使用不同长度的DNA字符串输入为keras准备数据
使用不同长度的DNA字符串输入为Keras准备数据时，可以采用以下步骤：
- 数据预处理：将DNA字符串转换为数值表示。可以使用One-Hot编码将每个字符映射为一个向量。例如，将'A'编码为[1, 0, 0, 0]，'C'编码为[0, 1, 0, 0]，'G'编码为[0, 0, 1, 0]，'T'编码为[0, 0, 0, 1]。对于不同长度的DNA字符串，可以将其填充或截断为相同的长度。
- 数据划分：将数据集划分为训练集、验证集和测试集。通常，可以将数据集按照一定比例划分，例如70%用于训练，15%用于验证，15%用于测试。
- 构建模型：使用Keras构建适合处理DNA序列的模型。可以选择使用卷积神经网络（CNN）或循环神经网络（RNN）等模型结构。根据任务的不同，可以选择添加池化层、批归一化层、Dropout层等来提高模型性能。
- 模型编译：定义损失函数、优化器和评估指标。对于DNA序列分类任务，可以选择交叉熵损失函数，Adam优化器，并根据需要选择准确率或其他指标进行评估。
- 模型训练：使用训练集对模型进行训练。可以指定训练的批次大小、训练轮数等参数。在训练过程中，可以监控模型在验证集上的性能，并根据需要进行调整。
- 模型评估：使用测试集对训练好的模型进行评估。可以计算模型在测试集上的准确率、精确率、召回率等指标，以评估模型的性能。
- 模型应用：将训练好的模型应用于实际场景中。例如，可以使用模型对未知的DNA序列进行分类或预测。
对于DNA字符串输入的Keras数据准备，腾讯云提供了一系列与人工智能和机器学习相关的产品和服务，如腾讯云AI平台、腾讯云机器学习平台等。您可以通过访问腾讯云官方网站获取更多关于这些产品和服务的详细信息。
注意：本回答仅供参考，具体的数据准备和模型构建方法可能因任务需求和数据特点而异。
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如果我输入"ATACTCGTCGTCGATCGATACTCGTCTGTCGTCGAGTCGTTCGTCTCGTC“作为dna，"TCGTC”作为模式，它应该输出。
____ * __ * _____________ * ______ * ___________ * ____ * ____，在重叠图案的起始位置标记一颗恒星。
但是我的代码没有给我正确的输出，为什么？
这是我的密码：
def printMatch(dna,pattern):
for i in range(0,len(dna)):
if dna[i:len(pattern)]!=patt
浏览 0提问于2018-11-03得票数 0
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2回答
我需要实现一个DNA类，它的属性是一个由字母表('A，C，G，T')中的字符串组成的序列，我需要重载一些操作符，比如小于、大于等等。
这是我的代码：
class DNA:
def __init__(self, sequence):
self.seq = sequence
def __lt__(self, other):
return (self.seq < other)
def __le__(self, other):
return(self.seq <= other)
def _
浏览 4提问于2013-03-17得票数 8
我试图接受输入:文本字段的值，然后检查该字符串是否只有有效字符。有效字符是"G，C，T，A“。我试图为字符串编写验证，以便如果它有无效的字母，它会把它踢回给用户，并且只要求有效的字母。
如何对字符串中的特定字符进行检查？
let rnaTransResult;
let validLetters = ["G", "C", "T", "A"];
runBtn.addEventListener('click', function(){
let dna = userInput.value.toUpperCas
浏览 1提问于2018-06-22得票数 1
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1回答
我有一个将DNA序列转换成RNA序列的程序。
翻译部分工作正常。我遇到的问题是，我输入了一个包含四个元素的列表，但我得到的是一个只有一个元素的列表。
我的代码：
dnasequences = [
'GCTAGCTAGCTAGCTA',
'CTAGCTAGCTAGCTAG',
'TAGCTAGCTAGCTAGC',
'AGCTAGCTAGCTAGCT'
]
xlate = {'G': 'C', 'C': 'G', 'T'
浏览 3提问于2017-06-30得票数 0
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1回答
C语言字符数组后的单字符声明错误
、、、、
似乎存在一种溢出现象，这取决于n之前的声明和n之后的声明，您能告诉我详细的原因吗？
可操作代码
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int main()
{
int i, sum=0;
char n, DNA[11]={};
printf("용의자의 DNA정보를 입력하세요. :");
scanf("%s", DNA);
for(i=0; i<10; i++)
{
n = DNA[i];
sum += a
浏览 7提问于2022-09-18得票数 -1
3回答
我正在尝试使用来训练LSTM模型。我的训练数据是这样的：
