为什么在编辑fastq文件并将输出写入新的fastq文件时会引入不可打印的字符？
在编辑fastq文件并将输出写入新的fastq文件时引入不可打印的字符可能是由于以下几个原因导致的：
- 文件编码问题：fastq文件通常使用ASCII编码，如果在文件编辑过程中使用了其他编码方式，可能会引入非ASCII字符，这些字符在文件中无法正确显示，也可能导致文件解析错误。
- 文本编辑器问题：某些文本编辑器可能会自动添加特定字符或进行格式转换，例如在Windows下使用的记事本编辑器可能会在文本文件末尾添加换行符"\r\n"，这种换行符在Unix/Linux系统下被认为是不可打印的字符。
- 转义字符问题：某些特殊字符需要使用转义字符来表示，如果编辑过程中没有正确处理这些转义字符，可能会引入不可打印的字符。例如，使用反斜杠"\n"来表示换行符，如果编辑时没有正确处理该字符，就会导致出现不可打印字符。
为避免引入不可打印的字符，可以采取以下措施：
- 使用专门的文本编辑器：选择适合编辑fastq文件的专业文本编辑器，如Sublime Text、Notepad++等，确保编辑器不会自动添加额外的字符或进行格式转换。
- 使用正确的文件编码：在编辑fastq文件时，选择正确的文件编码方式，通常使用ASCII编码或UTF-8编码是较为常见的选择。
- 慎用特殊字符和转义字符：在编辑fastq文件时，特别是在添加注释或描述信息时，避免使用特殊字符或没有正确处理转义字符。如果需要使用特殊字符，可以查阅ASCII编码表以确保正确的输入。
- 使用合适的文件读写方法：在编辑并写入fastq文件时，使用适当的文件读写方法，避免在读取或写入过程中对文件内容进行不必要的转换或处理。
腾讯云提供了一系列与云计算相关的产品，其中包括存储、服务器运维等。具体推荐产品和产品介绍链接如下：
- 对象存储（COS）：腾讯云对象存储（COS）是一种分布式存储服务，适用于存储和管理大量非结构化数据。它提供高可靠性、高可用性和强大的扩展性，并且具有低成本和高性能的特点。产品介绍：https://cloud.tencent.com/product/cos
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请注意，以上产品仅作为示例，实际选择产品时应根据具体需求进行评估和选择。
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3回答
我试图将文件名列表打印到文本文件中，并要求在同一行上打印某些文件名。例如，我有4个文件。
Paleo_R1.fastq
Paleo_R2.fastq
Vegan_R1.fastq
Vegan_R2.fastq
我希望输出是
Paleo_R1.fastq Paleo_R2.fastq
Vegan_R1.fastq Vegan_R2.fastq
我知道我可以使用ls函数并使用ls >> file.txt将输出直接输出到文本文件，但是没有选项可以将特定的输入行项打印到特定的输出行。
此外，我知道我可以使用像这样的循环>
for file in Vegan*R1*.fastq;
d
浏览 0提问于2019-04-24得票数 0
3回答
我的每个fastq文件大约有2000万次读取(或2000万行)。现在，我需要将大的fastq文件分成块，每个块只有100万次读取(或100万行)，以便于进一步分析。fastq文件就像.txt一样。
我的想法是，只需计算行数，并在每100万行计数后打印出行数。但是输入文件是.gz压缩格式(fastq.gz)，我需要先解压缩吗？
我怎么用python做到这一点呢？
我尝试了以下命令：
zless XXX.fastq.gz |split -l 4000000 prefix
(首先使用gzip，然后拆分文件)
然而，它似乎不能与前缀"-prefix“一起工作(我试过了)，仍然不能工作。此外，使
浏览 3提问于2011-08-02得票数 1
tldr:我想将[125, 119, 48, 126, 40]转换为输出字符串}w0~(
为了给出一个真实的例子，我正在处理fastq格式()的序列数据。
cat example.fastq输出以下内容：
@some/random/identifier
ACTAG
+
}w0~(
下面的julia代码演示读取fastq文件：
import BioSequences.FASTQ
fastq_stream = FASTQ.Reader(open("example.fastq", "r"))
for record in fastq_stream
# St
浏览 1提问于2019-03-04得票数 4
我正在尝试编辑一个fastq文件，它只是一个用于存储DNA或RNA读取的文本文件。 在文件中，我只是将“@”编辑为“A”，将“B”编辑为“C”，等等，并将更改后的序列写入到新文件中。 但是，在新文件中，引入了一些不可打印的字符，如“^F”、“^B”等，而不是换行符。这只在少数地方完成，而不是在所有地方完成，这就是为什么我不确定为什么会发生这种情况。 #include <bits/stdc++.h>
#include <fstream>
using namespace std;
int main()
{
ifstream in;
ofstream ou
浏览 20提问于2019-06-12得票数 1
1回答
我正在使用下面的脚本。当我让它回显$f时，它给出了正确的结果：
#/bin/bash
var="\/home\/"
while read p; do
f=$(echo $p | sed "s/${var}/\\n/g")
f=${f%.sliced.bam}.fastq
echo $f
~/bin/samtools view $p | awk '{print "@"$1"\n"$10"\n+\n"$11}' > $f
./run.sh $f ${f%.
