基因组选择中，不同世代不断的进展，一般后代选择表现好的个体，测量表型数据后，将其添加到参考群中，这样有可能会失去遗传多样性，今天分享一篇文献，介绍一下这方面的研究。 1....现有的保护遗传多样性的方法主要取决于育种个体的选择。在本研究中，我们建议修改参考种群组成，以减轻多样性损失。由于表型的高成本是GS的限制因素，我们的发现具有重大的经济意义。...在家畜育种中，GS包括对基因组估计育种值（GEBV）的估计，以及基于这些GEBV对仅有可用基因型的个体（例如，作为选择候选的年轻个体）的实际选择（补充材料，图S1）。...参考群体由具有已知表型和基因型的个体组成，基于基因组中的许多标记，用于建立预测方程和推断选择候选的GEBV。...与基于表型和谱系的传统方法相比，GS的主要优势在于，由于不再需要成熟后代的表型来进行遗传评估，因此世代间隔缩短。其次，选择仍然可以以与经典选择相同的精度进行。
检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。...ratio test（跨群体复合似然比检验），是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。...选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。...（SNPs）进行选择性扫描。...bin' 中的 XPCLR 是程序可执行文件，剩下的三个是示例数据。
上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。...选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。...（SNPs）进行选择性扫描。...牛津大学 的 Nick Hardin 使用 Python 重写了 XP-CLR的计算工具，并且改正了当中存在的 bug。...，不过代码中的注释写得比较明确： 如果有问题，可以在 www.zhaozhuji.net 网站留言或关注公众号获取联系方式咨询。
基因组选择在育种中的应用, 其基础是常规的系谱动物模型, 动物模型也可以很复杂, 看一下asreml的说明书就知道了, 有300多页, 据我了解, 其厚度可以用这个公式表示: ?...这个教程是asreml在基因组选择和分子育种中的应用, 下面是我的读书笔记....查看sln的BLUP值 ? 3, 基因组选择 理论介绍 GBLUP所依据的公式为: ? M是n*m构成的矩阵, n是个体数, m为标记数(marker), g是每个标记的BLUP值....相关的R包, 参考wgaim包 在下一章节中, 我们将对GS的延伸方法: Fast Bayes A进行介绍. 4, 基因组选择的其它方法 EM BayesA-like方法, 参考 Sun et al....PEV会给出标记的标准误, 结果不可靠 基因型的GBLUP在.sln中, mark的效应在.mef中, 标记的权重(weight)在.mef中, 大效应的标记在.res文件中. 6, asreml基因组选择考虑
一、背景 平时业务开发可能有这样的一个场景：一个集合有M个元素，需要每N个元素一起处理。 虽然这个功能非常简单，直接用for循环或者while可以写，其实可以封装成工具类，方便后续复用。...二、源码 单元测试 三、总结 遇到一些可以复用的场景可以考虑封装成工具类。 测试时可以考虑用EasyRandom来构造测试对象，省时省力。
Q：在工作表中有一些数据，如下图1所示，我想要获取“参数3”等于“A”、”参数4“等于”C1“对应的”参数5”中的最大值，能够使用公式解决吗？ ? 图1 A：这种情况用公式很容易解决。...我们看看公式中的： (参数3=D13)*(参数4=E13) 将D2:D12中的值与D13中的值比较： {"A";"B";"A";"B";"A";"A";"B";"A";"B";"A";"A"}=”A”...得到： {TRUE;FALSE;TRUE;FALSE;TRUE;TRUE;FALSE;TRUE;FALSE;TRUE;TRUE} 将E2:E12中的值与E13中的值比较： {"C1";"C2";"C1"...代表同一行的列D和列E中包含“A”和“C1”。...D和列E中包含“A”和“C1”对应的列F中的值和0组成的数组，取其最大值就是想要的结果： 0.545 本例可以扩展到更多的条件。
