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全长转录组 | 三代全长转录组分析流程(PacBio & ONT )-- Flair

今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正,聚类,可变剪切分析,定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR。来自加利福尼亚大学圣克鲁斯分校(University of California,Santa Cruz)的Angela Brooks团队(图1)开发的全长可变转录本(isoform)分析工具FLAIR (Full-Length Alternative Isoform analysis of RNA),于2020年03月18号发表在《Nature Communications》杂志上,题目为 Full-length transcript characterization of SF3B1 mutation in chronic lymphocytic leukemia reveals downregulation of retained introns。该工具可用来鉴定高可信度转录本,差异剪切事件分析和差异转录本异构体(isoform)分析。

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ffmpeg Documentation

| | | | | input | demuxer | encoded data | decoder | file | ———> | packets | —–+ |__| |____| | v ____ | | | decoded | | frames | |__| ___ ______ | | | | | | | output | <——– | encoded data | <—-+ | file | muxer | packets | encoder |__| |______| ffmpeg的调用了libavformat库(含分流器)来读取输入文件并获得含有从他们编码的数据包。 当有多个输入文件,ffmpeg试图保持同步通过在任何活动的输入流跟踪最低的时间戳。 编码的数据包然后被传递到解码器(除非复制音频流被选择用于流,见进一步的说明)。解码器产生的未 压缩帧(原始视频/PCM音频/…),它可以进一步通过过滤进行处理(见下一节)。过滤后,这些帧被传递到 编码器,其编码它们并输出编码的数据包。最后这些被传递到复用器,并写入编码数据包到输出文件。

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Python处理CSV文件(一)

CSV(comma-separated value,逗号分隔值)文件格式是一种非常简单的数据存储与分享方式。CSV 文件将数据表格存储为纯文本,表格(或电子表格)中的每个单元格都是一个数值或字符串。与 Excel 文件相比,CSV 文件的一个主要优点是有很多程序可以存储、转换和处理纯文本文件;相比之下,能够处理 Excel 文件的程序却不多。所有电子表格程序、文字处理程序或简单的文本编辑器都可以处理纯文本文件,但不是所有的程序都能处理 Excel 文件。尽管 Excel 是一个功能非常强大的工具,但是当你使用 Excel 文件时,还是会被局限在 Excel 提供的功能范围内。CSV 文件则为你提供了非常大的自由,使你在完成任务的时候可以选择合适的工具来处理数据——如果没有现成的工具,那就使用 Python 自己开发一个!

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转录组分析 | fastqc进行质控与结果解读

做转录组测序,通常公司是不给分析的,分析也要自己多花钱,当然不同公司收费不一样,有的可能带有简单的分析。之前测序的第一家公司给了简单的分析,后面换了一家测序公司,不给分析。所以我得自己分析啦,在分析的时候顺便写一下教程。分享给大家,要分析转录组数据,首先得知道测序原理【参考文章:illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理】,还有就是了解生信分析中一些文件格式【参考文章:生信中常见的数据文件格式】,当然,还有其他一些生物背景知识,除此以外,还需要会Linux,这个是一个漫长的学习过程。本文就介绍转录组数据分析的第一步分析:质控,主要就是fastqc这个软件的使用和结果解读。

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全长转录组 | 三代全长转录之circRNA(ONT )-- CIRI-long

目前研究表明,在生物体内,circRNA主要通过其序列特征,发挥miRNA海绵、RNA-binding proteins (RBPs)海绵以及翻译短肽等生物学功能(1-2)。因此,确定其的全长序列,是进行circRNA功能研究的重要基础。由于目前对于circRNA的研究多采用二代测序的方法,而circRNA的内部序列与线性mRNA分子高度相似,单纯通过算法(识别反向剪切位点)很难区分来自环形RNA和线性RNA分子的读段,以及确定全长circRNA内部组成。近期的研究中利用了长读长测序技术,对circRNA的全长重构进行了尝试(3-4)。因此,目前研究方法对于circRNA结构的识别能力主要被二代测序的读长所限制,对于长度较长(>500bp)的circRNA分子,仍然缺少有效的全长重构手段。

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