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脚本分享—根据序列ID从fasta文件提取特定的序列

脚本简介: 本脚本旨在根据指定ID从FASTA文件中提取对应的序列,并输出为新的FASTA格式。...是一个常用的序列筛选工具,适用于各种生物信息学数据处理场景 主要用途: 快速从FASTA文件中提取多个特定ID的序列; 使用 -i 参数直接输入多个ID; 或使用 -l 参数指定一个ID列表文件。...应用场景: 从基因组或宏基因组拼装结果中提取特定contig或scoffold; 根据功能注释或聚类结果筛选目标ORF序列; 准备用于BLAST比对或结构预测的目标蛋白序列; 批量提取候选基因用于二次注释或序列比对...# 如果提取的序列较多,可以将待提取的ID存入文件中,每一行是一个序列id python Extract_fasta_by_id.py -a ASM584v2_protein.faa -l ASM584v2...-a ASM584v2_protein.faa.gz -l ASM584v2_list.tsv # 如果提供的序列ID fasta文件中没有,脚本会给出警告,方便进行结果核对 python Extract_fasta_by_id.py

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    TypeScript中对象类型定义的几种方式

    前言 在 TypeScript 中,以下几种方式用于定义对象: 接口(Interface) 常用场景: 接口用于定义对象的结构,尤其是当对象结构比较复杂、需要复用或者要用于类的类型定义时。...}; const person: Person = { name: "Alice", age: 30, isActive: true }; 类(Class) 常用场景: 类用于定义具有特定行为和属性的对象...,尤其是在大型应用程序或库中。...接口在扩展和复用方面有优势,而类型别名更为灵活,适合定义复杂的联合类型和交叉类型。 类(Class) 在需要封装对象行为时使用较多,例如在面向对象编程中创建多个实例时。...总体来说,接口和类型别名是最常见的选择,特别是在 TypeScript 的类型系统中,它们提供了最好的类型安全和灵活性。

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    【TS】1294- 搞懂 TypeScript 中的映射类型(Mapped Types)

    本文会和大家详细介绍 TypeScript 中的映射类型(Mapped Type),看完本文你将学到以下知识点: 数学中的映射和 TS 中的映射类型的关系; TS 中映射类型的应用; TS 中映射类型修饰符的应用...在学习 TypeScript 类型系统时,尽量多和数学中的集合类比学习,比如 TypeScript 中的联合类型,类似数学中的并集等。...这样就能很好的实现映射过程的复用。 二、TypeScript 中的映射类型是什么? 1....概念介绍 TypeScript 中的映射类型和数学中的映射类似,能够将一个集合的元素转换为新集合的元素,只是 TypeScript 映射类型是将一个类型映射成另一个类型。...for...in中的 in,用来遍历目标类型的公开属性名; T[P]:是个索引访问类型(也称查找类型),获取泛型 T中 P类型,类似 JS 中的访问对象的方式; ?

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    【R语言】根据映射关系来替换数据框中的内容

    前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub,还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息,从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。...首先我们做准备工作,读入这两个文件,会用到前面讲过的☞正则表达式 #读入转录本和基因名之间的映射关系 mapping=read.table("id_mapping.txt",sep="\t",row.names...quote=F,sep="\t",col.names=F,row.names=F) #查看result1的前几行 head(result1) 可以发现第四列的注释信息中,转录本ID已经全部转换成了基因名字

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    合并对象在 Typescript 中的实现与应用

    合并对象在 Typescript 中的实现与应用 一、简介 在日常开发中,尤其是在处理配置对象或者嵌套的数据结构时,对象的深度合并成为一项常见需求。...这篇博客将介绍如何在JavaScript中实现对象的深度合并,并提供具体的使用例子。 二、实现 1、函数实现 首先,我们来看一下深度合并(Deep Merge)函数的代码实现。...其中,assign函数用于将一个或多个源对象自身的可枚举属性从一个对象复制到目标对象。本文将详细介绍如何使用lodash-es中的assign函数进行对象合并。...import { assign } from 'lodash-es'; 3、基础用法 assign函数接受一个目标对象和一个或多个源对象作为参数,并将源对象的属性复制到目标对象中。...console.log(object); // 输出: { 'a': 1, 'b': 2 } 4、注意事项 assign仅复制对象自身的可枚举属性。

