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脚本分享—从fasta格式文件中批量提取特定位置的序列

脚本简介: 这个脚本主要用于从FASTA格式文件中批量提取指定位置的序列,可以应用在很多不同场景,比如: 提取基因内部特定区域的序列,例如用于分析蛋白质或核酸的二级结构区域; 设计引物时,截取目标区域的序列作为模板...; 需要对特定区域进行比对或变异分析时,快速提取目标序列; 亚细胞定位预测后,提取对应区域的序列进行进一步研究; 根据BLAST比对结果,批量提取匹配到的特定序列; 批量提取UTR区域、基因间隔区等非编码序列...; 批量提取基因启动子区域序列,便于启动子分析; 从基因组中提取基因簇等大段连续序列; 提取各类移动元件序列或特定基因,比如基因组岛、前噬菌体、整合子、插入序列、操纵子区域,以及像16S rDNA这样的功能基因...总之,通过这个脚本,用户可以根据自己的研究需要,从FASTA文件中灵活、精准地提取指定区间的序列,广泛应用于各种生物信息学分析工作中。...install biopython 查看脚本帮助文档: python Extract_fasta_by_site.py -h 脚本使用方方法: 1)脚本准备文件如下图所示 2)fasta文件详解 3)提取位置文件详解

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    在字符串中删除特定的字符

    题目:输入两个字符串,从第一字符串中删除第二个字符串中所有的字符。例如,输入”They are students.”和”aeiou”,则删除之后的第一个字符串变成”Thy r stdnts.”。...首先我们考虑如何在字符串中删除一个字符。由于字符串的内存分配方式是连续分配的。我们从字符串当中删除一个字符,需要把后面所有的字符往前移动一个字节的位置。...这样,前面被pFast跳过的字符相当于被删除了。用这种方法,整个删除在O(n)时间内就可以完成。 接下来我们考虑如何在一个字符串中查找一个字符。当然,最简单的办法就是从头到尾扫描整个字符串。...我们可以新建一个大小为256的数组,把所有元素都初始化为0。然后对于字符串中每一个字符,把它的ASCII码映射成索引,把数组中该索引对应的元素设为1。...这个时候,要查找一个字符就变得很快了:根据这个字符的ASCII码,在数组中对应的下标找到该元素,如果为0,表示字符串中没有该字符,否则字符串中包含该字符。此时,查找一个字符的时间复杂度是O(1)。

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    js中如何判断数组中包含某个特定的值_js数组是否包含某个值

    array.indexOf 判断数组中是否存在某个值,如果存在返回数组元素的下标,否则返回-1 let arr = ['something', 'anything', 'nothing',...参数:searchElement 需要查找的元素值。 参数:thisArg(可选) 从该索引处开始查找 searchElement。...如果为负值,则按升序从 array.length + fromIndex 的索引开始搜索。默认为 0。...numbers.includes(8); # 结果: true result = numbers.includes(118); # 结果: false array.find(callback[, thisArg]) 返回数组中满足条件的第一个元素的值...方法,该方法返回元素在数组中的下标,如果不存在与数组中,那么返回-1; 参数:searchElement 需要查找的元素值。

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    Python字符串中删除特定字符的方法

    这篇文章主要介绍了Python字符串中删除特定字符的方法,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧 分析 在Python中,...所以无法直接删除字符串之间的特定字符。 所以想对字符串中字符进行操作的时候,需要将字符串转变为列表,列表是可变的,这样就可以实现对字符串中特定字符的操作。...注意,它返回的是替换后(在这种情况下,是删除字符)的字符,没有改变原始字符串,也就是说,a还是原来那个a。所以如果想使用替换后的字符,需要指定一个变量进行赋值。...()方法,都是不改变原来的字符串,返回值才是替换的字符串。...所以,如果要使用替换的字符串,就需要将返回值赋值给一个变量。 这两种方法,默认都是替换所有的指定字符。

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    SQL 提取字符串中的字母

    问题描述 我们在进行数据处理时,可能经常需要对不同类型的字符进行抽取。比如一些产品型号,批次之类的会使用字母表示,这个时候该如何提取这些数据呢?...问题分析 不管是字母,还是数字,我们都可以使用相应的匹配规则来抽取出来。但是由于字母是混合在字符串中,我们需要循环对其进行匹配。 具体解法 我们创建一个函数,通过调用这个函数来找出所有的字母。...expression里第一次出现的位置,起始值从1开始算。...%','SQL数据库开发') 结果: 因为SQL就在第一位,所以返回结果为1 STUFF函数 STUFF ( expression1 , start , length ,expression2 ) 字符串...expression1 从start位置开始,删除长度为length的字符后,在start后面填充expression2。

