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沙龙
1
回答
使用
PCA
按类别着色
的
标签/点
r
、
plot
我正在使用prcomp在R中进行主成分分析,我想用两个类别的
不同
颜色
的
文本标签来绘制我
的
PC1和PC2,我用以下方法绘制:然后用我尝试过
的
不同
颜色来绘制所有文本: text(
pca
$x[,1][1:18],
pca
$[,1][1:18], labels=rownames), col=&qu
浏览 8
提问于2013-12-12
得票数 1
1
回答
R中主成分分析(
PCA
)
的
一般问题
r
、
pca
我想在R中生成一些很好
的
PCA
图
,就像往常一样,在R中,有几种方法可以进行主成分分析。到目前为止,我发现了3种计算组件
的
不同
方法和3种绘制它们
的
方法。我想知道,熟悉这些功能的人是否能给我一些关于如何最佳组合功能
的
建议,以产生以下情节: 我对R中用于
PCA
的
函数和
图
<
浏览 2
提问于2012-07-26
得票数 1
1
回答
不同
的
PCA
图
python
、
r
、
pca
我试着用python学习
pca
(使用虹膜数据集),我得到了一些结果,所以我想测试一下结果,以确保它是从零开始
的
。我检查了结果,它给了我一个python
的
镜像图(在y轴上),以及一些值中
的
负号(python: 140,1=0.1826089,r141,2=-0.1826089python计数为零)。=p.
PCA
().fit(data)plt.scatter(pcaData[:,0],pcaData[:,1]) print(pcaDa
浏览 13
提问于2019-05-22
得票数 1
1
回答
PCA
降维
r
、
pca
我试图为文件中
的
所有SNP绘制一个VCF文件
的
三个值(QUAL、DP和分阶段速率)。有人会建议将三个
不同
尺度
的<
浏览 0
提问于2022-03-16
得票数 2
回答已采纳
1
回答
PCA
分析去除质心
r
、
pca
、
factoextra
我正在使用fviz_
pca
_ind使
PCA
图
如下所示。fviz_
pca
_ind(res.
pca
, geom="point", pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95我想删除质心,但保持
不同</
浏览 5
提问于2017-10-27
得票数 3
回答已采纳
1
回答
颜色
PCA
取决于预定义
的
组?
r
、
pca
我有一个问题,当我尝试在一些基因表达数据上做
PCA
图
时,我使用下面的代码来绘制它,但我想根据组织所属
的
类别来绘制
不同
的
颜色。cor=TRUE)我
的
数据格式为Gene1 1 2 3Gene3 3 4 5 我总共有116个
不同
的
组织,
浏览 0
提问于2013-05-21
得票数 3
1
回答
从一个数据中创建4个分散子
图
python
、
matplotlib
、
scatter-plot
、
subplot
我有包含观察结果
的
数据库,然后对每一项
PCA
分析--
PCA
1和
PCA
2 --进行了
不同
日期
的
计算: 我
的
目标:根据这些日期创建4个分散子
图
,并根据列“line_leg”将它们涂上
不同
的
颜色。我到目前为止所做
的
事:fig, axes = plt.subplots(nrows=2, ncols=2,figsize=(16, 10))并试图用这种方式画出斧头+
浏览 2
提问于2020-03-11
得票数 0
回答已采纳
1
回答
具有树状
图
的
扫描相关矩阵
python
、
matrix
、
pearson-correlation
、
scanpy
我试着使用我自己
的
RNAseq数据集,重新创建scanpy教程中描述
的
关联矩阵。scanpy中
的
相关函数是:sc.pl.correlation_matrix,而
图
如下所示:这里
的
主要问题是:如何计算
不同
细胞类型之间
的
Pearson相关性,而每种细胞类型
的
矩阵大小却是
不同
的
那么,如何计算这两种细胞类型之间
的
相关性呢? 此外,计算两个矩阵之间
的
相关性,会产生另一个矩阵(而不
浏览 10
提问于2022-03-06
得票数 0
回答已采纳
1
回答
绘制多维K-means聚类NLP python
python
、
nlp
、
k-means
、
scatter-plot
、
dimensionality-reduction
我有一个为NLP分类器设计
的
多维向量。,但我不确定这个
图
看起来是否正确。from sklearn.decomposition import
PCA
plt.title("Clusters")plt.show()这对于基于NLP
的
集群来说
浏览 14
提问于2018-08-29
得票数 0
1
回答
matlab PLS工具箱与R
的
主成分分析
pca
我在软件上有两个选择- matlab中
的
PLS工具或R中
的
素食包。在R中,我输入我
的
标准化(相对丰度)文件,并在素食包中使用rda:biplot(
pca
) 我注意到PLS工具给你提供了选择均值居中
的
选项,有了这个选项,
不同
软件
的
PCA
图
看起来完全
不同
。我在一些网站上读到,我们应该总是对
PCA
做均值居中,有没有什么方法可以让我也对R做均值居中
浏览 5
提问于2013-12-04
得票数 0
1
回答
为什么我
的
princomp绘图在没有返回错误
的
情况下仍然是空
的
?
