开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

使用"ComplexHeatmap“软件包的热图树状图

"ComplexHeatmap"是一个R语言的软件包，用于创建热图和树状图。它提供了丰富的功能和灵活的参数设置，使用户能够定制化地展示和分析复杂的热图数据。

热图是一种用颜色编码数据并以矩阵形式展示的可视化工具。它可以帮助我们直观地观察数据的模式和趋势。热图通常用于展示基因表达、生物标记物、基因组学、药物筛选等领域的数据。

树状图是一种用于展示数据之间关系的图形。它通过树状结构将数据进行层次化表示，使我们能够更好地理解数据的分类和相似性。树状图通常用于展示基因家族、物种分类、社交网络等领域的数据。

"ComplexHeatmap"软件包具有以下特点和优势：

灵活的数据输入：支持多种数据格式，包括矩阵、数据框、列表等。
多样化的热图样式：提供多种热图样式和颜色映射方案，满足不同数据类型和展示需求。
强大的定制化功能：支持自定义标签、标题、轴标签、图例等，使用户能够根据需求进行个性化设置。
多维数据展示：支持多维数据的展示和分析，例如添加行列注释、聚类分析等。
高效的绘图性能：采用高效的绘图算法和数据结构，能够处理大规模数据集并保持良好的性能。

"ComplexHeatmap"软件包适用于各种领域的数据分析和可视化任务，特别是在生物信息学、医学研究、基因组学等领域具有广泛的应用。

腾讯云提供了一系列与数据分析和可视化相关的产品和服务，可以与"ComplexHeatmap"软件包结合使用，例如：

腾讯云数据万象（https://cloud.tencent.com/product/ci）：提供了丰富的图像处理和分析功能，可以用于预处理和优化热图数据。
腾讯云云服务器（https://cloud.tencent.com/product/cvm）：提供了稳定可靠的云服务器，用于运行和部署"ComplexHeatmap"软件包和相关应用。
腾讯云对象存储（https://cloud.tencent.com/product/cos）：提供了安全可靠的云端存储服务，用于存储和管理热图数据和相关文件。
腾讯云人工智能（https://cloud.tencent.com/product/ai）：提供了丰富的人工智能算法和工具，可以与"ComplexHeatmap"软件包结合使用，进行更深入的数据分析和挖掘。

总结起来，"ComplexHeatmap"软件包是一个功能强大且灵活的热图和树状图绘制工具，适用于各种数据分析和可视化任务。腾讯云提供了一系列与数据分析和可视化相关的产品和服务，可以与"ComplexHeatmap"软件包结合使用，实现更全面和高效的数据分析和可视化。

页面内容是否对你有帮助？

有帮助

没帮助

相关·内容

使用ComplexHeatmap绘制3D热图

在R图形系统中，我们也可以使用histogram来可视化分布，因此从ComplexHeatmap版本2.7.9开始，我新加了一个函数frequencyHeatmap()，就像是一个histogram版本的...在这里，区间中的频度使用热图进行可视化。那么现在，频度热图被称作是密度热图的histogram版本，但这看起来一点都不像histogram。那么可能一个3D的热图在这里更加适合。...下面一节我将会介绍如何在ComplexHeatmap包中集成3D热图功能的。 3D热图的实现首先，我们要能画3D的柱子，这可以通过新函数bar3D()实现。...好了，现在既然我们已经能够画3D的柱子了，为了实现3D的热图，我们可以通过cell_fun或者layer_fun提供的自定义函数来将每一个3D柱子放置在热图的格子上，其中柱子的高度和热图中相应的值对应。...最后，InteractiveComplexHeatmap包可以将任何通过ComplexHeatmap生成的热图转变为一个Shiny app，那么Heatmap3D()生成的热图也同样可以。

