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从R迁移到Python过程中需要知道的几个包

我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库，因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。...R 语言的一个缺点是每个机器学习算法都有一个相应的软件包，这大大提升了用户的学习成本。...pandas 吸取了 R 语言中数据清洗功能的优点并将其引入到 Python 中。...Python 中拥有正则表达式库re,和一个内置的字符串软件包 string。 RStudio -> Rodeo ? 对于许多用户来说，RStudio 是 R 语言中一款非常友好的编辑器。...在 R 语言中，我们可以利用 knitr 来创建可重复的可视化分析报告，RStudio 中很早就包含了这个功能。在 Python 中，最相近的软件库是 Jupyter。

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把函数包起来就是一个R包 - 完整开发指南

In-development版本由4个数字构成，第四个是开发版本，从9000开始，所以包的第一个版本是0.0.0.9000 Auther@R字段是作者的信息，是R代码： Authors@....Rd文件，roxygen2除了生成.Rd文件外还可以更改NAMESPACE和DESVRIPTION中的Collate字段 基本的流程有4步： 将roxygen格式的注释添加到.R文件中 使用devtools...，描述了一个R对象，是从我们的包导出给外部使用，还是从其他的包导入供我们使用 一共有8个namesapce指令，4个表示exports，4个表示imports 4个exports为： export():...Imports字段和NAMESPACE中的import()命令的区别： Imports字段只是确保当我们的包被安装的时候这些包也被安装了，并没有使函数可用，如果想要用这些函数就需要使用::或者import...命令来导入函数，所以所有被NAMESPACE提到的包必须在DESCIPRTION的Imports或者Depends字段中 如果我们使用来自其他包的少量函数，建议是在DESCRIPYION文件的Imports

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从 vue-cli 源码中，我发现了27行读取 json 文件有趣的 npm 包

用最新的VSCode 打开项目，找到 package.json 的 scripts 属性中的 test 命令。鼠标停留在test命令上，会出现 运行命令 和 调试命令 的选项，选择 调试命令 即可。...判断读取的 package.json 的 name 属性与测试用例的 name 属性是否相等。 判断读取 package.json 的 _id 是否是真值。 同时支持指定目录。...new URL('data.txt', import.meta.url) 注意，Node.js 环境中，import.meta.url 返回的总是本地路径，即是file:URL协议的字符串，比如 file...等等 read-pkg 源码[23] 整体而言相对比较简单，但是也有很多可以学习深挖的学习的知识点。 作为一个 npm 包，拥有完善的测试用例。...学 Node.js 可以多找找简单的 npm 包学习。比直接看官方文档有趣多了。不懂的就去查官方文档。查的多了，自然常用的就熟练了。

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R包简单教程

R包概述 R包是什么 R包，类似C、Python中库的概念，指包含特定领域的函数、数据、文档等的集合。通过调用包，可以直接使用包中现成的数据、函数等，使开发方便快捷高效。...为什么学习R包 R的强大在于包含了各种各样的包，使用包非常有利于便捷开发。 一些功能在现有的包中并不存在，需要自己实现，实现后通过打包方便代码的复用。...R包的结构 创建R包后，在包的根目录下，一般包含以下几个部分（粗体表示必需）： R/： R函数目录，包含包中定义的函数。 DESCRIPTION：包的描述，包括包名、作者、依赖等。...man/： R函数手册目录，包含了包中定义函数的手册。 vignettes/： R项目目录，包含了本项目的使用指导。 tests/： R函数测试目录，包含了包中定义函数的测试及包功能的测试。...data/： 包中附带的数据文件。 R包的工作流程 为了有效利用R包，一般遵循以下的工作流程： 指定名字，创建R包，并编写DESCRIPTION文件，对R包进行简单的描述。

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R语言里面的文本文件操作技巧合辑

从底层函数到成熟的R包到个性化自定义函数 偏底层的函数 常规需求是文本文件交互，比如 文件打开、文件写入、文件内容刷新等等，如果默认的文件没有规则仅仅是里面有内容，就需要使用比较底层的函数： 打开文件...这个函数会返回一个连接，你可以通过这个连接来读取或写入文件。例如： con <- file("myfile.txt", "r") # 打开文件进行读取 在这个例子中，"r"表示读取模式。...例如： con <- file("myfile.txt", "r") lines <- readLines(con) close(con) # 记得关闭连接 在这个例子中，readLines()函数会返回一个字符向量...在R中，你可以使用readLines()函数读取GMT文件，然后使用字符串处理函数来解析每一行。...在R中，你可以使用Bioconductor的ShortRead包来读取FASTQ文件，并将其转换为FASTA格式。以下是一个示例： # 首先，你需要安装Bioconductor和ShortRead包。

