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没有自己的服务器如何学习生物数据分析(下篇)

那如何将这几句话翻译成 SQL 语句呢 每条染色体基因个数的分布? 思考一下,问的其实是: 每个 Chrom 值,对应 几种、不重复的Gene?...所以如果要调整顺序,得自己想办法。我就用了高阶函数做这个事情。具体大家参考 廖雪峰大神的Python 教程之匿名函数篇 加 高阶函数篇。...有Python基础的注意,由于 map 返回的是 pandas 的 DataFrame 而不是 Python 默认的list,实际上 reduce 的 append 是 Pandas的append 而不是系统...万一又要看其他的呢? 防止这种情况,很简单,把基因类型那一列加进去,分不同基因类别,全算出来放那里就好了。...随着各种云计算平台的快速发展以及互联网巨头公司的大力投入,包括生物信息从业者在内的各种数据分析工程师现在几乎可以不受本地工作环境和条件的制约。 只要你有心,只要你愿意,就可以学习自己想学的东西。

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    浅谈pandas,pyspark 的大数据ETL实践经验

    本文主要以基于AWS 搭建的EMR spark 托管集群,使用pandas pyspark 对合作单位的业务数据进行ETL ---- EXTRACT(抽取)、TRANSFORM(转换)、LOAD(加载) 等工作为例介绍大数据数据预处理的实践经验...UTF-8 -r --nosmart --notest /your_directory 2.2 指定列名 在spark 中 如何把别的dataframe已有的schame加到现有的dataframe 上呢?...如果其中有值为None,Series会输出None,而DataFrame会输出NaN,但是对空值判断没有影响。...数据质量核查与基本的数据统计 对于多来源场景下的数据,需要敏锐的发现数据的各类特征,为后续机器学习等业务提供充分的理解,以上这些是离不开数据的统计和质量核查工作,也就是业界常说的让数据自己说话。...() pdf_Parents= df_Parents.toPandas() pdf_Parents.plot(kind='bar') plt.show() 顺带一句,pyspark 跑出的sql 结果集合

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    如何从 Pandas 迁移到 Spark?这 8 个问答解决你所有疑问

    我喜欢 Pandas — 我还为它做了一个名为“为什么 Pandas 是新时代的 Excel”的播客。 我仍然认为 Pandas 是数据科学家武器库中的一个很棒的库。...Spark 生态系统现在发展得相当成熟,你无需担心 worker 编排事宜,它还是开箱即用的,且速度飞快。...我觉得大于 10GB 的数据集对于 Pandas 来说就已经很大了,而这时候 Spark 会是很好的选择。...你完全可以通过 df.toPandas() 将 Spark 数据帧变换为 Pandas,然后运行可视化或 Pandas 代码。  问题四:Spark 设置起来很困呢。我应该怎么办?...它构建了所有变换的一个图,然后在你实际提供诸如 collect、show 或 take 之类的动作时对它们延迟求值。

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    用PySpark开发时的调优思路(下)

    2)executor-memory 这里指的是每一个执行器的内存大小,内存越大当然对于程序运行是很好的了,但是也不是无节制地大下去,同样受我们集群资源的限制。...有的时候会设置得偏少,这样子程序就会跑得很慢,即便你设置了很多的executor,但也没有用。...而为什么使用了这些操作就容易导致数据倾斜呢?大多数情况就是进行操作的key分布不均,然后使得大量的数据集中在同一个处理节点上,从而发生了数据倾斜。...Plan B: 提前处理聚合 如果有些Spark应用场景需要频繁聚合数据,而数据key又少的,那么我们可以把这些存量数据先用hive算好(每天算一次),然后落到中间表,后续Spark应用直接用聚合好的表...]], columns=['name', 'nums']) Spark_df = spark.createDataFrame(df) print(Spark_df.show

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    2024即将结束,看看这10个你可能错过的JavaScript怪异现象

    为什么它会让你感到困惑呢? 可以把 null 想象成一个假的对象,尽管它并不具备对象的属性和方法,但 JavaScript 系统却偏偏把它当成了对象。...为什么这对你很重要呢? 如果你在做财务、账单、科学计算等对精度要求非常高的工作时,可能会遇到很多这种“意外”错误。你可能会发现,精确到小数点后几位的计算总是跟你预期的不一样。...程序员可能会因为 with 语句而花费大量时间去排查问题。 为什么 with 语句现在几乎没人用呢?...而浏览器在遇到这类注释时,却不会出错。这会让开发者在不同环境下调试时,浪费很多时间去寻找“看不见”的错误。 怎么避免这个问题呢?...每当你遇到一个自信满满的 JavaScript 专家时,不妨抛出这些“奇怪的事实”,看看他们的表情是不是瞬间凝固,眉头微挑。你会发现,连老牌的开发者也有可能被这些“意外的惊喜”逗得哑口无言。