2.1K2 0

ComplexHeatmap|绘制单个热图-I

ComplexHeatmap可以绘制很复杂的热图，能满足日常以及文章所需，本次先简单的介绍单个热图绘制的内容。单个热图由热图主体和热图组件组成。...其中主体可分为行和列；组件可以是标题、树状图、矩阵名称和热图注释，在主图的四周均可，且顺序可调整。 ? 一载入数据，R包 1.1 载入ComplexHeatmap包 #if (!...") library(ComplexHeatmap) 1.2 载入数据为更贴近生信使用场景，直接使用内置的基因表达数据 expr = readRDS(paste0(system.file(package...二热图修饰 2.1 颜色 1）连续型变量可以使用circle::colorRamp2()函数来生成Heatmap()中的颜色映射函数，输入参数为分割位置以及分割点上的颜色。...2.3 聚类聚类是热图可视化的关键组成部分，在ComplexHeatmap包中可以非常灵活的进行设置。

1.4K1 0

用 ComplexHeatmap 包绘制复杂热图

") 热图组成在 ComplexHeatmap 中单个热图由热图主体和热图组件组成。...热图主体可按行或列进行拆分。热图组件包括标题，进化树，矩阵名称和热图注释，可分别放置于热图主体的四个侧面上，这些组件也可根据热图主体的顺序进行重新排序或拆分。 ?...除了画单个热图之外，ComplexHeatmap 还支持组合多个热图，即称之为热图列表 heatmap list ，一系列热图和热图注释的集合。在热图列表周围，可设置全局级别的标题和图例。 ?...当然除了横向排列的热图列表外，还可以纵向排列。 ? ComplexHeatmap 包以面向对象的方式实现。...绘制更复杂的热图为基因表达矩阵加入更多信息热图常用于可视化基因表达矩阵，矩阵中的行与基因相对应，我们可以在表达热图后附加有关这些基因的更多信息。在下面的示例中，大的热图展示了基因的表达量。

7.1K5 1

超详细的R语言热图绘制之complexheatmap：01

ComplexHeatmap包可提供灵活的热图展示及高度自定义的注释图形。 1.1 设计理念一个完整的热图由热图主体和热图组件构成。...热图列表由多个热图主体和热图注释组成，但不同的热图主体和注释被有序排列，使得彼此之间具有较好的可比性。...ComplexHeatmap包是面向对象的，主要包括以下类： Heatmap class: 单个热图，包括热图主体，行名/列名，标题，聚类树，行注释条/列注释条； HeatmapList class:...单个热图介绍单个热图的组成 3. 热图注释热图注释概念，如何绘制简单注释和复杂注释，简单注释和复杂注释的不同 4. 热图列表如何绘制多个热图和注释，它们的位置排布是怎样安排的 5....交互式热图 12. 更多例子第二章单个热图单个热图是最常见的可视化图形，虽然ComplexHeatmap包的闪光点是可以同时绘制多个热图，但是作为基本图形，对单个热图的绘制也是很重要的。

3.6K3 2

R语言ComplexHeatmap包做热图：热图每隔三行分开一小段

这个是有读者在B站给我的留言问到的问题 image.png 热图每隔三行分开一小段怎么实现？我最开始的想法是用ggplot2来做，将数据拆分，每三行数据做一个图，最后采取拼图的方式来实现。...后来想起来R语言里有一个做热图功能非常强大的R包ComplexHeatmap应该能够实现这个目的，所以查了一下这个R包的帮助文档，找到了实现办法。...参考文档链接 https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/index.html ComplexHeatmap的安装方法，如果没有安装这个...R包，运行如下命令 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ComplexHeatmap.html if (!...") 示例数据集 image.png 读取数据集 mat<-read.csv("20221230.csv",row.names = 1) mat 最基本的热图 library(ComplexHeatmap

1.4K2 0

R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。...order", groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...tax_data进行处理 obj$data$tax_data <- zero_low_counts(obj, dataset = "tax_data", min_count = 5) 检查没有reads的行...- calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

