使作业依赖于SLURM中的数组作业
是一种在云计算中使用SLURM作业调度系统的方法。SLURM（Simple Linux Utility for Resource Management）是一种开源的作业调度和集群管理系统，用于管理计算集群中的作业和资源分配。
数组作业是SLURM中的一种特殊类型的作业，它允许用户提交一组相似的任务作为一个整体进行调度和执行。数组作业通常用于需要并行执行多个相同或类似任务的场景，例如批量处理数据、参数扫描等。
使作业依赖于SLURM中的数组作业可以通过以下步骤实现：
- 创建数组作业：使用SLURM的sbatch命令提交一个数组作业，并指定作业的数量和其他相关参数。例如，可以使用以下命令创建一个包含10个任务的数组作业：
sbatch --array=1-10 script.sh其中，script.sh是要执行的脚本文件。
- 定义作业依赖关系：使用SLURM的
--dependency选项来定义作业之间的依赖关系。例如，可以使用以下命令将作业2设置为依赖于作业1：
sbatch --dependency=afterok:jobID2 script.sh其中，jobID2是作业2的作业ID。
- 检查作业状态：使用SLURM的
squeue命令可以查看作业的状态和进度。例如，可以使用以下命令查看作业的状态：
squeue -u username其中，username是你的用户名。
通过使作业依赖于SLURM中的数组作业，可以实现更灵活和高效的作业调度和执行。这种方法可以提高作业的并行性和整体性能，并且适用于需要处理大量相似任务的场景，如科学计算、数据分析等。
腾讯云提供了一系列与SLURM相关的产品和服务，例如弹性计算服务（Elastic Compute Service，ECS）、批量计算服务（Batch Compute Service，BCS）等。这些产品可以帮助用户轻松部署和管理SLURM集群，并提供高性能的计算资源和作业调度能力。更多关于腾讯云的SLURM相关产品和服务信息，请访问腾讯云官方网站：腾讯云SLURM产品介绍。
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在使用sbatch file.slurm提交slurm作业后，您将获得一个作业ID。您可以使用squeue和sacct来检查作业的状态。但都不会返回作业的原始提交命令(sbatch file.slurm)。是否有一个命令可以显示提交命令，即sbatch file.slurm？我需要将作业I与我的提交命令链接起来。
到目前为止，唯一的方法是将sbatch命令的返回值保存在某个地方。
浏览 8提问于2020-03-05得票数 0
1回答
将slurm数组任务限制在单个节点中
slurm
我想向slurm提交一个数组作业，其中包含100个任务，每个任务只使用一个cpu。我可以访问一个具有10个节点和24个核心的集群，每个集群都激活了超线程。我限制了并发作业的数量，--array=1-100%24试图将所有作业保留在一个节点中，并将集群的其余部分留给其他用户使用，但这24个任务是在任意数量的节点中执行的。我尝试过--nodes=1或--distribution=block:block覆盖循环分发，但都没有成功:这24个同时执行的任务在多个节点中运行。
在堆栈溢出中浏览时，我看到一个通过给出要排除的节点列表来解决这个问题。它对我有用，但我认为它违背了让作业调度程序来优化集群使用的想
浏览 0提问于2018-09-18得票数 6
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如果分区的默认时间限制不够，如何在SLURM中运行更长的作业？
mpi、hpc、slurm
我在linux集群中提交了我的作业(使用SLURM调度作业)，但每个分区的时间限制只有24小时(实际上这个限制是由管理员设置的)，而且我的代码似乎需要运行一周以上(根据我的猜测)。我是SLURM脚本的新手，对以下内容之间的相互作用略知一二：
#SBATCH --nodes=
#SBATCH --ntasks-per-node=
#SBATCH --ntasks=
#SBATCH --ntasks-per-core=
我正在寻找方法，以避免时间限制，同时提交作业和运行我的完整作业。
我们非常感谢您的建议。
浏览 1提问于2021-04-23得票数 2
1回答
具有参数的多个命令:如何使用逻辑还是？
bash、shell-script
我们有两个命令
sbatch -J $jobname -N 1 --array [1-10:1] \
script.sh param1 param2 param3 \
param4 param5 param6;
qsub -N $jobname -t 1-10:1 \
script.sh param1 param2 param3 \
param4 param5 param6;
如果第一个命令失败，我想使用逻辑命令或执行第二个命令。
我已经试过了：
{ sbatch ... ; } || \
{ qsu
浏览 0提问于2021-12-29得票数 0
2回答
使用Snakemake处理SLURM指令而无需在登录节点上运行进程
slurm、snakemake
我试图使用Snakemake来处理高性能HPC上RNASeq管道的运行，使用SLURM来调度作业。我读到Snakemake本机支持使用snakemake --cluster在集群上使用SBATCH调度作业，但是这会创建一个CATC-22：
如果从登录节点运行snakemake --cluster，则它生成的Snakemake进程将继续在登录节点上运行，直到管道停止运行为止，这会降低登录节点的性能并违反HPC集群的规则。
如果从计算节点运行snakemake --cluster，则需要从交互会话内部和计算节点上分发SBATCH命令，而集群规则规定必须仅从登录节点发送这些命令。
是否有任何方法可以
浏览 12提问于2022-08-05得票数 1
1回答
使用SLURM调度程序的条件cron作业
cron、slurm
我目前正在使用slurm工作负载管理器的计算集群上运行作业。我可以查看我当前正在运行的所有作业： $ squeue -u <username>
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