>>> data.shape()
(100000,variable_sequence_lengths,295)
其中100000对应于实例的数目(序列的总数)，295表示给定序列的每个元素中的特征数。
我收到有关输入数据形状的错误。如何定义输入层和后续层(LSTM)中考虑可变序列长度的数据的形状？
from keras.layers import Input, Dense, concatenate, LSTM
from keras.models import Model
import numpy as np
inpu
浏览 0提问于2019-05-20得票数 2
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1回答
我有我试图输入到Keras的DNA数据，并且我对它进行了一次热编码，使得每个DNA序列是4个通道(每种类型的核苷酸一个通道)。我学习了一些教程，但我似乎遇到了格式问题。也许有人能帮我一下？这是我第一次尝试将自己的数据输入到Keras中。我的数据如下所示：
print(x_train.shape) (1509, 4, 476) print(y_train.shape) (1509,)
我的模型(到目前为止)是这样的：
###Setup Keras to create a convolutional recurrent NN
# set parameters:
batch_size = 32
fi
浏览 3提问于2017-07-08得票数 1
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我正在尝试制作一个变分自动编码器来学习对DNA序列进行编码，但是我得到了一个意外的错误。
我的数据是一个单热点数组的数组。
我得到的问题是一个值错误。它告诉我我有一个四维输入，而我的输入显然是三维的(100,4008，4)。
事实上，当我打印出seq层时，它的形状是(?，100,4008，4)。
当我取出一个维度时，它会给我一个二维的错误。
任何帮助我们都将不胜感激！
代码为：
from keras.layers import Input
from keras.layers.convolutional import Conv1D
from keras.layers.core import D
浏览 0提问于2017-05-26得票数 7
解决了这段代码中的一些问题，由于某些原因，我的方法验证检查并不是很有效。我所要做的就是在进入对输入序列执行数学运算的at_calculate方法之前，验证来自用户的输入是否只包含字母G、C、A、T。如有任何帮助或建议，我们将不胜感激。
import re
from tkinter import *
class AT_content_calculator:
def __init__(self, master):
#initialising various widgets
frame_1 = Frame(master)
frame_1.
浏览 4提问于2015-05-28得票数 2
1回答
这是我用来创建DNA字符串的代码：
prepare dna_length(int) as
with t1 as (
select chr(65) as s
union select chr(67)
union select chr(71)
union select chr(84) )
, t2 as ( select s, row_number() over() as rn from t1)
, t3 as ( select generate_series(1,$1) as i, round(random() * 4 + 0.5) as r
浏览 6提问于2020-05-01得票数 1
2回答
我正在研究https://www.tensorflow.org/tutorials/text/text_generation上的一个Keras示例 这个模型是这样构建的： def build_model(vocab_size, embedding_dim, rnn_units, batch_size):
model = tf.keras.Sequential([
tf.keras.layers.Embedding(vocab_size, embedding_dim,
batch_input_shape
浏览 18提问于2020-10-31得票数 1
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pragma坚实度>=0.5.0 <0.6 0；
合同ZombieFactory {
event NewZombie(uint zombieId, string name, uint dna);
uint dnaDigits = 16;
uint dnaModulus = 10 ** dnaDigits;
struct Zombie {
string name;
uint dna;
}
Zombie[] public zombies;
function _createZombie(string memory _name, uint _dna) private
浏览 2提问于2022-03-03得票数 0
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1回答
我对Keras很陌生，我发现很难理解LSTM layer.The Keras文档中输入数据的形状，因为输入数据应该是带有形状的3D张量(nb_samples、timesteps、input_dim)。我很难理解这种格式。timesteps变量是否表示网络记住的时间步骤的数量？
