问： 假设我有这个脚本： export.bash #!.../usr/bin/env bash export VAR="HELLO, VAR" 当我执行脚本并尝试访问 $VAR 时，我没有得到任何值!...在调用 shell 的上下文中执行脚本: $ cat set-vars1.sh export FOO=BAR $ . set-vars1.sh $ echo $FOO BAR 另一种方法是在脚本中打印设置环境变量的命令...-f 指 shell 函数 -n 从每个(变量)名称中删除 export 属性 -p 显示所有导出变量和函数的列表 ---- 参考： stackoverflow question 16618071...help eval 相关阅读： 用和不用export定义变量的区别 在shell编程中$(cmd) 和 `cmd` 之间有什么区别 ----
配置文件 启动管道脚本时，Nextflow将在当前目录和脚本基本目录（如果与当前目录不同）中查找一个名为nextflow.config的文件。...以相同的方式，withName选择器允许通过名称在管道中配置特定进程。...它要求您在Singularity安装中启用了用户绑定控制功能（默认值：）false。 cacheDir 远程奇点图像的存储目录。使用计算群集时，它必须是所有计算节点均可访问的共享文件夹。...土井 与项目相关的出版物DOI标识符。 主页 项目主页URL。 主脚本 项目主脚本（默认值：）main.nf。 名称 项目简称。 nextflowVersion 最低要求的Nextflow版本。...NXF_ASSETS 定义了下载的管道仓库的存储目录（默认：$NXF_HOME/assets） NXF_PID_FILE 在后台启动Nextflow时，保存过程PID的文件的名称。
写在前面 由于在更新其他专题的文章，Spring系列文章有很长一段时间没有更新了，很多小伙伴都在公众号后台留言或者直接私信我微信催更Spring系列文章。 看来是要继续更新Spring文章了。...适用场景: 针对我们自己写的组件可以通过该方式来进行加载到容器中。...{ //指定了bean的生命周期的初始化方法和销毁方法....} 标注在构造方法上 @Autowired public CustomAspect(CustomLog customLog) { this.customLog = customLog; } 标注在配置类上的入参中...，大家有啥问题可以在下方留言，也可以加我微信：sun_shine_lyz，我拉你进群，一起交流技术，一起进阶，一起牛逼~~
关于这篇文章 在接下来的两篇文章中，我会阐述在会议（及其共同的活动）中，我通过论文，演讲和讨论上观察到的四个NLP的研究趋势。它主要集中在深度学习，序列模型，序列到序列框架。...原因1：减少搜索空间 米雷拉·拉帕拉（Mirella Lapata）质疑了RNN序列到序列框架的霸权地位。在她非常有趣的主题演讲中，认为所有的语言特征都应该被丢弃。...趋势3：可解释性（Interpretability） 我最近一直在思考可解释性，然而我并不孤单，在深度学习实践者中，神经网络的可怕的“黑匣子”质量使他们难以控制，难以调试。...相关性分数是直接衡量一个神经元在受训模型中对下游神经元的影响。Ding等人的相关性分数提供了一种有效的替代方法来测量序列到序列模型中的词级相关性。...虽然转移学习和注意力可视化可以告诉你“多少”，但他们不会告诉你 “为什么”。为了回答后者，一些研究人员直接研究了表示空间几何的本身。在神经读者的隐藏状态向量中的紧急预测结构中.Wang et al。
我这里使用 Nextflow 作为流程搭建工具，它有着很多强大的功能： 简化数据密集型pipelines的编写 胶水特性：只要可以在Linux系统中运行的程序或不同的编程语言脚本，都可以放在流程中 支持并行计算环境...Processes 间的通信是通过 input， output 来连接 。 四、第一个脚本 将以下示例复制到喜欢的文本编辑器中，然后将其保存到名为 tutorial.nf #!...通过在终端中输入以下命令来执行脚本： nextflow run tutorial.nf 它将输出类似于以下文本的内容： N E X T F L O W ~ version 19.04.0 executor...可以检查由它们生成的文件，使用这些数字来查找特定于进程的执行路径。 修改并恢复 Nextflow跟踪管道中执行的所有进程。如果修改脚本的某些部分，则仅重新执行实际更改的进程。...dlrow 将看到splitLetters实际上跳过了流程的执行（流程ID相同），并且从缓存中检索了其结果。第二个过程按预期执行，打印反转的字符串。
