从ggord NMDS图中删除物种名称和箭头
是指在使用ggord包绘制非度量多维尺度分析（NMDS）图时，去除图中的物种名称和箭头。NMDS图是一种用于可视化物种组成相似性或差异性的方法，常用于生态学和生物多样性研究中。
为了从ggord NMDS图中删除物种名称和箭头，可以使用ggplot2包中的相关函数进行设置。具体步骤如下：
- 首先，安装并加载ggplot2和ggord包：
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggord")
library(ggplot2)
library(ggord)- 接下来，准备数据并进行NMDS分析：
# 假设已经有了一个数据框data，包含物种组成数据
nmds_result <- metaMDS(data)- 绘制NMDS图并删除物种名称和箭头：
# 绘制NMDS图
nmds_plot <- plot_ordination(nmds_result, type = "species")
# 删除物种名称和箭头
nmds_plot <- nmds_plot + theme(legend.position = "none") +
geom_point(size = 3, shape = 16) +
theme(axis.text = element_blank(), axis.title = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank())
# 显示NMDS图
print(nmds_plot)在上述代码中，通过设置theme函数和geom_point函数的参数，可以删除物种名称和箭头。其中，theme(legend.position = "none")用于删除图例，theme(axis.text = element_blank(), axis.title = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank())用于删除坐标轴标签和网格线，geom_point(size = 3, shape = 16)用于设置点的大小和形状。
这样，就可以得到一个从ggord NMDS图中删除物种名称和箭头的图形结果。
关于ggord包的更多信息和使用方法，可以参考腾讯云的相关产品介绍链接地址：ggord包介绍。
相关·内容
2回答
我使用ggord在R中创建了NMDS绘图。它同时显示了绘图和物种，但我希望从绘图中删除所有物种名称和箭头。有什么解决方案吗？
下面是我的代码：
ggord(spherblr.nmds, envherblr$ecoutil,
cols=c("red", "lightcoral", "chocolate", "orange", "darkgreen", "yellowgreen"))+
scale_shape_manual("Groups", values=c(15,
浏览 13提问于2018-08-22得票数 1
1回答
ylab()函数中的上标和下标
rstudio
这段代码可能有点乱(刚开始使用R)，但我正在寻找使用ggplot2和ylab()获取下标和上标的帮助。
我需要在-1 \f25 shape=treatment))+geom_errorbar(aes(ymin=mean-se，()-1\f6中的-1\f25 mL -1\n\f6后面加上-1\f25 panel.grid.minor=element_blank())+theme_classic()+theme(axis.text (-1\f25 chaptoplot=ggplot-1\f6，aes(x=treatment，y=mean，lab ymax=mean+se)，-1\f25“colou
浏览 0提问于2017-06-02得票数 0
2回答
无标题的紧凑图例边框
r、ggplot2
当图例没有标题时，我想使图例的边框更紧凑。实际上，图例键上方有一个空白区域。我还希望边框是虚线。
该图基于以下代码：
library(ggplot2)
ggplot(temp, aes(x=diff_abs, y=emp_est_15, color=diff_sign)) + geom_point(shape=1, size=2) +
scale_colour_manual(values=c("green4", "red")) +
scale_x_log10(breaks=10^(0:3)) + scale_y_log10(breaks=c(
浏览 8提问于2017-08-27得票数 0
回答已采纳
1回答
如何排列三幅相同大小的ggplot2图
r、ggplot2、ggpubr
我有3幅图，我想安排在2行，1列，并且都呈现相同的大小。
我的问题是，第3(第2行)情节现在的图例，是所有情节共同的，它只使一点点小，其余的。
library(phyloseq)
library(vegan)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
data("GlobalPatterns")
GP <- GlobalPatterns
GP.ord <- ordinate(GP, "NMDS", "bray", k=3)
DF_ord <- plot_ordination(GP, GP.ord, ax
浏览 11提问于2022-01-20得票数 0
1回答
删除ggplot2中的边框
r、plot、ggplot2、border
我希望使用.png输出文件中的ggplot2删除白色边框。我正在与Rstudio、ggplot2和geom_raster一起使用Windows 10。在论坛上搜索和处理一些参数之后，我得到了以下代码(这些代码仍然不起作用)：
library(ggplot2)
library(datasets)
png(file = "Out.png")
par(mar=rep(0, 4), plt=c(0.1,0.9,0.1,0.9), xpd=NA)
ggplot(faithfuld, aes(waiting, eruptions)) +
geom_raster(aes(fill =
浏览 1提问于2016-08-03得票数 3
2回答
R ggplot2:用黑色和白色绘制geom_point而不使用形状？
