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ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库

在研究SNP时,我们有类似1000G,HapMap, Exac 等数据库,提供了不同人群中的频率信息。对于HLA的研究而言,也有存储频率信息的数据库-ANFD。..., 存储了HLA, KIR,Cytokine, MIC 共4种人类基因组中多态性较高的突变信息,其中记录了allel, haplotype, genotype 3种格式的信息,最关键的是,提供了在不同人群中的频率信息...Allel 在不同人群中的频率 通过该数据库的检索功能,可以查询HLA Allel在不同人群中的频率分布,网址如下 http://www.allelefrequencies.net/hla6006a.asp...2. haplotype 在不同人群中的频率 由于HLA基因簇的紧密连锁性,除了单个Allel的频率外,相关单倍型的频率也是需要关注的。...通过ANFD数据库,我们可以方便的得到HLA的Allel和haplotype在人群中的频率信息,除此之外,官网还提供了许多其他的功能,有待进一步的学习和使用。

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    把maf格式的somatic突变数据导入annovar去除人群频率变异

    gnomad_genome,cosmic70,1000g2015aug_all,clinvar_20170905 \ -operation g,r,r,f,f,f,f,f -nastring NA 因为数据库较多...tmp.hg38_intervar_20180118_dropped 648 tmp.hg38_mcap_dropped 890 tmp.hg38_revel_dropped 需要一个个数据库来解读...首先,被千人基因组计划的人群频率0.05过滤掉的坐标拿出来: perl -alne '{print if $F[1]>0.05}' tmp.hg38_ALL.sites.2015_08_dropped...1000/){$h{"$F[2]\t$F[3]"}=1}else{print unless exists $h{"$F[4]\t$F[5]"}}}' > filter_by_1000g.maf 同理,其它数据库也是同样的操作...数据如何做拷贝数变异分析呢 肿瘤配对样本用varscan 做cnv分析 使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv 使用sequenza软件判定肿瘤纯度 还有vcf和maf的工具: 安装VEP及其注释数据库

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    人群LookALike以及挖掘人群的创建思路

    人群LookALike是给定种子人群,然后通过技术手段找到与该种子人群相似的用户群体。...图5-26展示了基于向量求LookALike人群的主要流程。图片基于种子人群特征分布计算相似人群。...图片基于分类算法计算相似人群。把种子人群当作正样本,其他非种子人群(或者其他人群)当作负样本,通过训练分类模型计算出满足条件的用户并构建目标人群。...目前也有利用社交网络进行人群LookALike的实践方案,通过好友关系找到种子人群中所有用户的几度好友并构建目标人群。挖掘人群是指定优化目标,借助算法能力找到满足要求的用户并构建人群。...人群挖掘的思路是先找到训练样本(种子人群),然后通过LookALike的思路扩展种子人群。该方式与人群LookALike不同的是,人群挖掘的结果中可以包含种子人群中的用户数据。

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    画像平台人群创建方式-规则人群创建

    筛选北京市男性用户的需求可以通过画像平台可视化页面表达出来,其圈选配置最终通过接口传递到平台服务端并存储在数据库MySQL中。...,同理,人群圈选条件最终转换为Hive SQL语句并最终将执行结果构建为人群。...前两种执行方式生产的人群会优先产出BitMap并存储到OSS中,第三种方式生成的人群数据直接存储在Hive表中。为了实现人群数据的持久化存储和便捷的接口调用,人群数据最终会存储在Hive表和OSS中。...Hive表中的人群数据主要用于离线数据分析场景,很多业务使用人群之后需要通过人群结果表进行效果分析。图5-13展示了人群结果表的表结构设计,人群crowd_id作为分区键,分区下包含该人群所有用户。...OSS中的人群数据主要应用在通过接口获取人群数据的场景下。人群数据压缩为BitMap并存储到OSS中,一亿人群大小在100M左右,通过接口可以在几秒内获取到人群结果。

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    画像平台人群创建方式-导入人群创建

    导入人群是将外部数据导入画像平台构建人群,主要有3种实现方式:文件导入、Hive表导入和SQL导入。...Hive导入和SQL导入方式创建的人群数据直接存储到Hive表中,后续需要通过HiveToBitmap将人群数据写入BitMap并存储在OSS中。...与Hive导入人群方式不同,文件导入优先生成人群BitMap,之后再通过BitMapToHive过程写入到人群结果Hive表中。...导入人群是画像平台最常用的人群创建方式之一,其实现了将各类数据源沉淀为人群的功能,支持更灵活的人群创建方式,拓展了画像平台数据范围。...比如运营人员将某次活动中表现良好的用户导入画像平台并构建成人群,后续可以进行广告投放或者人群分析;数据分析师离线统计出了一批高价值用户,导入平台构建人群后可以直接提供给业务使用。

