参考教程:单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)
此处的E:/develop/handmake_install_packages请更改为你本人安装这几个软件包的路径,如果直接复制windows的路径,记得改右斜杠“\”为左斜杠“/”
今天做项目 IDE 需要用到 Eclipse,许久未用发现我用的还是 2019 年 9 月份的版本,程序员强迫症,所以得更新一下,当我来到 Eclipse 官网寻找版本的时候发现,咦什么时候有 R/RC1/M3/M2/M1 Packages 这么多选项,可能是我之前没有注意到,那它们各有什么意思呢?我们下载的时候该如何进行选择呢?本文为你答疑。
写在前面: 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源,为了博人眼球,而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。 当然了,R包本来就是免费的,你只是不会下载而已,所以重新发下这篇优秀的文章,教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包,一定要在写文章的时候引用,尊重别人的劳动。 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决
最近需要在内网的windows环境下部署R分析平台,内网遇到的最大困就是安装R语言的软件包和对应的依赖包。
通过漏洞扫描工具检测OpenSSH < 4.9“ForceCommand”指令绕过(CVE-2008-1657)、OpenSSH 用户名枚举漏洞(CVE-2018-15473),现要求修复该漏洞。(公众号:释然IT杂谈)
写在前面: 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中,我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。学习R语言必然会安装各种各样的包,很多人在这一步就遇到了困难, 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决方案。 当然,你不一定现在就会遇到,但是如果你遇到了,请记住
通常我们在下载 python 包时都会选择清华源或者阿里源。但是当我们的开发环境无法访问外网的时候,就需要搭建私有源。今天我们就一起花 5 分钟时间学习如何搭建一个本地私有源。
本文中涉及到的安装包可以在官网下载到,速度比较慢,为了方便大家,我已上传到百度网盘,资源列表如下:
我不生产知识,我只是知识的搬运工,以下内容是源于 B站 – 徐州更 的安装教程:可能是最好的R语言安装指南哔哩哔哩bilibili
TCGA数据,指癌症测序数据,TCGA的全称为The Cancer Genome Atlas,癌症基因组图谱(TCGA)是美国国家癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI)已生成的33种癌症的基因组的关键变化全方位,多三维地图之间的合作的TCGA数据集,其包含基因组数据的两个以上的PB的,已取得公开可用,以及该基因组信息有助于癌症研究界,提高预防,诊断,和治疗癌症。
使用默认方法安装相关R中文文本挖掘包(tmcn、Rwordseg、Rweibo)时,会出现安装失败。合适的方法是:通过源代码安装相关包的程序:手工下载源代码及其依赖,然后编译安装。 首先是基础性的tm包。tm包是R文本挖掘的通用包。直接使用install.package即可安装。本帖隐藏的内容 1 install.packages("tm")tmcn、Rwordseg、Rweibo是李舰等人开发的中文文本挖掘包。三个网页(官网)中提供了包说明与安装方法。但经测试,其中的安装方法不可用。正确的安装方法
GO的命令go get让我们可以方便快捷的从网络中下载或更新Go语言包及其依赖文件,并将他们编译和安装。
opkg 不同的版本存在不同的配置文件,一般常用的是 /etc/opkg.conf 、/etc/opkg/customfeeds.conf 和 /etc/opkg/distfeeds.conf三个。这三个配置文件将会影响opkg运行时软件资源的取向,opkg软件源定义在/etc/opkg/distfeeds.conf(更新/etc/opkg.conf并没有作用)文件中,包含软件源索引的目录路径。下面就软件包升级进行简单的介绍。
在R包版本依赖有误、新版R包存在bug或者新版R包函数重大更新导致自己代码报错等情况下,一个可选的解决方案是安装特定的旧版本的R包来解决。
系统版本:Red Hat Enterprise Linux Server release 7.3 (Maipo)
使用默认方法安装相关R中文文本挖掘包(tmcn、Rwordseg、Rweibo)时,会出现安装失败。合适的方法是:通过源代码安装相关包的程序:手工下载源代码及其依赖,然后编译安装。 首先是基础性的tm包。tm包是R文本挖掘的通用包。直接使用install.package即可安装。 install.packages("tm") tmcn、Rwordseg、Rweibo是李舰等人开发的中文文本挖掘包。三个网页(官网)中提供了包说明与安装方法。但经测试,其中的安装方法不可用。 正确的安装方法为: 先下载tmc
Rwordseg、Rweibo、tm的安装 使用默认方法安装相关R中文文本挖掘包(tmcn、Rwordseg、Rweibo)时,会出现安装失败。合适的方法是:通过源代码安装相关包的程序:手工下载源代码及其依赖,然后编译安装。 首先是基础性的tm包。tm包是R文本挖掘的通用包。直接使用install.package即可安装。 1 install.packages("tm") tmcn、Rwordseg、Rweibo是李舰等人开发的中文文本挖掘包。三个网页(官网)中提供了包说明与安装方法。但经测试,其中的安
