我这里的ubuntu的环境是18.10。通过上面的表格可以了解到我这里是支持安装的。
设置Docker存储库 # 更新apt包索引: sudo apt-get update # 安装包以允许apt通过HTTPS使用存储库: sudo apt-get install \ apt-transport-https \ ca-certificates \ curl \ software-properties-common # 添加Docker的官方GPG密钥: curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubun
Docker Engine - Community 支持上 x86_64(或 amd64)armhf,arm64,s390x (IBM Z),和 ppc64le(IBM的Power)架构。
最近人工智能、深度学习、机器学习等词汇很是热闹,所以想进一步学习一下。不一定吃这口饭,但多了解一下没有坏处。接下来将学习到的一些知识点做一下记录。
elementary OS 6 基于Ubuntu 20.04 LTS,专注于改善用户体验,有暗模式体验,是最漂亮的 Linux 发行版之一,下一次升级可能是一个巨大的改进。
突变模式分析(Mutual Signature Analysis)已经逐步成为变异检测后一个通用分析,本文简单介绍如何使用sigminer进行突变模式分析,以解决2大分析任务:
COSMIC 是通用软件度量国际联盟的简写(Common Software Measurement International Consortium,COSMIC),它成立于1998 年,是一个由全球软件度量专家组成的非盈利自愿性组织,致力于软件规模度量方法的研究与推广。2002 年1月COSMIC 所推出的全功能点规模度量方法成为了 ISO 的标准,最新标准为 ISO/IEC 19761:2011“软件工程—COSMIC—功能规模度量方法”。
如果您不喜欢 Ubuntu 的 GNOME 桌面主题,您可以尝试在 Ubuntu 之上选择不同桌面环境的官方版本。
经过六个月的开发,Canonical 正式发布了代号为 “Eoan Ermine” 的 Ubuntu 19.10,此版本带来了许多新功能,包括姗姗来迟的 ZFS 文件系统。
Warp 是一款现代化的终端工具,最初在 MacOS 上发布后备受好评。自从上线以来,Linux 支持一直是 Warp 的最高票功能请求。现在,Linux 用户可以在 Ubuntu、Fedora、Arch Linux 或 RedHat 等发行版上安装 Warp。
癌症相关的体细胞位点,是整个网站的核心,收录了来自不同研究机构和数据库的体细胞突变数据,并提供了方便的浏览,检索,下载功能。
还有IAR的编辑环境,其实IAR的功能可能更加的强大一些,但是哪个收费还得破解,而且现阶段也不是挑工具的时候。先安装官方的软件来进行学习。
COSMIC,即:Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer。官网:
COSMIC 方法定义了测量一个软件的标准功能大小的原则、规则和过程。“功能大小”是用用户可以理解的术语表达的功能量的度量。功能大小通常由需求决定,但也可以从其他软件制品(例如设计、安装的系统等)中反向估算。
前面我们详细讲解过,sanger研究所科学家【1】提出来了肿瘤somatic突变的signature概念 ,把96突变频谱的非负矩阵分解后的30个特征,在cosmic数据库可以学习它。不同的特征有不同的生物学含义【2】,比如文章【3】 就是使用了 这些signature区分生存!主要是R包deconstructSigs可以把自己的96突变频谱对应到cosmic数据库的30个突变特征。
对wgs数据的somatic突变文件自己推断denovo的signature,可以使用SomaticSignatures 包的identifySignatures函数,这个教程我在生信技能树分享过:使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断,比如:0元,10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 这个文献,研究者就是使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断,拿到了11个自定义的signature。
先举个例子,大家很熟悉的Windows里面含有内核,也含有UI系统,含有桌面程序,普通人可以直接使用Windows。但是Linux仅仅是一个内核(它提供进程管理、文件系统等概念),必须在Linux之上安装各种APP,普通人才可以使用。基于Linux内核制作出来的完整系统有Ubuntu、debian等等,普通人可以直接使用这些完整系统。
