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RIsearch2使用方法-预测RNA-RNA互作（sRNA的靶基因）
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非编码RNA经常和其它RNAs形成配对（双链）发挥其作用。这些RNA-RNA相互作用都是建立在碱基互补配对的基础上，两个RNA序列之间的高度互补是这种相互作用的强有力预测基础。RIsearch2是RNA-RNA相互作用预测工具，可以在给定的query和target序列之间形成互补定位。使用基于suffix arrays的seed-and-extend框架，RIsearch2可以发现RNA-RNA相互作用关系，这种发现可以基于基因组或转录组。类似之前的 RIsearch，RIsearch2也使用基于di-nucleotides to approximate nearest-neighbor energy parameters的修正Smith-Waterman-Gotoh algorithm算法。然而，不是执行整个序列比对，RIsearch2关注种子区域的完美互补并且向两端延伸。 用户定义的seed and extension constraints 使得 RIsearch2 可应用于所有类型的RNA-RNA相互作用预测。
Y大宽
2018-09-30
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