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    R语言提取PDF文件中的文本内容

    有时候我们想提取PDF中的文本不得不借助一些转化软件,本次教程给大家介绍一下如何简单从pdf文件中提取文本的R包。 安装R包: install.packages("pdftools")。...当然如果在Windows以外的环境安装需要部署 poppler 环境。...读取文本的命令: txt=pdf_txt(“文件路径”)。 获取每页的内容,命令:txt[n] 获取第n页的内容。 获取pdf文件目录: doc=pdf_toc(“文件路径”)。...当然doc变量中的目录还不是标准化的格式,那么我们需要一个通用json格式,需要安装R包jsoblite。...也就拿到了文档的整个目录。 综上步骤,我们便可以随便获取任意章节的任意内容。那么接下来就是对这些文字的应用,各位集思广益吧。

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    java中变量的默认初始值

    参考链接: Java中的变量 对于类的成员变量   不管程序有没有显示的初始化,Java  虚拟机都会先自动给它初始化为默认值。   ...1、整数类型(byte、short、int、long)的基本类型变量的默认值为0。   2、单精度浮点型(float)的基本类型变量的默认值为0.0f。   ...3、双精度浮点型(double)的基本类型变量的默认值为0.0d。   4、字符型(char)的基本类型变量的默认为 “/u0000”。   5、布尔性的基本类型变量的默认值为 false。   ...6、引用类型的变量是默认值为 null。   7、数组引用类型的变量的默认值为 null。...当数组变量的实例后,如果没有没有显示的为每个元素赋值,Java 就会把该数组的所有元素初始化为其相应类型的默认值。

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    linux中删除export变量名中的某个值

    在Linux中,如果你想要从export变量名中删除某个值,可以使用以下方法:查看当前export变量名的值在终端中输入以下命令,查看当前export变量名的值: echo $EXPORT_VARIABLE...删除变量名中的某个值如果你想从export变量名中删除某个值,可以使用sed命令: export EXPORT_VARIABLE=$(echo $EXPORT_VARIABLE | sed 's/:的值中包含了斜杠。...验证变量名的值是否已经被删除在终端中输入以下命令,查看当前export变量名的值是否已经被删除: echo $EXPORT_VARIABLE 如果输出的结果中不包含你要删除的值,则表示变量名的值已经被成功删除...注意:以上命令只是在当前终端中删除了export变量名的某个值。如果你想要永久删除某个值,需要将相关的命令添加到~/.bashrc或.bash_profile文件中。

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    mysql学习—查询数据库中特定的值对应的表

    遇到一个问题,我将问题抽象简单描述如下: 循环查询数据库所有表,查出字段中包含tes值的表,并且将test修改为hello?...因为自己不才找了很久也没有找到很好的方法,又对mysql的游标等用法不是很了解,在时间有限的情况下,发现了下面的方法,分享给大家: 1:查找 (1)使用工具 我使用的mysql的Navicat...for MySQL的工具 (2)使用sql的语法 这个方式暂时我还是不会,等我熟悉语法之后在补充。...(pic, '/attached', 'http://www.tcl.com'); 正则替换法: 下面这段的意思是:df_templates_pages 表的字段为enerateHtml中包含有.../toProduct', '/product') WHERE generateHtml REGEXP ('\/front\/product\/toProduct[Kyu]{0,4}\/'); 3.单表的全字段查询某个值

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    python提取字符串中的数字「建议收藏」

    该接收两个参数,第一个为函数,第二个为序列,序列的每个元素作为参数传递给函数进行判断,然后返回 True 或 False,最后将返回 True 的元素放到新列表中。...语法: filter(function, iterable) 1、过滤出列表中的所有奇数: def is_odd(n): return n % 2 == 1 tmplist = filter...(is_odd, [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10]) newlist = list(tmplist) print(newlist) 2、过滤出列表中的所有偶数: l = [...x for x in range(10)] print(list(filter(lambda x : x%2 == 0, l))) 3、过滤出1~100中平方根是整数的数: import math def...ftr = filter(_not_divisible(n), ftr ) #3 for n in primes(): if n < 100: print('now:',n) else: break 三、提取一段字符串中的数字

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