新的一年开始了,今天给大家介绍一款用于发现、预测和探索突变特征的综合分析工具包musicatk。此包主要基于COSMIC突变数据中的最新数据进行肿瘤突变模式的探索。我们首先看下包的安装:
在进行融合基因的分析时,我们会想要知道哪些融合基因是别人已经发现并证实过的,对应的疾病等信息,借助已有的融合基因的数据库可以实现,常用的数据库有以下几个
今天给大家带来的是signature分析的R包“YAPSA”,让大家在分析signature的时候多一个选择,增加绘图展示的多样性,最重要的是让你的老板知道你有多优秀。
多款腾讯云产品免费体验:https://cloud.tencent.com/act/free?from=20863 最近收集了一些4k杜比视界的资源,于是想搭建自己的媒体服务器,考虑到NAS维护麻烦、
本来呢,pearson,kendall以及spearman这3个相关性公式就让人头疼了,但是最近我在教程:比较不同的肿瘤somatic突变的signature 发现两个不同算法的signature的相似性并不是和文章完全一致,原因是作者使用了一个cosine similarity(余弦相似度)的概念。
突变模式(印记)分析(mutational signature analysis)目前已经成为变异检测后一个重要分析流程,它能够揭示癌症组织样本受哪些内外界因素的影响以及其贡献大小。
COSMIC是一种主流的软件功能规模度量方法,其原理是通过识别“数据移动”的个数来度量软件规模,每个数据移动计为一个COSMIC功能规模单位(CFP),四种数据移动类型分别为:输入(Entry)、输出(eXit)、读(Read)和写(Write)。
在功能点方法的发展演进中,共有5种功能点方法被ISO国际标准组织接受成为了ISO国际功能点标准。这五种方法分别为IFPUG、MARK Ⅱ、COSMIC、NESMA和FiSMA方法。目前在全球使用功能点方法的企业中,超过90%使用IFPUG/NESMA方法,而NESMA方法中详细功能点方法与IFPUG方法基本等效。 国际5大ISO功能点方法标准发展简介:
目前市面上用的比较多的服务发现中心有:Nacos、Eureka、Consul和Zookeeper。
本文的目标读者是从事软件行业想快速了解软件开发过程工作量评估的人员。软件工作量评估方法很多,如代码行法、类比法、WBS、故事点、用例点、NESMA、FPA、cosmic、COCOMOⅡ等。本文只是选取主流评估方法进行简述,每一种方法在实际操作过程中有若干条计数规则,在此并未阐述,并不能作为评估工作的实施指南。实际使用方法时,需以各方法发布机构发布的官方文档为准。
dbSNP是由NCBI提供的,在这个数据库,可以查看是否有人已经发现了你的变体。dbSNP不仅包含SNPs(单核苷酸多态性),还有很多其他的变异,如短删除、插入和多核苷酸多态性。dbSNP中的数据有两种主要类型:由用户提交,可以通过“提交的SNP”(ss)标识符来识别;由多个提交的数据和来自其他来源的数据组合而成的数据,可以通过“reference SNP” (rs)标识符识别。
那么问题来了,目前网上有些程序对接腾讯云的cos需要在程序里面录入密钥信息不安全怎么办,那么为了安全应该怎么做呢?我在查找资料的时候知道了腾讯云还有个COSFS的东西,通过这个软件就可以把你的cos盘挂载到你主机的目录上。注意:该方法不适合那种高并发的需要进行大量IO读写的操作。COSFS 基于 S3FS 构建, 读取和写入操作都经过磁盘中转,仅适合挂载后对文件进行简单的管理,不支持本地文件系统的一些功能用法。
exFAT (Extended File Allocation Table) 是一个微软为闪存设备例如 SD 卡和 USB 可移动磁盘优化的专利文件系统。它被设计为替换存储单个文件不能超过 4G 的老旧的 32 位 FAT32 文件系统。
Wine 4.4是一个在Linux上运行Windows应用程序的开源兼容层的新开发版本,它是在近期发布的。
上次通过deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature !学会了如何利用deconstructSigs-R包进行mutation signature分析。
有这个想法很久了,我教了很多人如何批量下载TCGA数据,以及分析各个癌症的somatic突变信息以及TMB,还有突变的特征频谱。
Docker CE 可以安装在 64 位的 x86 平台或 ARM 平台上。Ubuntu 发行版中,LTS(Long-Term-Support)长期支持版本,会获得 5 年的升级维护支持,这样的版本会更稳定,因此在生产环境中推荐使用 LTS 版本。