在项目中使用 NuGet 作为第三方类库管理器是非常方便的, NuGet 默认会在解决方案的目录下建立一个名为 packages 的目录, 把解决方案所需的第三方类库都放到 packages 目录下, 解决方案下所有的项目都引用 packages 目录内的类库, 对于单个解决方案来说, 非常不错。
今天换了台电脑,就把笔记本上的项目拷贝到了台式机上, 但是我没有拷贝解决方案整个文件夹,因为其中项目太多了,我就把其中一个项目的文件夹直接拷贝到电脑上,然后就出现了下面的情况。
Logstash 是一个 Java 程序,当作为收集日志的 Agent 时,显得太臃肿了。这时需要一个轻量级的日志收集 Agent,其实可以先看看官方是否提供相关的 Agent,现在的需求是收集特定的日志文件, 官方提供了这样的工具:Filebeat,官方给 Filebeat 的定义就是轻量级的日志收集工具。
通过 NuGet 安装包时,NuGet 先将包下载至一个统一的目录,默认路径是:C:\Users\用户名\.nuget\packages
在内网环境中,ubuntu下离线apt-get 源。 制作apt-get离线源 下载所需安装的软件包 # 使用如下命令,系统将会下载安装包到/var/cache/apt/archives下 sudo apt-get install -d <packages> 拷贝软件包 sudo mkdir /offline-apt-packages sudo chmod -R 777 /offline-apt-packages sudo cp -r /var/cache/apt/archives /offline
假如你不使用bioconductor的镜像但是你又在中国大陆地区,就会遇到下面的报错;
我的是centos7 ,那么在这个网站页面下寻找,按上面的关键字 http://mirrors.163.com/centos/7.7.1908/os/x86_64/Packages/
1、删除现有Python [root@test ~]# rpm -qa|grep python|xargs rpm -ev --allmatches --nodeps ##强制删除已安装程序及其关联 [root@test ~]# whereis python |xargs rm -frv ##删除所有残余文件 ##xargs,允许你对输出执行其他某些命令 [root@test ~]# whereis python ##验证删除,返回无结果
一、Python包管理工具 Python包管理工具,可以很方便的安装第三方模块
gitlab 不支持大版本之间直接升级,需要升级到当前版本的最新版本,然后再升级下一个版本。 升级版本次序为: 8.8.5 -> 8.17.7 -> 9.5.10 -> 10.8.7 -> 11.3.4->11.11.8 -> 12.0.12 -> 12.1.17 -> 12.10.14 -> 13.0.14 -> 13.1.11 -> 13.8.8 -> 13.12.15 -> 14.0.12 -> 14.6.2
java中使用jar包来封装有用的功能,然后将其分发到maven仓库中,供其他人使用。同样的在dart中也有类似的概念叫做packages。packages就是可以用来共享的软件包,可以包含libraries和tools。
centos7的服务器,没有yum,没有wget命令真的寸步难行,经过总结和查询,现在算搞定了,把经验总结一下,以免大家再浪费时间去找原因;
R 语言官网:https://cran.r-project.org/,进入 R 语言官网,Downloade R for Windows。
打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…”
提示:本环境方便测试,将服务器地址添加至hosts,生产环境在有DNS情况下可跳过。
python的pip是其包管理工具,相当方便好用。本文只介绍pip 如何通过其freeze命令打离线包,及其离线包的安装脚本。这个知识点,特别适用于不适合连通互联网,设备需要物理隔绝,保密要求严格的客户环境。
提取的转化后的eSet格式为ExpressionSet 可以被Biobase(R包)提取。(狭义的对象,是被R包的作者定义的)。
Go 语言环境安装 下载安装包 https://golang.google.cn/dl/ CentOS安装为例: 1、下载源码包:go1.4.linux-amd64.tar.gz。 2、将下载的源码包解压至 /usr/local目录。 tar -C /usr/local -xzf go1.4.linux-amd64.tar.gz 3、配置GOPATH、GOROOT环境变量: vi /etc/profile添加以下几行在文件末尾 export GOROOT=/usr/local/go export GOPA
下载 elastic 所有软件的 下载地址 创建仓库 [root@h102 ELK]# vim /etc/yum.repos.d/elk.repo [root@h102 ELK]# cat /etc/yum.repos.d/elk.repo [logstash-2.1] name=Logstash repository for 2.1.x packages baseurl=http://packages.elastic.co/logstash/2.1/centos gpgcheck=1 gpgkey=h