浏览 3提问于2014-02-02得票数 0
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免责声明:这是一个关于并行和写入文件的我在biostars.org上问过的更普遍的问题。
当我按顺序运行一个程序(obisplit从…obitools套餐)时，它读取一个文件并根据原始文件中的一些标准(这里不重要)创建许多文件：
input_file.fastq
|____ output_01.fastq
|____ output_02.fastq
|____ output_03.fastq
但是，当我拆分输入文件并并行运行它们时(来自ubuntu :20141022的版本)，
find . * | grep -P "^input_file" |
浏览 0提问于2017-05-25得票数 1
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1回答
我在一个目录里有500 fastq.gz。我想计数前向文件中的读取数，并将输出打印到具有读取计数和文件名的文件中。这是我的剧本：
for f in *read1.fastq.gz; do zcat $f | echo $((`wc -l`/4)) $f; done
这将打印到终端并运行所有文件。
但是，我想将它重定向到一个文本文件：
for f in *R1_001.fastq.gz; do zcat $f | echo $((`wc -l`/4)) $f > read_count.txt; done
上面的脚本只确定一个文件的读计数，然后完成。
我也尝试过：
for f in *R1_
浏览 7提问于2022-01-12得票数 0
我有一个具有以下结构的文件：
@scaffold456
ATGTCGTGTCAGTG
GTACGTGTGTGG
+
!!!!!@!!!!!!!!
!!!!!!!!!!!!
@scaffold342
ATGGTGTCGTGGTG
ACGTGGC
+
!>!>!!!!+!!!!!
!!!!!!!
我想要这样的输出：
>scaffold456
ATGTCGTGTCAGTG
GTACGTGTGTGG
>scaffold342
ATGGTGTCGTGGTG
ACGTGGC
我想在Python中实现这一点，我从以下几个方面开始：
fastq_filename = "test
浏览 8提问于2015-08-03得票数 0
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7回答
我有一个包含超过1亿行的大型文本文件，名为reads.fastq。此外，我还有一个名为takeThese.txt的文件，它包含应该打印的文件reads.fastq中的行号(每一行一个)。
目前我使用
awk 'FNR == NR { h[$1]; next } (FNR in h)' takeThese.txt reads.fastq > subsample.fastq
显然花了很长时间。是否有任何方法使用存储在另一个文件中的行号从文本文件中提取行？如果对takeThese.txt文件进行排序，它会加快速度吗？
编辑：
我有几行文件示例：
reads.fastq
@HWI
浏览 6提问于2016-11-14得票数 6
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在Linux机器上(实际上是一个计算集群)，我从另一个用户复制了一个文件夹(他授予我使用适当的chmod这样做的权限)。
此文件夹包含指向我无法访问的文件的符号链接。我想更新它们，以便它们指向我拥有的相同文件的副本。
但是，当我尝试使用ln -sf来实现时，我得到了Permission denied。
为什么是这样？
这就是联系：
$ ls -l 50ATC_Rep2.fastq
lrwxrwxrwx 1 bli cifs-BioIT 55 21 nov. 13:45 50ATC_Rep2.fastq -> /pasteur/homes/mmazzuol/Raw_data/CHIP_T
浏览 0提问于2019-11-21得票数 5
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我试图通过一个满是kraken2文件的目录循环.fastq.gz
例如：
file1.fastq.gzfile2.fastq.gzfile3.fastq.gz...fileN.fastq.gz
使用
for FILE in path/to/fastq/files/directory/*
do
OUT=$(basename $FILE) kraken2 --db path/to/16S_SILVA138_k2db --threads 12 --use-names --gzip-compressed ${FILE} --output path/to/output/directory/${OUT}
浏览 19提问于2021-12-17得票数 0
我有一个PYTHON脚本，它接受输入文件并提供输出文件。输入文件和输出文件指定为sys.argv1和2，如下所示：
myscript.py input.file output.file
不幸的是，输入文件需要经过预处理才能满足脚本的要求。我可以对原始文件进行预处理，并将其转换为可接受的格式。预处理步骤如下：
awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' filename.fastq > filename.fa
然而，有超过1000个这样的文件，为了节省一些存储空间，我希望脚本通过进程
浏览 27提问于2018-02-16得票数 0
3回答
我有一些“fastq”格式的DNA序列文件(基本上只是文本文件)如下：
@Sample_1
ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
+
BBBBBBBBBBBBEEEEEEEEEEEEEEEE
