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我需要一些帮助提取从属信息从PubMed搜索字符串在R。我已经成功地提取从属信息从单个PubMed ID，但现在我有一个多项的搜索字符串，我需要从中提取从属信息，希望然后创建一个数据框与列，如: PMID，作者，国家，州等。这是我到目前为止的</em
浏览 31提问于2020-09-28得票数 0
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通过使用easyPubMed &大量搜索，我成功地从单一的公开记录中提取了从属关系数据(我对R仍然非常陌生)。数据的问题是，它只报告了一部分关联信息，我假设这是由于非标准化字符串中的各种类型的信息造成的。我的代码如下：
#PubMed query via easyPubMed using the URL
浏览 3提问于2020-08-13得票数 0
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我一直在使用R中非常有用的rentrez包从Pubmed数据库中获取有关作者、文章ID和作者从属关系的信息。这工作得很好，但现在我想从从属关系字段中提取信息。不幸的是，从属关系字段普遍是非结构化的，没有标准化的字符串，包含各种类型的信息，如大学名称、系名称、地址以及更多由逗号
浏览 15提问于2019-05-07得票数 3
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我编写了一个脚本，使用python模块BeautifulSoup从网页中获取xml。这个网页包含描述使用基因组数据的项目的信息，我想提取所有PUBMED ID (来自这个项目的出版物的唯一ID号)。BeautifulSoup模块包含一些命令，它们在这个汤中搜索感兴趣的文本，但据我所知，它们都以标记或正在搜索的文本作为输入。首先，python模块(python早期版本中</e
浏览 1提问于2016-12-06得票数 1
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我的总体目标是建立一个共同作者网络图。我有一个PubMed ID的列表，这些是我唯一感兴趣的出版物，用于绘制联合作者网络的图表。我不知道如何在我的查询中使用rentrez同时获得作者姓名和各自的从属关系。我可以得到这两个信息，但我的从属关系列表比我的作者列表少了大约300人，所以很明显，有些人没有提供从属关系，但我不知道是谁。有没有办法同时搜索作
浏览 5提问于2017-02-23得票数 3
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我是一个网络刮R的新手，我被困在这个问题上:我想使用R向提交一个搜索查询，然后从结果页面下载一个CSV文件。几个注意事项：
我看过这些相关的问
浏览 0提问于2019-07-12得票数 4
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我目前正在探索从作者从属关系(PubMed文章)中提取国家名称的可能性。我的样本数据如下：有没有人能给我推荐一个更好的方法呢？我更喜欢在R<
浏览 11提问于2011-03-16得票数 7
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如何从Pubmed下载全文？
、、、、
我正在做一个需要与Genia语料库一起工作的项目。根据文献，Genia语料库是通过搜索Medline/Pubmed上的“转录因子”、“血细胞”和“人”这三个术语提取的。我想从Pubmed的Genia语料库中提取全文文章(这是免费的)。我尝试了许多方法，但我无法找到下载全文的方法，或XML或Pdf格式。)的信息。在进一步的因特网搜
浏览 7提问于2016-06-14得票数 0
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我有一个大的文本文件，其中包含许多摘要(其中7k)。我想把他们分开。它们具有下列属性：
Effects of propofol and isoflurane on haemodynamics and the infla
浏览 1提问于2015-11-27得票数 0
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我正在尝试提取pubmed上所有出版物的合著者姓名和从属关系。我能够在数据帧中获得作者姓名的列表，但现在我需要添加与姓名的从属关系。我一直在尝试这样做，但我不知道该怎么做。我需要合并两个列表:作者和每个作者的从属关系为一个。query = "an author's name"
res <- EUtilsSummary(query, db="pubmed
浏览 19提问于2019-01-28得票数 1
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我得到了不同的结果，使用EUtilsSummary或EUtilsGet函数的RISmed R-包，以查询文件上市。在这两个函数中都使用了相同的查询。library(RISmed)r <- EUtilsSummary(topic, db= "pubmed")
Que
浏览 12提问于2015-10-07得票数 1
在使用pubmedR查找期刊的作者关系时，我发现它们有时是不完整的。article_count$total_count, api_key = NULL)
dfa <- pmApi2df(article_request, format = "bibliometrix") 在数据帧'dfa‘的从属关系列'C1’或'AF_UN‘中，我们可以观察到，例如，对于第2行和第3行(PMID 34044912和34044911)，虽然在相应的<em
浏览 21提问于2021-06-27得票数 0
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我试图从NCBI文件中解析某些子节点的xmlValue。但是，对于一些PM.IDs，Root node <PubmedArticleSet>有不同的信息，如PubmedBookArticle和PubmedArticle。我想传递一个条件，if(xmlName(fetch.pubmed) == PubmedBookArticle提取某些值，elseif (xmlName(fetch.pubmed) == PubmedArticle提取
浏览 2提问于2015-11-02得票数 0
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我第一次面对正则表达式，我需要从这个报告中提取一些数据(包含格式化信息的txt文件)：
如您所见，txt的所有记录都以"xx:“这样的数字开头，
浏览 1提问于2010-07-23得票数 0
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当我在一个在线数据库(pubmed-一个科学文章数据库)的搜索栏中输入搜索词时，我得到了一个指向搜索结果文章的链接列表。我想单击每个链接，在新的选项卡窗口中打开每个链接，并从摘要(摘要-文章)中复制文本，以便我可以将每个链接粘贴到一个文件中。
我最近发现用python做这件事可能要有用得多。我的问题是:可以从搜索得到的每个href链接中<
浏览 18提问于2017-01-03得票数 0
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我刚刚发现了一个用于R的包，它可以从pubmed中检索摘要，非常棒。但在数据检索过程中，我一直收到警告消息：
> nrow(as.data.frame(
浏览 0提问于2011-08-08得票数 2
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我想生成(1)文章标题和(2)文章作者电子邮件地址的列表，所有这些都来自发布的搜索结果。使用pubmed php实用程序(详细信息请参阅此链接：)，我已经成功地创建了一个EFetch脚本来检索这些数据，如下所示……<?php
'db' => 'pubmed</
浏览 1提问于2010-10-09得票数 0
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我试着用PubmedID从Pubmed中提取60K篇文章的摘要。我正试图把这些摘要导出到字典里去。我想我正在使用的代码有一些问题，尤其是在解析公共ID的时候。请帮助纠正代码，并让我知道哪里是错误的。anonymous@gmail.com'
without_abstract = []
f = open(pub_ids, "r"']
浏览 9提问于2022-07-15得票数 3
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我很难获得特定节点的值。我从url 中提取XML数据，并使用以下代码var xhttp = new XMLHttpRequest(); true);
function myFunction(" + pmcid + "</br&
浏览 4提问于2016-08-14得票数 0
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创建包
、
我正在用R语言创建一个包，一切运行正常，但是当我运行R CMD check时，它在运行示例时显示一条错误消息。例如“无法打开文件”。“没有这样的文件或目录”实际上我的函数需要一个包含PubMed摘要的PubMed文本文件，我已经将我的文本文件放在包的每个子目录中，但它不起作用。一次又一次地显示相同的错误。因此，请建议我如何将文本文件放入包中的正确方法，以供示例使用
浏览 1提问于2013-03-25得票数 1
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