/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天的推文重复一下论文中的Extended Data Fig. 1 image.png 这里是散点图，然后突出显示其中某些点...这里还新接触到一个R包 mdthemes 可以解析代码中的markdown语法 https://github.com/thomas-neitmann/mdthemes 部分示例数据集截图 image.png...\nAA:0.092", "EA:0.056\nAA:0.139", "EA:0.234\nAA:0.013") library(ggplot2...legend.text = element_text(size = 8) ) p.EA <- ggplot(data = df.EA, aes(x = Beta_EA, y = Beta_AA)) + geom_point...= "Effect size (EA)", title="Common sentinel SNP of *cis*-pQTLs in AA" ) + My_Theme + geom_point
从结果知，参数为默认值时，是在原数据的copy上删除数据，保留重复数据第一条并返回新数据框。 感兴趣的可以打印name数据框，删重操作不影响name的值。...从结果知，参数keep='last'，是在原数据的copy上删除数据，保留重复数据最后一条并返回新数据框，不影响原始数据框name。...从结果知，参数keep=False，是把原数据copy一份，在copy数据框中删除全部重复数据，并返回新数据框，不影响原始数据框name。...原始数据中只有第二行和最后一行存在重复，默认保留第一条，故删除最后一条得到新数据框。 想要根据更多列数去重，可以在subset中添加列。...如需处理这种类型的数据去重问题，参见本公众号中的文章【Python】基于多列组合删除数据框中的重复值。 -end-
在操作数据的时候，DataFrame对象中删除一个或多个列是常见的操作，并且实现方法较多，然而这中间有很多细节值得关注。...这是因为drop方法中，默认是删除行。 如果用axis=0或axis='rows'，都表示展出行，也可用labels参数删除行。...如果这些对你来说都不是很清楚，建议参阅《跟老齐学Python：数据分析》中对此的详细说明。 另外的方法 除了上面演示的方法之外，还有别的方法可以删除列。...大学实用教程》中的详细介绍）。...所以，在Pandas中要删除DataFrame的列，最好是用对象的drop方法。 另外，特别提醒，如果要创建新的列，也不要用df.column_name的方法，这也容易出问题。
[2hqbtssctw.png] 通过vgreduce命令将即将坏的磁盘或者分区从卷组vgdata里面移除除去。 通过pvremove命令将即将坏的磁盘或者分区从系统中删除掉。
在使用 JavaScript 中的对象时，你可能会遇到需要从对象中完全删除属性的情况。...为实现这一点可以有好几个选择： 将属性设置为 undefined 将属性设置为 undefined 不是最好的方法，因为属性本身仍将存在于对象中。它还会改变原始对象，这可能是你所不希望的。...JavaScript 对象中删除属性的正确方法。...与上一个方法不同，delete 将完全从对象中删除属性，但它仍然会导致原始对象的发生改变。...这个技巧在需要删除多个属性时特别有用，并且不会更改原始对象。
在本教程中，我们将学习如何在Linux组中删除用户。我们将使用两种方法，还将展示如何通过从“ / etc / group”文件中删除来手动从组中删除用户。...使用usermod从组中删除用户 我们可以使用usermod命令一次从一个或多个组中删除一个用户。使用usermod时，您必须指定将用户保留在哪些辅助组中。让我用一个示例来解释一下。...与usermod不同，我们使用此命令从指定的组中删除用户。...（手动） 我们还可以通过手动编辑文件'/ etc / group'从组中删除用户。...： $ groups testuser testuser : testuser root 结论 在本教程中，我们学习了如何使用usermod、gpasswd以及从“ / etc / group”文件中手动删除用户来从组中删除用户
