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从circlize包中对齐chordDiagram中的标签

circlize包是一个用于可视化环形图的R语言包。它提供了一种简单而灵活的方式来创建环形图,并且可以与chordDiagram包结合使用来对齐chordDiagram中的标签。

环形图是一种常用的数据可视化方式,它将数据按照圆环的形式展示,可以用于显示各个部分之间的关系和比例。而chordDiagram则是一种特殊的环形图,用于展示两两之间的关系。

在circlize包中,可以使用函数chordDiagram()来创建chordDiagram对象,并通过参数annotationTrack来对齐标签。annotationTrack参数可以接受一个列表,其中每个元素代表一个标签,可以设置标签的位置、内容、颜色等属性。

以下是一个示例代码,展示如何使用circlize包对齐chordDiagram中的标签:

代码语言:txt
复制
library(circlize)
library(chordDiagram)

# 创建chordDiagram对象
chord <- chordDiagram(matrix(c(10, 5, 3, 8, 6, 2), nrow = 2))

# 创建标签列表
labels <- list(
  list(
    track.height = 0.1,
    bg.col = "white",
    panel.fun = function(x, y) {
      xlim <- get.cell.meta.data("xlim")
      ylim <- get.cell.meta.data("ylim")
      sector.name <- get.cell.meta.data("sector.index")
      circos.text(mean(xlim), ylim[1], sector.name, facing = "clockwise", niceFacing = TRUE, adj = c(0.5, 0))
    }
  )
)

# 对齐标签
chord <- circos.trackPlotRegion(chord, track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
  xlim <- get.cell.meta.data("xlim")
  ylim <- get.cell.meta.data("ylim")
  circos.text(mean(xlim), ylim[2], "Alignment", facing = "outside", niceFacing = TRUE, adj = c(0.5, 1))
}, bg.border = NA)

# 绘制chordDiagram
circos.clear()
circos.par(cell.padding = c(0, 0, 0, 0))
circos.initialize(factors = c("A", "B"), xlim = c(0, 1))
circos.trackPlotRegion(chord, track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
  xlim <- get.cell.meta.data("xlim")
  ylim <- get.cell.meta.data("ylim")
  circos.rect(mean(xlim), mean(ylim), width = diff(xlim), height = diff(ylim), col = "white")
}, bg.border = NA)

这段代码首先加载了circlize和chordDiagram包,然后创建了一个简单的chordDiagram对象。接着定义了一个标签列表,其中包含一个标签的设置,设置了标签的位置、背景颜色和内容。然后使用circos.trackPlotRegion()函数对齐标签,并在chordDiagram上方添加了一个标题。最后使用circos.initialize()和circos.trackPlotRegion()函数绘制了chordDiagram。

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