为什么python生成的PyMoL (pml)脚本不能在pymol中正常运行？

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python、python-2.7、scripting、pymol

我已经编写了一个python脚本，它获取上游结果并将其输出为pml脚本(一系列PyMoL命令)。当我在pymol中运行该文件时，一些命令会运行，但命令行返回'Invalid selection‘Selector-Errors。fetch 3MPFremove 3MPF align 3MPFB6

浏览 5提问于2017-08-08得票数 0

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PyMol:通过Python向结构中添加虚线

python、pymol

我使用Pymol来加载pdb文件以进行分子表示。使用PyMol python库，我将柱面创建为cgo (编译图形)对象。'ribbon', selection=str(pymol.cmd.get_names()[0])) 运行此python脚本后，PyMol将使用以下表示形式打开：在上面的图像中，蛋白质带(绿色)是从pdb文件中加载的</e

浏览 2提问于2015-07-09得票数 1

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我已经下载了pymol并在我的mac上使用。我从“应用程序”文件夹打开它。我可以在其中成功地运行python脚本。但是，我不能在该脚本中导入任何库。我目前所知道的将重要库添加到python环境的方法是通过anaconda导航器。有没有一种方法可以让anaconda将pymol应用程序看作一个环境，然后我可以将库添加到其中？有更简单的方法来添加库吗？我尝试过使用pip安装，但我不太理

浏览 0提问于2019-07-05得票数 4

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printf中的变量

bash、variables、printf

使用bash，我需要打印一些txt文件，这实际上是另一个python脚本，由移到主脚本中的变量(t)中的一些标题组成cmd.load("$/script.pyimport py

浏览 0提问于2015-04-10得票数 0

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蛋白质结构可视化

python、opengl、bioinformatics、vtk、protein-database

我被要求从事蛋白质结构可视化的工作，就像RasMol一样，用户可以打开pdb文件来获取蛋白质结构。如何从pdb文件生成蛋白质结构？我想用Python语言编写代码，并可视化我应该使用OpenGL还是VTK的结构？在这方面，有没有其他的模块可以帮助我？

浏览 5提问于2011-07-23得票数 5

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统一启动程序在运行PyMol时显示两个问号

unity、python

pymol是通过包装器脚本启动的。一旦它运行，我会在发射器中得到两个问号。Pymol本身在破折号上有一个图标。但是，由于'pymol‘只是包装器，所以在其他两个实例运行时不使用这个图标。我看过/usr/bin/pymol的脚本，但不知道如何继续。我想我必须为每个启动窗口创建.desktop文件，但我不知道它们的名称。在运行<

浏览 0提问于2011-05-28得票数 2

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当且仅当从bash脚本调用时，Pymol才会给出seg-fault

bash、pymol

因此，我正在编写一段代码，将两个不同的pdb文件加载并对齐到pymol中，然后保存每个文件中的部分。我需要在几个不同的文件上运行它。不幸的是，当我尝试从bash脚本启动pymol时，它出现了seg错误。如果我只告诉它启动pymol，它甚至会出错，当我从命令行(手动输入)启动pymol时，从来没有发生过这种情况。为什么会发生这种情况，我如何修复或绕过seg故障问题？

浏览 30提问于2019-06-28得票数 1

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在第三方模块中导入的模块之间的名称冲突

python、import、name-collision

当您是moduleA或moduleB的作者时，以下问题询问如何解决此问题。我想在Python调试器pdb下运行一个名为PyMOL的程序。PyMOL安装的相关部分如下所示： __init__.pyPyMOL是通过执行__init__.py运行的。之后，当PyMOL试图导入它的c

浏览 4提问于2014-11-20得票数 2

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在PyMOL中使用自动对接/Vina插件时遇到错误

plugins、pymol

我是PyMOL的初学者，我正在将它用于我的docking项目。我在使用PyMOL中的Autodock/Vina插件时遇到错误。我正在尝试执行网格的设置，当我单击允许我更改网格参数x、y和z的箭头时，出现了错误1。至于错误2，它发生在我试图在下一页生成受体的时候。我期待着阅读你的任何回复，我提前感谢你，部署 Error: 1 TypeError Exception in Tk callb

浏览 176提问于2020-12-16得票数 1

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在CentOS 7上从源安装pymol时出现错误

centos7、pymol

我正在尝试使用pymolwiki ()上描述的方法从源代码安装我的centos 7系统上的pymol，一切正常，直到我运行安装脚本：modules=$prefix/modules # If you want to install as root, then splitthis line up in "build&q

