从LabVIEW调用ImageJ宏

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labview、imagej、fiji

我已经开发了一个imagej(斐济)宏程序(.ijm)来缝合图像。我想从LabVIEW调用这个宏。我使用LabVIEW作为前端，imagej作为后端。我尝试了一个labview程序来调用ijm宏，但是没有成功。期望:我应该得到拼接后的图像

浏览 95提问于2019-06-07得票数 0

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我刚刚开始使用ImageJ，我想知道是否有人知道一种读取可以存储在PNG文件中的自定义数据的方法。这样做的原因是，我通过LabView生成了一个16位灰度的PNG文件，其中每个bin代表测量值的某个高度。我想在PNG文件的自定义数据“区域”中写入高度方面的最小步长、最大步长和二进制步长。据我所知，LabView的IMAQ视觉工具允许编写它，但我需要用ImageJ读取它。这有可能吗？我还没有找到任何看起来有用的特定宏，但我对这个程序的经验非常有限。

浏览 2提问于2012-07-20得票数 0

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有办法从java调用imagej宏(.ijm) (即将宏存储为字符串并使用imagej的java控件执行它)吗？

java、macros、imagej

相反的问题是：每当我写imagej时，我都提到斐济。当然，一个简单的解决方案是从java字符串创建一个.ijm，然后使用一个以.ijm为参数的系统调用来调用imagej，但是我要寻找更好的解决方案。或者，可以将.ijm指令转换为java调用，但并不是很方便(当.jvm足够工作时，保持这种格式是非常方便的方法)。为什么有用？它可以用来，例如，分发一个.ijm<

浏览 4提问于2013-12-13得票数 3

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使用ImageJ在大型集群上编写多个时间点的并行迭代反卷积脚本

javascript、imagej、pbs

我有一个有趣的ImageJ脚本问题，我想分享一下。一位成像科学家给了我一个包含258个时间点的数据集，其中包含13张“Z堆栈”图像。总共有3354张tif图像。他有一个使用imageJ宏录制功能制作的宏，这个宏在他的windows机器上工作，只是需要花费很长时间。我可以访问一个非常大的学术计算集群，在那里我可以请求与时间点一样多的节点。这是宏"iterative_parallel_deconvolution.ijm“。我更改了路径，使其与集群中的必要路径相对应。我想重新设计这个

浏览 2提问于2014-11-14得票数 0

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在我自己的java应用程序中运行ImageJ宏

java、image-processing、plugins、macros、imagej

我已经找到了方法，但我对“小丑(14K)”指的是什么感到困惑，我想使用我自己制作的宏，而不是从imageJ的网站下载的宏。我的宏现在就是这样的：当我使用批处理程序时，这在ImageJ中起作用。我的两个问题是：如何

浏览 1提问于2016-12-24得票数 0

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来自ImageJ插件的'waitForUser‘宏的问题

plugins、macros、imagej

我正在开发一个ImageJ插件来做一些图像分析。我有一系列的宏，我想从插件中运行。使用我可以从插件中调用每个宏。虽然这看起来是可行的，但只要宏转到线路。ImageJ窗口停止更新，命令不被接受，必须按Alt组合键退出程序。谨致问候本

浏览 0提问于2013-03-27得票数 0

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如何使用R调用/执行imageJ宏？

r、macros、imagej

我在imageJ中编写了一个宏，它突出了一个数据框架，然后在R中进行分析，我希望能够在R中完成整个过程的工作，而不必首先在imageJ中手动运行这个宏。当前，宏提示用户输入和输出目录，然后执行它的操作。我认为在R中一定有一个函数，它允许我指定宏以及输入和输出目录(然后我可以在宏中对这些变量进行重新编码，以通过R脚本获取这些参数吗？)/JavaApplicationStub directory file[i] -batch zmacro") 但是，

浏览 11提问于2013-09-24得票数 5

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OrientationJ:保存OrientationJ向量域宏中的结果时出现问题

macros、imagej、fiji

我正在尝试为ImageJ编写一个宏，它通过OrientationJ向量域插件处理指定文件夹中的图像，然后将输出的结果表保存到一个单独的文件夹中。问题是，当我运行宏时，OrientationJ向量域的对话框将会弹出，但是结果不会保存在任何地方。我不确定我做错了什么，如果有人能帮助我，我将不胜感激。我的宏的代码如下所示，谢谢。

浏览 8提问于2021-11-27得票数 0

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ImageJ旋转宏调用在每次调用时都会变慢

java、image-processing、macros、imagej

我一直在做一个项目，在这个项目中，我试图通过ImageJ宏来旋转图像，基本上相关部分如下所示：因此，当我以20，30，40，50，60的角度对运行上述方法的方法进行5次调用时，执行此操作的时间越来越长execution1353 - 4. execution 6931