r、ggplot2
我想用ggplot2来绘制黑白图，但是我不想使用形状(即实心黑色和打开黑色轮廓)，因为我需要这个形状来描述另一个组。
library(ggplot2)
str(mtcars)
p <- ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y=mpg, col=factor (vs), shape= factor (cyl) ))
p + geom_point(size=10) +
theme_bw() +
theme(legend.position="bottom", legend.title=element_blank(), legend.key
浏览 8提问于2017-06-26得票数 0
回答已采纳
1回答
使用ggplot2在R中创建线性仪表盘:减小条形图宽度
r、ggplot2、powerbi、powerbi-desktop、gauge
我已经在R中创建了一个要在PowerBI中显示的线性仪表。我唯一的问题是绘图的宽度不能调整，所以我得到了以下结果：
(绘图正在以PowerBI格式呈现)
然而，我想得到相同的图形，但宽度只有一半。我尝试在geom_bar中使用width，但它会调整条形图的大小，并且最终的输出是相同的。
理想情况下，条形图应该是当前宽度的一半(我正在为PowerBI报告构建此图)。
这是我使用的代码：
library(ggplot2)
scores = factor(c('Inadequate','Adequate','Fair','Good&
浏览 15提问于2020-06-03得票数 0
回答已采纳
1回答
将of图中点的alpha设置为数字向量。
r、plot、ggplot2、alpha
我正在尝试创建一个NMDS图使用ggplot。除了标准的绘图点(社区/组合)和船体等。我也想调整每一点的阿尔法。
我计算了一个从0到1的数值向量(称为" alpha ")，它反映了与每个点对应的调查的时间，我想用它来修改每个点的alpha值。到目前为止，我一直在使用以下主题的变体：
ggplot() +
geom_point(data = data.scores, aes(x = NMDS1, y = NMDS2, colour =Treatment), size = 3) +
scale_colour_manual(values = c("Bur
浏览 3提问于2017-09-13得票数 1
回答已采纳
4回答
在ggplot2中绘制环境拟合矢量(素食软件包)
r、ggplot2、vegan
我正在完成一个用素食和ggplot2创建的NMDS图，但不知道如何将envfit物种加载矢量添加到图中。当我尝试的时候，它会显示“无效的图形状态”。
下面的示例由另一个问题()略微修改而来，但它表达了我想要包含的示例，因为我使用这个问题帮助我首先将metaMDS放在ggplot2中：
library(vegan)
library(ggplot2)
data(dune)
# calculate distance for NMDS
NMDS.log<-log(dune+1)
sol <- metaMDS(NMDS.log)
# Create meta data for groupi
浏览 1提问于2013-02-05得票数 13
回答已采纳
1回答
我如何更改ggplot中的图例标签？
r、ggplot2
我正在尝试将Control更改为0%Shade。对于如何做到这一点，没有与所有其他情节设置不一致的建议吗？
pred_plot <- ggplot(pred, aes(x, predicted, color=group, fill=group)) +
geom_line() + geom_ribbon(aes(ymin = conf.low, ymax = conf.high), alpha = 0.1, colour=NA) +
labs(x = 'Ambient Temp (C)', y = "Predicted Deer Use")
浏览 3提问于2022-02-17得票数 1
回答已采纳
1回答
如何在ggplot2 geom_boxplot中使用实心方格作为图例键
r、ggplot2、legend、boxplot
我正在尝试使用R ggplot2包来制作一个盒图。
但是我只能得到这样的传说。不管怎么说，我可以把那些传说中的键换成一个正方形，而不是用那些带中线的小盒子吗？
我使用的代码是：
print(ggplot(mydata,aes(x=factor(sp),fill=factor(CommunityType),y=Abundance*100))+geom_boxplot(show_guide=FALSE)
+theme(axis.text = element_text(colour = "black",size=10))
+scale_y_continuous
浏览 2提问于2013-08-01得票数 2
回答已采纳
1回答
单独调整地块标题的大小
r、ggplot2
我有一个图，我想要指定标题的大小，在x和y轴和顶部分别。这是如何做到的呢？
plot+ theme(axis.text=element_text(size=9),
axis.title=element_text(size=9),
axis.line = element_line(size=0.25),
axis.ticks=element_line(size=0.25),
panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = eleme
浏览 1提问于2014-02-21得票数 0
回答已采纳
3回答
在ggpairs图中减小线条厚度和“Corr：”字体大小
r、ggplot2、ggally
我正在绘制ggpairs图，但是回归线太粗，而“Corr：”文本字体太大了。
data(mtcars)
head(mtcars)
mtcars$am <- as.factor(mtcars$am)
g <- ggpairs(
data = mtcars,
lower = list(
continuous = wrap("smooth", alpha = 0.3, color = "blue")