EHHHHKKKKKKKKKKKKKKNQQTTTTTT
@
+
@
+
@Sample_4
ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
+
BBBBBBBBBBBBEEEEEEEEEEEEEEEE
EHHHHKKKKKKKKKKKKKKNQQTTTTTT
浏览 6提问于2017-11-07得票数 1
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3回答
我想在文件夹的所有文件上运行一个命令，该命令的语法如下所示：
tophat -o <output_file> <input_file>
我想做的是一个脚本，它遍历任意文件夹中的所有文件，并使用输入文件名创建类似但不同的输出文件名。文件名如下所示：
input name desired output name
path/to/sample1.fastq path/to/sample1.bam
path/to/sample2.fastq path/to/sample2.bam
让输入开始工作似乎很简单：
for f in *.f
浏览 2提问于2014-09-23得票数 3
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我正在对这些文件做测试：
comp900_c0_seq1_Glicose_1_ACTTGA_merge_R1_001.fastq
comp900_c0_seq1_Glicose_1_ACTTGA_merge_R2_001.fastq
comp900_c0_seq2_Glicose_1_ACTTGA_merge_R1_001.fastq
comp900_c0_seq2_Glicose_1_ACTTGA_merge_R2_001.fastq
comp995_c0_seq1_Glicose_1_ACTTGA_merge_R2_001.fastq
comp995_c0_seq1_Xilano_1_AG
浏览 3提问于2014-02-05得票数 0
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command.py，它将两个配对文件CA01_S1_R1.fastq和CA01_S1_R2.fastq合并在一起。然后，它将结果打印到一个新的目录paired.out中，并将结果文件命名为paired.fastq。完整的命令将改为
command.py -f CA01_S1_R1.fastq -r CA01_S1_R2.fastq -o paired.out
但是，我想对许多文件执行这个命令，然后将所有的输出保存到同一个目录中。此外，输出需要有唯一的名称。因此，我还想发送文件2和3，有效地运行以下命令：
command.py -f CA02_S2_R1.fastq -r CA02_S2_R2
浏览 1提问于2014-10-29得票数 0
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1回答
我有一个目录data，其中有几个fastqs，如下所示：
SRR13456784_1.fastq
SRR13456784_2.fastq
SRR13456784_3.fastq
SRR13456785_1.fastq
SRR13456785_2.fastq
SRR13456785_3.fastq
SRR13456786_1.fastq
SRR13456786_2.fastq
SRR13456786_3.fastq
SRR19876543_1.fastq
SRR19876543_2.fastq
SRR19876543_3.fastq
SRR19876544_1.fastq
SRR1987
浏览 0提问于2023-04-27得票数 2
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我从24个样本中读取了96个*fastqc.gz原始文件。每对样品分别在两根羊皮上进行测序。
我希望将来自两个车道的每一对读取合并为一个输出文件，其中包含来自示例文件名(2271_merged_R1_001.fastq.gz)的同名标识符。
File names are in this order:
22[71-94]*R[1-2]_001.fastq.gz;
**2271**_ID890_1_S1_L001_**R1_001.fastq.gz**
**2271**_ID890_1_S1_L002_**R1_001.fastq.gz**
**2271**_ID890_1_S1_L001_*
浏览 0提问于2018-04-25得票数 0
4回答
我正在使用生物工程包，我想保存像tsv文件一样的结果。这输出从打印到tsv。
for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
print ("%s %s %s" % (record.id,record.seq, record.format("qual")))
谢谢。
浏览 4提问于2015-04-27得票数 14
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4回答
我正在尝试编写一个for循环，该循环解压缩文件名中包含fastq.gz的R1，确定每个文件中的行#，并将#行除以4。理想情况下，我还可以将其写入带有两列(文件名和行#/4)的txt文件中。
此循环解压缩每个文件中的R1 fastq文件和行，但不除以4(或将输出保存到txt文件中)。
for i in $(ls ./*R1*);
do
gzcat ./$i | wc -l
done;
这里的其他帖子建议使用bc在bash中进行划分，但我还不能将其集成到一个循环中。
浏览 8提问于2022-03-23得票数 0
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1回答
