最近有一个需求关于数据的清理的需求，但是这个需求里面有一个部分有一个部分是特殊，也就是在数据清理中，是需要进行数据的导出和导入的，并确定在导入和导出的过程中，导出数据在导出到清理的整个过程中中不能被改变...配置中会产生什么样的结果，不同的结果开发是否能接受的问题。...MYSQL innodb_lock_wait_timeout =3 和 innodb_deadlock_detect = OFF 的情况 在不同场合下，MySQL 在这两边有不同的设置可能性，在一些早期的...具体什么成因这里就不讨论了，同时这里还有一个不同就是隔离级别，我们在每次测试使用不同的隔离级别来看看会有什么影响。...配置中如果使用的 innodb_lock_wait_timeout =3 的配置的情况下，在很短的时间数据库就能判断出BLOCKED 或死锁，在这样的情况下，无论使用什么隔离级别，那么结果都是一样的，
“人工智能（AI）”一词实际上有两种含义,既指将人类智能构建到计算机中的基本科学探索，也指对大量数据进行建模的工作。无论是在野心上，还是在近年来取得的进展上，这两项行为都是非常不同的。...另一方面，以数据为中心的AI始于20世纪70年代，当时发明了自动构建“决策树”的方法，过去十年中，随着神经网络（现称为“深度学习”）的巨大成功而迅速流行。...首先是不一致性——你可以对同一个问题得到矛盾的答案。其次，GPT-3容易产生“幻觉”：当被问及1492年美国总统是谁时，它会很高兴地想出一个答案。第三，GPT-3是一种昂贵的训练和运行的模型。...AI开发人员也在考虑如何在与物理世界交互的机器人中使用这些见解。AI正越来越多地应用于生物学、化学和其他科学学科，并从这些领域的海量数据和复杂性中收集见解。...其他福利：来自于名企的数据科学工作者，北大清华以及海外等名校学生他们都将成为你在翻译小组的伙伴。
的一个例子。在之前的帖子中，我试图稍作改动，但现在也有一个同样简单的问题 - 按州来计算，计算房利美(Fannie Mae)地产公司所募集的按揭证券的美元总价的新问题。...我将使用与该文章中相同的数据，因此我们可以期待结果能够与前面精确匹配。 The Mapper NIPS文件有一点复杂，因为它们包含许多不同格式的记录（在 这里查看所有格式）。...reducer，所以它可以产生一个输出，并知道它已经被赋予了该关键字代表的所有记录; 陆续传入的记录会按键排序，因此reducer知道，当某个键发生更改时，未更改之前键的所有记录都已在流中遇到过。...在我们的reducer中，有两个变量：一个用于追踪哪个键正在被处理，另一个用于保存来自给定状态的抵押贷款的总的未支付余额。...有关R中的并行计算的更多信息，请查阅 R in a Nutshell，特别是他在本章最后的注明的“在哪里了解更多”部分。
1 与 SAIGE 中的单变量检验相同 Rscript step1_fitNULLGLMM.R \ --sparseGRMFile=output/sparseGRM_relatednessCutoff...SAIGE 中用于 SAIGE 中单变量测试的步骤 1 不同，SAIGE 中仅估计单个方差比 输入文件（与 SAIGE 步骤 1 中的输入相同） 与 SAIGE 在步骤 1 中用于单变量关联测试的输入相同...在每个批注组合中，批注由"："分隔 使用 –maxMAF_in_groupTest 表示以逗号分隔的不同最大MAF 截止值 使用 –maxMAC_in_groupTest 表示用逗号分隔的不同最大MAC...截止值 在示例中，每个集合将应用 9 个掩码，并且将基于柯西组合合并9个p值 默认情况下，将执行 SKAT-O 测试（同时输出 BURDEN 和 SKAT 测试结果）。...使用 –minMAF、–minMAC 和 –minInfo 指定的单个标记的截止值也应用于基于区域/集的分析中 与单变量关联检验相同，可以执行基于条件分析的汇总统计信息（–条件) 在步骤 1 中，如果使用稀疏
具体示例如下： 3.2管道命令 管道命令（pipe）是由多个命令组成的定向处理流程，但与命令的连续执行或判断执行不同，后续命令仅能处理前面命令传来的正确信息，不同命令间使用“|”界定。...该命令还可以产生命令的参数，例如-p可以提醒后面命令的意义，用户可以输入y（yes）或n（no）来选择是否执行： xargs具体参数如下： -n后面加次数，表示命令在执行的时候一次用的argument...3.3软件脚本 在Linux中，可以使用命令充分调用各种软件（脚本）来完成分析任务，也可以将Linux命令整合为shell脚本，这样便于管理与修改。...命令：perl 在Linux中调用perl脚本并输出结果，示例如下： perl perl02.pl 命令：Rscript 在Linux中调用perl脚本并输出结果，示例如下： Rscript r01...，示例如下： 命令：ps 列出当前用户正在运行的程序，示例如下： 列出正在运行的程序及其完整路径： 参数选项含义如下： u：与当前用户相关的进程； x：通常与a参数一起使用，可列出较完整信息（包括程序执行路径
