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CONQUEST 编译安装指南 Slurm 篇

在实际的生产环境中,使用单用户模式直接运行命令的机会不是很多,通常是采用提交作业任务给集群计算的方式。这样一来既能节约资源和时间,又能申请到更大规模的计算资源,对于平台管理人员还是用户来说都是非常有利的。国家超算中心,地方超算中心,学校超算中心一般都对外提供这样的服务,不过需要按核时进行计费。所谓“核时”就是一个 CPU 核运行一个小时,这也是高性能计算中通常使用的资源衡量单位。作为超算中心或者高性能集群,必不可缺的就是集群作业管理系统,它可以根据用户的需求,统一管理和调度集群的软硬件资源,保证用户作业公平合理地共享集群资源,提高系统利用率和吞吐率。

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美国为何封杀中国超算!一文读懂超级计算机的应用、架构和软件知识

2019年5月,美国商务部将华为列入了出口管制的“实体清单”,华为被推向了这波中美对抗的风口浪尖。紧随其后,6月,特朗普政府又对其他几家中国机构实行了限制出口政策,包括中科曙光、江南计算技术研究所、成都海光等。其中,中科曙光和江南计算技术研究所均为中国超级计算机研发机构,中科曙光研发了“曙光”系列,江南计算技术研究所研发了“神威”系列。另外一个国产超算巨头“天河”相关单位早在2015年就被纳入了实体清单。至此,国产超算三巨头“天河”、“曙光”和“神威”均已被特朗普政府封杀。继“华为禁令”之后,“超算禁令”再次暴露美国欲限制中国发展的野心。那何为“超算”?本文将简述超级计算机的背景知识与发展现状。

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Nature | 手把手教你搭建大规模药物虚拟筛选平台

目前,一个上市的药物平均需要花费20-30亿美元,并且需要10年左右的研发时间。大部分经费都花费在了昂贵且耗时的湿实验部分,初始Hits阳性率太低以及(临床前)阶段的高损耗率。使用基于结构的虚拟筛选,Hits质量随着筛选化合物的数量而提高。尽管存在大量的化合物数据库,但是缺乏有效的灵活的方式使用计算机集群进行大规模的SBDD的手段。本文介绍VirtualFlow,这是一个高度自动化的开源平台,可以有效的准备化合物库并进行超大规模的虚拟筛选。VirtualFlow能够使用各种强大对接程序。本文准备了目前已知的最大的免费使用的配体库,配体库包含了超过14亿个可商业购买的分子。VirtualFlow可以探索广阔的化学空间,并可以准确的识别与目标蛋白具有高亲和力的分子。

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领券