在ggplot的官方手册中提及到， 一张统计图形是由从数据到几何对象（geometric object，记为geom，如点，线，条形等），图形属性（aesthetic attributes，记为aes，...以下用的数据是一份毕业生数据，来自王斌会主编的《数据分析与R语言建模》的练习数据，一共48个样本点，9个属性 一、数据 在ggplot2中，接受的数据集必须是以data.frame格式的。...第一种的点是黑色点，第二种和第三种都是按照性别这个变量分颜色，第三种比较好记忆，相当于先画好图，再加上带颜色的散点。...3.分组 是ggplot2种映射关系的一种, 默认情况下ggplot2把所有观测点分为了一组, 如果需要把观测点按额外的离散变量进行分组处理, 必须修改默认的分组设置。...= cut)) #修改默认的y的映射关系, 注意图中y轴名称仍然以默认的price表示 dp + geom_point(aes(color = NULL))#删除默认的color映射关系 注意体会第二和第三种图的画法
要成为一名高效且快速的程序员，您必须弄清楚如何从字典列表中删除字典。有许多技术可以从词典列表中删除字典，本文将介绍这些技术。...从字典列表中删除字典的不同方法 循环方式 我们将指定要从字典列表中删除的字典，然后我们将使用 if（） 创建一个条件来提供一个参数以从字典列表中删除字典。...', 'location': 'Germany'}, {'City': 'New York', 'location': 'USA'}] 过滤功能 顾名思义，我们将简单地应用一个过滤器来指定要从字典列表中删除的字典...因此，您只需指定字典的位置即可将其删除。...本文详细介绍了从数据源中包含的词典列表中删除词典的所有可能方法。使用此类方法时，您必须注意，因为可能会出现可能导致数据丢失的数据错误。因此，在对数据进行任何更改之前，必须备份数据。
一、简介 上一篇中我们介绍了ggplot2的基本语法规则，为了生成各种复杂的叠加图层，需要了解ggplot2中一些基本的几何图形的构造规则，本文便就常见的基础几何图形进行说明； 二、各基础图形 2.1...abline()、hline()与vline() 在R的基础绘图系统中我们可以在已绘制的图床上通过abline来添加线条，在ggplot2中当然也有类似的方法： geom_abline()： ...15:25) p 2.2 area() 面积图也是一种很常用的图，多用于表现某些水平或比例类指标随时间的变化情况，下面是一个朴素的例子，以huron湖水水平变化数据为例： library(ggplot2...箱线图是非常有代表性的，它通过图形表现五数概括的情况，在数据基本的描述性统计中具有重要意义，而ggplot2中必然可以绘制箱线图，而且可以绘制得非常精美，下面先看一个最朴素的分组箱线图形式： p <-...~cut) p 2.8 curve()与segment() 有时候我们需要在已绘制的图形中添加线段、曲线、小箭头之类的注解，这时候就可以用到ggplot2中的geom_curve()与geom_segment
例如，用这些函数对向量中的每个元素或数据框中的每列或列表的每个组件执行某些任务/函数，依此类推。 map() 创建一个列表。 map_lgl() 创建一个逻辑向量。...在本课中主要学习ggplot2绘图。 基础包绘图应用越来越少，因为ggplot2与基本R绘图函数相比功能更强大。ggplot2语法需要一些时间来适应，但一旦学会，会发现它非常强大、灵活。...例子包括： 点（geom_point，geom_jitter为散点图，散点图等） 线（geom_line，时间序列，趋势线等） 箱线图（geom_boxplot） 所有几何对象的详细列表及使用场景，请查看...可以将它与ggplot2中可用的任何不同几何对象图层一起使用，轻松学习修改图形！...将图片导出到文件 有两种方法可以将图输出到文件中（而不是简单地在屏幕上显示）。第一种（也是最简单的）是直接从RStudio“Plots”面板导出，点击绘图面板上方的Export。
二 ggplot2绘制Manhattan图 1 纵坐标为P值转-log10（） ggplot(Snp_pos, aes(x=BPcum, y=-log10(P))) + geom_point(...当然了既然是ggplot2绘制的Manhattan图（点图），那么关于点，线，坐标，主题的设置当然都可以设置了，看这里 ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化...%>% # 添加高亮和注释信息：snpsOfInterest中的rs编号和P值大于6的点 mutate( is_highlight=ifelse(SNP %in% snpsOfInterest,...2) 自定义重要的基因，标示 如果有某些“目的基因”，想查看这些基因的P值呢？ 新加gene和gene_annotate列即可！...3）区域放大展示 重点展示某一区域的P值情况 library(ggforce)data %# 添加高亮和注释信息：snpsOfInterest中的rs编号和P值大于6的点 mutate
