib.import_module('demo1');
py.importlib.reload(pymodule);
% passing data back and forth
x = rand([3 3]);
x_np = py.numpy.array(x);
y_np=pymodule.dummy_py_method(x_np);
y = double(y_np);
disp(y-x);- 创建以下
before_first_run.m
setenv('PYTHONUNBUFFERED','1');
setenv('path',['C:\Users\username\Anaconda3\envs\test_py36\Library\bin;'...
getenv('path')]);
pe=pyenv('Version','C:\users\username\Anaconda3\envs\test_py36\pythonw.exe',...
'ExecutionMode','InProcess'...
);
% add "demo1.py" to path
py_file_path = 'W:\tests\Matlab\python_demos\call_pycode\pycode';
if count(py.sys.path,py_file_path) == 0
insert(py.sys.path,int32(0),py_file_path);
end- 首先运行
before_first_run.m，然后运行run_py_code.m。
备注：
- 正如在this answer中已经提到的，一个关键点是在启动python之前将包含必要的dll文件的文件夹添加到
%PATH%中。这可以通过Matlab语言中的setenv实现。通常，应该添加Library\bin。 - 尝试干净的官方支持的CPython发行版(例如CPython 3.6.8 )可能是个好主意。只安装numpy (
python -m pip install numpy)。根据我的经验，在这种情况下setenv是不必要的。 - 对我来说，
OutOfProcess模式被证明是错误的。因此，我建议显式设置InProcess模式(对于R2019b之前的版本，OutOfProcess选项不存在，并且pyenv). - Do不要将上面的两个
.m文件连接成一个-py.importlib语句似乎是预执行的，因此与pyenv.
冲突
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/50951178
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