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    Oracle 12c PDB迁移及ORA-00600错误分析和解决(r10笔记第72天)

    这个为什么就抛出了这个问题呢。 为了尽快修复这个问题,我打开生成的配置文件,把SQL Patch的这一段信息删除了,然后再次运行上面的检查脚本就没有问题了。...基本的准备工作做完了,也算是有惊又险。 我们创建PDB,注意文件路径的映射。...8 ACTVDB MIGRATE YES 但是让我有些意外的是这个脚本执行失败了,而且抛出了ORA-00600的错误。...对于这个问题,真是让我一头雾水,查看MOS也没有找到直接的解答,而查看OTN的问答,发现有些朋友也确实碰到了。有人找到了根上,那就是编译一个包的时候会抛出ORA-00600的错误。...但是应用的连接能够正常进来,也算是躲过了一劫,而马上我就发现这个问题不是一般的纠结。

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    ArrayList中几个不为人知的事情

    既然ArrayList已经支持泛型了,那么为什么ArrayList源码的容器定义为什么还要定义成下面的Object[]类型呢?...有两种方式: 1、进行前面说的做一次转换,但不推荐 就像上面代码所展示的,我们可以初始化成Object[]类型之后再转换成E[],但前提是你得保证这次转换不会出现任何错误,通常我们不建议这样子写!...你可能会很好奇我为什么没有讲transient,这个小编放到下面序列化反序列化时讲。 2、既然ArrayList可以自动扩容,那么它的扩容机制是怎样实现的?...有时候,我们得保证当增加水的时,原来的容器也可以装入新的的水而不至于溢出,也就是ArrayList的自动扩容机制。...异常,那到底是为什么呢?

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    如何组织PHP中的异常

    为什么还使用异常? 在讨论使用异常之前,我们得统一认识:使用异常对项目是有益的。我们看看没有异常的时候,我们的处理方式。...FileWasNotReadable extends RuntimeException 此时具体的错误都是过去式的句子,而基类都是带有统一后缀的。...这些错误是无法避免的,我们不可能开发一个没有错误的系统,我们能做得只是当这些错误发生的时候,尽快的去通知系统管理员,而不是代码出现fatal。...这就是为什么我们在开发中需要在某一软件层捕获运行时错误,而对于逻辑错误,我们尽可能让它在开发时就让他们暴露出来,好让我们在开发时就解决它。...,如:数据库连接失败,这样子的错误信息直接返回给调用方,那怎么解决呢?

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    你没有抓住 Promises 的要点

    啥意思呢?我们先来看同步函数两个非常重要的特性: 它们都有返回值 它们都可以有异常抛出 这两个都是必不可少的。...相似的,你也没法抛出异常了,因为没有人回去捕获它。所以我们踏入了“ 回调的地狱”,返回值嵌套了回调,错误需要手动传给原有的调用链,这样你就得引入类似于像 domain 这样疯狂的东西了。...,都必须要有显式的错误捕获处理机制。...比如这个,一个可以和一切真正满足 Promises/A 规范的类库一起工作的 retry 函数。...当然,还有很多工作要做。值得注意的是,在写这篇文章的时候,JQuery 的最新版本是 1.9.1,它的 promises 在错误处理上的实现是完全错误的。

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    Java基础语法(十)—— 认识异常

    其实很好理解,打一个非常形象的比喻来理解啊: 比如说有一个你非常喜欢的女生,你想要去拉她的手,那么有几种方式呢? 第一种方式 LBYL:问一下:我能拉你的手吗?...对比两种不同风格的代码, 我们可以发现, 使用第一种方式, 正常流程和错误处理流程代码混在一起, 代码整体显的比较混乱. 而第二种方式正常流程和错误流程是分离开的, 更容易理解代码....我们记录的错误日志是出现异常的方法调用信息, 能很快速的让我们找到出现异常的位置. 以后在实际工作中我们会采取更完备的方式来记录异常信息....throw 一般抛出一个你想要抛出的异常(或者自定义的异常) (1)throw 的使用 我们来看代码示例: ?   我们用 throw new 了一个算数异常,为什么要 new 呢?...异常是以Exception 结尾的,而错误是以 Error 结尾的。 对于Error 来说——这种错误一定得由程序员自己解决。 而对于Exception 来说——异常时可以由程序自己解决的。