在这样的背景下，DECoN应运而生，开发者在ExomeDepth软件的的基础上进一步修改，主要有以下两点大的改动 新增了检测染色体上第一个外显子区域的变异 在隐马可夫模型中新增了exon之间的距离这一因素...真实数据采用了illumina TruSight Cancer Panel测序的结果，最终鉴定出来24个exon CNV，用MLPA技术进行验证，有23个可以检测到，假阳性率4%，更加详细的评估结果请查看文章中的描述...-exons customNumbering.txt \ --mincorr .98 \ --mincov 100 \ --custom TRUE \ --out DECoNtest 输入文件为第一步产生的...如果所有的样本和exon区域都符合要求，则该命令不会输出结果，如果有不合格的样本和区域，则需要剔除之后在进行操作。...，用法如下 Rscript runShiny.R \ --Rdata DECoNtestCalls.RData 可以查看coverage分布图，cnv calling的结果等信息，示意如下 ?
本篇原创作者：Rj45 x86架构与x64架构 1、x86架构 x86架构是intel开发的一种32位的指令集。...eax,DWORD PTR [ebp+0xc] //将[ebp+0xc]压入eax 8048417: 01 d0 add eax,edx //将eax与edx...中的内容相加赋给eax 8048419: 83 ec 08 sub esp,0x8 //抬高栈帧 804841c: 50...//mov esp,ebp;pop ebp 8048456: 8d 61 fc lea esp,[ecx-0x4] //取[ecx-0x4]中的数据赋给...架构在函数于栈中调用过程的不同之处在于：x86架构下，函数的参数是直接存放到栈帧中的；而x64架构下，函数的参数是通过寄存器传参进入栈帧的。
其中data中包含有各种算法得到的原始数据，包括各种指标，每次运行得到的决策变量值和目标函数值 其中各种tex文件可以使用WinEdit打开，运行即可Ctex安装与运行Ctex入门指南笔记 列表、表格、...公式与图片 R脚本的运行 需要安装R语言和Rstudio 运行以下语句即可 Rscript ZDT.HV.Boxlplot.R Rscript ZDT.HV.Wilcox.R Rscript ZDT.EPSILON.Boxplot.R...这是因为相对地址在我目前的环境下win10+R下读不出来，因此此处换成绝对地址。在java环境中这种写法是正确的的，但是在R语言的环境中，这是有错误的 有两个地方 write("", "....中赋的值，因此在NSGAIIStudy中，应该修改 exp.experimentBaseDirectory_ = "....则此时文件夹下出现同名的tex文件，使用WinEdit即可进行编译 ? 结果发现SBX中的交叉概率对NSGAII算法的性能没有明显性的影响。
://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充，对应的流程图如下 ?...gwas cohort中的样本进行填充，如上图中A所示，对于单个样本，根据其cis-SNPs的基因分析结果，预测对应基因的表达量，然后与表型性状进行关联分析；如上图中B所示，对于大量样本的gwas summary...利用reference panel建模 通过不同的模型，计算cis-SNPs和基因的关系，代码如下 Rscript FUSION.compute_weights.R \ --bfile $INP \ -...，out参数指定输出文件的目录，运行成功后，在输出结果的目录，每个基因都会生成1个后缀为RDat的文件。...输出结果列数很多，官网给出每一列的详细解释 ? FUSION使用的较为广泛，还有人用这个软件分析了很多gwas summary数据，做成了数据库twas-hub, 后续在详细介绍这个数据库。
apply() 系列函数本身就是解决数据循环处理的问题，为了面向不同的数据类型，不同的返回值，apply() 函数组成了一个函数族。...参数上更加精简，处理完成的数据返回的结果集为向量，其定义如下： sapply(X, FUN) 其中 X 是要循环处理的数据，即向量；FUN 是循环处理的函数。...在本机上并行 在本机上处理并行计算的概念很好理解，就是将需要并行处理的任务分配到计算机的多个 CPU 内核中，这也是最常见的场景。继续以“对一个矩阵的行求和”为例，采用并行的方式解决这个问题。...： > system.time(func3(cl, m)) 用户 系统 流逝 3.43 0.47 4.86 测试的结果似乎与想象的有些不同，时间变得更慢了。...在多台计算机上并行与在本机上并行的区别仅在于集群的创建，因此本小节将只介绍集群创建的不同。
