我想数一下没有通过过滤器的字符,并返回这个值。我怎么能这么做?
My exc:在LambdasStreamExercise类中,实现dnaToWeight方法,以从其核苷酸中确定DNA序列串的分子量。在流中实现以下各个步骤:
从DNA.chars()开始创建一个流。这将是一个不代表常规DNA的integers.Filter (挑战:并计算它们),将字符从给定的DNA sequenceConvert转换为字符对象流,将字符转换为核苷酸objectsConvert,将核苷酸对象转换为它们的权重求和,并返回结果(并报告被拒绝的nucleotides)的数量)。
public static doub
我必须建立一个函数,打印DNA片段中最长的回文子串。我已经写了一个函数来检查DNA片段是否是回文本身。请参见下面的函数。
def make_complement_strand(DNA):
complement=[]
rules_for_complement={"A":"T","T":"A","C":"G","G":"C"}
for letter in DNA:
complement.append(rules_for_comple
我需要改变DNA中的核苷酸。所以我想把DA改成DG。我写了下面的程序。该程序部分工作,但我得到以下错误:
Traceback (most recent call last):
File "DNA.py", line 18, in <module>
if NUM != line.split()[5]:
IndexError: list index out of range
我知道我在下面的部分有问题,但我找不到原因。
for line in lines:
if NUM != line.split()[5]:
OT.writelines(
我必须创建一个函数来打印一段DNA中最长的回文子字符串。我已经编写了一个函数来检查一段DNA本身是否为回文。请参阅下面的函数。 def make_complement_strand(DNA):
complement=[]
rules_for_complement={"A":"T","T":"A","C":"G","G":"C"}
for letter in DNA:
complement.append(rules_for_co
我是大学“初学者编程”课程的一名学生。我们这门课的最后一个项目涉及创建一个DNA测序器,它可以从用户输入或txt文件打印DNA序列,计算序列中的核苷酸,将DNA转录成mRNA,并翻译成多肽。我可以打印出序列并计算核苷酸,但当涉及到转录时,我会得到这个错误。 我们的班级在这个项目中使用Spyder。 这是我目前用来转录DNA的代码。 def transcribe(DNA):
mRNA = ""
for i in DNA: # Use a for loop to walk through the DNA data
我一直在下面的代码中得到一个IndexError: string index out of range异常,但我不知道原因。
我应该递归地解决以下问题。
最后,编写transcribe( S )。以下是它的描述:
在一项被称为转录的不可思议的分子壮举中,你的细胞创造了信使RNA分子,它反映了你DNA中核苷酸的序列。然后,RNA被用来制造蛋白质来完成细胞的工作。编写一个递归函数transcribe( S ),它应该以字符串S作为输入,该字符串具有DNA核苷酸(大写字母As、Cs、Gs和Ts)。也许还有其他的字符,尽管它们会被你的转录功能忽略--这些可能是空格或其他不是真正的DNA核苷酸的字符。
我对OCaml完全陌生,所以我在基础知识方面遇到了一些麻烦。对于我的程序,我必须将一个核苷酸与它的补体(G -> C,C -> G,A -> T,T -> A)进行匹配,以便找到双螺旋的另一半。一般的想法是,DNA是由两个互补的螺旋组成的,每个螺旋都是一个核苷酸序列。目前,我正在尝试计算双螺旋的另一半。
到目前为止,我已经用一个枚举来表示核苷酸,并且我已经用一个对应于一个螺旋的核苷酸列表来表示DNA。
type nucleotide =
| G
| C
| A
| T
type helix = nucleotide list
let rec compleme
指南
任务
给定一个DNA链,返回它的RNA补体(每个RNA转录)。
DNA和RNA链都是一个核苷酸序列。
DNA中的4个核苷酸为腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)和胸腺嘧啶(T)。
RNA中的4个核苷酸为腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)和尿嘧啶(U)。
给定一条DNA链,其转录的RNA链是通过用其补体替换每个核苷酸而形成的:
G -> C
C -> G
T -> A
A -> U
规则
输入将始终是字符串或数组/字符列表。
输出应该始终是字符串或数组/字符列表。
在输入无效的情况下,应该以字符串或数组/字符列表的形式输出'Invalid Inpu
我是编程新手,学习Python的时间很短。下面,我试着写一个代码,它计算样本DNA序列中的核苷酸(来自ROSALIND的问题)。
nucleotides=['A','C','G','T']
string='AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC'
for n in nucleotides:
a = string.count (n)
print ("The co
所以我需要翻译DNA,但是我不允许使用任何循环,它必须是递归的。没有循环,我真的不知道该怎么做.因为没有循环,它一次只能打印一个核苷酸。也不允许使用翻译函数。
def one_dna_to_rna(c):
"""Converts a single-character c from DNA nucleotide
to complementary RNA nucleotide
"""
if c == 'A':
return 'U'
if c == 'C':
return '
我正在编写一个函数,它应该通过DNA序列的.fasta文件,并为文件中的每个序列创建一个核苷酸(nt)和二核苷酸(dnt)频率字典。然后,我将每本字典存储在一个名为“频率”的列表中。这是一段奇怪的代码:
for fasta in seq_file:
freq = {}
dna = str(fasta.seq)
for base1 in ['A', 'T', 'G', 'C']:
onefreq = float(dna.count(base1)) / len(dna)