3833 0

RNAseq | ComplexHeatmap绘制临床数据热图（所见即所得）

prognostic model for GBM patients integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing中下图所示最初我完成该图的方法是用含有基因表达的热图...这里介绍使用ComplexHeatmap直接完成该图。一载入R包，数据使用前面系列推文的TCGA-SKCM的临床数据和随访数据，以及经过lasso模型计算的风险评分结果。...如果添加基因表达量的话那就是正常的热图即可。 2，临床数据处理在TCGA下载的临床数据需要进行一些处理，可以在excel中完成，当然也可以使用R完成。...二临床指标热图可视化 1，直接绘制使用ComplexHeatmap绘制临床数据注释图，重点在于构建一个和临床数据相同列的0矩阵。...annotation_legend_side = "bottom", width = unit(16, "cm"), height = unit(1, "cm") ) 以上就完成了风险得分和临床指标的热图

5271 0

使用Python绘制点击图、热图

via: http://blog.csdn.net/wenyusuran/article pyHeatMap是一个使用Python生成热图的库，基本代码是我一年多之前写的，最近把它从项目中抠出来做成一个独立的库并开源...pyheatmap # 或者 easy_install pyheatmap pyHeatMap依赖于PIL库，使用之前需要先确保你的环境中已经安装了PIL。...目前这个库可以生成两种图片：点击图、热图。点击图效果如下： ? 热图效果如下： ? 绘制图片时，还可以指定一个底图，这个底图可以是任意图像，也可以是另一个点击图。...关于绘制热图中用到的方法，可以参考我以前的文章，比如关于网页点击热区图、 http://oldj.net/article/page-heat-map/ 关于热区图的色盘 http://oldj.net.../article/heat-map-colors/ 其中热图绘制中还用到了 Bresenham画圆算法 http://oldj.net/article/bresenham-algorithm/

3.2K4 0

你没见过的树状图和旭日图

在2016版的EXCEL里，有很多以前版本没有的图表，比如旭日图和树状图，这两个图我相信很多小伙伴几乎没有用过，今天我们来讲讲这两个图。...首先旭日图和树状图都是表示数据成分关系的图表，他们可以用视觉化的形式来表示一系列数据所占比例的成分，当然他和饼图比起来更加的直观，饼图相对来说能表达的数据有限，超过6个数据，用饼图来表示就会感觉比较的复杂...，但是树状图和旭日图可以应用到大量的类别的数据成分里，通过不同的颜色和不同的形状进行表示，我们先来看一下树状图。...我们客户尝试用树状图。...这个里面我们有2个层级的数据，一个是门店，一个是每个门店卖的手机的型号和每个手机的销量，这个时候如果要去做分析，当然一种方法是用数据透视表和数据透视图，但是我们也可以尝试用旭日图来表述，我们看下面的图：

1.9K3 0

🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！？

1写在前面最近在画热图(heatmap)时，遇到一个问题，就是如果画热图时导入的基因过多，基因名就会重叠在一起，根本没法看，非常影响颜值。...这里提供一种基于ComplexHeatmap的解决方案，大家往下看吧。...2用到的包 rm(list = ls()) library(tidyverse) library(circlize) library(ComplexHeatmap) 3示例数据这里我们随机生成一个矩阵...为了保险起见，我们把对应的基因名也从中提取出来。...~ 妈妈再也不用担心我的热图注释“挤”在一起啦！！！

9834 0

ComplexHeatmap包更新支持pheatmap转换

热图一直是一种数据矩阵可视化使用率较高的展示形式，常见包含： heatmap():用于绘制简单热图的函数； heatmap.2():绘制增强热图的函数； d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包；...pheatmap是热图中使用频率比较高一个R包，ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图。...热图主体可以按行和列进行拆分，支持水平和垂直排列。热图组件是标题，树状图，矩阵名称和热图注释，它们放置在heamap主体的四个侧面上，并支持热图主体进行重新排序或拆分。...这是创建用户定义的注释图形的基础。 ComplexHeatmap是在网格系统下实现的，因此用户需要了解基本的网格功能才能充分利用该软件包。...在第一个热图中，基于树状聚类的两个主要组，在两个树状图的基础上对列树状图进行了铺底，以突出显示这两个亚群。