Nextflow通过容器来实现可扩展且可重复的数据分析工作流程。它适用于最常见的脚本语言编写的流水线。其流畅的DSL简化了在云和集群上实现和部署复杂并行的生信数据分析流程。...Nextflow设计基于这样的思想：即Linux是数据科学的通用语言。（PS：这也提示我们，做生信为什么要学Linux。）...快速原型设计 Nextflow允许通过简化将许多不同任务组合在一起来编写计算流水线。用户可以重用现有的脚本和工具，而且无需学习新的语言或API就可以开始使用它。...可移植性 Nextflow在流水线逻辑和执行层之间提供了一个抽象层，因此可以在多个平台上执行而无需更改。...由此产生的应用程序具有固有的并行性，可以在不必适应特定平台架构的情况下，透明地实现纵向或横向扩展。 恢复检查点 在流水线执行过程中，所有生成的中间结果都会被自动跟踪。
在其中，引入子流程 subworflows 和模块 modules ，如下图： 在这一套体系中，模块是最小的单位，每一个软件的具体操作，被包装为模块。然后在模块之上，再封装成子流程。...如果你曾经学习过 Nextflow 却没有学懂，那不是你的错。这套东西没几个人能看懂，更何况用它搭建流程了。...我将流程搭建分为这样几个境界： Shell 脚本 Makefile Python / Perl Python / Perl + Makefile 这足以应付绝大多数的生信数据分析场景，没必要把事情搞得那么复杂...那些年，我们踩过的坑 好的生信团队都是用自己的生信框架。不会用社区的，如WDL，snakemake，nextflow等，我们好多年前就放弃了。不为别的，因为吃过亏。...一个好的生信流程框架应该是怎样的？ 我认为，好的生信流程框架，应该有这样几个特点： 批量任务，能同时分析任意数量样本的任务。 既支持单样本，也支持配对样本的数据分析。
在声明中，第十八届国际科学和生命议会表明奇点运动强调非人类生命形式的倾向本身具有贬值人类生命的副作用。然而，大多数宗教尚未花时间来正式处理奇点的潜在存在性。...作为一个宗教记者，我相信基于相关教义有可能预测世界主要宗教的领袖对奇点会如何反应。 亚伯拉罕诸教(闪米特一神教)和奇点 对奇点最抗拒的教派多半是亚伯拉罕诸教：基督、犹太、穆斯林。...在等待基督再次降临中，奇点能为人打开避免物理死亡的机遇 在基督徒和神像犹太主义者(相信上帝依自身形象造人)身上奇点会有特定的效果。很多基督徒和犹太人笃信这一教义，但他们不确定这意味着什么。...知名的基督教超人类主义者，长老会牧师克里斯托弗·本尼克表达了类似的主张，“我想奇点的概念迫使我们考虑人类是特殊的这一事实，不一定是因为我们是上帝造物中最智慧的生物，相反，是因为我们被上帝爱和呵护”，他告诉笔者...这就是为什么这么多批评家将奇点比作基督教的被提主张；两者都是对人如何努力实现自身目标有重大影响的教义，但(大部分地)基于在各自社区里遭到激烈争论的证据之上。
脚本 脚本是字符串声明，它定义了由过程执行到执行任务的命令。 一个进程仅包含一个脚本块，并且当该进程包含输入和输出声明时，它必须是最后一个语句。 输入的字符串在主机系统中作为Bash脚本执行。...在执行脚本之前，Nextflow用实际值替换它。 $DB变量必须存在于脚本执行环境中，并且Bash解释器将其替换为实际值。...使用Nextflow，您可以选择更适合指定进程执行的任务的脚本语言。 例如，对于某些进程，R可能比Perl有用，在其他进程中，您可能需要使用Python，因为它提供了对库或API等的更好访问。...它是Script定义的替代方案，但有重要区别，它使用感叹号!字符作为Nextflow变量的变量占位符，代替了通常的美元字符。...这样，可以在同一段代码中同时使用Nextflow和Bash变量，而不必逃避后者，并使流程脚本更具可读性和易于维护。