在我的数据中，几个时间步骤会影响网络的输出，但我不知道提前了多少次，也就是说，我不能说前10个样本会影响输出。例如，输入可以是构成句子的单词。每个句子中的单词之间有着重要的关联。我不知道这个句子的长度，这个长度也因句子的不同而不同。我知道句子什么时候结束(也就是说，我有一个句号表示结尾)。两个不同的句子对另一个没有影响-
浏览 2提问于2017-10-07得票数 0
我正在做关于exercism.io的练习，第三个要求我们比较两条DNA字符串，并返回它们之间的差异(hamming距离)。
例如：
GAGCCTACTAACGGGAT
CATCGTAATGACGGCCT
^ ^ ^ ^ ^ ^^
在比较中有7个不同的字符排列。我的问题是我是否采取了正确的方法来解决这个问题。我创建了两个空数组，创建了一个函数，该函数遍历两个字符串，并在遇到不同的字母时推送它们。
我试着通过控制台运行它，总是得到一个意外的输入错误。
var diff = [];
var same = [];
function ham(dna1, dna2) {
浏览 10提问于2017-01-07得票数 0
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1回答
两种变长时间序列的二进制分类比较
、、、、
是否有一个机器学习模型(类似于LSTM或1D-CNN)，以两个可变长度的时间序列作为输入，并输出二进制分类(对/假，时间序列是否具有相同的标签)？
因此，数据如下所示
date value label
2020-01-01 2 0 # first input time series
2020-01-02 1 0 # first input time series
2020-01-03 1 0 # first input time series
2020-01-01 3 1 # second input tim
浏览 0提问于2020-04-21得票数 2
4回答
读取长度未知的字符串
、、、、
我的任务是编写一个Fortran 95程序，该程序将从文件中读取字符输入，然后(首先)简单地将其重新吐出。棘手的部分是，这些输入行的长度是可变的(没有给定最大长度)，并且文件中可以有任意数量的行。
我用过
do
read( 1, *, iostat = IO ) DNA ! reads to EOF -- GOOD!!
if ( IO < 0 ) exit ! if EOF is reached, exit do
I = I + 1
NumRec = I
浏览 0提问于2013-02-08得票数 15
1回答
首先，我对Keras很陌生。我有以下情况：
熊猫数据中有15个特征的时间序列数据
时间序列数据是每小时的。所以我想预测下一个16小时的时间序列数据。我想输入(16个时间序列数据)，然后预测下16个小时。我正考虑对许多人进行建模，但我不确定。
在dataframe中创建了多少个新列。，LSTM的输入配置应该是什么样的，output_shape等等.
我在下面的链接中找到了它，但是我不能理解这个理论，把多步和多变量结合起来。
浏览 4提问于2017-12-17得票数 2
5回答
我试图建立一个函数，它将接收DNA字符串，然后补充它们(如果A，给T，如果G，给C，反之亦然)。
到目前为止，我有这样的代码：
def Complement(DNA):
DNA = input("Enter your DNA string:")
if DNA == 'A':
result = 'T'
elif DNA == 'T':
result = 'A'
elif DNA == 'G':
result = '
浏览 8提问于2017-03-11得票数 3
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2回答
我想使用strcmp将char数组的子范围与另一个字符串进行比较。我从一个文本文件中读取，然后将它们连接成一个更长的字符数组，从而生成了dna字符数组。
char dna[10] = "ATGGATGATGA";
char STOP_CODON[3] = "TAA";
int TS1 = strcmp(&STOP_CODON[0]),dna[0]);
int TS2 = strcmp(&STOP_CODON[1]),dna[1]);
int TS3 = strcmp(&STOP_CODON[2]),dna[2]);
if(T1+T2
浏览 0提问于2012-12-10得票数 2
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刚刚开始学习Python，并有一个问题。假设用户输入的DNA序列可以是任意数量的字符，我该如何打印从字符串末尾裁剪多余字符并返回结果的结果呢？ 例如:用户输入"ACG CTA TCG C“的DNA序列。期望的结果将是"ACG CTA TCG“(每组3个，从结果中修剪出多余的部分)。如果用户输入是"ACC标签标签AT“，则结果将是"ACC标签”。对于用户输入的任何输入，依此类推。 这是我到目前为止所知道的： # Request user input, convert to uppercase and remove white spaces
dna_input =
浏览 21提问于2020-09-24得票数 0
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1回答