Anbox 是 “Android in a box” 的缩写。Anbox 是一个基于容器的方法,可以在普通的 GNU/Linux 系统上启动完整的 Android 系统。
WindTerm 是一个专业的跨平台 SSH/Sftp/Shell/Telnet/Serial 开源终端,采用 C 语言编写,完全免费用于商业和非商业用途,没有限制,源代码均在 Apache-2.0 许可条款下提供。
而且通常我们是大队列研究,几百个病人的几百个甚至上万个突变位点, 研究起来压力会很大,通常大家会看一下突变全景图,如下:
举个例子:大家熟悉的 Windows 里面含有内核,也含有 UI 系统,含有桌面程序,普通人可以直接使用 Windows。但是 Linux 仅仅是一个内核(它提供进程管理、文件系统等概念),必须在 Linux 之上安装各种 APP,普通人才可以使用。基于 Linux 内核制作出来的完整系统有 Ubuntu、debian 等等,普通人可以直接使用这些完整系统。
TCGA(The Cancer Genome Atlas)是美国国家癌症研究所(NCI)和美国人类基因组研究所(NHGRI)共同开发的大型肿瘤研究项目,旨在通过应用高通量、多组学的肿瘤基因组分析技术,加深人类对肿瘤的认知,从而提高肿瘤的预防、诊断和治疗。
这个库是 Asynchronix 的一个分支,它持续努力地构建用于系统仿真的高性能异步计算框架。
自 2015 年开始,主页君在 linux 桌面不是很好用与 windows 命令行不是很好用的左右纠结下,投入了 mac 的怀抱,始终觉得 MacOS 是服务端开发工程师的不二之选,包括其支持的 Posix 协议的一系列系统调用、原生 Terminal 以及 iTerm2 等的便捷,X Windows 的灵活等等优势,但唯一的不足是相比于 windows 用户量仍然比较少,这导致了一些应用的缺失,尤其是 windows 上的 office 全家桶、各种银行客户端都难以被替代,只能通过偶尔切换到 Boot camp 助理中的 windows 来处理。 然而,一些情况在慢慢发生着变化,windows 10 多桌面诞生以来,主页君就开始将关注的目光慢慢移向 windows,虽然彼时经过尝试,对 win10 的多桌面体验仍然觉得不尽人意,但到 2017 年末,主页君体验 WSL 后,终于决定抛弃 MacOS 阵营,回归 windows 怀抱,对于开发者来说,windows 已经变得越来越友好,至少他正在做着一系列的努力来迎合开发者的喜好。 关于 WSL 的安装和使用,可以参看: Win10 集成的 linux 子系统 WSL 的安装与使用
COS产品支持对数据进行丰富的操作和管理。 CFS产品支持数万客户共享使用且保证数据一致性。 CBS产品结合CVM,可以在其上部署丰富的应用。
那么,比较权威的资源一般就是Cancer Therapeutics Response Portal (CTRP) 和 Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC)
尽管这项工作仍在进行中,但 Canonical 似乎已经实现了在苹果 M1 上以虚拟机(VM)形式运行 Linux(Ubuntu)。
因为嫌麻烦,所以一直使用的是简化版mutect2流程,其实就一个命令: time $GATK --java-options "-Xmx10G -Djava.io.tmpdir=./" Mutect2 -R $reference \ -I $tumor_bam -tumor $(basename "$tumor_bam" _recal.bam) \ -I $normal_bam -normal $(basename "$normal_bam" _recal.bam) \ -O ${sample}_mut
大一之前一直用的XP,那时刚开始学C,用的turbo C 2.0,蓝色屏幕,界面老式古典。
本研究发表于 Nat Commun. 2019 Apr ,题目是:Multi-region sequencing unveils novel actionable targets and spatial heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma. 纳入 39个ESCC病人,然后取肿瘤样品 185个,146个原位癌症样品和21个淋巴结转移样品。不仅仅是肿瘤外显子测序,还有一些TCR测序。
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