生信技能树学习之画图 一、ggplot2与ggpubr作图时的代码之间的差异 ## ggplot2 library(ggplot2) ###用某一个包之前，最好先library()加载一下...映射： 按照数据框的某一列来定义图的某个属性，根据数据的某一列分配颜色等属性 ##根据Species定义点的颜色 ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping...统计变换使用场景 场景1: 使用表中数据直接做图，而不统计。...增加组间比较P值 ggpubr可以给箱线图增加组间比较P值，ggplot2不能。...所以需要翻转 小技巧： 这里的横纵坐标不用一个字母一个字母敲上去，两种方法： 1.运行代码colnames(iris)，然后在控制台复制； 2.x=iris $ tab键就能自动补齐，iris $ 删除或者不删除都不会报错
library(ggplot2) #1.入门级绘图模板：作图数据，横纵坐标 ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length...o替换为a，只替换出现的第一个o； str_replace(x,"o|s","a")#将x中的o或者s替换为a，只替换出现的第一个o； str_replace_all(x,"o","a")#将x中的o替换为...a，替换所有的o； str_remove(x," ")##将x中的第一个空格删除； str_remove_all(x," ")##将x中的全部空格删除； 图片 library(stringr) str_split...arrange(test, Sepal.Length) #将Sepal.LengthSepal.Length这一列从小到大排序 arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小...file.exists("douhua.txt") #删掉了就不存在啦 ## 可以批量的新建和删除 f = paste0("douhua",1:100,".txt") file.create(f)
使用+将图层添加到ggplot对象中。可能最常见的geom层是geom_point。 在geom_point（）里面，您将指定从变量到所需几何对象的美学映射。...我们还可以使用geom_smooth（）在点上添加平滑的趋势线图层。...线图适用于绘制时间序列，因此下面我们使用点和线图层绘制平均预期寿命。...但是，如果您想使用数据框中的变量来定义geoms的颜色（或任何其他美学特征），需要将它包含在aes（）函数中。...自定义ggplot2 虽然我们在这里保留了默认的ggplot2功能，但是你可以用ggplot2来做很多事情。 例如，通过练习，您将学习如何通过将多个层组合在一起来生成高度自定义的绘图。
geom_point向图中添加一个点层mapping参数定义如何将数据集中的变量映射为图形属性，mapping参数总是与aes()函数成对出现注意：geom_point是函数，而mapping是它的参数...mpg)+ geom_point(mapping = aes(x=displ,y=hwy,shape=class))ggplot2只能同时使用6种形状1.3.2 手动设置图形属性1.3.2.1让图中所有的点都变为蓝色...color：连续变量使用的是同一种颜色，从浅到深以连续变量cyl为例ggplot(data = mpg) + geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy,...()geom_smooth()ggplot2中的每个几何对象函数都有一个mapping参数同一张图中可以放置多个几何对象ggplot(data = mpg)+ geom_point(mapping =...删除它会发生什么情况？为什么要在本章前面的示例中使用这句代码？不显示图例（4）geom_smooth()函数中的se参数的作用是什么？
在散点图中，随机抖动点以减少过度绘制 尺度：每个几何属性都有一个函数，称为尺度；比例控制从数据到几何属性的映射，以确保数据值对该几何属性有效。此外，在统计变换之前执行缩放。...因此，在ggplot2中，绘图实际上是由geom(例如geom_point())创建的，并由更多geom(例如geom_mooth()等)增强。一个几何图形表示一层地块。...4.3.3.2 使用比例来改变几何图层的美学效果 从数据到美学属性的映射由比例函数控制，例如在4.3.2.1，轴中x-y位置的scale_y_continuous（）和scale_x_continuous...4.3.3.3 使用坐标系统来调节和限制X轴和Y轴 坐标系的用途是在计算机屏幕上调整从坐标到二维平面的映射。在ggplot2中可用的不同坐标系中，笛卡尔坐标系和极坐标系是最常用的坐标系。...但是，在某些情况下，例如出版物，我们可能希望将标题添加到绘图中，也可能希望更改X轴和Y轴标签。
