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提问于 2014-08-12 08:21:45
我试图在两个文件之间找到相交的行。其中一个文件是'Sample_hg19_mapped.bed‘，另一个'intersect.RData’具有与第一个文件相同的数据。
床铺档案：
chrM 16338 16363 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1112:17158:21371 255 -
chrM 16352 16377 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1102:7906:41988 255 -
chrM 16352 16377 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:2113:18341:36393 255 -
chrM 16376 16401 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1310:14517:85268 255 -RData文件：
HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1310:14517:85268
HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:2113:18341:36393
HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:2113:45341:56393作为输出，它需要给出在RData.file中具有相同值的BED文件行。例如，RData的第一个和第二个值存在于BED文件中，而不存在于第三个文件中，因此在输出中需要这样做：
chrM 16376 16401 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1310:14517:85268 255 -
chrM 16352 16377 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:2113:18341:36393 255 -我用这些代码来管理它：
perl -ane '$f=$F[0].$F[1]; print "$k{$f}$_" if $k{$f}; $k{$f}=$_;' Sample_hg19_mapped.bed intersect.RData但是，匹配的行在屏幕上，我希望它们保留在文件中，但我无法生成输出文件。我试了一次，改变了很多：
####!/bin/bash
perl -ane '$f=$F[0].$F[1]';"Sample_hg19_mapped.bed intersect.RData"
if $k{$f};$k{$f}=$_ {
print "$k{$f}$_";
} else {
print "epic fail";
}
open($f, ">", "output.txt")
or die "cannot open > output.txt: $!";
close $f;
print "done\n";但我犯了很多错误，比如：
/var/spool/slurmd/job2572366/slurm_script: line 3: Sample_hg19_mapped.bed intersect.RData: command not found
/var/spool/slurmd/job2572366/slurm_script: line 6: syntax error near unexpected token `}'
/var/spool/slurmd/job2572366/slurm_script: line 6: `} else {'你能帮我吗？非常感谢
Stack Overflow用户
发布于 2014-08-12 10:49:11
下面的perl一行程序应该可以满足您的需要：
perl -lane'
BEGIN { $x = pop; %h = map { chomp; $_ => 1 } <>; @ARGV = $x }
print if /./ && $h{$F[3]}
' intersect.RData Sample_hg19_mapped.bed- 我们将intersect.RData加载到
BEGIN块中的哈希映射中 - 在主体中，我们检查Sample_hg19_mapped.bed文件中的第三个字段是否存在于散列映射中。如果它这样做了，那么打印这条线。
- 如果输出看起来很好，那么您可以重定向到另一个文件。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/25259411
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