从dockerfile启动奇点容器中的conda环境

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python、docker、conda、singularity-container

我正在尝试从一个现有的docker镜像设置一个奇点容器，在这个镜像中，一个名为"tensorflow“的conda环境在我运行容器时立即被激活。我在这个话题上找到了一些答案。不幸的是，在这篇文章中，他们只解释了如何在默认情况下设置奇点.def文件来激活conda环境。然而，我只想修改我现有的Dockerfile，然后从它构建一个

浏览 290提问于2019-08-08得票数 2

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在奇点容器中封装conda环境

conda、hpc、singularity-container

我遇到过几个实例，其中包含conda环境对于长期的可再现性是非常有用的。由于我通常在高性能计算系统中运行，出于安全原因，它们需要成为奇点容器。这是如何做到的呢？

浏览 0提问于2019-02-13得票数 12

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激活Dockerfile中的自定义Conda环境

anaconda、dockerfile、conda

在我的Dockerfile中，我创建了一个Conda环境，并安装了我需要的所有软件包。在Dockerfile的末尾，我希望在创建容器时启动一个服务。原始的Dockerfile不是Conda环境，命令如下所示： CMD ["/bin/bash","-c",&quo

浏览 1提问于2021-02-25得票数 0

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使用奇异容器运行带有标志的Dockerfile

docker、singularity-container

关于通过运行Dockerfile的Docker运行高性能计算的书籍的示例：这将用户放入一个Docker容器中，在该容器中，可以从容器中运行的代码示例填充了各种子目录。问题是大多数HPC集群不运行Docker；它们运行的是奇点/应用程序。在

浏览 10提问于2022-11-19得票数 0

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提高运行奇点容器时CPU使用的限制

python-3.x、cpu-usage、singularity-container

我用python3开发了一些(复杂的)代码。当我在我的笔记本电脑上从shell (Ubuntu 18.04)运行它时，CPU使用率是550% (来自"top“命令)。当我从一个奇点容器(基于Ubuntu 16.04)运行它时，CPU使用率是250%，并且执行时间增加了。我不明白为什么奇点不能使用更多的CPU。我阅读了关于的手册，但我的singularity.conf是一个默认文件，我也没有创建任何/sys/

浏览 2提问于2020-06-04得票数 2

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Snakemake奇点与本地资源/关于Snakemake --use-singularity的问题

docker、bioinformatics、snakemake、singularity-container

我开始尝试在Snakemake中使用容器，我有一个问题，什么需要预先构建到容器中，什么不需要。例如：我想要在容器中运行一个python脚本(例如，存储在workflow_root/scripts/myScript.py中)，并从另一个程序通过管道进入。我是否需要将python脚本构建到容器中，将其声明为输入文件，或者可以从容器中访问该脚本(以及如何指向它)？我可以这样做吗，或者我需要将这个引用构

浏览 9提问于2021-10-06得票数 4

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在运行的Docker容器中激活conda* env？*

python、docker、anaconda、containers、environment

有没有办法启动Docker容器，然后使用Python脚本在容器中激活给定的conda环境？我没有权限访问我正在使用的镜像的Dockerfile。

浏览 22提问于2021-08-19得票数 0

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conda环境中的奇点容器

singularity-container

我想在我的conda环境中构建一个遵循this post的容器。但是，我得到以下错误：“/bin/sh: 1:无法创建~/.bashrc:目录不存在”。我正在使用一个流浪的VM来建立我的形象，如果有任何帮助，我将非常感激。

浏览 30提问于2019-08-30得票数 0

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使用入口点运行交互式码头

bash、docker、anaconda、dockerfile、conda

我正在尝试用conda环境构建一个码头映像，并在启动容器时启动环境，但我不知道如何。我的Dockerfile当前是：ENV PATH="/root/miniconda3/bin:${PATHRUN wget https://repo.anaconda.com/minicond

