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同样过亿测序片段为什么得到fastq文件大小迥异

好奇之下,就去看了看这个数据集,蛮有意思,确实是一个样品,但是有两个不同ngs组学技术,所以有两个ID,同样过亿测序片段,得到fastq文件大小迥异,大家也可以自己点进去看看: https:...linkname=bioproject_sra_all&from_uid=391554 如下所示: fastq文件大小迥异 可以进入这两个样品看reads详情: https://trace.ncbi.nlm.nih.gov...Selection: PCR Layout: PAIRED 但是这个数据集被这个研究者发了五篇文章,文章里面都说这个是转录组测序,蛮有意思现在也不知道该相信哪个了。...可以看到双端150bp测序片段: 双端150bp测序片段 现在是多组学时代,其实这些各个技术流程视频教程好几年前就全部免费共享在b站,而且同步分享了视频配套讲义和教辅材料; 学徒第1月,基础知识介绍掌握...甚至形成了专门学徒作业系列: 学徒考核-计算wes数据全部外显子平均测序深度 肿瘤外显子视频课程小作业 ChIPseq视频课程小作业 基本上每个过来这边学习一个月以上学徒都会让他们学习多种组学

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【C语言】内存动态分配与释放

这样内存使用方式有两个特点: 内存空间开辟大小是固定. 数组在声明时候,必须指定数组长度,它所需要内存在编译时分配....头文件 #include 格式 void * malloc(size_t size); 功能 为大小为size字节对象分配存储空间,此存储空间中初始值不确定 返回值 若分配成功...,重新分配为size大小 返回值 若分配成功,则返回一个指向已分配空间开头指针;若分配失败,则返回空指针 如果想了解更多关于realloc()函数相关信息,如realloc()函数参数设定,返回值设定...可以看到,编译器直接报错"检测到堆损坏".像这种报错不论是说栈区损坏,还是堆区损坏,意思就是在栈上或堆上出现了越界访问情况....*)malloc(100); p++; free(p); //p不再指向动态内存起始位置 } 在vs2022中测试一下: 可以看到,该错误导致了程序异常终止. 5.对同一块动态内存多次释放

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你真的理解内存分配吗?

图2 中 VmRSS 表示进程使用物理内存大小,但我们明明申请了 1GB 内存,为什么只显示使用 404KB 内存呢?这里就涉及到 虚拟内存 和 物理内存 概念了。...虚拟内存 大小不受 物理内存 大小限制,在 32 位操作系统中,每个进程虚拟内存空间大小为 0 ~ 4GB。...在内核中,使用一个名为 brk 指针来表示进程 堆空间 顶部,如 图4 所示: ? 所以,通过移动 brk 指针就可以达到申请(向上移动)和释放(向下移动)堆空间内存。...查看此虚拟内存地址是否被申请(是否在 brk 指针内),如果不在 brk 指针内,将会导致 Segmention Fault 错误(也就是常见coredump),进程将会异常退出。...从上面的过程可以看出,不对申请虚拟内存地址进行读写操作是不会触发申请新物理内存。所以,这就解释了为什么申请 1GB 内存,但实际上只使用了 404 KB 物理内存。

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神秘!申请内存时底层发生了什么?

你可能有些疑惑,什么,还有系统调用这种东西,为什么没调用过也可以打开文件、进行网络通信?...这就是为什么在C语言下同样open函数既能在Linux下打开文件也能在Windows下打开文件原因。 说了这么多,这和malloc又有什么关系呢?...,特殊点在于停在该停车场车宽度大小不一,malloc需要回答这样一个问题:当有一辆车来到停车场后该停到哪里?...看起来已经讲完故事 现在就可以简单总结一下了,当我们申请内存时,经历这样几个步骤: 程序调用malloc申请内存,注意malloc实现在标准库中 malloc开始搜索空闲内存块,如果能找到一块大小合适就分配出去...答案是当我们真正使用这段内存时,当我们真正使用这段内存时,这时会产生一个缺页错误,操作系统捕捉到该错误后开始真正分配物理内存,操作系统处理完该错误后我们程序才能真正读写这块内存。