我工作的8个配对端fastq文件，每个150 GB，需要处理的管道与空间要求的子任务。我尝试了几种选择，但我仍然耗尽了磁盘空间：
在不再需要时使用temp删除输出文件，使用disk_mb资源来限制并行作业的数量。
我使用下面的执行将我的磁盘空间使用限制在500 is以内，但显然这是没有保证的，而且超过了500 is。如何将磁盘使用限制为固定值，以避免磁盘空间耗尽？
snakemake --resources disk_mb=500000 --use-conda --cores 16 -p
rule merge:
input:
fw="{sample}_1.fq.gz
浏览 5提问于2022-06-07得票数 1
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假设我有一个data.frame：
x<-data.frame(files=c("/a/b/c/p1_fastq.gz", "/a/b/c/p2_fastq.gz"), ids=c("p1", "p2"))
x
files ids
1 /a/b/c/p1_fastq.gz p1
2 /a/b/c/p2_fastq.gz p2
如何将其写入yaml文件test.yaml，如：
-
id: "p1"
fastq: "/a/b/c/p1_fastq.gz"
浏览 3提问于2020-07-05得票数 2
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1回答
我绝对是蛇咬牙的初学者。据我所知，我正在建造一条管道。我的问题是，是否将Snakefile与我想要处理的NameError:发生的数据文件放在一起，但是如果我将Snakefile移动到父目录并编辑输入:和输出的路径信息:代码可以工作。我遗漏了什么？
rule sra_convert:
input:
"rna/{id}.sra"
output:
"rna/fastq/{id}.fastq"
shell:
"fastq-dump {input} -O {output}"
当我运行
浏览 3提问于2019-05-17得票数 2
我制作了我的管道，我想在每个过程之前打印一份关于所执行的内容的小描述。
我基本上试着在脚本中的每个进程之前添加一个“打印”。当我运行管道时，它首先打印出所有的描述，然后进程开始执行。
我所做的：
// Trimming
println 'Trimming reads with AlienTrimmer'
process Trimming {
...
}
// Convert to fasta
println 'Convert files from fastq to fasta'
process Fastq2Fasta {
...
}
//
浏览 1提问于2019-01-07得票数 0
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我正在尝试创建一个snakemake管道，它的输出由特定文件夹中的一组序列文件决定。这里我的文件路径的结构类似于：
project_dir
> Snakefile
> code
> python_scripts
> ab1_to_fastq.py
> data
> 1.ab1_files
> A.ab1
> B.ab1
> C.ab1
> 2.fastq_files
这是我的实际Snake
浏览 8提问于2018-02-08得票数 2
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3回答
bash解压缩gz并存储在变量中
、、、、
我需要解压缩一个.gz文件并将它存储在一个变量中，这样以后我就可以使用它了。因此，我的想法是生成*.fastq.gz文件，我需要解压缩它们，只保留*.fastq文件。然后，我想将它的名称存储在一个变量中，这样我就可以调用该文件进行进一步的处理。
这里有我正在执行的代码: input：$file.fastq.gz，其中$file是文件的名称(它会改变，因为这段代码在一个循环中)
reads=$(gunzip $file.fastq)
echo $reads
有人知道这个代码有什么问题吗？为什么它不产生任何输出和程序停留在这一点上？非常感谢！)
浏览 2提问于2014-03-04得票数 2
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我试图用后缀/1和/2更改fastq头，并将其写回新的5。但是，我得到了以下错误：
No suitable quality scores found in letter_annotations of SeqRecord
有办法解决这个问题吗？是否需要修改质量分数信息以匹配更改的fastq标题？
import sys
from Bio.Seq import Seq
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
file = sys.argv[1]
final_records=[]
for seq_record in Seq
浏览 2提问于2014-12-22得票数 0
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2回答
错配基因组中的搜索序列
、、、、
我有一个fastq文件，里面有超过1亿的读取量和10000的基因组序列。
我想从fastq文件中取出序列，在基因组序列中搜索，允许3次错配。
我用这种方式使用awk获得了fastq文件中的序列：
1.财务报表(几行)
@DH1 269 1:269:C1UKCACXX:1:1101:1207:2171 1:N:0:TTAGGC
+
1=ADBDDHD;F>GF@FFEFGGGIAEEI?D9DDHHIGAAF:BG39?BB
@DH1 269 1:269:C1UKCACXX:1:1101:1095:2217 1:N:0:TTAGGC
+
??AABDD4C:DDDI+C:C3@:C):1
浏览 2提问于2013-05-02得票数 1
3回答
