我是nextflow的新手，这里有一个我想为一份真正的工作而测试的实践。 #!/usr/bin/env nextflow
cns_ch = Channel.fromPath(params.cnssorted_dedup.cns
/data1/deliver/phase2/CNVkit/002-
浏览 7提问于2021-07-04得票数 1
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它包含各种基因组数据样本的登录号。我想用Nextflow编写一个管道，它使用以下命令从该文件中读取访问ids： cut -f4 datalist.tsv | sed -n 2,11p 输出： ERR2512385
pr
浏览 45提问于2021-09-04得票数 2
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我使用基于NGS的双端测序数据，使用Nextflow构建从fastq文件到vcf文件的分析流程。但是，我在一开始就被困住了，如代码所示。/usr/bin/env nextflow
params.fq2 = "/home/duxu/project此过程裁剪被设计用于切除多个样本的前几个碱基。
浏览 5提问于2022-04-27得票数 0
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我正在编写一个bwa映射模块，使用nextflow (dsl=2)，modules/map_reads.nf来映射单端读取。当我执行这个工作流时，它不会从终端返回错误，它还会输出带有正确文件名的bam文件。/usr/bin/env nextflow
publishDirindex $fastq | sam
浏览 8提问于2022-07-13得票数 1
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我正在尝试编写一个SQL，它根据最高的生产量从副本中提取一个记录(如果存在的话)。样本输入和输出：
如果有重复的键，在上面的示例-A-2中，它应该检查音量，并拾取具有较高音量的记录(即上面示例中有42卷的记录)。
有人能帮我处理密码吗？
浏览 0提问于2022-04-13得票数 -2
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基本JSON拉取数据帮助
、、、
样本数据 "data": "userid": "17", "timestame":"1275528578", "username": "harino54",
好的，我可以很容易地拉取userid或use
浏览 0提问于2010-06-03得票数 0
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我正在做一个涉及音频的项目，其中对于矩阵X，n维是每个音频样本的特征，m维是我相互比较的音频文件的数量。我面临的问题是，对于每个音频文件，都有大量的音频样本(每44100个样本，我将其作为"1个样本“)，每个样本包括每个不同的特征。我不是简单地取每个音频样本的每个特征的平均值，而是考虑如上所述向矩阵中添加第三个维度，即音频样本。问题是，我不知道这在逻辑回归中如何成立/我可以期望我的输出变量y是什么。有没有人有这方面的经验？我正在寻找
浏览 0提问于2018-12-23得票数 0
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在估计了模型之后，我从后验分布中提取了500个参数集样本，以模拟未来(下一个月)的模型数据。最后，我取预测值的平均值(每个时间点500个预测值)，然后将它们与实际观察值进行比较(用曲线图)。示例:在从后验分布中提取参数样本后，我使用以下参数模拟了模型中的变量X1、X2和....X30：X2= (11,10,15,13.5,17)
.......