给定流体中每个粒子在某一起始点的速度，欧拉方程应该能够预测流体在任何时候的流动状况。 但是数学家们想知道，在某些情况下——即使一开始看起来没什么问题——这些方程最终是否会遇到麻烦。...在Hou和Luo的证明之前，许多模拟都提出了潜在的奇点，可是后来在一台更强大的计算机上进行测试时，大多数奇点都消失了。...尽管如此，Hou和Luo对奇点的近似解迄今为止经受住了所有的考验，并且鼓励了许多人进行相关的研究。Sverak说：“这是奇点形成的最佳方案，很多人，包括我自己，都相信这一次得到的是一个真正的奇点。”...PINNs再一次揭示了Karniadakis所说的“隐藏流体力学”，只是这一次，他们用PINNs在更具理论性的问题上取得了进展。Karniadakis说：“我还没见过有人用PINNs来做这件事。”...“不稳定的奇点确实存在。所以为什么不找到它们呢？”普林斯顿的数学家Peter Constantin曾这样说道。
Tech 导读 本文核心内容聚焦为什么要埋点治理、埋点治理的方法论和实践、奇点一站式埋点管理平台的建设和创新功能。...01 埋点治理背景 在今年的敏捷团队建设中，我通过Suite执行器实现了一键自动化单元测试。Juint除了Suite执行器还有哪些执行器呢？由此我的Runner探索之旅开始了！...奇点针对金融业务深耕多年，对数据的安全性、稳定性、实时性有多种保障方案，已是业务运营过程中不可或缺的重要环节。奇点管理平台现已实现埋点管理、数据分析一体化。...奇点服务端使用Lua脚本并发处理，而不是传统的Web服务，处理请求速度更快，减少了服务器资源使用。实时数据存放在ES中，相比MYSQL数据库能容纳更多的数据量，查询速度更快。...比如为防止拉取CDN pageId JSON文件失败，增加了重试机制，在未获取到文件时先将上报数据缓存在本地。比如没有匹配成功的URL另做打标处理。
最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具，发现官方有qiime2的流程，学习一下，顺便探索一下中间的坑。...理解下来，nf-core可以使用三种方式进行环境准备，本地安装，conda或者docker，一般来说，对新手最友好的当属conda了，除了有的软件清华源镜像里没有，会速度极慢，容易失败，可能环境准备要放许久...，如果数据不大的话，建议选用一台物理地址在中国香港等地的小云服务器解决，软件安装节省很多很多时间。.../data.qiime2.org/2019.10/common/gg-13-8-99-nb-classifier.qza #然后运行流程，这里我开了一个虚拟机，双核4g #因为已经切到建好的环境了，就不再加上...基本上相当于一个公司的数据分析报告的感觉，我觉得如果再加上一个网页端，人人都可以云生信做微生物数据分析了。毕竟，16S数据分析也不需要多强大的电脑，自己的笔记本就可以搞定。
在今年早些时候在线发布的预印本中，一个由数学家和地球科学家组成的团队发现了一种近似奇点的全新方法——一种利用最近开发的深度学习形式的方法。使用这种方法，他们能够直接观察奇点。...虽然这个证明提供了令人信服的奇点证据，但没有证据就不可能确定它是一个奇点。在 Hou 和 Luo 工作之前，许多模拟都提出了潜在的奇点，但后来在更强大的计算机上进行测试时，大部分都消失了。...「这是迄今为止奇点形成的最佳方案，」Sverak 说。「很多人，包括我自己，都相信这一次是真正的奇点。」 为了充分证明欧拉方程已被爆破，数学家需要证明，给定近似的奇点，附近存在一个真正的奇点。...这些「不稳定」奇点可能是某些流体动力学模型中唯一存在的奇点，包括没有圆柱边界的欧拉方程（求解起来已经复杂得多）和纳维-斯托克斯方程。「不稳定的事情确实存在。那为什么不找他们呢？」...但即使对于经典技术可以处理的稳定奇点，PINN 为具有圆柱边界的欧拉方程提供的解「是定量和精确的，并且更有可能变得严谨，」Fefferman 说。「现在有了一个通往证明的路线图。这将需要大量的工作。