我正在尝试使用python在两个单独的文件中查找感兴趣的四行代码块，然后按受控顺序打印出其中的一些行。下面是两个输入文件和一个所需输出文件的示例。请注意，Input.fasta中的DNA序列与Input.fastq中的DNA序列不同，因为.fasta文件已被读取并更正。
Input.fasta
>read1
AAAGGCTGT
>read2
AGTCTTTAT
>read3
CGTGCCGCT
Input.fastq
@read1
AAATGCTGT
+
'(''%$'))
@read2
AGTCTCTAT
+
&---+2010
@r
浏览 29提问于2018-03-01得票数 1
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我试图在不做质量过滤的情况下将fastq转换为fasta。当我尝试使用fastx工具包运行此转换时，当它遇到低质量的基数时，它会给我一条错误消息，并终止转换，因此转换后的输出很早就结束了。(错误提示质量分数低于-30)。
然后，我尝试使用本论坛之前发布的sed解决方案，该解决方案介绍了如何使用sed转换为fasta。台词是这样的：
sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p'
我输入到终端的行是：
sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' Sample_As_L001_R1.cat.fastq
它吐出了我想要的东西，但直接打印到终端
浏览 2提问于2014-09-23得票数 0
1回答
我使用这个脚本连接从Samples.Each子目录读取的数据，其中有某些R1.fastq.gz文件和R2.fastq.gz，我想将它们合并成一个R1.fastq.gz和R2.fastq.gz文件。
sourcedir=/sourcepath/
destdir=/destinationpath/
for f in $sourcedir/*
do
fbase=$(basename "$f")
echo "Inside $fbase"
zcat $f/*R1*.fastq.gz | gzip >$destdir/"$fbase"_R
浏览 8提问于2013-12-23得票数 2
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我在一个目录里有这些文件。
Mabel-A10_GTAGAGGA_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A5_GGACTCCT_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A11_GCTCATGA_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A6_TAGGCATG_L001_R1_001.fastq.gz
我希望输出结果像这样。
Mabel-A10_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A5_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A11_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A6_L001_R1_001.fas
浏览 0提问于2019-05-29得票数 0
3回答
我有两个单独的文本文件，每个都是相同的格式。我可以为一个特定的搜索词的grep FILE1.txt和输出每一个匹配的行号。行号按数字顺序输出到文件或变量。
我希望使用每个行号，并按数字顺序将该行从FILE2.txt打印到单个OUTPUT.txt。有人知道用awk或sed来做这件事的方法吗？
我有一个字符串变量$linenumbers，值为25262728。
我使用以下命令：
表示I in $linenumbers；do sed -n "/ $i /p“$i test_read2.fastq >> test.fastq；已完成。
我得到的错误
sed:无法读取25:没
浏览 2提问于2014-03-12得票数 1
3回答
我正在寻找一种合并文件的方法，在文件名中的第一个卸载核之前，这个ID是相同的。输出应该只包含ID，然后是fastq.gz。输出必须压缩。
在……里面
0394_L007_R1.fastq.gz
0394_L008_R1.fastq.gz
0444_L005_R1.fastq.gz
0444_L006_R1.fastq.gz
输出
0394.fastq.gz
0444.fastq.gz
比以下更方便的事情：
cat 0394_L007_R1.fastq.gz 0394_L008_R1.fastq.gz > 0394.fastq.gz
浏览 2提问于2018-04-24得票数 0
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我对蛇形蛋糕越来越着迷了。我尝试了所有类型的方法，使用配置文件等，但没有工作，我不知道如何准确地检测错误检查逐行。
HISAT2_INDEX_PREFIX = "/media/jim/Elements/Happy/index/genome_chromosomes"
SAMPLES, *_=glob_wildcards('/media/jim/Elements/Happy/test/tissue/trimmed/{sample}_1.fastq.gz')
rule all:
input: expand("{sample}.bam", s
浏览 0提问于2019-11-07得票数 1
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消除perl中子例程中的空文件
、、、、
我想在下一个脚本中添加一段代码来消除那些空的输出文件。