我目前在Tensorflow和LSTMs方面有一个大问题，无法找到解决方案：
我想使用一个大sequence_length = 100的LSTM。对于模型，我有以下配置：
model.add(Masking(mask_value=0.0, input_shape=(1, x.shape[1])))
model.add(LSTM(10))
model.add(Dense(1))
我的输入x(有4个独立的输入变量)是一个具有特定长度和归一化值的数组.列是每个独立的输入变量:在这里，前3行
array([[-0.82425835, -0.58544026, 1.51368749, -1.00692
浏览 0提问于2021-04-28得票数 0
1回答
我想为一系列变异的DNA链创建字典，每个字典都展示了原始的基础以及它所变异的基础。
为了详细说明，我想做的是创建一个生成器，允许一个人输入一个特定的DNA链，并让它产生100个随机生成的链，其突变频率为0.66% (这适用于每个碱基，每个碱基都可以变异到任何其他碱基)。然后，我想要做的是创建一系列字典，每个字典详细说明在一个特定随机生成的链中发生的突变。我希望键是原始的基，值是新的变异基。有一种简单的方法吗？到目前为止，我一直在试验这样一个循环：
#yields a strand with an A-T mutation frequency of 0.066%
def mutate(strin
浏览 2提问于2014-06-05得票数 2
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1回答
Keras为我提供了一种将深入学习模型与sklearn(sklearn的keras包装器)结合使用的方法，但我需要类似的东西----与不同。
我想要创建一个由几个已经训练过的滑雪板模型组成的集合，方法是将它们的输出输入到一个深度学习分类器的输入层(待训练)。
我能做到吗？
浏览 0提问于2019-08-15得票数 1
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我想输入一个DNA序列，并制作某种生成器，产生具有特定突变频率的序列。例如，假设我有DNA链"ATGTCGTCACACACCGCAGATCCGTGTTTGAC"，我想要制造T->A频率为5%的突变。我该如何创造这个呢？我知道创建随机突变可以用这样的代码来完成：
import random
def mutate(string, mutation, threshold):
dna = list(string)
for index, char in enumerate(dna):
if char in mutation:
浏览 0提问于2014-05-31得票数 1
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1回答
修改数组值时的分段错误
、、、、
当我把dnai转换成U的时候，我得到了一个片段的错误，我已经崩溃了，但我仍然不明白为什么。
我还用strcmp比较了T与T之间的值，但据我所知，这是用于字符串文本的，我可以简单地将它与dna[i] == 'T'进行比较。是那么回事吗？谢谢。
#include <string.h>
char *dna_to_rna(char *dna) {
int size = (int)( sizeof(dna) / sizeof(dna[0]));
char *retour[size];
strcpy(retour, dna);
for (int
浏览 2提问于2022-05-11得票数 1
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我有一个for循环，其中嵌套了if、else和elsif语句。for循环可以正确运行，但由于某些原因，它只运行一次。我希望在一个序列中计数A、C、G和T，但我想将它们分成两组-一个motif组和一个背景组。motif组计数需要是位置特定的，而背景计数不是。 下面是我的.dna文件中包含的内容(一个.txt就可以了)： 这是我到目前为止所知道的： use strict;
use warnings;
#Upload sequence
print "Please enter the filename of the first sequence data: ";
my $filen
浏览 15提问于2019-03-16得票数 0
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我是Deep-Learning的新手，所以我通过阅读，学到了很多东西。我想开始使用其中的一些概念。我想尝试实现一个具有一维卷积层的神经网络，该层提供给双向递归层(如下面的论文)。我遇到的所有教程或代码片段都没有实现任何与此类似的内容(例如图像识别)，也没有使用具有不同功能和用法的较旧版本的keras。
我想做的是 的一种变体
(1)将DNA序列转化为one-hot encoding载体；✓
(2)使用一维卷积神经网络；✓
(3)使用最大池；✓
(4)将输出发送到bidirectional RNN；x
(5)输入分类；
我不知道如何在Bidirectional RNN上获得匹配的形状。在这个
浏览 3提问于2017-11-29得票数 1