最新更新了1.0版，一起来学习下新的软件文档。 总览 简介 SAIGE是与Rcpp一起开发的R包，用于大规模数据集和生物库中的全基因组关联测试。...将为不同的级别创建虚拟变量（独热编码）。...仅适用于不包含样品 ID 的 BGEN 文件） 示例文件包含一列用于与剂量文件中的示例顺序相对应的示例 ID。不包括标头。该选项最初用于不包含示例信息的 BGEN 文件。 less -S ....与步骤 1） 稀疏 GRM 文件中的输入和稀疏 GRM 的示例 ID 文件相同。有关更多详细信息，请参阅步骤 0。 ....GRM 拟合空模型，该 GRM 将使用 plink 文件中的基因型动态计算 （–plinkFile=） 估计步骤 1 中的方差比，该比率将用作步骤 2 的输入 在步骤 1 中使用 2 个 CPU （–n
因为往往为了得到结果，我不得不写长长的脚本，而可能得到的只有短短的结果。 而遇到R 以后，随便调个参数，掉个函数，我就可以在Rstudio 里自由地驰骋在交互的海洋。 如果是费时的命令呢？...其实就是调用Rscript 执行你写好的R 脚本： nohup Rscript ....先看看Rscript 的帮助文档： $ Rscript Usage: /path/to/Rscript [--options] [-e expr [-e expr2 ...] | file] [args...- 博客园 (cnblogs.com)[2] Rscript 可以接受多个args 参数，而在R 脚本中通过commandArgs()这个函数接受这些参数中的变量，接下来就可以通过args<-commandArgs...而通过下标访问args，即可以在脚本中获得这些外来变量。
就像在R 或python 中，我们可以分别使用： system("echo 'test'"); import os; os.system('ls -lh') 既然你有了，那我呢？...> 1+1 [1] 2 这非常的不优雅。 既然Rscript，可以接受脚本进行R 命令运行，那么，我们可否在不书写R 脚本的情况下，直接把内容传递给Rscript 呢？...Rscript from within R 并不好用。似乎Rscript 并不接受来自标准输入的内容来源。...我忽然想到了shell的<()，其可以将结果以文件的形式作为输入传递给其他命令： $ Rscript <(echo "1+1") [1] 2 好了，现在你知道，该如何在命令行中使用python 或R...依然存在缺陷 比如，如果我们想要用管道符传递这样的结果，或者是，我们的shell 脚本中希望使用变量呢？似乎命令行内直接使用其他语言都不是一个明智的决定。
seq 1 5 | parallel --dry-run -j 4 echo echo 3 echo 4 echo 5 echo 2 echo 1 结果是乱序的！...让我们看一下下面的结果： seq 1 5 | parallel -j 4 -k echo 1 2 3 4 5 像其他任何命令一样，我们可以将输出保存到文件中： seq 1 5 | parallel -...这对测试有不同参数组合的命令非常有用： parallel --dry-run -k -j 4 Rscript run_analysis.R {1} {2} ::: `seq 1 2` ::: A B C...2 A Rscript run_analysis.R 2 B Rscript run_analysis.R 2 C 并行化函数 在一些情况下，你想要执行一系列的命令。...这允许我们使用「拆分-应用-组合」策略到该分析中。
FOXD1基因的表达情况 (2) Box Plot：分析一个基因或者isoform或者a multi-gene signature在不同肿瘤样本和正常样本中的表达情况。...也可以对其在某一肿瘤不同亚型中的表达情况进行研究，如下图。 ?...FOXD1基因在BRCA的OS (2) Most Differential Survival Genes: 获得在某种癌症中，与生存相关的基因/isoform列表。...(3) Survival Map: 用heatmap表示多个基因或者isoform在多种癌症中的生存分析结果。 ?...2.比较GEPIA2网站与'自己写代码' 的可视化结果：它们的p-value、F value等还是有些差异，可能是因为我们的数据不太一样，对基因或者样本的过滤标准也不同。
右上角是Controls界面 Basic界面可以设计树的形式，枝长，单击分支可编辑颜色，线条样式，序列名称，在Tree structure中可设置外群等 在Advance中可以显示或隐藏支持率 7.在合并分支选项中可以设置合并分支的阈值...作者选用了与杨树不同生态位（根围土壤、根系、茎、叶子）相关的高丰度菌绘制环形系统发育树。选用在线的iTOL网站进行系统发育树美化。不同环形颜色代表不同细菌门，柱形图代表不同OTUs的相对丰度。 ?...这篇文章中的图就是用iTOL网站进行绘制的！这个网站的使用非常简单，当你上传完树文件后，你只需要把对应的注释文件拖到屏幕上树所在的位置就能自动给你注释的树形结果，简直不要太方便有没有！...当然啦，这里的不同注释方案并不是说要让你去固定的使用某一种，你可以根据自己的需求，灵活搭配使用，最终画出你想要的结果！...比如我们综合使用以上几种不同注释方案，通过在iTOL网站上再对树形，颜色等进行微调，得到的最终效果呈现图： ?