脚本将单个fastq文件或文件夹中的所有fastq文件转换为fasta格式，所有输出的fasta文件保持fastq文件的相同名称；脚本提供了一个选项来排除所有存在确定数量的NNN重复的序列(NNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTGAAGAATGCGACGTACAGGATCATCTA)，我添加了这个选项，因为一些序列在序列中只存在NNNNN，例如:如果-n选项等于15 (-n 15)，它将排除存在15或更多N个重复的所有序列，到这一点，代码工作良好，但它生成一个空文件(在那些fastq文件中，存在15个或更多N个重复的所有序列都被排
浏览 12提问于2017-01-25得票数 0
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尝试根据文件中的匹配将fastq文件拆分为多个文件，因此输出文件可以超过500个。提供两个输入文件-一个用于匹配和其他内容(Fastq)。把匹配放在不同的文件中。此代码工作良好，但不能创建超过502个文件。在502以上，说不能做文件。是循环中文件句柄的限制。我需要一次创建> 502个文件。有什么解决办法吗？谢谢
my @fh_array;
foreach(@file_names){
chomp $_;
local *OUT;
open (OUT, ">", "$_\.txt") or die "cannot writ
浏览 3提问于2015-10-09得票数 0
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2回答
我正在使用Tracer软件包()。调用该程序的方式如下：
tracer assemble [options] <file_1> [<file_2>] <cell_name> <output_directory>
程序在单个数据集上运行，输出转到/<output_directory>/<cell_name>
我现在要做的是在多个文件上运行这个程序。要做到这一点，我要做的是：
for filename in /home/tobias/tracer/datasets/test/*.fastq
do
echo "Proce
浏览 1提问于2016-10-06得票数 3
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2回答
我对Bash脚本很陌生。我的脚本的作用是访问一个提供的路径，然后在该路径中提供的数据上应用一些软件(RTG -实时基因组学)命令。但是，当我试图从CLI执行bash时，它会给出以下错误
错误:输入文件路径无效
我在脚本中提供的路径是准确的。也就是说，在程序'RTG‘所在的原始目录中，我相应地创建了类似于/data/reads/NA19240的文件夹，并将*_1.fastq和*_2.fastq文件放置在NA19240中。
下面是脚本：
#!/bin/bash
for left_fastq in /data/reads/NA19240/*_1.fastq; do
righ
浏览 0提问于2015-12-24得票数 2
我正在向一个新文件写入多行代码(最大可以达到几GB)，如下所示：
for item in record:
output_pass.write('%s\n' %item)
但是，由于我的上一条记录的'\n‘，我得到了一个空行，例如：
文件的开头
record111111
reocrd222222
record333333
---a blank line---
文件的结尾
因为我的文件很大，所以我不想再次读取该文件。那么，有没有简单的方法来防止这种情况，或者有简单的方法从文件中删除最后的'\n‘？
我的解决方案是：
谢谢你的帮助！
我想我不会将整个文件
浏览 6提问于2015-01-27得票数 4
我已经写了一个简短的代码来运行一个程序(裁剪)上的多个文件。但是，它为它试图运行的每一个文件都提供了以下错误："cutadapt: error: un为人所识别的参数“。运行在MacOS上，python3.7.3
如果我在同一个程序中打印语句，将其复制为终端中的单个调用，那么它就会工作。有人看到我做错什么了吗？
import glob
import subprocess
fastq_folder = "/path/2019.01_spades_output_pathodetect/FASTQ_trimming"
listoffiles = glob.glob(fa
浏览 0提问于2019-05-29得票数 0
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我试图用python程序自动化bash中的一些进程(对于RNA-seq)，第一步是像下面这样从*.fastq传递文件。
Demo_T3_L001_R1.fastq Demo_T3_L002_R1.fastq Demo_T3_L003_R1.fastq Demo_T3_L004_R1.fastq
Demo_T3_L001_R2.fastq Demo_T3_L002_R2.fastq Demo_T3_L003_R2.fastq Demo_T3_L004_R2.fastq
(这些文件的内容与我的问题无关，但如果需要，我可以复制它们)
对于*.fasta，如下所示：
Demo_T3_L00
浏览 1提问于2018-02-05得票数 0
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1回答
在python中找出管道
、、、
我目前正在用python编写一个程序，而且我被困住了。因此，我的问题是:我有一个程序，它读取文件并打印一些行到标准输出，如下所示：
#imports
import sys
#number of args
numArgs = len(sys.argv)
#ERROR if not enough args were committed
if numArgs <= 1:
sys.exit("Not enough arguments!")