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我试图反转我的字符串函数，这样当我运行bintostring(3)时，它将返回"AAAT“，其中A=0，C=1，G=2，T=3将返回85，例如CCCC将返回85，因为(1 * 64) + (1 * 16) + (1 * 4) + (1 * 1) =85。我的bintostring函数现在只返回一个空字符串。
dna = {'A':0, 'C':1, 'G':2, 'T':3}
dna2 = {0:'A', 1:'C', 2:'G', 3:'T'}
def b
浏览 5提问于2021-10-30得票数 0
2回答
在带有Keras的序贯神经网络中，使用Conv1D作为输入层是有困难的。这是我的代码：
import numpy as np
from keras.layers.convolutional import Conv1D
from keras.models import Sequential
from keras.optimizers import Adam
conv1d = Conv1D(input_shape=(None, 16), kernel_size=2, filters=2)
model = Sequential()
model.ad
浏览 0提问于2018-07-04得票数 2
为了做家庭作业，我必须分析一组图像。为此，我计划使用卷积神经网络。图像被分割到特定的文件夹中：
有624张照片的测试集
数据集/测试/正常(234项)
数据集/测试/肺炎(390项)
一列载有5216张照片的火车
数据集/列车/正常(1341项)
数据集/列车/肺炎(3875项)
目的是学习一台机器来检测某人是否患有肺炎。
，为此，我尝试建立一个卷积神经网络，并得到了比较好的结果:
损失: 0.0328
准确度: 0.9877
val_loss: 0.2308
val_accuracy: 0.9231
📷
# Artificial Neural Network - Convolutiona
浏览 0提问于2020-04-19得票数 2
以下是我如何理解RNN中参数共享的意义：
在常规前馈神经网络中，每个输入单元都被分配一个独立的参数，这意味着输入单元(特征)的数量对应于要学习的参数数。在处理例如图像数据时，所有训练示例(通常是恒定像素大小*像素大小* rgb帧)输入单元的数量是相同的。
然而，像句子这样的顺序输入数据可以以高度不同的长度输入，这意味着根据处理示例语句的不同，参数的数量将不相同。这就是为什么参数共享对于有效处理顺序数据是必要的:它确保模型始终具有相同的输入大小，而不管序列长度如何，因为它是根据从一种状态到另一种状态的转换来指定的。因此，可以在每个时间步骤中使用相同的权值转换函数(输入到隐藏的权重，隐藏到输出的权
浏览 1提问于2017-12-18得票数 7
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如果给一个表User_DNA和一个列一个sequence，我想编写一个查询，如果sequence列中的数据与搜索查询词匹配或者是搜索查询词的前缀，那么它应该返回一个item User_DNA或true。例如，
sequence
狗
霍尔
猫
破伤风免疫球蛋白
猫
如果我的搜索查询是doga (在db中以dog作为前缀)，horrible(在db中以hor作为前缀)，tiger(在db中以tig作为前缀)，caterpillar(在db中以cat作为前缀)，查询应该返回true，因为所有这些搜索查询在数据库中都有前缀。
我的sql search查询应该是什么？
谢谢
浏览 0提问于2020-05-27得票数 0
1回答
我正在上一个生物信息学类，我一直收到一个“未定义的子例程&main::Print在ReverseComp.txt第4行调用”。错误
# ReverseComp.txt => takes DNA sequence from user
# and returns the reverse complement
print ("please input DNA sequence:\n");
$DNA =<STDIN>;
$DNA =~tr/ATGC/TACG/; # Find complement of DNA sequence
$DNA =~rev
浏览 2提问于2014-09-06得票数 3
我有包括DNA串在内的fasta文件。我想从正数据生成一个负数据集。一种方法是从我的数据中排除一些特定的序列，然后对数据进行洗牌。
假设我的数据集是一个列表：
1)
DNAlst:
ACTATACGCTAATATCGATCTACGTACGATCG
CAGCAGCAGCGAGACTATCCTACCGCA
ATATCGATCGCAAAAATCG
我想排除这些序列：
ATAT,CGCA
因此，结果将是：
ACTATACGCTACGATCTACGTACGATCG
CAGCAGCAGCGAGACTATCCTAC
CGATAAAAATCG
2)，然后，我想洗牌我的序列一个特定的长度(例如，5)。它的意思是
浏览 4提问于2014-11-17得票数 0
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1回答
我正在使用Keras库用卷积神经网络(CNN)解决一个回归问题。我已经做了很多例子，但是没有理解一维卷积输入形状的概念。
这是我的数据集，一个目标变量有3个原始信号。
为了可视化，这里显示了传感器信号的五个片段，每个片段都有自己的含义。
我想给出分段的传感器值作为一维卷积层的输入，但问题是分段的长度是可变的。
这是我的CNN架构
我想要建立我的CNN模型，但是很困惑
model = Sequential()
