首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

SPOTlight || 用NMF解卷积空间表达数据

空间解析基因表达谱是理解组织组织和功能的关键。然而,目前空间转录组分析技术(Spatial Transcriptomics,ST)尚未达到单细胞分辨率,往往需要结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)信息来反褶积(或解卷积,Deconvolute )空间数据集。SPOTlight利用这两种数据类型的优势,能够将ST与scRNA-seq数据集成,从而推断出复杂组织中细胞类型和状态的位置。SPOTlight基于一个种子的非负矩阵因子分解回归(Seeded NMF regression ),使用细胞类型标记基因和非负最小二乘(NNLS)初始化,随后去卷积ST捕获位置(spot)。在作者的文章中,在示例数据人类胰腺癌中,成功地将患者切片划分为健康和癌区,并进一步精细绘制正常和肿瘤细胞状态。SPOTlight 流程如下:

01

OCR 【技术白皮书】第一章:OCR智能文字识别新发展——深度学习的文本信息抽取

信息抽取 (Information Extraction) 是把原始数据中包含的信息进行结构化处理,变成表格一样的组织形式。输入信息抽取系统的是原始数据,输出的是固定格式的信息点,即从原始数据当中抽取有用的信息。信息抽取的主要任务是将各种各样的信息点从原始数据中抽取出来。然后以统一的形式集成在一起,方便后序的检索和比较。由于能从自然语言中抽取出信息框架和用户感兴趣的事实信息,无论是在信息检索、问答系统还是在情感分析、文本挖掘中,信息抽取都有广泛应用。随着深度学习在自然语言处理领域的很多方向取得了巨大成功,循环神经网络(RNN)和卷积神经网络(CNN)也被用于信息抽取研究领域,基于深度学习的信息抽取技术也应运而生。

04

Django学习笔记之Queryset详解

Django ORM用到三个类:Manager、QuerySet、Model。Manager定义表级方法(表级方法就是影响一条或多条记录的方法),我们可以以models.Manager为父类,定义自己的manager,增加表级方法;QuerySet:Manager类的一些方法会返回QuerySet实例,QuerySet是一个可遍历结构,包含一个或多个元素,每个元素都是一个Model 实例,它里面的方法也是表级方法,前面说了,Django给我们提供了增加表级方法的途径,那就是自定义manager类,而不是自定义QuerySet类,一般的我们没有自定义QuerySet类的必要;django.db.models模块中的Model类,我们定义表的model时,就是继承它,它的功能很强大,通过自定义model的instance可以获取外键实体等,它的方法都是记录级方法(都是实例方法,貌似无类方法),不要在里面定义类方法,比如计算记录的总数,查看所有记录,这些应该放在自定义的manager类中。以Django1.6为基础。

03
领券