作者：孙强 大数据文摘原创文章，转载需后台留言申请 众所周知，人体是由细胞组成的。单个细胞很小，肉眼不可见，要借助显微镜才能看到。很多人也许会问，人体总共有多少个细胞组成？...根据某些早期的教科书，人体的细胞总量在5到50万亿(5-50trillion)之间。...细胞的平均寿命约7-10年, 就是说, 每隔7-10年人就会脱胎换骨一次。 在不同种类的人体细胞中，值得一提的是干细胞(stemcell)。...癌细胞是人体细胞中的异教徒，是一个完全脱离了人体控制的自由疯长的细胞群。这种异化是由于基因组变异带来的，一些常见的和癌症有关的基因如BRCA，P53,Ras基因等，已经得到了很好的研究。...已经鉴定的癌症基因有100多个，有研究推测人体基因组1％的基因的变异可能和细胞癌化相关－人体有2万多个基因，也就是200多个基因可能会同癌症发生有关系。
生信技能树核心成员，单细胞天地特约撰稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。 ❝将单细胞研究的基本思路与新药研发的成熟管线结合起来。...，随着单细胞技术的应用，找到疾病相关的调控因素可以说是单细胞数据分析的的应有之义：细胞层面的表型和基因层面的通路。...在单细胞时代之前我们知道了人体屏障主要是肠道（吸收）、血脑屏障（分布）、肝脏（代谢）、肾脏（排泄），但是往往不知道具体发挥这个屏障功能的是哪种细胞类型，或者这个屏障如何在单细胞水平上的调节器在哪。...一旦我们绘制出来人体生理屏障的细胞图谱，我想这将加深我们对药物在体内的代谢以及药效发挥的重新理解。...人体屏障组织的细胞代谢功能的异质性，既影响药物穿过屏障的效率，也影响药物被吸收和排泄的效率。如神经性药物要发挥作用往往需要考虑血脑屏障的存在。 ?
LSP（Leeds Sports Pose Dataset） 单人人体关键点检测数据集，关键点个数为14，样本数2K，在目前的研究中作为第二数据集使用。...MPII（MPII Human Pose Dataset） 单人/多人人体关键点检测数据集，关键点个数为16，样本数25K，是单人人体关键点检测的主要数据集。...COCO 多人人体关键点检测数据集，关键点个数为17，样本数多于30W，多人关键点检测的主要数据集，主流数据集。...AI Challenger 多人人体关键点检测数据集，关键点个数为14，样本数约38W，竞赛数据集。...PoseTrack 最新的关于人体骨骼关键点的数据集，多人人体关键点跟踪数据集，包含单帧关键点检测、多帧关键点检测、多人关键点跟踪三个人物，多于500个视频序列，帧数超过20K，关键点个数为15。
干细胞是在一定条件下具有无限自我更新与增殖分化能力的一类细胞，能够增殖产生和自己完全相同的子细胞，也能分化成为组成机体组织、器官的各种功能细胞。...好消息是，2006年，一名日本科学家发现了一种技术，可以诱导已经分化了的体细胞重新编程回多功能干细胞，具有几乎等同于胚胎干细胞的作用，这被称为“诱导性多能干细胞”（ Inducedpluripotent...三种人工诱导干细胞对比发现：分化能力和效率基本相同；人工诱导的效率：基本相同；生成的干细胞的端粒长超级百岁老人的细胞差一点。...端粒部分的基因约50～200个核苷酸，会因多次细胞分裂而逐渐丢失，以至细胞不再分裂。因此，严重缩短的端粒是细胞老化的信号。...数据证明，极端年龄并不是端粒长度恢复过程中重新编程的绝对障碍。 通过对回顾性样本进行重新编程，我们或许能够扩大这一小群超级百岁老人供体的规模。 为什么超级百岁老人95%都是女性？
英文标题：Single-cell transcriptomes of the human skin reveal age-related loss of fibroblast priming 中文标题：人体皮肤的单细胞转录组显示与年龄相关的成纤维细胞启动的损失...期刊：《Commun Biol》 影响因子: 6.268 发表时间:2020 Apr 23 研究领域：皮肤成纤维细胞 文献概述 问题：成纤维细胞是人体皮肤结构和功能的基本细胞群。...对来自老年亚群最具代表性的基因的GO分析表明，每个簇的功能注释都存在相当大的年龄依赖性损失。与年轻的成纤维细胞亚群相比，老年显示出较少的功能相关term。...总之，scRNA-seq数据概括了与皮肤老化相关的已知表型。 最后，已知成纤维细胞在体内平衡期间与许多其他皮肤细胞类型建立相互作用。...表明成纤维细胞与其交流细胞类型之间相互作用的丧失代表了衰老人体皮肤以前未被识别的分子表型。 结论 (1) 以前的单细胞研究要么集中在从异质供体组获得的暴露在阳光下的组织上。
这里说的医疗机器人并不是人形机器人为人类做手术，而是把机器人注射到人体内去消灭癌细胞，也就是传说中的“纳米机器人”。 ?...该研究团队近日研发的这种新型的纳米机器人试剂能够在血流中穿梭，将肿瘤活跃的癌细胞作为靶标并进行给药。...因此,对人体剧毒的药物剂量能够显著减少。 这并不是“纳米机器人”用在医疗的第一次提出和尝试。早在1959年，诺贝尔物理学奖得主理查德·费曼就提车了纳米机器人概念。...而在很早之前，谷歌X实验室生命科学小组就宣布，谷歌正在设计一种纳米磁性粒子，这种粒子可以进入人体循环系统，进行癌症和其他疾病的早期诊断与治疗，也就是纳米机器人。