2.4K1 0

树状图js的实现方法

本文是基于决策树的需求做的前期demo实现，所以以二叉树为实现目标。基本术语如下：二叉树 1、二叉树中的节点最多只能有两个子节点，一左一右。...因此不怒在度大于2的节点 2、左右子节点的顺序不能颠倒 image.png <button class="btn" onClick...} var leftAngle = angle + baseAngle; var rightAngle = baseAngle - angle; //根据传来的角度...，算出左枝和右枝需要偏移的量 var LdisX = k * parentLength * Math.round(Math.cos(leftAngle / 180 * Math.PI) *...startX, startY * 0.7, 0.7, 90, Math.random() * 30 + 10); } init(); 效果图如下

3.9K2 0

scRNA｜ComplexHeatmap自定义单细胞转录组celltype-level 热图可视化

一载入R包，数据使用之前注释过的sce.anno.RData数据，后台回复 anno 即可获取 library(ComplexHeatmap) library(circlize) library...使用过了。...可以自定义绝大多数的注释信息，信息非常多，这里简单介绍下热图，柱形图，点图，色块几种常见的注释方式，更多的相见官网About | ComplexHeatmap Complete Reference (...jokergoo.github.io) 1) GSVA结果热图除了主体的热图外，还可以拼接其他celltype形式的图，这是使用GSVA热图示例。...通过col设置颜色，使之颜色贴近主体的基因表达热图 h_state <- Heatmap(t(gsva.kegg[1:10,]), column_title =

1.3K3 1

多张热图的排版技巧

当我们想要在一幅图中展示多个热图时，采用传统的一页多图的方式，会导致排版的混乱，第一个例子，同时展示两幅热图以及对应的图例，代码如下 >>> import matplotlib.pyplot as plt...可以看到，默认的宽高比情况下，图例的高度大大超过了热图的高度，这种情况相下，可以通过调节figure的宽高比来使得图形显示比例正常。...此时排版同样很混乱，而且无法通过简单的调整输出图像的宽高比来解决问题。对于多副热图的排版问题，在matplotlib中，可以通过ImageGrid方法来调节。...通过ImageGrid，不仅可以解决图例的排版问题，还可以排版多副大小不一的热图，代码如下 >>> data1 = np.random.rand(50).reshape(5, 10) >>> data2...对于多副热图的排版而言，通过ImageGrid可以大大提高处理的简便性。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 原创不易，欢迎收藏，点赞，转发！

1.7K2 0

更为强大的复杂热图

目前基于热图的绘制需求越来越高，让我们想到的事情逐渐成熟，却已经有人开始实现了这个功能，并上传到了CRAN。...复杂热图的绘制长期以来都是基础包omplexHeatmap来实现，现在可以使用了tidyHeatmap了.但是这也不是基于ggplot的版本，所以差强一步。...安装tidyHeatmap 遗憾的是，cran中包存在问题，我检查发现是版本问题，因此在github上的例子只能安装github版本的tidyHeatmap。...treate~ Ant2 2575 treated paire~ Intracel~ 0.329 ## # ... with 494 more rows 复杂热图...首先一定要明白，R语言是以长格式的数据来绘图的；参数解释： .data “tbl”格式的数据框 .horizontal ：在热图中水平显示的列的名称 .vertical 在热图汇总垂直展示的列名称

1.2K2 0

Echarts 实现树状图的展示与编辑示例

示例效果图如下：当前示例的数据加载的是静态json文件。当鼠标移动到节点上时，会有节点描叙信息提示框。...//注意：json数据格式中子节点的key名必须为children myChart.showLoading();//echarts自带的Loading遮罩方法 $.getJSON('flare.json...// let level = param.data.level; //当前节点的层级 eg:"1-1-0",可以通过level判断当前的层级，从而进行不同的操作 // //...}else{//数据已经清空了，页面reload window.location.reload(); } } } //根据指定key的值删除对应的对象...index=i; break; } } arr.splice(index,1); } 如果需要更详细的使用支持