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R学习笔记(4): 使用外部数据

若quote是数值型向量则代表将欲写在""中的那些列的列标。...row.names 一个逻辑值,决定行名是否写入文件;或指定要作为行名写入文件的字符型 向量 col.names 一个逻辑值(决定列名是否写入文件);或指定一个要作为列名写入文件中 的字符型向量 qmethod...字符向量 R中甚至允许以一个字符向量作为输入或输出。使用textConnection()函数创建到字符向量的连接。...类似于C语言中的ungetc函数，R中的pushBack()函数可以把任意数据压入给连接。压入后的数据以堆栈方式存储（FILO)。栈不为空时从栈中取数据，栈为空才从连接输入数据。...但是从外部获取的数据会被R放到内存中，在处理大数据时，就会遇到问题。在处理大数据时，可以采用一下的方法： 使用数据库 每次从数据库中读取一部分数据进行处理。

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R语言18讲(三)

2,从数据源导入数据 3,从网络上爬取数据.我们按照从易到难,从简单到复杂的方式排列.来讲讲数据的获取....一,自己输入数据 首先R中的数据类型我们来分个类: 1.按照数据模式分类: 数值型,字符型,逻辑型....,区别就是每一列向量类型和长度可以不一致.用list( 字段1, 字段2,….. )创建 数组–其形式就像我们玩的模方,每一个面都是一个矩阵数据,用array(数据,各维度的最大值,各维度的名称)创建...目前数据源太多了,数据源的格式也非常之多,幸好R的兼容性非常好,能从各种不同的数据源中获取数据,这里只简单介绍几个比较常用的数据导入方式 1.导入CSV格式数据 read.csv("E:\\课件\\11..., test ) # 读取test表格 方法二:安装并加载RMYSQL包,这里以MariaDB数据库为例 先安装这个数据库,然后打开其图形界面 输入密码即可登入,此时要记住主机名

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生信技巧第3课-请你务必学好R语言

/rstudio/download/ 安装一些必要的包，了解CRAN和bioconductor 理解R语言与Excel表格在数据处理的异同点 重中之重！！！...明白R中的变量 向量和因子：向量特简单,没什么好说的，因子太复杂了，我说不清楚，你们慢慢理解。 数据框：就像我们的表格,第一行就是每一列的名字,我们称之为字段,或者变量名。...用data.frame( 字段1,字段2,…. )创建 ) 列表：与数据框类似,区别就是每一列向量类型和长度可以不一致。...,row.names,col.names,length,unique,view,min,max,summay,table 我们处理生物信息学数据一般很少会手动创建这些对象，都是从文本里面读取，比如kegg...这是一个分水岭，用好了你就算是R入门了。也可以用一些包，比如reshape2，dplyr。 当然，R里面的字符串对象是另外完全不一样的操作模式，建议大家自行搜索学习。

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协处理器CP15介绍—MCRMRC指令(6)

概述:在基于ARM的嵌入式应用系统中，存储系统的操作通常是由协处理器CP15完成的。CP15包含16个32位的寄存器，其编号为0～15。 而访问CP15寄存器的指令主要是MCR和MRC这两个指令。...对于CP15寄存器来说，opcode1=0 Rd：作为源寄存器的ARM寄存器，其值将被传送到协处理器寄存器中，或者将协处理器寄存器的值传送到该寄存器里面 ,通常为R0 CRn：作为目标寄存器的协处理器寄存器...的系统，读取时该位返回0，写入时忽略 对于只支持big-endian的系统，读取时该位返回1，写入时忽略 S（bit[8]） 在基于 MMU 的存储系统中，本位用作系统保护 R（bit[9]） 在基于...当系统中的指令cache不能禁止时，读取时该位返回1，写入时忽略 V（bit[13]） 对于支持高端异常向量表的系统，本控制位控制向量表的位置 0 ：选择低端异常中断向量 0x0~0x1c  1...：选择高端异常中断向量0xffff0000~ 0xffff001c 对于不支持高端异常向量表的系统，读取时该位返回0，写入时忽略 PR（bit[14]） 如果系统中的cache的淘汰算法可以选择的话

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R语言基础教程——第8章：文件的输入与输出

24 34 读写文件 1 从文件中读取数据库获矩阵 read.table()函数是R最基本函数之一，主要用来读取矩形表格数据。...（7）row.names 保存行名的向量。可以使用此参数以向量的形式给出每行的实际行名。或者要读取的表中包含行名称的列序号或列名字符串。...在数据文件中有行头且首行的字段名比数据列少一个的情况下，数据文件中第1列将被视为行名称。除此情况外，在没有给定row.names参数时，读取的行名将会自动编号。...值在读取数据时候转换成NA （11）colClasses 用于指定列所属类的字符串向量。 （12）nrows 整型数。用于指定从文件中读取的最大行数。负数或其它无效值将会被忽略。...file.exists()：返回一个布尔值，表示作为参数的字符串向量中给定的每一个文件名是否存在。