使用GSE218208数据为例library(celldex)#使用celldex包里的注释数据#下载到本地library(SingleR)ls("package:celldex")f = ".....file.exists(f)){ ref <- celldex::BlueprintEncodeData() save(ref,file = f)}ref <- get(load(f))#把里面的数据提取出来生成新的数据
，得到目前引用数最多，应用最广的 10 个单细胞数据分析工具 / 流程。...Seurat Seurat 是一款强大的单细胞 RNA-seq 数据分析工具，由 Satija 实验室于 2015 年推出。主要应用于识别细胞亚型、构建细胞谱系树和揭示基因表达模式。...Scanpy Scanpy 是一款用于单细胞转录组数据分析的 Python 工具，推出于 2017 年，主要应用于细胞聚类、差异表达和细胞发育轨迹分析。...STAR 的引用量最高，可能是因为它不仅用于处理单细胞测序数据，它还是用于 Bulk RNA-seq 数据比对的流行工具。...不过现在由于项目的细胞数量越来越多，Python 单细胞数据分析生态越来越完善，Scanpy 的用户也正在快速增长。
血管紧张素I转换酶2（ACE2）是SARS-CoV-2感染人体细胞的宿主受体。尽管据报道ACE2在肺，肝，胃，回肠，肾脏和结肠中表达，但其表达水平却很低，尤其是在肺中。...膜蛋白是从Membranome数据库（https://membranome.org）中提取的。 数据分析 质量控制和规范化 原始计数矩阵（每个细胞每个基因的UMI计数）由Seurat处理。...分析结果 在13个人体组织中细胞类型鉴定 作者们从肝，肺，直肠，结肠，回肠，血液，脾脏，骨髓，眼睛，皮肤，胃，食道，肾脏中分别获得了8443、43474、4248、5282、3279、30693、97695...然后，使用从已发表文章中搜索到的规范标记对细胞簇进行注释（图1）。作者们最终注释了来自13个人体组织的119种细胞类型。 ? figs1 各组织当中的细胞类型（） ?...figs2 ACE2，ssRNA病毒受体和其他膜蛋白在13种人体组织中的表达图谱 ACE2在13种组织中的表达模式 ACE2在肺，肝，胃，回肠，直肠，结肠，血液，骨髓，脾脏，食道，肾脏，皮肤和眼睛中的单细胞表达图
之前小编已经为大家总结过一次好用不踩坑的单细胞数据库合集，这些数据库大多用于人类疾病/癌症的研究。...今天小编介绍的这个国产单细胞数据库：VThunter，一个专为病毒学研究设计的综合数据库，利用它研究人员可以更好地了解病毒受体和动物病毒之间的相互作用以及评估病毒的致病机制和在物种中的传播。...然而目前还没有一个全面的数据库可以让研究人员方便地获得不同动物物种的组织/器官特定细胞类型的病毒受体表达信息。...为了填补这一空白，深圳华大生命科学研究院联合国内多家机构的科研团队共同开发了VThunter，促进动物病毒跨物种传播机制的研究。...VThunter数据库的数据采集、数据处理和功能模块概述 VThunter有哪些功能？ VThunter的web界面允许用户以单细胞分辨率直观地浏览和准确地查询病毒受体的表达特征。
我们见到最多的是人体细菌/体细胞比10:1。这个数据从哪儿来？是否准确？准确数值应该是多少？...图4.不同类型人体菌群/体细胞比。 (2) 在这些计算过程中，得到非常多和和直觉不一致的数据。...包括：牙菌斑是仅次于结直肠的第二大人体细菌来源；红细胞占人细胞总数的84%；占细胞总重高达75%的肌肉和脂肪细胞数目只占0.2%。 另外，还有一些重要根据最新文献修正的数据。...包括，根据多脑区切片数据，推测人体神经胶质细胞和神经元数据基本相等，大约各850亿。 最后，作者也提到，目前该研究需要完善的地方是。1.用大便细菌密度推算结直肠细菌密度可能存在偏差。...这项工作，不仅提供了关于人体的重要数据，帮助我们更好认识人体。它对更好的理解人体各部分和菌群的关系，以及身体各器官的突变和肿瘤频率有积极意义(2)。
就让我们来逐一列出PKI体系的十大安全隐患： 风险1：证书持有者能被信任吗？ 在PKI中，CA总是被认为是可以信任的，并且，由CA颁发的证书的持有者也是可以信任的。...显然，客户端程序也可能，并且已经成为PKI体系中的一大缺陷。仍然拿我们熟悉的SSL为例。
第二种方法是将需要注释的scRNA-seq数据（"查询 "数据集）与现有的、类似的、经过专业注释的scRNA-seq数据集（"参考 "数据集）进行比较,"参考 "数据集来源于GEO、单细胞表达图谱或细胞图谱项目等...解决策略：需要专业研究扩展标记列表 基于参考数据集的自动注释方法 scmap是基于参考数据集的自动细胞或细胞簇注释的最佳工具之一，它既能保证指定标签的准确性，又能避免对新细胞类型的错误标记。...基于参考数据集的自动注释方法总结 基准研究显示，自动注释工具的性能各不相同，取决于数据集和要注释的细胞类型基因表达谱的独特性。...额外的标记通常必须通过搜索文献和挖掘现有的单细胞转录组数据来手动寻找与查询数据集相关的基因表达特征。...分析流程的建议 细胞类型注释的质量受许多数据分析流程参数的影响，如数据过滤和数据质量设置，以及选择的聚类分辨率。scClustViz、Seurat和clustree等工具有助于选择适当的聚类分辨率。
