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Nat. Biotechnol. | 利用深度学习进行蛋白质同源性检测和结构比对

今天为大家介绍的是来自Kyunghyun Cho和Richard Bonneau团队的一篇论文。在生物技术领域,挖掘序列(sequence)、结构(structure)和功能(function)之间的关系,需要更好的方法来比对那些与已经标注的蛋白质序列相似度较低的蛋白质。作者开发了两种深度学习方法来解决这一难题,即TM-Vec和DeepBLAST。TM-Vec允许在大型序列数据库中搜索结构-结构的相似性。它经过训练,能够直接从序列对预测TM分数,作为结构相似性的度量,无需中间计算或解析结构。一旦识别出结构相似的蛋白质,DeepBLAST就可以仅使用序列信息来结构性地比对蛋白质,识别蛋白质之间的结构同源区域。

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一种基于力导向布局的层次结构可视化方法

在数据结构优化管理的研究中,传统的力导向方法应用于层次结构数据的展示时,会存在树形布局展示不清楚的问题。为解决上述问题,通过层次数据特征分析,提出了一种面向层次数据的力导向布局算法,将力导向布局中不同层次的边赋予不同初始弹簧长度,以解决层次数据中结构信息展示不清楚的问题,然后结合层次上下行、Overview+Detail等交互技术,通过与气泡图的协同,清晰展示层次数据的内容信息,从结构和内容角度对层次数据进行可视化和可视分析。实验表明,能够有效提高层次结构数据的展示能力,最后应用于农产品中农残检测结果数据的分析和观察,取得良好效果。

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