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文章/答案/技术大牛

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有困难要上，没有困难创造困难也要上！

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CentOS上编译运行PKR

打包 node.js gcc 容器

从 https://github.com/ParRes/Kernels 下载最新版本 Kernels-default.zip。

2022-06-05

6490

CentOS8容器管理工具Podman

centos linux 容器容器镜像服务

新年新装的 CentOS8 系统，装完发现没有 Docker 了，后来发现 CentOS8 使用 Podman 作为默认的容器管理工具了，大概看了一下帮助，其实 Podman 的用法几乎和原来的 docker 一样，命令基本都一样。下面就看看 Podman 怎样来管理容器吧。

2020-02-18

1.8K0

minikube中下载镜像错误Couldn't connect: SOCKS protocol error

容器容器镜像服务

在启动 minikube 的时候使用的代理环境变量创建的 minikube 虚拟机，但是在下载或者查询镜像的时候会出错，比如下面两个命令都会报相似错误 "Couldn't connect: SOCKS protocol error"

2019-09-25

6040

Singularity入门之通过镜像定义文件创建镜像

云数据库 Redis 容器

下面以 Redis 数据库为例，主要说说 %startscript 和 %runscript 的区别。

2019-09-25

1.2K0

Singularity入门之持久化Overlay

容器 centos linux

在 Singularity 中运行容器，当容器退出时，对容器做的修改均会丢失，那怎么保存对容器的修改呢？此时我们可以通过 Singularity 的 Overlay 实现。

2019-09-25

1.1K0

Singularity入门之资源限制

在 Singularity 中如果需要限制容器的资源，也可以通过 Linux 的 cgroup 来实现。Singularity 对资源的限制是通过一个 .toml 文件来定义的，Singularity 提供了一个样例配置文件 /etc/singularity/cgroups/cgroups.toml，后面做资源限制的时候可以参考。

2019-09-25

1.1K0

Singularity入门之乱七八糟

容器面向对象编程

Singularity 运行容器的时候默认会使用当前用户来运行容器，但是对于有些由于安全问题必须使用root来运行的容器，默认就是root了，对于这种情况，可以通过 --security 来指定用户来运行容器。

2019-09-25

2.2K0

Singularity入门之运行图形应用

容器 centos linux

要在 Singularity 中运行图形程序需要重新制作一个镜像，使其包含执行图形应用程序需要的环境和程序，这里还是通过 sandbox 的方式来制作一个可以运行图形程序镜像。

2019-08-05

1K0

Singularity入门之通过沙盒创建镜像

在此镜像目录之上运行容器，这里需要使用 “--writable” 选项来使其可写。

2019-08-01

2.7K0

Singularity入门之运行容器

容器镜像服务 shell 容器 linux

和Docker类似，要运行 Singularity 也需要先获取镜像，Singularity 可以从Singularity Hub 或者 Docker Hub 来获取已存在的镜像。

2019-08-01

5.7K0

Singularity入门之通过recipe文件创建镜像

yum 容器镜像服务容器

Singularity中也提供了类似Docker中通过Dockerfile来创建镜像的功能，我们可以把创建镜像的内容写到Singularity文件中，然后使用Singularity这个文件来构建镜像。

2019-08-01

1.2K0

CentOS7系统上使用RapidSVN

svn 容器镜像服务容器

由于公司使用的代码管理工具还是 subversion，每次都命令行使用实在有点不方便，于是乎想到了找一个 Linux 平台的可视化 subversion 工具，因为自己的工作环境的机器基本都是 CentOS7.X，找了几个安装都有问题，最后想到是不是可以用 docker 来实现，这样弄想起来都挺美气的。

2019-04-25

1.2K0

设置Docker允许非root用户操作

容器容器镜像服务

以前写过一篇博客介绍过怎样允许非root用户来访问Docker，当时的方法是将用户加入的docker组里，这样做安全是安全了，但是实在是太麻烦了，对于我这种安全要求不太高的情况，实在是不合适。于是想能不能有啥办法一劳永逸的解决这个问题。你还别说，还真有办法，你们说神奇不。呵呵，就是这么神奇。

2019-03-22

1.9K0

高通量测序数据质控神器Trimmomatic

容器镜像服务容器编程算法

高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。Trimmomatic就是一个高通量测序数据质控神器，可以对测序数据进行过滤。

2019-03-20

1.5K0

使用SPAdes测序数据拼接软件拼装基因组

容器镜像服务容器

SPAdes 是由俄罗斯科学院 St. Petersburg Academic University 与美国科学家合作开发的主要应用于小型基因组如细菌，真菌等基因组测序数据的拼接软件。目前的最新版本 v3.6.2 可以支持常见的 illumina miseq/hiseq 和 ion torrent 测序数据，对单分子测序平台的 pacbio 和 nanopore 的测序数据也能进行拼装，还能进行混合数据的拼装。在 GAGE-B 的测拼里，在 Miseq 平台上的结果获得了最好的评价。

2019-03-20

2K0

三代测序组装工具Canu学习笔记

容器容器镜像服务访问管理

Canu是Celera的继任者，能用于组装PacBio和Nanopore两家公司得到的测序结果。

2019-03-20

2.4K0

使用 Portainer 管理 Docker Swarm 集群

容器镜像服务容器

也可以在命令行通过 docker service 查看 portainer 服务。

2019-02-18

1.6K0

查看Docker镜像仓库中镜像的所有标签

容器容器镜像服务

用 Docker 的人都知道，我们在查询远端镜像仓库中镜像的时候，在命令行只能看到镜像名，说明等信息，而看不到标签。因此，如果我想要查看镜像有哪些标签，就只能通过网页的方式查看，比如通过 https://hub.docker.com/ 查看，这样实在是太麻烦，于是乎，我想是不是可以写个小工具来干这个事呢？答案当然是肯定的。下面就看看怎样实现的吧。

2019-01-28

8.3K1

使用Docker运行spark

容器镜像服务 spark 容器 bash

获取docker镜像 sudo docker pull sequenceiq/spark:1.6.0 运行docker容器 sudo docker run -it --name spark --rm sequenceiq/spark:1.6.0 /bin/bash 运行作业 $ cd /usr/local/spark $ bin/spark-submit --master yarn-client --class org.apache.spark.examples.JavaWordCount lib/spar

2018-07-04

2K0

使用Docker运行hadoop

容器镜像服务容器

获取docker镜像 sudo docker pull sequenceiq/hadoop-docker:2.7.0 运行docker容器 sudo docker run -it --name hadoop --rm sequenceiq/hadoop-docker:2.7.0 /etc/bootstrap.sh -bash 运行作业在上一步命令执行后，我们就进入命令交互模式 # 先看一下是否测试数据已经存在 $ bin/hdfs dfs -ls /user/root/input # 运行作业 $ bi

2018-07-04

1.4K0

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