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    【JavaScript】内置对象 - 字符串对象 ④ ( 根据索引位置返回字符串中的字符 | 代码示例 )

    文章目录 一、根据索引位置返回字符串中的字符 1、charAt 函数获取字符 2、charCodeAt 函数获取字符 ASCII 码 3、数组下标获取字符 String 字符串对象参考文档 : https...://developer.mozilla.org/zh-CN/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/String 一、根据索引位置返回字符串中的字符...根据索引位置返回字符 : 给定一个 字符串 中的索引值 , 获取 字符串 中的该 索引的对应字符 ; charAt(index) 函数 : 获取 index 索引对应的 字符 ; charCodeAt(...() 函数 是 String 字符串对象的方法 , 用于返回在指定位置的字符 ; 参考文档 : https://developer.mozilla.org/zh-CN/docs/Web/JavaScript...指定索引位置的 字符 ASCII 码 , 函数原型如下 : charCodeAt(index) index 参数 : 字符串中的索引值 , 从 0 开始计数 , 如果传入的类型不是 number 类型

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    分享 40 道关于 Typescript 的面试题及其答案

    在实际工作中,它的优势在于提高开发人员的工作效率。 今天这期内容,主要是对 TypeScript 内容的特定面试题,并提供详细的参考答案、代码示例以及相关的延伸阅读内容。...答:条件映射类型将条件类型和映射类型结合起来,根据条件执行类型转换。它们允许您根据现有类型的属性创建动态类型。...答案:TypeScript 中的“Const 断言”允许您通知编译器特定的文字表达式应被视为文字而不是扩展类型。...答案:TypeScript 条件类型中的“keyof T extends K”构造用于使用“extends”关键字根据指定条件过滤对象类型的键。...答案:TypeScript 接口中的索引签名允许您根据属性的名称定义属性的类型。它们用于定义具有动态属性名称的对象。

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    10 个关于 TypeScript 的小技巧

    答案在于 lib.dom.d.ts 文件,该文件是 TypeScript 库的一部分,并且基本上描述了浏览器中发生的所有事情(对象,函数,事件)。...该定义的一部分是在 querySelector 方法的输入中使用的接口,并将特定的字符串文字(例如’div’, ‘table’或’input’)映射到相应的 HTML 元素类型: interface HTMLElementTagNameMap...然后 TypeScript 根据作为 addEventListener 方法中第一个参数的“click”文字确定事件的类型。...} } 使用该设置后,如果您尝试访问可能为 null 的对象上的属性,TypeScript 将会报错,并且你将不得不确保该对象的存在,例如 通过用 if(textEl){...}...然后,仅当开发人员处理旧文件时,他才会删除此注释并仅修复该文件中的所有掉毛错误。这样一来,我们就不会进行革命,而只会进行进化-代码库会逐渐但安全地得到改善。

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    深入理解 TypeScript 中的 Keyof 运算符,让你的代码更安全、更灵活!

    keyof 运算符是在 TypeScript 2.1 版本中引入的。这个关键字已经成为 TypeScript 中高级类型的基石,并在代码中经常使用。...三、 KeyOf 与映射类型的结合使用 在 TypeScript 中,我们可以使用 keyof 运算符与映射类型结合,将现有类型转换为新类型。...通过条件映射,Features 类型中的方法保持不变,而字符串属性被映射为 boolean 类型。 应用场景 条件映射类型在处理复杂类型转换时非常有用,尤其是当我们需要根据属性类型进行动态转换时。...我们使用了 TypeScript 的 Record 实用类型来创建一个映射,该映射将 Status 枚举的值映射到具有特定结构的对象。...,该对象具有 label 属性(字符串类型)和 color 属性(特定字符串字面量类型)。