ggplot2是一个做科研都会用到的R包。其实它的使用并不难，这次推文我将会使用ggplot2自带的测试数据，和大家快速了解，入门ggplot2。...从 diamonds 数据集中，随机抽取一些数据： ###加载包 library(tidyverse) install.packages("ggsci") library(ggplot2)...接着我们可以根据这个数据中，cut的类型给这些点上色。...ggplot(data=small_diamonds,aes(x=carat,y=price))+ geom_point(aes(color=cut))+ theme_classic() ?...上面的内容基本从浅到深，囊括了ggplot2使用的主要代码。ggplot的主要元素包括：图层，影射，标度，几何对象和主题。其实使用起来并不难，只要你理解每一层的代码，你就能画出你想要的图片。
在使用ggplot2初步绘制（ggplot2|详解八大基本绘图要素）出需要展示的图形后，还需要对标题，坐标轴（ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”）和legend（ggplot2...))+ geom_point(aes(color=Species)) p 本文会分别介绍图中红色标记部分的修改和设置方法。...注意theme中对应的更改plot.title ，plot.caption 和 plot.subtitle p1 <- p + labs(title="学习<em>ggplot2</em>可视化",...一般使用三个单词用_连接 ，scale_xxx_yyy形式： 其中第二部分的xxx可选为： colour: 点 线 或者其他图形的框线颜色 fill: 填充颜色 （注意个colour区分） linetype...:线型, 实线 虚线 点线 shape ,size ,alpha : 分别为形状, 大小 和 透明度（某些场景有妙用） 其中第三部分的 yyy 可选为： manual: 手动设置 discrete:
，那么首先我们得有一张画布（如果没有安装R语言和ggplot2请见《 十八-R语言特征工程实战 》） [root@centos $] R> library(ggplot2) > ggplot() 使用geom_abline...(1,1), (2,3), (3,4) 那么如果要画出这些点的话应该这样： > ggplot(data, aes(x = x, y = y)) + geom_point() 前面是声明数据部分，后面是声明怎么成像...aes的作用，看下面两个用法(如图左、右)：左边的含义就是画红色点，右边是按照指定的一个维度展示不同的颜色 > ggplot(data, aes(x, y)) + geom_point(colour="...1的直线，也就是y=x+1，那么一定是经过(2,3),(3,4)两个点的 > ggplot(data, aes(x, y)) + geom_point(aes(colour = y)) + geom_abline...aes(x)) + geom_density(adjust = 1/5) 如果我们想按照不同的y值来分开画密度图，并且用不同颜色来表示不同的y值，那么我们可以用描边的方式(左)，也可以用填充的方式(中)
()# 修改列名p <- p + labs(x = "新的 x 轴标签", y = "新的 y 轴标签", title = "新的图形标题")-（5）几何对象用geom_point这样的函数画出来的点就是一个几何对象...()# 这样画出来point有重叠，species本来每组应该有50个点；仅看图片看不出来实际上有50个点，会造成歧义；#解决办法：用 geom_jitter() 函数防止重叠，把横坐标不限制到一个位置...Sepal.Width, fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_jitter()-（7）位置调整练习6-2中提到的...后+theme=classic可以去掉背景的灰色和格子，达到ggpur的主题效果；#要把ggplot2的图例从右边挪到头顶改怎么办？...② 从类似的文章里参考对比、其他学习资料涉及的图片；③ 搜索画图代码的要求：代码可复制、图片美观；提供了代码配套的示例数据；示例代码+示例数据可复现；④ 仿制示例数据：比较数据类型&数据结构，将自己的数据调成与示例数据一致
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