model.add(Conv1D(5, 7, activation='relu',input_shape=input_shape))
mode
浏览 4提问于2018-02-19得票数 2
1回答
我正在尝试实现一个用于DNA序列分类的LSTM模型，但目前它还不能使用，因为它需要训练的时间太长( 6.5K序列的每个时期需要25秒，每个样本大约4ms，我们需要训练该模型的几个版本，超过100s的数千个序列)。 DNA序列可以表示为A、C、G和T组成的字符串，例如"ACGGGTGACAT“可能是单个DNA序列的一个例子。每个序列属于我试图预测的两个类别中的一个，每个序列包含1000个字符。 最初，我的模型不包括嵌入层，相反，我手动将每个序列转换为一个单热编码矩阵(4行乘1000列)，该模型工作得不是很好，但速度令人难以置信。不过，在这一点上，我已经在网上看到，使用嵌入层具有明显的优
浏览 11提问于2019-10-18得票数 2
也许我失去了它。
我有一个可能的核苷酸列表和相应的type
const DNA = ['G', 'C', 'T', 'A'] as const;
type DNA = typeof DNA[number];
现在，DNA strand可以是任何字符(GCTA)的字符串，在任何组合中，具有任意长度。重要的是，每个单独的字符都是DNA类型的。
如果我split('')这个strand，我想要得到一个字符数组，每个字符的类型为DNA，例如，
const strand: ??? = "GACATAGACGCGTT
浏览 3提问于2022-06-22得票数 2
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1回答
有一个dna类，我们在其中添加一些输入到big_strand (似乎有效)。然后接受另一个输入，并从big_strand中减去它。这似乎和我在减法函数内输出的效果一样好。但是，在返回temp并返回到main之后，输出只会给出一个空行(图像中的灰色线是我突出显示的空白行)。任何帮助都是非常感谢的。
dnasequence.h
#include <iostream>
#include <string>
#ifndef _DNASEQUENCE_
#define _DNASEQUENCE_
using namespace std;
class DNASequen
浏览 1提问于2019-12-03得票数 0
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我正在编写一个函数来计算d(∑ti=1，Dna) = Dna d(模式，Dna)，在Dna= {Dna1，.，Dnat}中模式和每个字符串之间的距离之和。
样本输入：
AAA
ACGGCGTTCG CCCTAAAGAG CGTCAGAGGT
样本输出：
5
下面是我的代码：
dna_list = ['TTACCTTAAC', 'GATATCTGTC', 'ACGGCGTTCG', 'CCCTAAAGAG', 'CGTCAGAGGT']
k = 3
k_mer = 'AAA'
hamming_dist
浏览 2提问于2016-02-09得票数 0
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我发现默认情况下，keras使用Glorot/Xavier初始化权重，这意味着值将介于+- (sqrt(6 / float(F_in + F_out))之间)
但是在我的例子中，我使用了下面的体系结构，ishape = (None，4)：我不使用固定的输入大小。(我输入的数据是一个热编码的DNA序列)
model = keras.Sequential()
model.add(Conv1D(filternumber, b, activation='relu', input_shape=ishape))
model.add(MaxPooling1D(pool_size=a))
mo
浏览 4提问于2021-06-16得票数 1
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所以我想通过keras预测一个产品在亚马逊上的星级数，我见过其他的方法，但我使用了通用的句子编码器和one-hot编码(我遵循了Youtube的教程来嵌入评论)。现在不使用LSTM层，而是使用以下层：
`model.add(keras.layers.Dense(units=256,input_shape=(X_train.shape[1], ),activation='relu'))
model.add(keras.layers.Dropout(rate=0.5))
model.add(keras.layers.Dense(units=128,activation='r
浏览 0提问于2020-07-23得票数 0
尝试让我的代码打印出一个由字母T、C、G和A中的40个字符组成的随机字符串，它有50%的机会将其中一个字符更改为其他字符。当我尝试运行它时，它只显示字符串索引超出范围 def generateDNASequence():
listOfGenomes = ["T", "G", "C", "A"]
for i in range(40):
dnaSequence=(random.choice(listOfGenomes))
print(dnaSequence,end=""
浏览 18提问于2020-10-29得票数 0
有一个perl函数，它查找并打印输入字符串的所有重叠的prints。
#!/pkg/bin/perl -w