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    「译」面向 JavaScript 开发人员的 TSConfig 简介

    为了采用 TypeScript,并根据你的特定项目需求进行定制和工具,你将需要配置 TypeScript 编译器。这可以通过使用名为 tsconfig.json 的文件来完成。...tsconfig.json 文件只是一个具有定义编译器选项和项目设置的属性的 JSON 对象。...include - 指定 TypeScript 的文件路径或 glob 模式数组,应该包含在编译过程中。仅匹配指定的文件模式将被考虑进行编译。...TSConfig 的附加特性和功能Declaration Maps 声明映射 - 如果在你的 tsconfig.json 中设置了 declarationMap 为 true,TypeScript 可以生成声明映射文件...Override Options 选项覆盖 - 你可以使用 TypeScript 源文件中的注释指令为单个文件或文件集覆盖特定的编译器选项。

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    TypeScript 中的基础类型:原始类型、对象类型、数组类型、元组类型、枚举类型和联合类型

    TypeScript 是一种由微软开发的静态类型编程语言,它是 JavaScript 的超集,并且可以在编译时进行类型检查。...TypeScript 强大的类型系统使得开发者能够更轻松地编写可维护、可扩展的代码。本文将详细介绍 TypeScript 中的基础类型,包括原始类型、对象类型、数组类型、元组类型、枚举类型和联合类型。...原始类型在 TypeScript 中,有以下几种原始类型:数字类型数字类型用于表示整数或浮点数。可以使用 number 关键字来声明数字变量。...类型推断和类型断言TypeScript 具有强大的类型推断能力,它可以根据上下文自动推断变量的类型。例如,如果我们在定义变量时直接赋值,TypeScript 可以推断出变量的类型。...总结本文详细介绍了 TypeScript 的基础类型,包括原始类型、对象类型、数组类型、元组类型、枚举类型和联合类型等方面。

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    深入理解 TypeScript 中的 Record 类型及其应用

    在 TypeScript 中,Record 是一个内置的泛型工具类型,它的用途是创建一个具有特定键和值类型的对象映射。这段代码定义了 Record 类型的实现,并通过简单的语言特性表达了强大的功能。...在 TypeScript 中,合法的对象键包括 string、number 和 symbol,而 keyof any 正是这三种类型的联合类型。T 是另一个泛型参数,表示值的类型。...动态键的支持:结合 TypeScript 的高级类型功能,从数组或其他结构中提取键。深层嵌套对象的建模:配合其他工具类型(如 Partial、Readonly)定义复杂对象结构。...总结TypeScript 中的 Record 是一种灵活而强大的工具类型。通过它,我们可以快速定义具有特定键值映射关系的对象类型。...其实现逻辑依赖于映射类型和泛型,是 TypeScript 类型系统的重要基础之一。通过结合其他类型工具和高级特性,Record 能进一步扩展其功能,适应各种复杂的场景。

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    TypeScript Record类型完全指南:从基础到高级应用

    TypeScript Record类型完全指南TypeScript的Record类型简化了具有一致值类型的对象结构管理。...这种类型特别适用于定义映射并确保对象中的所有值都符合单一类型。...Record类型的定义TypeScript文档中的官方定义是:Record其中:Keys表示记录中的键集,可以是字符串字面量的联合或从联合派生的类型。...在下面的示例中,statusMessages是一个Record,其中键是特定的Status值('pending'、'completed'、'failed'),每个键映射到相应的消息。...将Record与Pick结合用于选择性类型映射Pick实用类型允许我们通过从现有类型中选择特定属性来创建新类型。当我们只想使用较大类型中的属性子集时,这非常有用。

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