3379570 sixhour job01 <username> PD 0:00 1 (Priority)
3409269 sixhour job02 <username> R 03
浏览 10提问于2019-04-17得票数 1
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2回答
将参数传递给.sh脚本中的注释
slurm、block-comment
我是.sh脚本的初学者，所以请原谅我的无知。这是我的问题：
要将我的作业提交到我们的集群中，相应的提交文件必须包含一个"slurm头“，并且看起来如下所示。
#!/bin/sh
#
########## Begin Slurm header ##########
#
#SBATCH --job-name=blabla
#
########### End Slurm header ##########
# Load module
module load math/matlab/R2020a
# Start a Matlab program
matlab -nodesktop -r
浏览 0提问于2021-09-17得票数 3
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1回答
我是否需要为SLURM中的每个任务使用一个bash文件？
bash、slurm、sbatch
我正在尝试在SLURM管理的集群中启动多个任务，并希望避免处理数十个文件。现在，我有50个任务(下标为i，为了简单起见，i也是我程序的输入参数)，每个任务都有一个指示计算配置的bash文件slurm_run_i.sh，以及srun命令： #!/bin/bash
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH -J pltCV
#SBATCH --mem=30G
srun python plotConvergence.py i 然后，我使用另一个bash文件slurm_run_all.sh提交所有这些任务 #!/bin/bash
f
浏览 38提问于2020-04-16得票数 1
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1回答
用于多个测试的Slurm异构作业
cluster-computing、slurm、hpc
我必须在HPC集群上执行一些测试，并且我使用Slurm作为工作负载管理器。由于我必须对不同的分配执行类似的测试，所以我决定利用Slurm的异构工作支持。这是我的Slurm脚本：
# begin of slurm_script.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -p my_partition
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --time 16:00:00 # format: HH:MM:SS
#SBATCH -N 1 # 1 node
#SBATCH --ntasks-per-node=32
浏览 25提问于2022-10-24得票数 0
2回答
通过python与slurm交互(自动链接作业)
python、bash、subprocess、slurm
我需要在slurm上运行10,000个作业(假设每个作业需要30分钟)。目前的计划是使用作业数组，并行使用250个内核，如下所示：
sbatch --array=0-10000%250 array_script.sh args
不幸的是，sys管理员并没有改变slurm的MaxArraySize (从默认的1001)。为了“规避”这一点，我计划将整个工作分成10个部分，并以某种方式安排每个部分，以便它在前一部分完成后运行。例如，我将从以下内容开始：
sbatch --array=0-999%250 array_script.sh args
然后，完成后，我将执行以下操作：
sbatch --a
浏览 2提问于2017-09-22得票数 0
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单slurm数组与多个S批处理调用
slurm
我可以使用类似于以下的N数组来运行令人尴尬的并行作业：
#SBATCH --array=1-N
或者，我认为我可以通过手动启动8个作业，从调度的角度(即独立调度，一旦资源可用)实现同样的目标。例如，使用带有循环的简单bash脚本。
因为后者要灵活得多，所以我没有看到我使用slurm中内置的-数组选项的实用程序。
我是不是遗漏了什么？
浏览 3提问于2022-06-03得票数 0
我的目标是使用slurm依赖关系构建一个管道，并处理slurm作业崩溃的情况。
基于下面的和第29节，建议使用scontrol requeue $jobID，这将重新排队已经取消的作业。
如果可以从提交脚本中检测到作业崩溃，并且崩溃是随机的，那么您可以简单地使用scontrol requeue $SLURM_JOB_ID请求作业，以便它再次运行。
在我重新排队一个被取消的作业后，它的依赖作业仍然是DependencyNeverSatisfied，甚至是依赖作业完成后什么也不会发生。如果已取消的作业再次重新排队，是否有任何方法更新相关作业的状态？
示例：
$ sbatch run.sh
浏览 0提问于2018-05-13得票数 5
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创建低优先级slurm作业，如果提交了另一个作业，则该作业将挂起或请求
slurm、hpc
我目前正在我的学校运行一个包含20个计算节点的HPC作业。我想以一种很好的方式使用所有这些，这样如果另一个学生需要一个计算节点，我的作业就会暂停/暂停，然后在资源再次可用时被请求。我的想法是提交10个作业，每个作业使用两个节点，如下所示：
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=cpu-detect
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --mem=50G
#SBATCH --cpus-per-task=32