输出值 val限定符允许输出一个值在脚本上下文中定义。...需要注意，如果指定为输出的通道先前未在管道脚本中声明，则它将由输出声明本身隐式创建。 多个输出文件 当输出文件名包含*或?通配符时，它将被解释为全局路径匹配器。...使用Nextflow，在大多数情况下，您无需为输出文件命名，因为每个任务都在其自己的唯一临时目录中执行，因此由不同任务生成的文件永远不会相互覆盖。...可以添加optional true到输出声明中，告诉Nextflow如果未创建声明的输出，则不要使进程失败。...该过程不会失败。
container container指令允许在Docker容器中执行流程脚本。...这对于在可复制的独立环境中执行脚本或在云中部署管道非常有用。 对于本地执行的进程，将忽略此伪指令。...后者定义了流程执行期间允许的错误总数（同一流程可以启动不同的执行实例），而maxRetries定义了在发生错误的情况下可以重试同一流程执行的最大次数。...在Nextflow配置文件中定义时，可以使用规范的关联数组语法定义容器设置。... ''' } 通过这样做，它尝试$TMPDIR在执行节点中的变量定义的目录中执行脚本。
今天从大哥手里接了一个需求： 验证一下新的 Docker 镜像仓库（Docker Registry）是否迁移成功了 简单粗暴的方法就是拿到老仓库中的镜像列表（Image List），在新仓库模拟用户重新拉取...我拿到镜像列表文件了，先使用 cat imagelist | wc -l 查看了一下行数（镜像数量），4254 个，还行，不算太多 ---- 思路： 拉取列表中的镜像，拉取成功后将其删除并标记为成功...拉取失败就标记为失败和并记录错误 如果拉取超时，就标记超时 如何标记呢，因为我们将会使用多进程，多个进程间通信还是蛮麻烦的，这里偷个懒：直接使用 append 模式直接将结果写入文件 with open...，它是大名鼎鼎的 gevent，为什么使用它，因为我们的任务是 I/O密集 型的，gevent 擅长处理这类任务（有兴趣可以去了解下猴子补丁） pip install gevent 我们看导入模块的代码...，尽快完成任务为目的） 每个进程里面 docker pull 的并发为 5（gevent 协程池） 所以我们总的并发数就是 40，这样就完成了可控制并发的脚本 代码如下： def each_process
狄拉克通过不了图灵测试杨振宁在1997年1月17日香港的“科学工作有没有风格”演讲中(演讲词后来以《美与物理学》为题目公开发表)，讲到了狄拉克的一则轶事：狄拉克有次在普林斯顿演讲，在提问阶段，有一个学生说...：“狄拉克教授，我没明白那个方程式三是怎么从方程式二演化出来的。”...奇点这个词在不同的学科有不同的意义，在数学中，奇点指在该点上，某条曲线或某个曲面以无限快的速度变化；在天体物理学中，奇点表示最初宇宙大爆炸时刻的状态。...伤害了，大家可以去查一下卡斯帕罗夫、李世石在失败后的表现，卡斯帕罗夫赛后怀疑IBM公司作弊了(可是他已经是世界第一了)，李世石1:4输给AlphaGo，只有在唯一的一盘胜利之后才面露喜色，其他场比赛后都神情沉重...这句话有很多中文翻译，我的理解是这样： 我们能够预见的事情太少了，眼前的事就够我们忙活的了。 本文内容节选自《人工智能：是什么？为什么？怎么做？》
最近一直在研究 Jenkins 的流水线插件 Pipeline，既然是研究，自然就不是为了掌握基本用法了，而是高级用法。...首先，可以直接在 Jenkins 任务中写入 Pipeline script 的语法，这种方式的好处是可以更方便的修改任务的脚本，方便调试，劣势就是不方便管理脚本；另一种方式是直接使用代码管理平台远程拉取脚本...，比如把脚本放到 GitHub 上面，运行直接先从代码仓库拉取脚本，然后执行，这种方式是比较好的。...下图可以看一下使用拉取 GitHub 代码仓库中脚本的方式： Pipeline script 支持两种语法，具体可以看看语法介绍，这里我比较推荐的是使用声明性 Pipeline 语法。...比如下面截图是生成 git 拉取代码的语法： 可以看到，代码拉取的步骤其实跟之前操作步骤插件的时候一样，非常方便，最后可以生成一条流水线步骤的语法，这个语法可以直接用到脚本中，自己可以根据需要进行一些修改
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