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内存之谜:C语言动态内存管理

为什么要进行动态内存分配 动态内存分配允许程序根据实际需要来分配内存。这意味着程序可以根据不同输入和条件来处理不同大小数据结构,如数组....尝试释放栈上内存或者全局/静态变量内存会导致未定义行为,通常会导致程序崩溃或其他严重错误。...为了避免此类错误,通常做法是在释放内存后将指针设为 NULL,这样就能防止后续对同一个已释放内存误用: void test() { int *p = (int *)malloc(100);...尝试访问或操作悬垂指针指向内存将导致未定义行为,这可能包括数据损坏、程序崩溃、或者安全漏洞。...sizeof返回结构大小不包括柔性数组内存 包含柔性数组成员结构用malloc ()函数进行内存动态分配,并且分配内存应该大于结构大小,以适应柔性数组预期大小

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【动态内存管理】malloc&calloc和realloc和笔试题和柔性数组

目录 0 为什么存在动态内存管理? 1 malloc函数 2  calloc函数  3 realloc函数 5 2道经典笔试题: ---- 0 为什么存在动态内存管理?...4 常见动态内存错误 int main() { //way1:对NULL指针进行解引用 int* p = (int*)malloc(INT_MAX + 1); //直接使用//error...p被销毁,这段动态申请空间也就没有得到销毁,也无法再销毁。...,也就是这个数组首元素地址,Getmory函数结束时字符数组所占用空间自动销毁,但是返回了栈空间地址,一旦在test函数内对这地址解引用进行访问,那就是非法,未知,上述代码错误原因和下述代码错误类似...包含柔型数组结构体内存大小不包含柔型数组内存大小。 包含柔性数组结构体在开辟内存时得使用malloc函数动态内存开辟,且开辟空间大小必须大于结构体大小,以适应柔型数组预期大小

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Linux 命令(143)—— valgrind 命令

Valgrind 中包含 Memcheck 工具可以检查以下内存错误: 1.访问不应该访问内存,如使用超过 malloc 分配内存空间、溢出堆栈顶部、以及使用已经释放内存(Accessing memory...当否时,来自部分无效地址加载被视为与来自完全无效地址加载相同:发出非法地址错误,并且结果字节被标记为已初始化。 请注意,以这种方式运行代码违反了 ISO C/C++ 标准,应视为已损坏。...也就是说,它期望 free 用于释放 malloc 分配块,delete 用于 new 分配块,delete[] 用于 new[] 分配块。 如果检测到不匹配,则会报告错误。...--malloc-fill= 用指定字节填充由 malloc、new 等分配块,而不是由 calloc 分配块。 当试图摆脱模糊内存损坏问题时,这可能很有用。...--free-fill= 用指定字节值填充由 free、delete 等释放块。 当试图摆脱模糊内存损坏问题时,这可能很有用。

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关于C语言中malloc和free函数用法

void free(void *FirstByte): 该函数是将之前用malloc分配空间还给程序或者是操作系统,也就是释放了这块内存,让它重新得到自由。...二、malloc()到底从哪里得来了内存空间: 1、malloc()到底从哪里得到了内存空间?答案是从堆里面获得空间。也就是说函数返回指针是指向堆里面的一块内存。...下面就进入第三个部分: 三、malloc()以及free()机制:    这个部分今天才有了新认识!而且是转折性认识!所以,这部分可能会有更多一些认识上错误!...int size;            //这是实际空间大小     }; 对于size,这个是实际空间大小。这里其实有个疑问,is_available是否是一个标记?...但是有一点可以肯定,就是释放绝对不会那么顺利进行!因为这是一个标记!    当然,这里可能还是有人会有疑问,为什么这样就可以释放呢??刚才也有这个疑问。

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从零开始学习UCOSII操作系统12–内存管理

1、分区概念: 操作系统把连续大块内存按分区来管理,每个分区中包含整数个大小相同内存块,利用这种机制,UCOSII对malloc和free函数进行了改进。...使得他们可以得到和释放固定大小内存块。这样子malloc和free函数执行时间就是确定了。(为什么?)...if(模拟量超过阈值) { 得到一个内存块, 得到当前系统时间 将刚刚错误几项存入到内存块里面...} ErrorHandlerTask() { for(;;) { 等待错误处理队列消息 得到指向包含有关错误数据内存块指针...(4)当一个任务运行时候,只有在信号量有效时候,才能得到内存块,一旦信号量有效了,就可以申请内存块并且使用它,儿没有必要对OSSemPend()返回错误代码进行检查。