#SBATCH --partition=compute
srun conda run -n fires3.7 p
浏览 4提问于2022-02-21得票数 1
1回答
说失败，但输出仍然生成
matlab、unix、slurm
我在集群上调度并运行了一个slurm作业。它是一个简单的sbatch，运行MATLAB .m文件。完成运行后，输出(两个图)将按预期成功生成。但是，当我执行sacct时，作业状态为“失败”，退出代码为"9:0“。对我来说，它应该是完整的。
在我的sbatch文件中，我指定了error和output，这两个文件确实是在没有内容的情况下生成的。
有人能帮忙吗？
浏览 4提问于2017-08-03得票数 1
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为什么我不能在SLURM中模拟运行同一python脚本的多个实例
python、google-cloud-platform、google-compute-engine、slurm
我一直在努力尝试让python脚本的多个实例在SLURM上运行。在我的登录节点中，我已经安装了python3.6，并且我有一个python脚本"my_script.py“，它接受一个文本文件作为输入来读取运行参数。我可以使用以下命令在登录节点上运行此脚本
python3.6 my_script.py input1.txt
此外，我可以提交一个脚本submit.sh来运行该作业：
#!/bin/bash
#
#SBATCH --job-name=hostname_sleep_sample
#SBATCH --output=output1.txt
#SBATCH --cpus-per-ta
浏览 2提问于2018-10-24得票数 0
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Slurm问题:在批处理中数组作业与运行
slurm
以下两种并行化方案在Slurm上有什么区别？
方案1
运行sbatch script.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --ntasks=8
## more options
srun echo hello
这将调用运行echo hello的8个作业。
方案2我使用数组作业完成了类似的任务。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=arrayJob
#SBATCH --output=arrayJob_%A_%a.out
#SBATCH --error=arrayJob_%A_%a.err
#SBATCH --array=1-8
#SBATCH --time=0
浏览 1提问于2018-11-22得票数 6
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SLURM:在worker完成后重新启动worker
hpc、slurm
我想创建一个SLURM worker数组，每当其中一个worker完成它的工作时，我想重新启动这个worker。
如果可以在我的队列上运行无限持续时间的作业，我当然会这样做，但因为这是不可能的，所以我认为我应该创建一个无限系列的工作程序。
这在SLURM中是可能的吗？我认为我可以从worker数组中的最后一个worker内部提交sbatch命令来重新启动整个序列，但是在集群中运行worker的计算节点不能访问sbatch callable。
任何关于这个问题的建议都会非常有帮助！
浏览 3提问于2020-09-18得票数 0
1回答
在SLURM上提交一系列作业
slurm
我试图在SLURM上提交一组作业，但是睡眠命令并没有像预期的那样工作。我想每10秒启动一次工作。但是，此代码等待10秒才能启动整个作业数组。如何修改下面的bash文件？
#!/usr/bin/env bash
# The name to show in queue lists for this job:
#SBATCH -J matlab.sh
# Number of desired cpus:
#SBATCH --cpus=1
#SBATCH --mem=8gb
# The time the job will be running:
#SBATCH --time=167:00:00
#
浏览 2提问于2017-12-22得票数 0
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有人对Smilei mpi任务很了解吗？
simulation
我试图通过OpenMP mpi(混合)在集群上运行Smilei模拟。但是在加载python之后，它在读取模拟参数时显示消息，如下所示。
{^[[;33m
[WARNING](0) src/Params/Params.cpp:656 (Params) Patches distribution: hilbertian^[[0m
^[[;33m
在本例中，任务显示为使用squeue命令，但我在top上找不到作业，实际作业被暂停，就好像它无法从循环中逃脱一样。无论我使用多少线程，这种情况都会发生。
但是，当我在带有CPU的桌面WSL上运行相同的namelist文件时，如果没有mpi，则位于完全相同位置
浏览 9提问于2022-08-18得票数 0
1回答
用于数组作业的SLURM慢速
arrays、performance、jobs、slurm
我有一个包含节点A、B、C和D的小集群，每个节点都有80 32的RAM和32个CPU。我用的是Slurm 17.11.7。
我执行了以下基准测试：
如果我直接在节点A的终端上运行特定的Java命令，我将在2分钟内得到结果。
如果使用“单个”数组作业(#SBATCH - array =1-1)运行相同的命令，则在2分钟内再次得到结果。
如果我只在节点A上使用相同的参数在slurm上运行相同的命令，那么在8分钟内就可以得到输出，也就是说，它要慢4倍。当然，在这里，我同时运行31个具有不同参数的其他Java命令。
我已经尝试过SelectTypeParameters=CR_CPU
浏览 0提问于2018-09-03得票数 0
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