haplotype 分析基因组受选择情况的方法。...其中，EHH 和 iHS 是检测一个群体中的选择信号，而 XP-EHH 是在两个群体中进行比较。 Hapbin 是一个 C++ 写的工具，可以计算 EHH、iHS 和 XP-EHH。.../src/ make 编译成功后，把 build 目录加在环境变量配置文件 .bash_profile 或 .bashrc 中即可： export PATH=/shiyanhe/softwares/hapbin...HAP / LEGEND / SAMPLE 格式中的 hap 文件，一行代表一个SNP，一列代表一个haplotype。...如果要跑全基因组，写个循环脚本批量跑即可。
给定一组 互不相同 的单词， 找出所有 不同 的索引对 (i, j)，使得列表中的两个单词， words[i] + words[j] ，可拼接成回文串。...for i := 0; i < len(words); i++ { // i words[i] // findAll(字符串，在i位置，wordset) 返回所有生成的结果返回
2022-05-02：给定一个数组arr，一个正数num，一个正数k， 可以把arr中的某些数字拿出来组成一组，要求该组中的最大值减去最小值<=num， 且该组数字的个数一定要正好等于k， 每个数字只能选择进某一组...，不能进多个组。...返回arr中最多有多少组。 来自微软。 答案2022-05-02： 排序+动态规划。滑动窗口有陷阱，不一定行，可能可以。 第一种情况，包含i,dpi跟dpi-k相关。
2022-05-07：返回一个数组中，所有降序三元组的数量。...比如 : {5, 3, 4, 2, 1}， 所有降序三元组为 : {5, 3, 2}、{5, 3, 1}、{5, 4, 2}、{5, 4, 1}、 {5, 2, 1}、{3, 2, 1}、{4, 2,
excelperfect 有时候，我们可能想根据用户在工作表中的选择来决定隐藏或者显示功能区选项卡中的特定组，避免用户随意使用某些功能而破坏我们的工作表结构。 下面，我们通过一个示例来演示。...我们想让用户选择工作表列B中的任意单元格时，隐藏“开始”选项卡中的“剪贴板”组，而当用户选择其他单元格时，该组又重新显示，如下图1所示。 ?...图1：当用户选择的单元格在列B中时，“剪贴板”组隐藏，处于其他单元格中时，“剪贴板”组显示 首先，我们新建一个工作簿并保存。...) InRange =Not interSectRange Is Nothing Set interSectRange = Nothing End Function 双击工程资源管理器中的...效果应该如上图1中所示。 欢迎在下面留言，完善本文内容，让更多的人学到更完美的知识。
samples per gene using the R package RNOmni 水稻泛基因组的论文 (A super pan-genomic landscape of rice)，做eQTL分析...each gene, expression values were transformed using the Box-Cox method [103] prior to mapping 西红柿泛基因组...preprocessCore::normalize.quantiles 这个函数的输出是一致的 https://github.com/broadinstitute/pyqtl/blob/master/qtl...remove potential batch effects and cconfounding factors），之前有一个困惑是直接用TPM值去计算混杂因素还是用标准化后的表达数据去计算这个混杂因素...https://github.com/broadinstitute/gtex-pipeline/tree/master/qtl 这个链接里有一些步骤，这里用的是标准化后的数据。
2022-05-02：给定一个数组arr，一个正数num，一个正数k， 可以把arr中的某些数字拿出来组成一组，要求该组中的最大值减去最小值<=num， 且该组数字的个数一定要正好等于k， 每个数字只能选择进某一组...，不能进多个组。...返回arr中最多有多少组。 来自微软。 答案2022-05-02： 排序+动态规划。滑动窗口有陷阱，不一定行，可能可以。 第一种情况，包含i,dp[i]跟dp[i-k]相关。
现在，您应该在JMeter窗口的右侧部分中看到“线程组控制面板”（请参见下面的图1.1） ? 图1.1 具有默认值的线程组 首先为我们的线程组提供一个更具描述性的名称。...如果将值设置为0，那么JMeter将立即启动所有用户。 最后，在“循环计数”字段中输入值2。该属性告诉JMeter重复测试多少次。如果输入的循环计数值为1，则JMeter将仅运行一次测试。...图1.3HTTP请求默认值 像大多数JMeter元素一样，“ HTTP请求默认值”控制面板具有一个您可以修改的名称字段。在此示例中，将此字段保留为默认值。...这是我们将指定默认值的唯一字段，因此请保留其余字段的默认值。 HTTP Request Defaults元素不会告诉JMeter发送HTTP请求。它仅定义HTTP Request元素使用的默认值。...图1.9 选择相同或不同的用户 您可以选择在CookieManager / CacheManager / Authorization Manager中清除cookie /缓存内容/授权，也可以选择由线程组控制