浏览 8提问于2017-06-08得票数 1

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通过从文本文件导入残基列表使用PyMol脚本选择蛋白质中的保守残基

python、bioinformatics、pymol

我想使用PyMol脚本选择蛋白质中某些高度保守的残基(通过评分机制计算，并在文本文件中列出-每个残基在一行中)。下面我正在使用的PyMol脚本不起作用。如果有人能帮助我，我将不胜感激。脚本的某些部分在单独运行时工作得很好-当脚本中提到残留数时，Pymol脚本不需要从文本文件导入列表，而只有将数字从文件加载到数组中</em

浏览 0提问于2012-12-08得票数 1

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在Ubuntu 18.04上python版本和启动程序的问题

python、pyqt、pymol

从那时起，我在其他程序上也遇到了几个问题:如果我想运行pymol，我花了2天时间才开始运行，我得到了这样的消息： Qt not available, using GLUT/Tk interface Traceback: compile with --glut 我记得要获得所有正确的版本(Python3.7和PyQt5)来运行最新的开源pymol是相当困难的。但在某种程度上，我让它正常工作，

浏览 152提问于2020-10-28得票数 1

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pymol忽略python脚本中的隐藏对象

python、pymol

我正在编写一个python脚本，从PyMol命令行运行，以绘制特定原子核之间的距离。它跑起来了！我现在要做的是仅在PyMol查看器中未隐藏的链之间绘制距离。这将是方便的，因为它将允许我简单地打开一个PDB文件，隐藏我不需要的链，并运行脚本仅在显示的链上绘制距离。这个是可能的吗？需要说明的是，我知道cmd.hid

浏览 1提问于2017-06-21得票数 0

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Python中的Pymol，无背景

python、background、pymol

我从python运行脚本到pymol，一切都很好，直到出现下面这行：我有保存准备好的结构的功能，一切正常，没有错误发生，但背景不透明，它仍然是黑色的。

浏览 5提问于2015-09-01得票数 0

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如何使用python脚本输出.pdb文件？

python、bioinformatics、protein-database、pymol

我目前正在使用python操作一个.pdb ()文件。我的最终目标是将python脚本转换成pdb文件，这样我就可以在VMD或PyMol.Can中运行模拟有人能帮帮我吗？

浏览 5提问于2013-07-23得票数 2

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如何将PyMOL中的命令输出保存到txt文件中？

python、scripting、pymol

我是PyMOL新手，我正在编写一个python脚本，它将生成一个.txt文件并将一个PyMOL命令输出保存到它。假设它有一个数组，其中包含pdb文件的名称和一个for循环，该循环将每个文件与特定的蛋白质对齐：cmd.fetch

浏览 3提问于2020-08-11得票数 0

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如何按顺序对文件名从1运行到4000次运行脚本4000次？

command-line、bash、scripts、automation

我编写了下面的命令，我想运行脚本，我为所有文件编写了4000次，从1到4000，所以我写了：问题是，脚本中的数字本身每次都需要更改，我的脚本如下所示： color gre

浏览 0提问于2020-05-29得票数 0

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在这种情况下，我不太确定如何定义用户

python-3.x、pymol

我是python的新手；我有化学背景，我正在攻读计算化学硕士学位。我正在尽可能快地学习计算机科学。我现在不知道如何解决这个错误。我已经用谷歌搜索了这个问题，但答案实际上并不令人满意。如果你们能给我一些关于如何修复这个错误的提示，我将不胜感激。谢谢，清乐从RunRMSD导入RunRMSD RunRMSD()然后，它使用一个文件(RunRMSD)中的</

浏览 3提问于2015-12-29得票数 0

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同步pymol

python-3.x、bioinformatics、pymol

我试图加载一个mrc文件，生成它的地图，然后保存图像，问题是它只保存一个空白图像，我运行的代码如下： from pymol import cmd cmd.load('./6vof.mrc', ' 6vof/test.png', 300, 200) 界面中的等效代码确实可以工作，我想知道如何让save方法等待所有内容的呈现。

浏览 45提问于2021-02-10得票数 0

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XCode项目包括Python2和Python3

python、xcode、pymol

嗨，我正在为一个项目编写两个python脚本。我的目标是在python3中完成一些分析的前端，并输出许多文本文件(已完成)。分析的后端将读取文本文件和与PyMOL的接口，这是与python2相关的(我没有意识到)。使用Xcode，或者其他什么东西--如果Xcode设备不足，我可以作为一个项目连续运行我的2个脚本吗？基本上，我希望在Xcode<em

浏览 2提问于2015-05-15得票数 0

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