4.6K31

R tips：自杀式R包的安装

如果是在Windows平台下，那么应该首先检查R包安装路径是否有问题（使用.libPaths()函数查看），尽量不要安装到".RLibrary"之类的无版本依赖的文件夹中。...而如果是linux平台下或者包安装路径并没有“.RLibrary”之类的文件夹， 那么注意R包的安装或者载入过程中是否出现如下warnning或error： Error in completeSublasses...所以我们可以知道这个报错的原因是dbplyr作为一个被依赖包，却滞后于依赖包的顺序被加载，因此这个错误很好修复，保证优先加载dbpyr： 在Rprofile.site文件中加入library(dbplyr...Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R，为避免可能的编译错误，建议将这所code的输出隐藏，比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码： suppressWarnings(library...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。

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Linux系统GIC介绍与编程

作为响应，CPU核执行异常处理程序。异常处理程序必须从CPU interface寄存器查询中断ID，并开始为中断源提供服务。完成后，处理程序必须写入CPU interface寄存器以报告处理结束。...中断状态保存在distributor寄存器中。 下图是GIC控制器的逻辑结构： 4.1.1 配置 ​ GIC作为内存映射的外围设备，被软件访问。...在CPU核可以处理中断之前，软件会通过在向量表中设置有效的中断向量并清除CPSR中的中断屏蔽位来让CPU核可以接收中断。 ​...Distributor Control Register, GICD_CTLR 位域 名 读写 描述 1 EnableGrp1 R/W 用于将pending Group 1中断从Distributor...位域 名 读写 描述 [31:3] - 保留 [2:0] Binary point R/W 此字段的值控制如何将8bit中断优先级字段拆分为组优先级和子优先级，组优先级用来决定中断抢占。

2.3K20

问询ChatGPT，学习Go源码

这两个字段都是整数类型，采用了 math/big 包中的 Int 类型，这样可以支持任意大的整数。 Rat 类型实现了基本的有理数运算，例如加减乘除、比较、取反、绝对值等。...接下来，使用 MOVD 指令将另一个立即数 16 加载到寄存器 R31 中。该立即数将用于计算向量中的偏移量。...该指令将 VS32 作为第一个操作数，将存储地址 (R0)(R3) 或 (R31)(R3) 作为第二个操作数，并使用两个向量索引器将向量中的值复制到两个存储地址中。...在上面的汇编代码中，STXVD2X 指令被用于将 32 位向量寄存器 VS32 中的值存储到内存地址 (R0)(R3) 和 (R31)(R3) 处。...因为向量中的元素是 32 位的，所以每次存储需要占用 4 个字节的内存空间，因此 STXVD2X 指令的存储地址 (R0)(R3) 和 (R31)(R3) 中的 R3 每次增加 32，以便存储下一个向量元素

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TidyFriday 如何编写一个自动获取和展示疫情数据的 R 包？

是不是总觉得会开发 R 包的都是大佬呢？其实你也可以，今天我们就为你揭开 R 包开发的神秘面纱！开发本文介绍的这个 R 包仅仅一些一些 R 语言的基础！...查看创建的项目文件夹 我们可以从桌面上找到这个文件夹： ?...编写 ncov 包的 DESCRIPTION 文件 使用下面的命令把该包依赖的 R 包写入 DESCRIPTION 文件中的 Imports 字段下： for(pkg in c("jsonlite",...R 包的一些信息填入 DES 就好了： Package: ncov Title: Get and Plot 2019 nCov Data Version: 0.0.0.9000 Authors@R:...R 包发布在 CRAN 上，Description 字段应该是由多个句子组成的段落介绍，Title 字段应该是呀标题格式（该首字母大写的要大写）。

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R语言系列第二期：②R编程、函数、数据输入等功能

流程控制 目前，我们已经了解了简单表达式的赋值和函数的创建，但是作为一种语言软件，条件执行和循环结构才是R的灵魂。...当读取因子变量时，最简单的办法是使用文本形式对它们进行编码。read.table()函数自动检测一个向量是字符向量还是数值向量，前者会转换成一个因子。...例如，secretin内置数据集从文件中读取的开头如下： > head(secretin)   gluc  person  time     repl        time20plus  time.comb...sas文件可以用misc包中的sas.get()，以及sas7bdat包中的read.sas7bdat()。...> read_sas<-read.sas7bdat(“F:/rad.sas7bdat”) 还有一种便利的方法是从系统剪贴板中读取。