)
)
g <- g + theme(
axis.text = element_text(size = 6)
浏览 0提问于2016-09-26得票数 5
回答已采纳
1回答
如何在ggplot2中用颜色梯度填充形状
r、ggplot2
我试图填充颜色渐变与一个连续的变量对应的形状。我没有任何错误，但它没有打印在图表上。
我尝试使用as.numeric来确保变量是连续的。
NMDS已经计算出来，并且可以工作。除了颜色梯度外，一切都正常工作。
ggplot()+
geom_point(data = NMDS.all.taxa, aes(y = NMDS2, x = NMDS1, fill = env$elev.num), shape = env$saison, size = 4)+ #this is the points
geom_path(data = df_ell.all.taxa, aes
浏览 0提问于2019-08-31得票数 0
回答已采纳
1回答
如何在ggplot2中更改图例？
r、ggplot2
我用虹膜数据集做练习。我几乎要做我想做的事，但是这个传说出现了两次。 有可能“翻译”这个图例吗？如果我尝试使用: scale_color_discrete，可以看到下面的结果。 library(ggplot2)
library(ggdark)
ggplot(data=iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width )) +
geom_point(aes(color=Species, shape=Species)) +
xlab("Longueur des sépales") +
ylab("Largeur des
浏览 29提问于2021-10-22得票数 0
1回答
如何正确地调整R中ggplot的所有方面的大小，包括图例？
r、ggplot2、image-resizing
我在ggplot2中绘制散点图，然后使用ggsave导出特定宽度和高度的PDF。然而，图形图例永远不会使用ggsave适当地调整大小(它的边框不会留在绘图中)。有没有其他方法可以同时调整ggplot的所有部分的大小以便于导出？我也尝试过使用pdf()，但同样的问题也出现了。
下面是一个使用iris的例子：
data(iris)
test <- ggplot(iris, aes(x = iris$Sepal.Length, y = iris$Sepal.Width,
colour = iris$Species)) +
geom_point(size = .1) +
the
浏览 3提问于2017-04-29得票数 4
回答已采纳
1回答
使用facet_wrap绘制地图时，ggplot中的动态拉伸形状
r、ggplot2、gis、shapes、rgdal
我感兴趣的是在使用ggplot2绘图时，更改facet_wrap处理shapefiles的方式。我使用下面的代码为各种形状的组生成一个相当简单的映射：
# Data sourcing -----------------------------------------------------------
# Download an read US state shapefiles
tmp_shps <- tempfile(); tmp_dir <- tempdir()
download.file("http://www2.census.gov/geo/tiger/GENZ2
浏览 1提问于2015-09-24得票数 2
回答已采纳
1回答
R ggplot viridis更改颜色渐变
r、ggplot2、viridis
大家好，我正在使用R ggplot绘制散点图，使用virdis着色，我想拆分颜色图例以获得更多的对比度，目前图例范围之间有1000,2000,3000,4000之间的这种拆分，以获得更多的颜色目前我的代码如下所示
library(dplyr)
library(ggplot2)
library("viridis")
df <- tibble(gene = sample.int(5000),aceth = rnorm(5000),acvitd = rnorm(5000))
df$log_mean=log(df$gene)
p=ggplot(df, aes(aceth,
浏览 7提问于2020-08-07得票数 0
1回答
将一个点添加到ggplot中会使图例变得混乱。
r、graphics、plot、ggplot2、scatter-plot
我有一个数据数据
dat <- data.frame(cond = rep(c("A", "B"), each=10),
xvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3),
yvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3))
我想散开-用ggplot2绘制它
让我们说，附加的点只是数据中的15th行
g1 <- dat[15,]
我现在可以生成这个情节了
使用
scat1 <- ggplot(dat, aes(x=dat[,2], y=dat[,3],
浏览 0提问于2015-11-30得票数 2
回答已采纳
2回答
将图例添加到ggplot对象(为什么有两个传说？)
r、ggplot2
我创建了一个ggplot2对象：
a <- replicate(8,rnorm(100))
colnames(a) <- letters[1:8]
b < -melt(a,id.vars=1:1)
colnames(b) <- c("c","variable","value")
ggplot(b,aes(x = c,y = value, colour = variable, linetype = variable)) +
geom_line()+
geom_point(aes(shape = factor(variab
浏览 1提问于2015-01-20得票数 1
回答已采纳
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
实时音视频
即时通信 IM
对象存储活动推荐
腾讯云开发者
