从成对序列重建序列

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我正在尝试从元素对重建序列，以便获得元素a和所有其他元素b, c, d, e之间的最短路径(或者所有路径，我也可以使用它)。我希望在最后有这四个序列：c("ac") #from a to cc("ac","cb") #from

浏览 3提问于2017-08-25得票数 0

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需要算法帮助

我有一组序列(例如10000个序列)，并生成一个矩阵(10000x10000)，表示每两个序列之间的成对相似性。现在的目标是从大集合中检索一个子集(例如1000个序列)，并确保该子集中每两个序列之间的成对相似度在一个范围内(例如50%~85%)。有没有什么快速的算法可以做到这一点？

浏览 3提问于2011-07-20得票数 5

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通过Python对密码子对齐？

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我有一对编码的序列，我希望通过Python对进行成对的编码，我已经“完成了一半”的过程。我希望能为程序/代码(从Python中调用)提供建议，这些程序/代码可以将排列的肽序列对之间的间隙转

浏览 6提问于2013-12-30得票数 2

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我应该在C++中使用哪种数据结构来实现这一点

我需要一些东西来表示一系列成对的序列，如下所示： [((1,2) (1,3)) ((1,2) (1,4) (1,5))].我还需要自由地添加成对序列来生成一个成对序列，像这样的append.[((1 2)(3 4)) ((5 6))] = ((1 2)(3 4)(5 6)).在C++中有什么简单易用的东西可以让我像这样操作我的数据吗

浏览 0提问于2012-02-23得票数 2

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我试图从Morlet小波变换中重建原始时间序列。我在R，包装Rwave，函数cwt工作。该函数的结果是包含复值的n*m (n=period，m=time)矩阵。为了重建信号，我在中使用了公式(11)，但是结果与原始信号无关。我特别关注的是小波变换的实部和尺度的划分，这一步完全扭曲了结果。另一方面，如果我只对所有尺度上的真实部分进行求和，结果与原时间序列相当相似，但其数值略宽(原序列范围~ -0.2，0.5，重构序列范围~ -0.4,0.7)。我想知道是否有人能说出一些实

浏览 4提问于2014-03-02得票数 3

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总结与python重叠部分

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我用python分析DNA/蛋白质序列数据时遇到了一个问题。这是DNA序列表。我想分析一下它们，因为group1和group2是成对的。例如，AAATTT_TTTCCC或GGGCCC_GGAAA是成对的。这些序列数据有时显示相同的序列。例如，AAATTT出现了三次，AGTC出现了两次。我想对这个重叠序列进行计数，并总结如下。

浏览 2提问于2017-01-28得票数 2

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Bash命令用于搜索模式(序列)，并打印模式旁边的所有内容(右侧和左侧)

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我试图根据一个种群的PoolSeq文件(fasta格式)和一个保守区域重建一个基因序列。我想搜索与此序列匹配的文件，然后从该保守序列开始构建相邻区域。因此，我基本上需要一个Bash命令来搜索fasta文件中的序列段，并在每次读取时打印匹配的相邻区域。档案:一种种的二分卫个体的Fasta档案输出:所有读取与该序列和相邻区域在该读取

浏览 5提问于2022-04-29得票数 0

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一个“不对称”成对距离矩阵

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假设有三个序列需要比较: a、b和c。传统上，得到的3×3成对距离矩阵是对称，表示从a到b的距离等于b到a的距离。我想知道TraMineR是否提供了某种方法来生成非对称成对距离矩阵。

浏览 4提问于2013-02-07得票数 6

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将序列元素划分成对

我有16个元素的序列: 1,2,3，.，16 (或2*n元素)。序列元素总是从1到长度(序列)，即4个元素的序列是1,2,3,4。编辑：第一个序列元素总是= 1，第二个序列元素= 2，第三个序列元素=3，等等。这是一个游戏“找到一对图片”。我想写一个将元素分成成对的算法。

浏览 3提问于2010-06-07得票数 1

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用于从PYTHON中的比对文件类型创建所有序列的成对组合的函数

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因此，我最近启动了一个关于序列比对的项目，并一直使用独立的软件程序'MAFFT‘来比对一些BRCA1序列(通过。命令行)print(align) print(align)现在我需要一个函数来产生所有可能的成对组合，这样我就可以比较序列并寻找转换

浏览 24提问于2020-05-05得票数 0

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拥抱面变压器: encode_plus中的截断策略

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拥抱脸的变压器库中的允许截断输入序列。两个参数是相关的：truncation和max_length。我将一个成对的输入序列传递给encode_plus，需要简单地以“截断”的方式截断输入序列，也就是说，如果由输入text和text_pair组成的整个序列比max_length长，则应该相应地从右边截断似乎两种截断策略都不允许这样做，相反，longest_first从最长的序列中删除标记(可以是文本或text_pair，但不仅仅是从<e

浏览 1提问于2020-08-06得票数 1

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如何使用成对比较矩阵来为我的分析找到最佳的n个候选人？

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我有一组DNA序列(字符串)，我以一种成对的方式相互比较。每个比较都提供了序列之间相似点的确切数目(多少个核苷酸是相同的)，并被用来填充一个较低的对角矩阵。现在，我想在这个矩阵中找到8个序列的子集(所有可能的8序列组)，它们之间的相似性最小(这些8序列群中的配对相似性应该尽可能低)，但我不知道如何处理.下面是我的矩阵的一个例子:这里的主要思想是找到n个序列的子集(例如，2个序列)，它们之间的相似性最小。我的原始矩阵是61X61。在这种情况下，n=3的子

浏览 0提问于2019-08-17得票数 0

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有没有类似于PyCogent的库，但用的是Java (或Scala)？

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第一个问题是序列进化。想象一下，你得到了一棵系统发育树，它与一大组蛋白质有关。每个分支的长度代表了父代和子代之间的进化距离。树的根被播种单个序列，然后使用进化模型(例如)沿着树结构进化该序列；考虑到分支长度。PyCogent需要很长时间来执行这一步，我相信合理的Java/Scala实现会快得多。第二个问题是生成的序列的比较。问题是，给定一些不同现存物种中蛋白质的一组序列，试图使用该序列来重建与该物种相关的系统发育树。这个问题本身就需要计算，因为人们基本上必须在

浏览 2提问于2011-01-18得票数 3

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如何获得约1000种蛋白质的成对“序列相似性分数”？

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我有大量fasta格式的蛋白质序列。R中的任何包都可以用来获得蛋白质序列的blast相似性分数？

浏览 0提问于2011-06-30得票数 7

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从一组属性中重构位序列

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我希望从给定的ones集合、数字x和其他属性中重建一个比特序列。在位序列中，第一位具有值1，其次是值2，第三位是3，等等。例如，我有以下属性：位序列长度:81子序列计数:1 所以解决方案是11000000。

浏览 0提问于2019-08-27得票数 1

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在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？

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在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？我们能把生物体的整个基因组统一起来吗？

浏览 4提问于2014-04-06得票数 0

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序列比对

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我想用uniprot和pdb序列进行成对比对。我有一个包含uniprot和pdb I的输入文件，如下所示。pdb id uniprot id 1e43 P00692首先，我需要读取输入文件中的每一行2)从pdb.fasta和uniprot.fasta文件中检索pdb和uniprot序列3)进行比对并计算序列同一性。通常，我使用以下程序进行成对比对和seq.identity计算。

浏览 6提问于2013-02-08得票数 0

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