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    13 年的 Bug 调试经验总结

    在调试这类问题时,我们总是假定在空闲列表中的时候连接被设置为down(但当时为什么不把它放到列表外面呢?)。这是我们思考的不足,没有考虑到有时候事情会过早发生。 3.悄无声息的故障。...一些最难跟踪的bug有部分是由那些静静失败并扩展而不是抛出错误的代码所导致的。例如,没有检查代码却返回错误的系统调用(如bind)。又如:解析代码在它遇到错误元素的时候只是返回而非抛出错误。...通常,如果调试问题花了很长时间,往往是因为我做了错误的假设。例如,我认为问题发生在某一方法中,但事实却是它甚至从来没有到达那个方法。或者,被抛出的异常不是我以为的那个。...因此,一定要核实细节,而不是假设。人们更容易看到自己希望看到的东西,而不是事实。 16.最近的变化。当曾经可以正常工作的东西停止工作,那么这通常是因为最近改变的东西所导致的。...在一个案例中,最近的改变只是日志记录,但是日志中的错误却导致了一个更大的问题。为了更容易找到这种回归,承认不同的提交会导致不同的变化,以及清楚说明这些更改会有所裨益。 17.相信用户。

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    执行一条SQL,这之间到底发送了啥

    Mysqld工作模型 连接层:提供连接 提供可连接协议,例如(TCP/IP, socket) 验证用户名密码等连接 提供专用的连接线程 在mysql命令行中使用show processlist;查看连接线程...语法检查,如果语法不属于sql语句系列,直接抛出错误,终止执行此语句。若通过之后执行下一步 语义,进一步释意sql语句。若表不存在,字段名不存在。直接抛出错误,终止执行此语句。...理论上确实如此,但是实际上却并不一定是这样的。mysql的优化器仅仅帮我们达到了局部最优,而不是全局最优。类似于“贪心算法”思路,我们得到的最终结果就并不一定是全局最优的。...方法3无疑是全局最优的方案,而优化器能帮我选举出的防范最多到方案2。为什么呢?...如果内存释放不及时,由于数据量的增加而造成内存溢出。说不定mysql就挂彩了 那么迭代查询好处是可以及时的释放内存,查过的读出来后又放回磁盘中,这样就避免了内存不足而造成的隐患。

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    程序员翻车时的 30 种常见反应

    但是,如果代码跑得好好的,为什么要去修改它们呢?我经常会陷入这样的两难境地,而且我相信这也困扰着很多其他程序员。 2....网站提供了很多很好的插件和模板,可以被用在各种各样的项目中。 3. “为什么这个脚本要用这么多库?”...为什么要重复发明轮子呢?要扩展用户界面、程序或网站,插件是一种很好的方式。另外,插件还能提供定制化功能。如果找不到相应的插件,为什么不自己开发一个? 6....花上几个小时盯着代码看,查找函数名或变量作用域中的错误,最后却发现少了右括号,那种感觉很怪异。所有的时间都浪费在了一个很小的语法错误上,感觉自己真是个天才,也是个傻瓜。 12....如果你忘记添加结束分号,只是一个无心的错误,但解析器不理解这一点,它会无情地抛出一个致命错误。然后,你必须再花 20 分钟来查看代码,最后你发现缺少了一个分号。也许这就是调试的“乐趣”。 23.

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    再看LayoutInflater,这次你可能又会有新的认识

    这是因为Android SDK在上层给我们做了一些很好的封装,让开发工作变得更加简单。...那么一个布局可不可以没有父布局呢?当然也是可以的,这也是为什么root参数被标为@Nullable的原因。 但是如果我们inflate出来了一个没有父布局的布局,又该如何去展示它呢?...这也是为什么这两个属性叫作layout_width和layout_height,而不是width和height。...重新运行程序,效果如下图所示: 到这里为止,我们就将inflate()方法的第二个参数root的作用解释得非常清楚了。那么还有一个问题就是,第三个参数attachToRoot又是什么意思呢?...为什么修改第三个参数之后会出现这样的错误呢?我们现在就来分析一下。 首先关注一下第三个参数的名字是什么,attachToRoot。从字面意思上看,是在问我们是否要添加到root上面。

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    matinal:http post集成报错Request method ‘POST‘ not supported,对方系统说:告诉你们用POST,你们还用GET,这TM和GET有关系吗,NMD

    还NMb说文档,好意思说那个文档,写的什么特么b的文档,按照文档上跟他们做,他们又说不对,你得这样,得那样,结果还要说文档,真NMb服了。...当时就感觉奇怪,我自己用postman都能调通啊,为什么你那边不能允许访问呢。看到这个错误码,于是我就抛出两个问题给他: 你是用post请求吗?...4、拓展 虽然问题解决了,但是为啥Spring MVC 为啥抛出那样的日志,而不是具体的错误信息呢?如果是具体的错误信息那不简单明了嘛,也不至于花了这么时间去定位问题所在。...于是继续调试看看这个错误信息为什么被转换了?...看到上图就应该想到之前提示的日志为什么有[org.springframework.web.servlet.PageNotFound],而找不到对应的类了吧,因为它只是一个日志的Event_Name。