浏览 0提问于2013-04-30得票数 0

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如何将ImageJ用作单独的Java应用程序的库？

java、image-processing、imagej

在常规的Java应用程序中，我有一个BufferedImage，我想用ImageJ来操作它。我有一个宏，这正是我需要执行的。我怀疑第一步是创建一个ImagePlus对象，但我不确定如何从ImagePlus对象内部运行一个宏。ImageJ教程“发现”中的第7.3节说：如果您决定使用ImagePlus作为您的内部映像格式，您还可以使用来自ImageJ发行版的所有插件和宏以及所有其他ImageJ插件。

浏览 9提问于2012-05-20得票数 14

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如何使用python在imagej中打开图像？

python、image、counting、imagej、fiji

我想自动计数单元格，我通常用ImageJ来实现这一点。我想把图片上传到python的imagej中subprocess.Popen(r"path\ij153-win-java8\ImageJ\macros

浏览 5提问于2021-11-30得票数 0

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[ImageJ宏]：如何将绘图配置文件数据保存到文本文件中？

plot、macros、imagej

我想创建一个简单的ImageJ宏，沿给定线扫描绘制纵断面图，并将结果保存在.txt文件中。我怀疑宏试图将图像本身保存为文本，而不是绘图数据。如何实现与单击剖面图的“另存为”按钮或"List ->另存为“完全相同的宏？

浏览 9提问于2015-04-27得票数 1

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控制已经存在的ImageJ实例

java、wolfram-mathematica、imagej、jlink

我们想把我们的图像显示程序转换成ImageJ。另一个程序是内存占优势，而且速度很慢。我的问题是，我能否编写一个控制已经运行的ImageJ实例的外部程序？理想情况下，事件的顺序是。将图像交给ImageJ的脚本是关闭的，但是ImageJ上的图像被保留了。我已经成功地导入了ImageJ的ij类并使用它。下面是我在Imag

浏览 4提问于2015-10-08得票数 1

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从错误运行ImageJ宏未找到

python、subprocess、imagej

背景PATH=/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/java:$PATH问题我很难从Python2.7的脚本中运行一个ImageJ宏。脚本使用ImageJ调用subprocess.Popen宏。

浏览 0提问于2019-05-07得票数 1

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ImageJ -如何在遇到错误时继续批处理

java、error-handling、batch-processing、imagej

我在ImageJ中写了一个宏，在BMP图像文件列表上运行批处理“度量值”。我使用headless.jar在远程linux机器上以无头模式运行代码。每当ImageJ在读取/加载列表中的图像时遇到错误或异常，它将退出该进程。因此，我必须不断地监视进程，并手动强制ImageJ跳过文件。是否有一种方法可以强迫ImageJ继续该进程，即使它遇到了错误/异常？并报告文件名，可能在日志或其他文件中？

浏览 6提问于2012-10-12得票数 0

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如何从ImageJ宏调用/执行java程序？

weka、imagej

我知道ImageJ/斐济的高级Weka分割插件的存在，但我使用的是一个自定义的特征向量，它不能与它一起工作。无论如何，在我尝试执行的ImageJ宏中： exec("java", "-cp", "/home/dionysis/weka-3-7-7/weka.jar", "weka.classifiers.trees.RandomForest在linux终端中，这运行得很好，但是，在宏内调用

浏览 0提问于2013-02-05得票数 0

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exec("dir /w")；函数在imageJ中是如何工作的？

python、imagej

如何在imageJ，中使用exec()？我是否可以使用exec()函数启动外部python程序，其内容如下：能否将图像数组从python返回给exec？

浏览 0提问于2014-05-02得票数 0

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从终端运行斐济/imagej宏

imagej

我在斐济/imagej中做了一个宏，我想通过shell脚本中的终端激活这个宏。现在，宏不需要任何输入，我只想让斐济在从终端激活时运行宏，并将其输出保存在输出文件夹中。宏的脚本如下所示：output = "/User

浏览 3提问于2015-02-27得票数 3

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ImageJ:如何将标签名称放入ROI生成的结果表中

imagej、roi

我用ImageJ测量生物有机体不同部位的长度。我在图像上画直线或分段线，将线添加到ROI Manager，并为其设置名称(重命名标签的标准名称)。在画了几条线之后，我测量了它们。

浏览 1提问于2013-12-27得票数 2

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如何将ImageJ连接到python？

python、jython、imagej

我正在使用ImageJ来实现这一点。由于在ImageJ中有一个可以在ImageJ软件中打开的Jython解释器，因此必须有一种方法将ImageJ连接到Python并调用Python中的所有函数。我想知道如何才能在Python语言中完成所有处理，而不是在ImageJ中打开解释器？

浏览 2提问于2015-04-20得票数 6

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