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使用WebRTC开发Android Messenger:第2部分

RTP处理中使用两个内存损坏bug来利用WebRTC。...试图通过发送与m_buf结构大小相同RTP包来实现这一点。有一个很好诀窍可以让大量特定大小分配在WebRTC中无法释放。...不幸是,在usrsctp中对malloc调用很少,其大小可以由传入流量控制,并且没有一个允许指定整个包内容。能找到最好方法是处理数据流重置块。代码如下,为清楚起见删除了一些部分。...Moving the InstructionPointer (Again) 在使用WebRTC开发Android Messenger:第1部分中,弄清楚了如何使用RTP内存损坏错误来移动指令指针,但是在提交...从全局偏移量表中读取malloc位置 4. 用所需大小数据填充partial_incoming_message_缓冲区 5.

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C语言中 malloc函数用法

void free(void *FirstByte): 该函数是将之前用malloc分配空间还给程序或者是操作系统,也就是释放了这块内存,让它重新得到自由。...二、malloc()到底从哪里得来了内存空间: 1、malloc()到底从哪里得到了内存空间?答案是从堆里面获得空间。也就是说函数返回指针是指向堆里面的一块内存。...下面就进入第三个部分: 三、malloc()以及free()机制: 这个部分今天才有了新认识!而且是转折性认识!所以,这部分可能会有更多一些认识上错误!...int size; //这是实际空间大小 }; 对于size,这个是实际空间大小。这里其实有个疑问,is_available是否是一个标记?...但是有一点可以肯定,就是释放绝对不会那么顺利进行!因为这是一个标记! 当然,这里可能还是有人会有疑问,为什么这样就可以释放呢??刚才也有这个疑问。

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看完这篇你还能不懂C语言C++内存管理?

在此我们观察发现,明明创建变量时候顺序是 a 到 b 再到 c,为什么它们之间地址不是增加而是减少呢?...那是因为栈区一种数据存储结构为先进后出,如图: 首先栈顶部为地址“最小”索引,随后往下依次增大,但是由于堆栈特殊存储结构,我们将变量 a 先进行存储,那么它一个索引地址将会是最大,随后依次减少...由于 a、b、c 三个变量同属于一个栈内,所以它们地址索引是连续性,那如果创建一个静态变量将会如何?...", &e); } 运行结果如下: 从以上运行结果中证实了上述内容真实性,并且也得到了一个知识点,栈区、数据区都是使用栈结构对数据进行存储。...最后祝各位保持良好代码编写规范降低严重错误产生。

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看完这篇你还能不懂C语言C++内存管理?

在此我们观察发现,明明创建变量时候顺序是 a 到 b 再到 c,为什么它们之间地址不是增加而是减少呢?...那是因为栈区一种数据存储结构为先进后出,如图: 首先栈顶部为地址“最小”索引,随后往下依次增大,但是由于堆栈特殊存储结构,我们将变量 a 先进行存储,那么它一个索引地址将会是最大,随后依次减少...由于 a、b、c 三个变量同属于一个栈内,所以它们地址索引是连续性,那如果创建一个静态变量将会如何?...", &e); } 运行结果如下: 从以上运行结果中证实了上述内容真实性,并且也得到了一个知识点,栈区、数据区都是使用栈结构对数据进行存储。...最后祝各位保持良好代码编写规范降低严重错误产生。

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C语言重点突破(五) 动态内存管理

为什么存在动态内存分配 动态内存分配存在可以带来以下好处: 1.灵活性:动态内存分配允许程序在运行期间动态地分配和释放内存,从而提高了程序灵活性。...因此,在进行指针解引用操作之前,应该先检查指针是否为NULL,否则可能会出现难以调试错误。...free”,会导致程序运行时不可预测行为,比如崩溃、内存泄漏、数据损坏等。...sizeof 返回这种结构大小不包括柔性数组内存。 包含柔性数组成员结构用malloc ()函数进行内存动态分配,并且分配内存应该大于结构大小,以适应柔性数组预期大小。...连续内存有益于提高访问速度,也有益于减少内存碎片。(其实,个人觉得也没多高了,反正你跑不了要用做偏移量加法来寻址)。