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    13 年的 Bug 调试经验总结

    在调试这类问题时,我们总是假定在空闲列表中的时候连接被设置为down(但当时为什么不把它放到列表外面呢?)。这是我们思考的不足,没有考虑到有时候事情会过早发生。 3.悄无声息的故障。...一些最难跟踪的bug有部分是由那些静静失败并扩展而不是抛出错误的代码所导致的。例如,没有检查代码却返回错误的系统调用(如bind)。又如:解析代码在它遇到错误元素的时候只是返回而非抛出错误。...通常,如果调试问题花了很长时间,往往是因为我做了错误的假设。例如,我认为问题发生在某一方法中,但事实却是它甚至从来没有到达那个方法。或者,被抛出的异常不是我以为的那个。...因此,一定要核实细节,而不是假设。人们更容易看到自己希望看到的东西,而不是事实。 16.最近的变化。当曾经可以正常工作的东西停止工作,那么这通常是因为最近改变的东西所导致的。...在一个案例中,最近的改变只是日志记录,但是日志中的错误却导致了一个更大的问题。为了更容易找到这种回归,承认不同的提交会导致不同的变化,以及清楚说明这些更改会有所裨益。 17.相信用户。

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    13 年的 Bug 调试经验总结

    在调试这类问题时,我们总是假定在空闲列表中的时候连接被设置为down(但当时为什么不把它放到列表外面呢?)。这是我们思考的不足,没有考虑到有时候事情会过早发生。 3.悄无声息的故障。...一些最难跟踪的bug有部分是由那些静静失败并扩展而不是抛出错误的代码所导致的。例如,没有检查代码却返回错误的系统调用(如bind)。又如:解析代码在它遇到错误元素的时候只是返回而非抛出错误。...通常,如果调试问题花了很长时间,往往是因为我做了错误的假设。例如,我认为问题发生在某一方法中,但事实却是它甚至从来没有到达那个方法。或者,被抛出的异常不是我以为的那个。...因此,一定要核实细节,而不是假设。人们更容易看到自己希望看到的东西,而不是事实。 16.最近的变化。当曾经可以正常工作的东西停止工作,那么这通常是因为最近改变的东西所导致的。...在一个案例中,最近的改变只是日志记录,但是日志中的错误却导致了一个更大的问题。为了更容易找到这种回归,承认不同的提交会导致不同的变化,以及清楚说明这些更改会有所裨益。 17.相信用户。

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    13 年的 Bug 调试经验总结

    在调试这类问题时,我们总是假定在空闲列表中的时候连接被设置为down(但当时为什么不把它放到列表外面呢?)。这是我们思考的不足,没有考虑到有时候事情会过早发生。 3.悄无声息的故障。...一些最难跟踪的bug有部分是由那些静静失败并扩展而不是抛出错误的代码所导致的。例如,没有检查代码却返回错误的系统调用(如bind)。又如:解析代码在它遇到错误元素的时候只是返回而非抛出错误。...通常,如果调试问题花了很长时间,往往是因为我做了错误的假设。例如,我认为问题发生在某一方法中,但事实却是它甚至从来没有到达那个方法。或者,被抛出的异常不是我以为的那个。...因此,一定要核实细节,而不是假设。人们更容易看到自己希望看到的东西,而不是事实。 16.最近的变化。当曾经可以正常工作的东西停止工作,那么这通常是因为最近改变的东西所导致的。...在一个案例中,最近的改变只是日志记录,但是日志中的错误却导致了一个更大的问题。为了更容易找到这种回归,承认不同的提交会导致不同的变化,以及清楚说明这些更改会有所裨益。 17.相信用户。

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    13 年的 Bug 调试经验总结

    在调试这类问题时,我们总是假定在空闲列表中的时候连接被设置为down(但当时为什么不把它放到列表外面呢?)。这是我们思考的不足,没有考虑到有时候事情会过早发生。 3.悄无声息的故障。...一些最难跟踪的bug有部分是由那些静静失败并扩展而不是抛出错误的代码所导致的。例如,没有检查代码却返回错误的系统调用(如bind)。又如:解析代码在它遇到错误元素的时候只是返回而非抛出错误。...通常,如果调试问题花了很长时间,往往是因为我做了错误的假设。例如,我认为问题发生在某一方法中,但事实却是它甚至从来没有到达那个方法。或者,被抛出的异常不是我以为的那个。...因此,一定要核实细节,而不是假设。人们更容易看到自己希望看到的东西,而不是事实。 16.最近的变化。当曾经可以正常工作的东西停止工作,那么这通常是因为最近改变的东西所导致的。...在一个案例中,最近的改变只是日志记录,但是日志中的错误却导致了一个更大的问题。为了更容易找到这种回归,承认不同的提交会导致不同的变化,以及清楚说明这些更改会有所裨益。 17.相信用户。

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