print "Input the string\n";
$dna = <>;
chomp $dna;
print "Input the length of the window\n";
$k = <>;
chomp $k;
while (length($dna) >= $k) {
$dna =~ m/(.{$k})/;
print "$1 \n";
$dna = substr($dna, 1, leng
浏览 4提问于2013-12-04得票数 0
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1回答
我需要这样做，而不是这个函数依赖于用户调用函数时的参数，它被调用，然后提示用户输入要读取的文件名(例如。输入"dna.txt")，然后提示输入mink和maxk，然后遍历该文件并在给定mink和maxk中找到最常见的子字符串的代码。这是我当前的代码：
def mostCommonSubstring(dna, mink, maxk):
count = 0
check = 0
answer = ""
k = mink
while k <= maxk:
for i in range(len(dna)-k+1
浏览 2提问于2018-02-10得票数 0
1回答
我很难弄清楚我想怎么做，所以我希望这里有人能提供一些指导。
场景-我有一个10个字符串，让我们称它为DNA，由以下字符组成：
F
-
+
[
]
X
例如，DNA = ['F', 'F', '+', '+', '-', '[', 'X', '-', ']', '-']
现在，这些DNA字符串被转换成物理表示，从中我可以得到一个适合度或奖励值。因此，该场景的RL流程图如下所示：
不知道或未指定最大适配度。
步骤1:获取随机DNA字符串
第
浏览 0提问于2019-07-25得票数 1
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我正在开发一个程序，它搜索给定字符串中某个子字符串的所有实例，然后将找到的每个子字符串的索引添加到一个列表中。
dna = input("Input a DNA string: ")
substring = input("Input a substring to search for in DNA: ")
def find_all(substring, dna):
index_list = []
index = 0 - len(dna)
try:
while True:
index = dna.i
浏览 0提问于2014-09-25得票数 0
每次我尝试输入't‘时，它都会返回一个“字符串下标超出范围”。 while ((y != sequence.length()) && (base != 'u' || base != 't')) {
base = sequence[y];
y++;
if (base == 't')
{
//if the sequence is DNA
while (sequence[y] != sequence[z])
浏览 38提问于2019-04-10得票数 0
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LSTM如何处理变长序列
、、、、
我在的第7章第1节中找到了一段代码如下：
from keras.models import Model
from keras import layers
from keras import Input
text_vocabulary_size = 10000
question_vocabulary_size = 10000
answer_vocabulary_size = 500
# Our text input is a variable-length sequence of integers.
# Note that we can optionally name our inputs!
浏览 1提问于2018-04-19得票数 10
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我有一个关于类型定义的问题。
我想限制一种现有的类型来强制执行某些附加的标准。例如，我想为DNA字符串构造一个类型。
DNA链可以看作是任意长串的字符，只包含'A'，'C'，'G'，'T‘(核苷酸)。类似地，我将RNA字符串定义为只有字母'A‘、'C’、'G‘、'U’的字符串。
RNA字符串可以分解为密码子，即在四个核苷酸中只有三个字符的字符串('A'，'C'，'G'，'U')。我能做一个密码子类型，自动检查(例如在初始化或类型转换后)，字符串
浏览 6提问于2022-02-23得票数 1
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我一直在致力于java编程的开发，以找到DNA链中的基因。我的问题是，为什么for循环在dna2结束，输出停留在第三个字符串，而不返回更多的结果。以下是守则：
import edu.duke.*;
import java.io.*;
public class Part1 {
public String findSimpleGene (String dna) {
String result = "";
int startIndex = dna.indexOf("atg");
浏览 5提问于2022-06-11得票数 0
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