r
、
plot
、
pca
Princomp已用于汇总大型数据集,摘要、屏幕
图
和加载都是有效
的
,并且所有代码都是从早期
的
pca
中重复编写
的
。绘图
的
代码也非常相似,当它运行时,不会返回错误,但绘图是完全空
的
。Plot_chars.abio.
pca
<-princomp(Plot_chars_standardised[,4:12]) Plot_chars.abio.
pca
$load
浏览 21
提问于2019-02-13
得票数 0
1
回答
有没有一个R函数可以让我把两个
图
组合起来?
arrays
、
graph
、
pie-chart
、
pca
我不想做任何复杂
的
事情,我只想把饼
图
和
PCA
图画在一起。我想要比
PCA
图
更大
的
piechart。 我想用两个
PCA
图
或用fviz_
pca
_biplot绘制饼
图
。下面是
PCA
: principal4<-
PCA
(ExpertWine2,scale.unit = T,ind.sup = NULL,quanti.sup =29:30,quali.sup =1,graph= T,axe
浏览 13
提问于2021-04-08
得票数 0
2
回答
如何用FactoMineR创建一个双情节?
r
、
ggplot2
、
pca
我想双写
PCA
(mydata)
的
结果,这是我用FactoMineR做
的
。看来,我只能用内置
的
绘图装置显示变量或个人:有办法吗?我在某种程度上看到了它是用完成
的
,但同样只使用princomp()<e
浏览 1
提问于2014-03-13
得票数 2
回答已采纳
1
回答
R中prcomp对象
的
子集
r
、
pca
我基本上是在计算一组变量
的
PCA
,一切都很好。假设我是以虹膜数据为例,但我
的
数据是
不同
的
。<- iris[, 5]g <- g +
浏览 4
提问于2016-05-25
得票数 3
1
回答
用颜色划分
PCA
图
r
、
ggplot2
、
pca
我有一个106×105数据集,在106行中.73为a型,33为b型,列指105个
不同
的
基因。我使用以下命令在dataset上运行
PCA
:plot(
pca
1$x, pch = 20) groups <- c(rep(1,73),rep(2,33)) qplot(
pca
1
浏览 2
提问于2013-10-09
得票数 0
回答已采纳
1
回答
从R中
的
PCA
坐标创建热
图
r
、
matrix
、
heatmap
、
text-mining
、
pca
我想在一个变量上创建一个针对其自身
的
热
图
。但是,我没有矩阵格式。我有每个项目的
PCA
1和
PCA
2坐标,我想知道如何在此基础上创建热
图
。这是我
的
数据
的
样子(其中cluster是k-means聚类分类)echocardiography0.72 -0.02 3 hemorrhag
浏览 13
提问于2017-06-24
得票数 0
回答已采纳
1
回答
PCA
双图一变量显示R
r
、
pca
我对5个
不同
样本
的
45000个基因进行了主成分分析(
pca
),当我进行双写时,我看到
的
只是大量
的
文本(响应观察名称),而无法看到样本
的
位置。是否有一种方法只绘制样本
的
位置,而不是在双情节中绘制观测结果?使用来自R
的
内置数据
pca
1 <- prcomp(usa) 这产生了一个双
图
,其中所有的状态(观察名)重叠<em
浏览 1
提问于2014-08-11
得票数 1
回答已采纳
1
回答
如何将scree绘图比例设置为与主成分相同?
r
、
ggplot2
、
plot
、
tidyverse
、
pca
我使用这个命令行制作了一个Scree
图
,其中
的
第一个维度显示了大部分变化。res.
pca
<- prcomp(log2(src1+1), scale. = TRUE)plot1 <- fviz_eig(res.
pca
) plot1 ? 0.07124431 0.06996434 0.06759544 0.06335228 0.06141117 0.06091347 0.05944077 0.05849182 0.05754510 我
的
PCA</
浏览 26
提问于2020-04-01
得票数 2
回答已采纳
1
回答
R中
的
PCA
: prcomp和置信度椭圆
r
、
pca
我最近在R中使用prcomp()函数运行
PCA
,现在我需要(客观地)确定我
的
两个
不同
组中
的
哪些样本是异常值,应该从进一步
的
分析中删除。我以前见过
PCA
图
,其中置信度/方差椭圆(不确定术语)放在样本周围,而不是那些被认为是异常值
的
(例如,假设距离集群质心超过3个标准差)。我如何在R中实现这样
的
东西呢?注意:我看了一下,但仍然不清楚data.ellipse将如何用于PC1与PC2
的
投影
图
。感谢
浏览 1
提问于2013-01-11
得票数 5
回答已采纳
1
回答
R中因子
的
集合颜色
r
、
ggplot2
我试图用ggplot2制作两个散点图,它们将有
不同
的
分组,但我希望两个元素/组
的
颜色在两个图中保持不变。下面的代码根据顺序产生
不同
的
颜色。Coronary", "Pulmonary", "Vein", "Vein")PC2<-sample(x=1:10, size = 7)
pca
<-data.frame(type, PC1, P
浏览 3
提问于2020-01-24
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