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Android R 中heap新分配器——Scudo

安全性 强制执行最大大小和对齐值,但还要检查提供指针是否正确对齐;这些是便宜检查,以避免整数溢出并捕获较低挂起分配错误(或滥用); 每个块之前都有一个header,该header存储有关分配基本信息和校验码...,并经过校验和以能够检测到该memory是否损坏。...至于存储在头文件中数据,它保存分配大小,块状态(可用,已分配,隔离),其来源(malloc,new,new [])和一些内部数据。头是原子操作,以检测在同一块上运行线程之间竞争尝试。...限制线程数是发现使其工作唯一方法,但结果与其他方法不具有可比性。 * tcmalloc和jemalloc速度很快,但不能防止head堆漏洞。...Scudo想法是“尽可能快地应对基于堆错误,同时又具有弹性”。

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程序崩溃与优化

程序崩溃 程序崩溃是指计算机程序在运行时出现了严重错误或异常情况,导致程序无法正常运行并突然终止。 1.1 程序崩溃出现场景 内存溢出: 在C程序中,内存分配通常由函数如malloc来完成。...内存溢出是指程序试图访问已分配内存之外内存位置。示例中,使用malloc分配了一个包含100个整数数组,随后尝试访问该数组第101个元素,这超出了数组边界。...: 未处理异常是指程序中错误或异常情况没有得到适当处理。...、损坏文件或已被其他进程锁定资源。...程序优化 使用合适数据结构和算法:选择合适数据结构和算法可以提高程序性能和稳定性。 内存管理:使用智能指针和RAII技术,以确保资源(如内存)在不再需要时得到正确释放。

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C语言 | 每日基础(91)

为什么会这样? 阿一:注意是否错误说明了 main(,是否把局部缓冲传给了 setbuf() 或 setvbuf()。又或者问题出在注册于 atexit() 清理函 数。...读者:为什么程序在一台机器上执行完美, 但在另一台上却得到怪异结果? 阿一:许多地方有可能出错。..., 特别是返回值不是 int 函数, 或是参数 “缩小” 或 可变函数 • 复引用空指针 • malloc/free 不适当使用: 假设 malloc 内存都被清零、已释放内存还 可用、再次释放已释放内存...、malloc 内部被破坏 • 指针类常规问题 • printf() 格式与参数不符, 特别是用 %d 输出 long int • 试图分配内存大小超出一个 unsigned int 类型范围,...特别是在内存有限机器上 • 数组边界问题, 特别是暂时小缓冲, 也许用于 sprinf() 来构造一个字符串 • 错误假设了 typedef 映射类型, 特别是 size t。

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malloc 背后虚拟内存 和 malloc实现原理

为什么需要虚拟内存? CPU 对内存寻址最简单方式就是直接使用物理内存地址,这种方式一般叫做物理寻址。早期 PC 使用物理寻址,而且像数字信号处理器、嵌入式微控制器也使用物理寻址。...检查该段页表是否在内存中。如果在,则找到它位置,如果不在,则产生段错误。...分配时,遵循原则“smallest-first , best-fit”,从顶部遍历到底部以找到一个大小最接近用户需求chunk。...sbrk与mmap 在堆区中, start_brk 指向 heap 开始,而 brk 指向 heap 顶部。...使用 mmap()直接映射 chunk 在释放时直接解除映射,而不再属于进程内存空间。任何对该内存访问都会产生段错误

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【数据结构初阶】单链表补充内容+又双叒叕刷链表题

为什么单链表基本操作中无tail记录尾 4.替换法删除pos结点 4-1.变式 5 .链表调试 6.为什么学校老师讲时候不先讲带头结点 7.刷刷刷题 7-1.回文链表 7-2.相交链表 7-3...; 专业打假:其实这种说法是错误,因为结点数据域为char类型且链表长度大于127时候就会溢出,所以这种说法是错误。...3-5 为什么单链表基本操作中无tail记录尾 看过写题应该知道,在建立新链表时候,通常是采用尾插操作,尾插相对于头插能够保证新链表结点在原链表相对顺序不变,但是尾插缺点是每次尾插都要找尾...链表习题集1 又双叒叕来了,记住题目是环环相扣,记得先把习题集1做了哦,有些解法这里用到将不会再细讲......,而不是题目这么挫A  思路2:牢牢抓住回文链表定义,从前往后和从后往前读都是一样 第一步:拷贝原链表,得到头指针copyhead 第二步:将原链表整体反转,得到r头指针eversehead

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