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10_异常与中断

通过从一个通用寄存器（Rt）读取或写入位于CP15内的一组寄存器（CRn）中，可以控制系统架构的某些功能。该指令的Op1，Op2和CRm字段也可以用于选择寄存器或操作。...异常处理是通过使用称为向量表的内存区域来控制的。默认情况下，该地址位于字映射地址从0x00到0x1C的内存映射的底部。向量表可以从0x0移到0xFFFF0000。 ​...当处理器核以Hyp mode运行时，它使用Hyp mode向量入口地址，这些入口地址是从Hyp mode的专用向量表中获取的。...中断状态反映在distributor寄存器中。 ​ 下图是GIC控制器的逻辑结构： 10.6.1 配置 ​ GIC作为内存映射的外围设备进行访问。...对于GICD_ITARGETSR0到GICD_ITARGETSR7，任何CPU目标字段的读取都将返回执行读取的处理器的编号。 ​

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MatLab函数xlsread、xlswrite、xlsfinfo

要确定电子表格中工作表的名称，请使用 xlsfinfo 函数（见下文）。 data = xlsread(filename,xlRange) 从电子表格文件中的第一张工作表中指定范围内读取数据。...若不指定所有参数，则未指定的参数用 ‘’ 作为占位符。...[data,text,raw] = xlsread(___) 使用上述格式读取电子表格，在数值矩阵 data 中返回数据，在元胞数组 text 中返回文本字段，在元胞数组 raw 中返回数值数据和文本数据...（函数句柄），并在 data 中返回最终的数值结果，在元胞数组 text 中返回文本字段，在元胞数组 raw 中返回数值和文本数据，在数组 custom 中返回 processFcn 的第二个输出（只有安装了...filename 指定的电子表格文件中的第一张工作表，从单元格 A1 开始写入。

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【数据分析 R语言实战】学习笔记 第二章 数据的读取与保存

2.1数据读取 2.1.1读取内置数据集 R本身提供了超过50个数据集，同时在功能包(包括标准功能包)中附带了更多的数据集。R自身提供的数据集存放在自带的datasets程序包中。...有些数据文件格式非常规整，但没有分隔符，就需要我们在读取时手动划分每个字段的长度，这时需要用到的函数是:ead.fwf()，它以行的方式首先读入数据，通过widths参数指定一个向量，来设置各个字段的宽度...Excel数据 在R中打开Excel表格数据有多种方式，最简单的一种是从剪贴板中读取数据。...RODBC中与SQL相关的函数 ? (2)通过RMySQL/DBI读取数据库 (3)通过RJDBC读取数据库 2.1.6读取网页数据 R中的程序包XML为读写XML文档提供了通用的工具。...使用readLines()函数可以直接从连接中以行的形式读取文本。

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【生信技能树培训笔记】R语言基础（20230112更新）

可以为 times，若为1个元素，则表示重复x向量的次数；若为长度与x向量相等的向量，则表示分别重复x中各元素的次数。 length.out，指定输出向量的长度，从左至右选择，多余的元素舍弃。...将k1作为y轴；k2作为x轴图片图片plot() 默认作散点图，可以指定另外的作图形式（折线图，点线图等，详见帮助文档）boxplot() 用~连接指定需要作图的数学公式中的函数和自变量（可以是组合分组变量...II.数据框的生成与操作用函数data.frame()生成> #新建和读取数据框> df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), #每行生成一个向量，作为数据框的一列...gene change score1 gene1 up 52 gene2 up 33 gene3 down -24 gene4 down -4从文件中读取从...CSV（逗号分隔符文件）文件中读取数据，生成数据框。

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R语言练习的时候那些内置数据集

很多人的R语言教程都是读取一个外部文件，这样的话读者很难说重复出来，因为这个外部文件往往是存储在各自的本地电脑。...以下是按照这些数据结构分类的一些内置数据集示例，以下是按照不同数据结构分类的内置数据集的名称和简要描述： 向量： euro: 欧元汇率数据，长度为11的命名向量。...DNase: 若干次试验中，DNase浓度和光密度的关系等。 这些是一些内置数据集的简要描述，你可以在R中使用相应的数据集名称来访问和探索这些数据。...GEOquery数据集： "GEOquery" 包允许你从NCBI的基因表达数据库(GEO)中下载和分析基因表达数据。...BioMart数据集： "biomaRt" 包允许你从Ensembl数据库中获取基因注释和基因组信息。

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