2.9K1 0

Seurat中小提琴图，热图顺序的调整

seurat.object_copy), levels= my_levels) VlnPlot(seurat.object_copy, features = c("some_gene")) 因为顺序变了，要是想保持原来每个样本对应的颜色的话...，也要改变小提琴的颜色.如：原始的样子 VlnPlot(=combined,features = T,log = F,slot = "data",pt.size = 0) ?...如果不知道原来的颜色： library(scales) show_col(hue_pal()(4)) Heatmap调整热图颜色为scale_fill_gradientn() DoHeatmap(object...image.png Heatmap调整上面bar的颜色 DoHeatmap(subset(combined_copy,downsample = 100), features = combined.markersTop50...image.png 如果要修改gene的顺序的话，修改level后重新运行FindAllMarkers.

6.1K2 0

R语言在树状图的末端标注物种值

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来分享一个进化树与棒棒糖图结合的案例来进行系统发育可视化展示，案例主要使用phytools包+基础绘图语法来进行展示，当然也可以使用ggplot语法来实现相同的功能。...h<-max(nodeHeights(eel.tree)) # 获取树的最大节点高度 plotTree(eel.tree,ftype="off",lwd=1,direction="upwards",ylim...0,2*h), # 绘制鳗鱼树 mar=c(0.1,3.1,0.1,0.1)) pp <-get("last_plot.phylo",envir=.PlotPhyloEnv) # 获取最后一次绘制的树的信息...cbind(anole_resid$resid,exp(anole.data[,"SVL",drop=FALSE])) # 组合数据 h<-max(nodeHeights(anole.tree)) # 获取树的最大节点高度...绘制变色龙树 mar=c(0.1,5.1,0.1,0.1),lwd=1) pp<-get("last_plot.phylo",envir=.PlotPhyloEnv) # 获取最后一次绘制的树的信息

1421 0

一文详解如何用 R 语言绘制热图

简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数： ● heatmap():用于绘制简单热图的函数 ● heatmap.2():绘制增强热图的函数 ● d3heatmap:用于绘制交互式热图的...R包 ● ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析）数据准备使用R内置数据集 mtcars df <- as.matrix...使用 dendextend 包增强热图 软件包 dendextend 可以用于增强其他软件包的功能 library(dendextend)# order for rows Rowv <- mtcars...热图拆分有很多方法来拆分热图。一个解决方案是应用k-means使用参数km。...可以使用选项width = unit（3，“cm”））来控制热图大小。注意，当组合多个热图时，第一个热图被视为主热图。剩余热图的一些设置根据主热图的设置自动调整。

3.6K6 1

灵活的热图谁不喜欢？

导语 GUIDE ╲ 热图是一种流行的可视化高维数据的图形方法，其中一个数字表被编码为彩色单元格的网格。矩阵的行和列按顺序排列以突出显示模式，并且通常伴随有树状图。...背景介绍热图可以说是我们在日常可视化中最常用到的图形之一了，绘制热图的R包和工具也是数不胜数，我们也介绍过许多常见的工具，比如pheatmap、complexheatmap等等，今天小编给大家介绍一个可以交互式绘制热图的...R包--heatmaply，交互式热图允许通过将鼠标悬停在单元格上来检查特定值，以及通过在相关区域周围拖动矩形来放大热图的区域，使用起来非常灵活方便。...“mean”给出了我们默认从其他包中的热图函数获得的输出，例如 gplots::heatmap.2。选项“none”为我们提供了树状图，没有任何基于数据矩阵的旋转。...dendextend 自定义树状图用户可以使用 Rowv 和 Colv 参数为热图的行/列提供自己的树状图： x <- as.matrix(datasets::mtcars) library("dendextend

1.1K2 0

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

扫码加入开发者社群

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

活动名称

广告关闭