，接着通过操作，将参数都保存在了args 列表中，接着直接通过这个列表对象获取其中的值即可，而且其实这个包也蛮有意思，前后会介绍。...我平时在使用Rstudio 时，常常会因为环境中的变量太多，而目不暇接： 要是能把它们折叠起来就好了。 列表搞定 也就是列表的事情。...argparse包是受到Python中同名包的启发开发的，其用法与Python中接近，可以让我们在跨语言编程的时候更加轻松。...” 也就是说，源代码中，作者的真实目的，其实并不是整理环境中的变量，而是为了方便调用Rscript，这个之前我们也简单介绍过：[[98-R茶话会17-在后台执行R命令]] 回顾一下之前的Rscript...添加参数到之前的对象； parser$parse_args() 调用解析器，获得参数与参数对应的值。
毫无疑问的指向data.table 包中的fread。 它有两个优点： 效率飞速，自带多线程操作； data.table 格式很好地节约内存。 可是，300多G 对我来说还是有些大了。...1.1-逐行读取数据 使用命令readLines，该函数通过与文件建立某种连接，并设置参数n控制每次读取的行数。...而如snowfall 等并行处理的包，似乎无法处理readLines 这种文件链接，在我的测试中，每次并行循环都会重建链接，也就是若干个前N 行的文件。 1.2-将数据拆分 那么该如何来并行呢？...：(13条消息) R语言的稀疏矩阵学习记录_徐洲更hoptop的博客-CSDN博客[2] 3-写成脚本分别投递 在[[98-R茶话会17-在后台执行R命令]] 我们提过用脚本执行R 命令。...如果更大规模的数据量呢？至少我暂时还没有遇到。而且简单的数据处理，linux 中的sed 或awk 也是不错的选择，csvtk 也是一个很好用的软件。 ps：感觉我的这期翻译味好重，奇怪了。
方法一：commandArgs()方法优点：Rbase自带，简单方便缺点：功能不够强大，也不能设置缺省值（但是可以在脚本中通过长度判断设置可缺省最后的连续几个参数，如下所示：如果总参数为5个时允许缺省后...如果不设置参数控制，直接在脚本第一行写一句Args <- commandArgs(T)即可，然后直接Rscript xx.R a1 a2运行脚本，参数a1,a2的值会存储在Args中，脚本中使用Args..., Args[[1]], Args[[2]], Args[[3]], Args[[4]], Args[[5]])终端中运行Rscript xx.R arg1 arg2 arg3 arg4 arg5。...方法二：optparse包方法通过加载optparse包进行参数设置，这种方法类似与python中argparse方法设置参数，如果不是简单的一两个参数推荐这种方法调用参数。..., description = "格式: Rscript %prog [options]\n将清洗好的eset及group文件放在脚本运行目录下的data文件夹中"))if
对于性能，基本上我们用Rserver方式，针对一次1000条或者更少请求的预测，可以控制95%的结果在100ms内返回结果，100ms可以满足工程上的实践要求。...用此种方法也是要提供两个东西，模型文件和预测主类； 如果是Offline（离线）预测的，D+1天的预测，则可以不用考虑第1、2中方式，可以简单的使用Rscript x.R或者python x.py的方式来进行预测...-ne 0 ] then echo "Running RScript Failure" fi # R预测的结果导入Hive表 list1="use tmp_htlbidb; load data local...； 针对realtime数据，我们区分两种类型，一种是历史+实时，比如最近30天的累计订单量，则我们会做两步，第一部分是D+1之前的数据，存成A表，今天产生的实时数据，存储B表，A和B表表结构相同，...时效性不同；我们分别把A表和B表的数据放在Redis上去，然后在SOA里面对这两部分数据实时进行计算； 模型的输入输出数据进行埋点，进行数据跟踪，一是用来校验数据，二来是用来监控API接口的稳定性，
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