浏览 1提问于2022-01-12得票数 0

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如何在Snakemake中使用奇异性和conda包装器

python、conda、snakemake、singularity-container

TLDR I得到以下错误： “如果包装器的构建器不是非常小心，那么依赖主机库的conda环境中就会出

浏览 5提问于2020-09-21得票数 1

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奇点容器:我们可以从这个环境中将一个容器从这个环境中提取出来吗？

singularity-container

我有一个雄心勃勃的要求。是否可以使用奇点来创建一个容器来“复制”这个远程服务器和与它一起运行的conda env？谢谢

浏览 7提问于2022-07-19得票数 0

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在奇点配方中激活conda环境

python-2.7、conda、singularity-container

我刚接触奇点，我想在奇点配方中激活一个conda环境(myenv)，以便在其中安装一个包(mypkg)。我已经阅读了一些相关的帖子，但答案并没有解决我的问题，尽管这些问题非常相似(Activate conda environment on execution of Singularity container能帮我找找遗漏的东西吗？在我的例子中，当我执行容器时，myenv会自动激活，但在安装mypk

浏览 15提问于2020-01-23得票数 3

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如何使用带有dockerfile的yaml文件来激活conda环境

python、docker、anaconda、yaml、conda

我正在尝试创建一个带有在environment.yml文件中指定的新conda环境的docker镜像，然后在调用docker run时自动激活该文件。f2)/bin:$PATH 和定义环境的yaml文件： name: pointcloudz - conda-forge dependencies:(在容器内)，并且新环境处于非活动状态： CommandNotFoundErr

浏览 150提问于2019-12-12得票数 2

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利用Nipype码头图像CommandNotFound建立奇点配方

conda、singularity-container、nipype

我有以下奇异容器配方： conda install seaborn我使用奇点构建容器，如下所示：依赖项和大多数构建的安装都是正常的，直到我碰到了source not found错误。为了重申这个问题和我尝试过的：我正在从菜谱中建立一个

浏览 1提问于2018-05-09得票数 3

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如果已安装Miniconda，则在Linux上安装Anaconda

linux、anaconda、conda、centos7、singularity-container

我使用的是Linux的CentOs发行版，并且已经安装了miniconda以及我用它创建的conda环境。我正在尝试安装anaconda。我必须先卸载miniconda吗？我有一些我用miniconda创建的环境，我想要保留它们。如果我卸载它，是否可以保留这些环境？我需要anaconda的原因是我想在我的奇点容器中创建环境。怎么可能同时保持这两种

浏览 472提问于2020-08-31得票数 0

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将conda环境迁移到没有互联网(或快速互联网)的机器上

python、pip、conda、offline、ubuntu-18.04

我正在使用conda和python，并在一个环境中安装了很多依赖项。我需要将环境迁移到另一台互联网非常慢的PC上。因此，下载包是不是有任何方法可以从工作的机器中取出转储文件并放到新机器上。我使用的操作系统是ubuntu 18.04 谢谢，Gokul

浏览 2提问于2019-02-14得票数 1

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bash脚本中的奇点shell

bash、shell、conda、singularity-container

我试图在脚本中运行奇点外壳，并在奇点图像中运行多个命令，包括conda。下面是我想要做的一个例子。运行下面的my_script.sh不起作用。在shell命令之后，其他一切似乎都运行在奇点图像之外。## my_script.sh ##source activate test_envconda deactivate我知道我可以把所有的命令放在another_scri

浏览 19提问于2021-01-06得票数 0

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在奇点容器内激活conda环境

bash、conda、singularity-container

所以，我猜这是以一种非常简单的方式完成的，但我没有使用它的经验，所以我不明白问题出在哪里。假设我有一个conda环境example_env和一个奇点图像example.simg。我可以运行镜像：singularity run --nv /mnt/appl/singularity_images/pytorch-19.03-py3.simg 一旦我在奇点容器中，我就可以编写conda</em

浏览 50提问于2021-07-16得票数 0

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如何将包含所有依赖项的python包安装到Docker映像中？

python、docker、pyspark、jupyter、folium

我在jupyter/pyspark-notebook.的Ubuntu15.10中使用Docker容器我需要安装folium和它的所有依赖项，并在容器中运行Pyspark脚本。# do something to prove it worksrdd.takeSample(False, 5) 我在/opt/conda中查找了conda

浏览 5提问于2016-05-10得票数 19

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snakemake +奇异性，消除python依赖

snakemake、singularity-container

我有一个稍微奇怪的问题:考虑一下容器化工作流的情况，在这种情况下，使用单个奇异容器执行整个工作流。这仍然需要python可以在系统上调用snakemake --使用--奇异性，对吗？我能否只在容器中安装python、snakemake和奇异点并执行这对集群配置是否安全编辑:似乎根本不工作-我无法从另一个容器中得到奇异<

浏览 1提问于2019-02-27得票数 1

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