如果要在腾讯云上运行es_rally, 在我看来,用docker是最方便的,可以省去很多麻烦事。如果不想用docker,要自己安装的话,可以参考以下几篇文章:
在命令行运行下面的命令,如果是root帐号,请去除sudo,其他系统参考 > Install R
openwrt系统一个很爽的地方就是可以通过网络安装ipk包, 编辑 /etc/opkg.conf 修改相应地址即可 具体修改为 src/gz barrier_breaker http://downloads.openwrt.org/snapshots/trunk/oxnas/packages 改为 src/gz barrier_breaker http://(ip或域名):(端口)/packages 主要是修改packages前面部分,能让openwrt系统找到pa
因为云服务器系统被挖矿程序占领之后,开始想尝试将其删除,但是技术不过关,删除之后又重新运行了,没办法只有把重要的代码和数据备份之后,将服务器重置了系统。然后在重新配置安装nginx的时候,误删除了yum。尝试解决办法的时候,又把python2删除了。T.T。只有重新安装python2和yum。找了一圈安装方法,他们的一些源的位置,都已经移除了。发现一个博主写的,还可以。我在这里在总结一下。博主地址: https://www.cnblogs.com/wangjunjiehome/p/9239005.html
使用opkg0.3.5版本,原buildroot自带是opkg0.3.0版本,opkg0.3.0版本不支持.gz文件的解压,所以需要升级到opkg0.3.5版本。
Python中有哪几种方法安装第三方模块,安装Python第三方模块的方法有很多,这里介绍三种方法安装第三方模块。
Python包的基本脚手架是一个包含与用户交互的代码的__init__.py文件。
今日研究的基于openwrt安装python,遇到几个问题,硬了折腾了个上午才弄好,还是记录下这苦逼的岁月。 1、一部分是opkg源的问题,在网上重新搜索新的opkg源进行配置,以下是我配置的opkg源,可以提供参考下。在/etc目录下 dest root / dest ram /tmp lists_dir ext /var/opkg-lists option overlay_root /overlay src/gz barrier_breaker_basehttp://downloads.openwrt.io/barrier_breaker/14.07/ramips/mt7620n/packages/base #src/gz barrier_breaker_lucihttp://downloads.openwrt.io/barrier_breaker/14.07/ramips/mt7620n/packages/luci src/gz barrier_breaker_packageshttp://downloads.openwrt.io/barrier_breaker/14.07/ramips/mt7620n/packages/packages #src/gz barrier_breaker_routinghttp://downloads.openwrt.io/barrier_breaker/14.07/ramips/mt7620n/packages/routing #src/gz barrier_breaker_telephonyhttp://downloads.openwrt.io/barrier_breaker/14.07/ramips/mt7620n/packages/telephony #src/gz barrier_breaker_managementhttp://downloads.openwrt.io/barrier_breaker/14.07/ramips/mt7620n/packages/management src/gz barrier_breaker_oldpackageshttp://downloads.openwrt.io/barrier_breaker/14.07/ramips/mt7620n/packages/oldpackages 2、opkg update opkg install
这一步相对简单,网络上面有很多的链接下载。这里贴一个ubuntu的官方网站链接,可以下载到ubuntu 16.04的iso文件
如果你正在使用支持 R 的图形界面软件,应该存在通过菜单栏方式安装 R 包的选项(例如,常用的 Rstudio 中,可以点击菜单栏 Tools 中的 Install Packages… 进行 R 包的安装)。这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包,如下所示:
建议使用 NVM 对Node进行管理,在安装Node之前可以先安装好NVM,下面几种安装方式任选其一即可。
在R语言的广泛包中,大部分可以直接install.packages()直接命令安装,但是有些包安装过程比较复杂,例如'lightgbm,ggplot2所依赖的‘rlang’包,devtools所依赖的‘pkgload’,这三个包是我目前经常遇到的需要编译的包,安装过程比较复杂且慢。
前面两期我们分别介绍了DEapp的理论(零代码差异表达分析, DESeq,limma,edgeR一网打尽)和实践(零代码差异表达分析——手把手带你GEO实战)。想必大家已经对DEapp有所了解了。我前面介绍过DEapp是一个做差异表达分析的网络工具,其实它是用R shiny写的一个网络工具。关于shiny的介绍可以参考我前面一篇文章。
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