#naming input file from args
Input = sys.argv[1]
#opening files
浏览 0提问于2015-01-09得票数 0
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我有一个功能齐全的Snakemake工作流，但我想添加一条规则，在新生成的输出文本文件中将输入变量写出为新行。简而言之，我已经包含了以下相关代码：
OUTPUTDIR = config["outputDIR"]
SAMPLEID = list(SAMPLE_TABLE.Sample_Name)
# Above 2 lines are functional in other parts of script.
rule all:
input:
manifest = OUTPUTDIR + "/manifest.txt"
rule write_man
浏览 0提问于2019-03-07得票数 0
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2回答
我想手动编辑一个Fastq文件使用Bash到多个类似的行。
在Fastq文件中，序列读取从第2行开始，然后每第4行(即第2行、第6行、第10行、第14行.)找到。
我想要创建一个编辑的文本文件，它与Fastq文件相同，除非顺序读取的前6个字符被修剪掉。
未经编辑的Fastq：
@M03017:21:000000000
GAGAGATCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF
编辑的Fastq：
@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF
浏览 3提问于2015-02-16得票数 0
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1回答
将`‘输出存储为占位符
、、、
我正在使用一个名为小地图的程序来调整读到参考基因组(计算生物学问题)。这个程序需要输入两个文件作为位置参数:首先是.fasta格式的引用，然后是带有读取的文件，然后是fastq格式的文件。
问题是我有多个fastq文件。一种选择是首先将它们与cat *.fastq > cat_all.fastq连接起来，然后调用minimap。但是，我希望将它们连接起来，并将此文件传输到minimap，而不将其保存到cat_all.fastq，这样就不会浪费存储空间。
是否有一种方法可以将cat输出存储为占位符(而不保存它)，然后将其输送到minimap，比如？
cat *.fastq | minima
浏览 0提问于2019-10-02得票数 0
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编辑:添加块引号文本
我有一个由标签分隔的文本文件(acc.paired.txt)，其中包含了illumina示例名(head)：
SRR10598163_R1.fastq.gz SRR8916417_R2.fastq.gz
SRR10598049_R1.fastq.gz SRR10598163_R2.fastq.gz SRR8916418_R1.fastq.gz
SRR10598049_R2.fastq.gz SRR10598164_R1.fastq.gz SRR8916418_R2.fastq.gz
SRR10598050_R1.fastq.gz SRR10598164_R2.
浏览 0提问于2023-05-22得票数 2
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我有一个在linux上工作的软件，比如test_sf。
test_sf --input test.fastq --output test.results
它将输出一个名为test.results的文件
但是我有test1.fastq.gz，test2.fastq.gz，如何使用这两个文件而不是解压缩它呢？
zcat test1.fastq.gz | test_st --input --output test1.results
zcat test1.fastq.gz | test_st --input --output test1.results
这两个命令不起作用。
注释:这只是一个玩具命令，
浏览 3提问于2016-04-15得票数 0
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我有一组打印stmt，当我在python shell中运行时会打印出来，但我希望将它们保存在一个文件中，而不像在shell输出中那样改变输出的顺序。
我有一部分文件有打印stmts，我必须将它们保存到一个新文件中：
with open('myfile') as f:
print best1
print best2
s1 = ('best1'+'best2')
print s1
with open('newfile') as f:
浏览 0提问于2014-07-28得票数 0
我正在开发一个将大量数据写入磁盘的c++程序。下面的函数对数据进行gzip压缩并将其写出到文件中。压缩后的数据大小约为100 of。压缩写出数据的函数如下：
void constructSNVFastqData(string const& fname) {
ofstream fastq_gz(fname.c_str());
stringstream ss;
浏览 0提问于2018-03-13得票数 0
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