# scHCL requires ggplot2/reshape2/plotly/shiny/shinythemes/shiny install_github("ggjlab/scHCL") #示例数据...most similar cell types hcl_result <- scHCL(scdata = hcl_lung, numbers_plot = 3) 以自己的seurat对象的分群来鉴定细胞类群
导语 GUIDE ╲ 单细胞RNAseq数据集在不同生物和临床条件下对不同细胞类型进行完整的转录表征。然而，整合分析多种数据集极具挑战性。...背景介绍 今天小编为大家介绍一个整合并标准化多个单细胞数据集的R包Hormony。...单细胞的公开数据集大多来自于10X website，这里我们以Hormony包自带数据集为例。...，以满足无监督单细胞数据联合嵌入的四个关键挑战：扩展到大型数据集，识别广泛群和细粒度亚群，适应复杂实验设计的灵活性，以及跨模式整合数据的能力。...如果大家有标准化多个单细胞数据集的需求，那就来试试Hormony包吧！
AiTechYun 编辑：chux 干细胞的惊人之处在于，它们可以在实验室中被诱导成几乎任何类型细胞。...多年来，这种卓越的能力使得科学家们忙于修补干细胞并将其注入动物模型中，试图培育并替代受损组织。 但是干细胞面临的挑战是：如何将这些细胞输送到身体难以到达的地方。...携带细胞的机器无创地通过身体移动到目标部位并运送干细胞。 团队在斑马鱼和老鼠身上展示了他们的设备，并在Science Robotics杂志上报道了他们的成功。...多孔的毛刺状机器人在它们的尖刺之间固定细胞。使用磁场，研究人员可以将机器人引导到身体感兴趣的部位。在那里，它们释放细胞，然后扩散并完成再生受损组织。...然后他们测试了机器人是否可以携带和释放细胞。他们用一种称为HeLa的细胞装载它们，并将它们注入小鼠体内。机器人成功释放细胞，然后在小鼠中增殖。 下一步将是加载含有干细胞的微生物以测试其治疗能力。
除去B细胞之后，小鼠体内的抗肿瘤免疫也变强了。这个研究也是有转录组测序数据的，在GSE169543 and GSE183246.。...因为涉及到了AML疾病单细胞数据集处理，是冗长代码，这里略，单细胞转录组数据分析的标准降维聚类分群，并且进行生物学注释后的结果。...可以参考前面的例子：人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ，我们演示了第一层次的分群。 如果你对单细胞数据分析还没有基础认知，可以看基础10讲： 01....上游分析流程 02.课题多少个样品，测序数据量如何 03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05....去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较 我们直接看效果：
据了解，该研究团队对60种人体组织样品和7种细胞培养样品进行了Microwell-seq高通量单细胞测序分析，系统性地绘制了跨越胚胎和成年两个时期，涵盖八大系统的人类细胞图谱。...研究过程中，团队已经建立了70多万个单细胞的转录组数据库，并鉴定了人体100余种细胞大类和800余种细胞亚类。...同时，他们也开发了scHCL单细胞比对系统用于人体细胞类型的识别，搭建了人类细胞蓝图网站。...细胞图谱的数据对于理解疾病的发生有重要意义，但临床治疗方面的应用尚需要更多的积累。”...完美版的人类细胞图谱还应该整合空间信息、多组学数据和人群分析，这需要全世界科学家的共同努力。”
ids[2])), add.cell.id = ids) # table(Idents(merged_seurat)) # head(merged_seurat@meta.data) ---- 注：示例数据在
scanpy和seurat是最常用的分析的单细胞的工具，seurat基于R，而scanpy基于python。...linux下用pip安装scanpy pip install scanpy 下载测试数据 mkdir data wget http://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp...sc.read_10x_mtx('data/filtered_gene_bc_matrices/hg19', var_names='gene_symbols', cache=True) #读取单细胞测序文件...质控：过滤基因和细胞 sc.pp.filter_cells(adata, min_genes=200) sc.pp.filter_genes(adata, min_cells=3) adata.var[...使用标准化的数据进行可视化 sc.pl.umap(adata, color=['CST3', 'NKG7', 'PPBP'], use_raw=False) ?
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