freq
我有一个fasta文件,里面有一个DNA seq我想删除每个密码子中的第三个核苷酸。我想我可以选择第一个2核苷酸在一个细分步骤。
我在R中工作,使用ape和seqinr软件包
>read.dna("test3", format="fasta")-> test3
>test3
1 DNA sequences in binary format stored in a matrix.
All sequences of same length: 888
Labels: XX_00004
Base composition:
a
我正在使用Netbeans 7.4在Perl中编写一个基本的搜索DNA序列脚本。脚本的目的是要求用户键入一串DNA序列,然后,脚本要求用户键入一串核苷酸。最后,如果找到或没有找到类型化核苷酸的字符串,脚本应该打印出来。这是我的脚本的以下代码:
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
sub main() {
print "Please, enter your desired DNA sequence: ";
my $dnaInput = <STDIN>;
chomp($dnaInput);
在R数据框架中,我试图用位置列数将突变的序列DNA核苷酸替换成WT.seq。
以下是我的数据框架
transcript position ref mutation type WT.seq
1 trx1 5 A G substitution ATAAAA
2 trx2 3 C A substitution CCCCCC
3 trx3 7 T C substitution AAAAAATGG
数据框架中的预期输出
transcript position ref mutat
我正在尝试编写一个函数,返回一个生成器,这个生成器可以在DNA序列中k窗口的所有起始位置上迭代。对于每个起始位置,生成器将窗口中的核苷酸频率作为字典返回。
def sliding(s,k):
d = {}
for i in range(len(s)-3):
chunk = ''.join([s[i],s[i+(k-3)],s[i+(k-2)],s[i+(k-1)]])
for j in chunk:
if j not in d:
我在这个问题上被困了很长一段时间了,我需要解决一个学校的作业,已经一个多星期了,我仍然不知道该怎么做。DNA构成了我们基因序列的组成部分。DNA由两条核苷酸链组成。每种核苷酸都是四种可能性之一:
A - Adenine
T - Thymine
C - Cytosine
G - Guanine
结合在DNA序列中,A和T结合,C和G结合。其他组合无效。对于这个分配,您将向用户询问两个序列,然后通过比较序列中相应的位置来返回有效对的数目。换句话说,您将查看每个字符中的第一个字符。如果这些是A&T或C& G,则为有效对。然后,您将转到第二对。您可以
我目前正在做一个项目,我有像[T;A;C;G;G;C;T;A;G;A;T;T;T;A;C;G;C;T;A;A;T;A;T;C]这样的核苷酸的DNA列表,我需要将第一链(“开始”和“停止”)之间的核苷酸转换成它们相应的酸。因此,我需要得到3个核苷酸,然后将它们传递给这个函数: type acid = Ala | Arg | Asn | Asp | Cys
| Glu | Gln | Gly | His | Ile
| Leu | Lys | Phe | Pro | Ser
| Thr | Trp | Tyr | Val | ST
我需要创建一个函数来返回给定DNA序列中的互补序列。例如,如果你使用'AT‘作为参数调用这个函数,它应该返回'TA’。但是,如果DNA序列可以有任意长度,我真的不知道如何创建它。如果互补核苷酸是A=T G=C,我如何开发一个返回互补序列的函数。首先,我想创建一个循环来创建它,但我被卡住了。
这是我的初始代码:
def get_complementary_sequence(sequence):
""" (str) --> str
Return the DNA sequence that is complementary to the
我有"atgactgccatggaggagtc“的DNA序列。问题告诉我把它分解成三胞胎,然后把三胞胎转化成蛋白质。我有这样的密码。然而,在最后只有两个核苷酸,所以我不能用它做三重奏。如果三胞胎中没有三个核苷酸,我如何告诉Python列出"-“?
DNA ="ATGACTGCCATGGAGGAGTC"
codon=[DNA[i:i+3]
for i in range(0,len(DNA),3)]
print(codon)
def translate(codon):
table = {
'ATA':'