问是否有理由合法的网站使用这种混淆？

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你从答案和评论中得到了很好的信息，但是他们并没有确切地回答这个问题。

使用混淆代码的原因取决于作者。

作者是个混蛋:如果作者正在编写恶意软件，那么使用签名、存在标记、预编译和其他方法，恶意软件检查器可以很容易地解析未混淆的代码。在这种情况下，作者希望恶意软件能够传播，因此，代码被混淆以避免被发现。

(请注意，这是不合法的，所以，没有回答你的问题，但我为后人加上了这个问题)

作者使用的是专利代码:如果作者正在编写专有代码，无论是在java/vbscript中还是在它正在使用的ActiveX库中，模糊代码都是程序员防止普通黑客了解并可能利用、窃取、利用或泄露这些秘密的方法。

作者使用的是秘密函数:如果作者在ActiveX库中编写使用秘密(未发布)函数的代码，则混淆对这些函数的访问可以减少普通黑客对此代码的查看、使用和利用。虽然这是一种危险的做法，但有时程序员使用的是“后门”逻辑--不需要身份验证或昂贵的制衡等等。这种代码有时被称为“调试”代码--一些临时的，或者是在生产中故意留下的，并且“不应该”使用的代码。

作者正在对密码进行硬编码:如果作者编写的代码是受保护信息(密码)的硬编码，那么作者可能想对普通黑客或机器人隐藏这些信息。

作者正在硬编码一封电子邮件:如果作者正在编写一封电子邮件的硬编码代码(例如，作为“联系我们”链接的一部分)，作者可能希望将这一信息隐藏在寻找发送垃圾邮件的机器人面前。

作者使用的是弃用或beta代码:如果作者正在编写代码，该代码使用的是不打算用于常规生产的函数--例如，该代码被弃用或处于beta/alpha中--那么混淆它将减轻试图复制、使用、文档或依赖于此的任何人。在这里，没有人试图伤害别人的电脑，或者窃取代码。

作者使用了触发假阳性的好代码:如果作者编写的代码碰巧有一个通过病毒检查器触发假阳性的签名，作者可能会试图通过混淆代码来减轻这一问题，以免触发警报。这似乎与第一种情况类似，只不过在第一种情况下，作者是恶意的，而在这种情况下，作者并不试图颠覆任何人的系统。

临时黑客:请注意，任何有决心的黑客都会看穿所有这些，并在需要时轻松地解析代码。内容安全通常被视为圣杯。发送给客户端的任何内容在使用之前都必须被解密、解码或去混淆，这就是弱点所在:一旦解密、解码或去混淆，内容就可以访问。