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    内存频率

    DDR内存和DDR2内存的频率可以用工作频率和等效频率两种方式表示,工作频率是内存颗粒实际的工作频率,但是由于DDR内存可以在脉冲的上升和下降沿都传输数据,因此传输数据的等效频率是工作频率的两倍;而DDR2...内存每个时钟能够以四倍于工作频率的速度读/写数据,因此传输数据的等效频率是工作频率的四倍。...例如DDR 200/266/333/400的工作频率分别是100/133/166/200MHz,而等效频率分别是200/266/333/400MHz;DDR2 400/533/667/800的工作频率分别是...查看内存频率方法三:借助电脑优化软件查看内存频率(推荐鲁大师) 使用一些电脑优化软件也可以检测内存频率,比如使用鲁大师检测电脑硬件信息即可检测到内存容量与频率了,如下图所示的就是使用鲁大师检测电脑硬件配置的结果...,其中就包含了内存频率一项

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    内存频率有哪些?怎么看内存频率

    DDR内存和DDR2内存的频率可以用工作频率和等效频率两种方式表示,工作频率是内存颗粒实际的工作频率,但是由于DDR内存可以在脉冲的上升和下降沿都传输数据,因此传输数据的等效频率是工作频率的两倍;而DDR2...内存每个时钟能够以四倍于工作频率的速度读/写数据,因此传输数据的等效频率是工作频率的四倍。...例如DDR 200/266/333/400的工作频率分别是100/133/166/200MHz,而等效频率分别是200/266/333/400MHz;DDR2 400/533/667/800的工作频率分别是...查看内存频率方法三:借助电脑优化软件查看内存频率(推荐鲁大师) 使用一些电脑优化软件也可以检测内存频率,比如使用鲁大师检测电脑硬件信息即可检测到内存容量与频率了,如下图所示的就是使用鲁大师检测电脑硬件配置的结果...,其中就包含了内存频率一项

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    【数字信号处理】基本序列 ( 正弦序列 | 数字角频率 ω | 模拟角频率 Ω | 数字频率 f | 模拟频率 f0 | 采样频率 Fs | 采样周期 T )

    文章目录 一、正弦序列 ( 数字信号 ) 二、模拟角频率 与 数字角频率 关系 三、模拟信号 四、数字角频率 ω 与 模拟角频率 Ω 与 模拟频率 f 的关系 五、数字频率 f 与 模拟频率 f0 的关系..., f 是数字频率 ; \omega 是角频率的单位是 弧度/秒 , f 数字频率单位是 Hz ; \omega = 2 \pi f , 数字频率 乘以 2\pi 就是角频率 ; 上述...正弦序列 , 是 从模拟信号转换过来的 , 下面介绍原始的模拟信号 ; 二、模拟角频率 与 数字角频率 关系 ---- 模拟角频率 与 数字角频率 关系 : \omega 是 数字角频率 , 注意与...= x_a(nT) = sin(\Omega_0 nT) = sin(\omega n) 四、数字角频率 ω 与 模拟角频率 Ω 与 模拟频率 f 的关系 ---- 数字角频率 \omega (...没有单位 , 2 \pi f 是 数字角频率 , 单位是 弧度 ; 五、数字频率 f 与 模拟频率 f0 的关系 ---- 数字频率 ( 单位 Hz ) : f = f_0 / F_s F_s

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    人群密度估计

    该网络在几个常用的公开人群密度估计数据库上取得了不错的效果。...1 Introduction 拥挤场景解析的发展从简单的人群数值估计到 人群密度图估计,人群密度图可以提供额外的信息,因为同样数量的人可以分布在不同的位置,如下图所示 ?...生成准确的人群分布图挑战性比较大,其中一个主要的困难就是离散化的问题,人在图像中不是只占用一个像素,密度图需要保持局部邻域的连续性。其他的困难包括场景的多样性,相机角度的多样性。...以前基于CNN网络的人群密度估计主要采用了 multi-scale architectures,虽然取得了不错的性能,但是存在两个问题:当网络变深的时候, the large amount of training...不同数据库真值密度图的生成 3.2.2 Data augmentation 这里我们做了一些数据增强来增加训练样本的数量 3.2.3 Training details 损失函数如下: ?

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    【音频处理】音高 与 频率 对照表 ( 音符频率算法 )

    文章目 一、音名与音高值对照表 二、频率计算算法 三、获得音频后如何准确获取该音频的频率 一、音名与音高值对照表 ---- 中央 C 音符 音高 60 , 声音频率为 262 Hz , 也就是主频率每秒钟震动...Hz 音高 5 对应的频率为 10.913382232281371 Hz 音高 6 对应的频率为 11.562325709738575 Hz 音高 7 对应的频率为 12.249857374429665...Hz 音高 8 对应的频率为 12.978271799373285 Hz 音高 9 对应的频率为 13.75 Hz 音高 10 对应的频率为 14.56761754744031 Hz 音高 11 对应的频率为...Hz 音高 33 对应的频率为 55.0 Hz 音高 34 对应的频率为 58.27047018976124 Hz 音高 35 对应的频率为 61.7354126570155 Hz 音高 36 对应的频率为...Hz 音高 67 对应的频率为 391.9954359817492 Hz 音高 68 对应的频率为 415.3046975799452 Hz 音高 69 对应的频率为 440.0 Hz 音高 70 对应的频率

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