Metafor森林图显示了不正确的优势比置信区间
Metafor森林图显示了不正确的优势比置信区间
提问于 2021-03-25 22:06:11
我正在尝试绘制赔率比和相应的90%置信区间，这是我之前使用brms软件包从比例赔率模型中获得的。我已经制作了包含从模型获得的赔率比(后验样本的中值；x)的向量，以及分别是(ci.lb)和(ci.ub)置信区间上限的向量，并使用以下代码制作了一个森林图：
x <- c(6.587028, 10.67589, 1.578881, 1.396755, 5.447785, 1.852427, 1.828179, 1.725313, 1.526206, 1.993046, 1.191804, 0.7648945)
ci.lb <- c(2.682959, 4.196124, 0.6783311, 0.547960, 2.011936, 0.7649611, 0.7492622, 0.6538183, 0.5299715, 0.8348141, 0.4814904, 0.2945799)
ci.ub <- c(17.843931, 29.200081, 3.7121095, 3.612463, 15.466248, 4.6075681, 4.3162345, 4.3404646, 4.3962568, 4.7397496, 2.9739579, 1.9560032)
forest(x, ci.lb, ci.ub, annotate=TRUE, showweights=FALSE,
header=headers, top=3, steps=5,
refline=0, digits=2L, xlab="Odds ratios",
slab=labels, efac=1, pch=15, col) 然而，我的森林图上的置信区间并不对应于我的ci.lb和ci.ub向量中给出的置信区间。这是我得到的图：
谁能告诉我我哪里做错了？
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2021-03-26 15:27:38
OP显示的森林图来自metafor包，而不是meta包。后者加载metafor，运行forest(x, ci.lb, ci.ub)时使用的函数是metafor::forest.default()。如果您查看此函数(https://wviechtb.github.io/metafor/reference/forest.default.html)的文档，您将看到前五个参数是forest(x, vi, sei, ci.lb, ci.ub, ...)。因此，您将ci.lb和ci.ub向量传递给参数vi和sei，这没有任何意义。所以使用forest(x, ci.lb=ci.lb, ci.ub=ci.ub)来确保这些向量被传递给正确的参数。总而言之，这里的教训不是依赖于参数的位置匹配。
Stack Overflow用户
发布于 2021-03-25 22:23:04
您最有可能使用的是meta包中的forest。如果我加载库，我会得到与您完全相同的绘图：
library(meta)
forest(x, ci.lb, ci.ub)
此函数需要meta类的对象。对于您现在所拥有的，这可能会起作用：
library(forestplot)
studynames = paste0("study",1:length(x))
naming = list(
"study"= studynames ,
"odds ratio[95% CI]" = paste(round(x,digits=2),
"[",
round(ci.lb,digits=2),"-",
round(ci.ub,digits=2),"]")
)
forestplot(labeltext=naming,mean=x,lower=ci.lb,upper=ci.ub)
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/66801178
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