浏览 2提问于2017-10-31得票数 1
我正在使用Tweepy在Python中从Twitter中提取一些数据。我想从statuses/retweeters/ids端点拉取数据，但是，看起来Tweepy并没有内置这个端点。
浏览 3提问于2017-08-26得票数 2
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有没有一种方法可以从csv文件中提取两行(需要给样本两行参数)，并给一个线程和重复不同的行？我的意思是，第一线程第一次重复必须获得第一行和第二行，第二次线程第一次迭代必须获得第三行和第四行，依此类推。但是，第一次用户第二次迭代必须取第五行和第六行，第二次用户第二次迭代必须取第七行和第八行，以此类推。谢谢
浏览 0提问于2021-09-12得票数 0
我有一个相当大的时间序列(500M样本)，具有不规则的时间戳。 特别是，有时样本的间隔非常紧密(ms)，然后间隔非常大(几天没有样本)。我经常使用C++实用程序将整个系列从Influx中提取出来进行处理。 如果我试图一次拉取整个序列，它太大了，查询冻结或失败。 因此，我以“块”的形式检索它，其中一个块的时间跨度约为30mn。然后，我将总时间跨度分成30mn个块，并为每个块发送样本检索查询。 问题:对于某些跨度，没有数据，并且我浪费了大量时间来查询涌入以获得空响应。因此我
浏览 36提问于2021-10-29得票数 0
我想从ids.json文件中删除一个特定的ID。5151310082907392", "51590130345728" }我的脚本 setTimeout(function() { delete bot.ids
浏览 0提问于2018-12-03得票数 1
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假设我想从TXN中获取一个n_samples Transaction_IDs的样本。也就是说，我希望SAMP表能够驱动从TXN表中提取多少transaction_id样本。store_nbr n_samples2 2那么，我如何告诉SQL (这是Teradata )：给我两个transaction_Id样本(存储1 )、2个transaction_Id样本(存储2 )和1个transaction_Id<
浏览 0提问于2012-12-28得票数 2
我正在用从远程数据库(remotedb，Oracle)中提取的数据填充本地数据库(localdb，SQL Server)中的一个表。我需要从远程数据库中拉取数据，并且为了从远程数据库中拉取数据，我只需要从特定的键值中拉取数据(例如，远程数据库中表的user_id字段)。 ( <select that returns my 20,000 IDs> )
对我来说，这似乎是一种蛮力的解
浏览 2提问于2012-11-15得票数 2
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我有一个样本数据，如下所示：所以基本上我想取averageRating列的平均值，从primaryProfession列中提取“演员/演员”，基于primar
浏览 7提问于2022-08-17得票数 -2
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但是我不知道如何进行身份验证，如何让access_token.I在java代码中提供用户名/密码，所以我不是在寻找oAuth解决方案。请帮帮忙。
浏览 1提问于2012-11-08得票数 1
我正在尝试从Peoplesoft数据库中随机抽取一个人口样本。在线搜索使我认为select语句的Sample子句对我们来说可能是一个可行的选择，但是我无法理解Sample子句如何确定返回的样本数量。我提出这个问题的原因是，我需要了解样本百分比如何决定返回的样本大小。它似乎对您要求的百分比应用了一个随机数，然后使用一个种子数来计算每"n“个记录。WHERE DEPTID = '700064'
但是，我们需要提取准确的样本数量(在本例中为100)，这样我就可以
浏览 2提问于2013-04-16得票数 5
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一组数据是包含每行中的不同样本和列中关于每个样本的信息的矩阵，这些列中的一列包含经度数据，另一列包含该样本的纬度数据。另一个数据集由三个网格组成。我想知道10 (网格中的数据)适用于样本x。
最后，我希望在新的矩阵中有与样本相对应的网格数据，该矩阵可以作为样本数据集的合作伙伴(即。如果样本x在行40中，则矩阵10中的样本在行40中)，或者可替换地添加到与新列相同的数据集。请记住，一些样本将落入相同的网格。我所能想到可能是将样本
浏览 0提问于2014-02-06得票数 0
所以我有一个从另一个更大的数据集中提取的数据集。这是一个基因表达数据集，较小的数据集中的一些样本很有趣，因为它们取自大脑的一个区域，该区域是特定感兴趣网络的一部分。我希望well_id的索引与在network_name中标记为显着性的Well_ids列表相匹配。我已经找到了一种方法来提取well_id并创建一个well_ids列表。of all the samples in the list
well_ids=list(small_df[small_df['networ
浏览 21提问于2019-04-27得票数 0
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我正在尝试从我的gmail账户中提取所有的电子邮件来做一些分析。最终目标是电子邮件的数据帧。我正在使用gmailR包。下面是实现该功能的代码： threads <- gm_threads(num_results = 5)
#extract all the threadids
threads_expanded <- map(thread_ids, gm_thread) 这将返回所有线程的列表。当您向下钻取线程对
浏览 16提问于2020-06-17得票数 0
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