题目 给定两个非空二叉树 s 和 t，检验 s 中是否包含和 t 具有相同结构和节点值的子树。s 的一个子树包括 s 的一个节点和这个节点的所有子孙。...（s 也可以看做它自身的一棵子树） 解题思路 如果根节点就相同，那么需要判断一下两个根节点的子节点是否都相同。
，其余所有元素均出现两次。...你的算法应该具有线性时间复杂度。你能否仅使用常数空间复杂度来实现？ 解题思路 异或的规律中有一个任何数和本身异或则为0， 因此我们的思路是能不能将这两个不同的数字分成两组 A 和 B。...异或的结果为s. 2,寻找s的lowbit值. lowbit(s)为s的二进制表达式中最右边的1所对应的值. 因此lowbit(s)二进制表达式中只有一个bit 1....一组中,元素A[i] & lowbit(s) == lowbit(s), 即包含lowbit(s)的bit 1. 剩余的是另一组. 而且,两个不同数也一定分在不同组....因为异或值s中的bit1就是因为两个数字的不同而贡献的. 4,同一组的元素再异或求出不同数字. 出现两次的数字, 肯定出现同一组, 异或后消除掉. */
树中的下一个元素是另一个HTTP default request，这次已添加到线程组本身。线程组具有内置的逻辑控制器，因此，它完全如上所述使用此配置元件。它填补了所有通过的请求的空白。...JMeter中的每个监听器都提供一个字段来指示要将数据存储到的文件。还有一个“配置”按钮，可用于选择要保存的字段以及使用CSV还是XML格式。 请注意，所有监听器都保存相同的数据。...而且，树枝内部的配置元素比“父”分支中的相同元素具有更高的优先级。例如，我们定义了两个HTTP请求默认值元素：“ Web默认值1”和“ Web默认值2”。...其他HTTP请求将使用“ Web默认值2”，因为我们将其放置在线程组（所有其他分支的“父级”）中。 ? 图1-显示配置元素可访问性的测试计划 在用户定义的变量配置元素是不同的。...可以在测试计划中引用属性-请参阅功能-读取属性 -但不能用于特定于线程的值。 JMeter 变量是每个线程局部的。每个线程的值可以相同，也可以不同。 如果某个变量由线程更新，则仅更改该变量的线程副本。
min和minBy之间的区别是min返回最小值，而minBy返回该字段中具有最小值的元素（与max和maxBy相同）. keyedStream.sum(0) keyedStream.sum("key")...min和minBy之间的区别是min返回最小值，而minBy返回该字段中具有最小值的元素（与max和maxBy相同）. windowedStream.sum(0) windowedStream.sum(...，创建一个包含所有流中所有元素的新流。...这将仅需要本地数据传输，而不需要通过网络传输数据，这取决于其他配置值，例如TaskManager的插槽数。上游操作向其发送元素的下游操作的子集取决于两个上游操作的并行度和下游操作。...Flink会将具有相同插槽共享组的操作放入同一插槽，同时将没有插槽共享组的操作保留在其他插槽中。这可以用来隔离插槽。如果所有输入操作都在同一插槽共享组中，则插槽共享组将从输入操作继承。
在功能组中创建屏幕（类型子屏幕）、PBO和PAI模块以及事件的功能模块（对于每个应用程序、表和视图）。PBO模块仅调用服务功能模块BUS_PBO来执行字段状态。...o数据输入后的PAI事件。检查输入值。日期的转换 注：在没有对话框的维护模式下执行相同的编码（例如直接输入）。没有冗余编码。事件BDT在对话框流中使用固定事件。...S/4 HANA业务合作伙伴BDT Analyzer用途BP事务对话框具有基于在BDT中设置的以下元素构建的层次结构。...它是配置（定制对象）和工作台对象（如PBO/PAI功能模块）之间的连接。视图定义字段收集在一个视图中，如果： •具有相同的上下文 •检查是相同的 视图中的字段位于子屏幕上，每个视图都分配给技术子屏幕。...无论何时在BP事务中选择角色FLCU01，都会使用所有分配的数据集和带字段的视图来调用BP视图FLCU01。这整组字段组现在由定制中的字段修改（显示/强制/隐藏/可选）控制。
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